genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167829.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_101, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  87344

Tables:   1   2   

This is table  1  of  2  ( 232 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55--103	18	2.7	20	78	15	61	44	6	0	48	1.27
287--329	22	2.0	22	85	0	59	41	2	0	55	1.12
464--504	21	2.0	21	85	0	55	46	0	0	53	1.00
1039--1095	28	2.1	28	81	9	66	43	0	1	54	1.10
1389--1454	27	2.3	31	80	15	70	46	1	0	51	1.10
1324--1456	62	2.1	62	79	8	146	45	2	2	50	1.26
1945--2010	10	6.2	10	73	18	53	48	0	3	48	1.17
2018--2062	23	2.0	22	86	4	63	46	4	0	48	1.22
2026--2076	23	2.2	24	82	10	61	50	5	0	43	1.26
2207--2239	18	1.9	18	88	11	52	51	0	0	48	1.00
2207--2265	23	2.6	22	84	10	75	50	1	0	47	1.11
2470--2516	20	2.2	22	85	7	62	40	4	8	46	1.54
4381--4475	10	10.7	10	69	24	54	52	0	0	47	1.00
4376--4419	8	5.1	8	81	13	52	61	0	0	38	0.96
4513--4592	28	2.8	28	76	18	85	51	1	0	47	1.08
4522--4593	24	2.9	24	75	17	67	51	1	0	47	1.09
4652--4710	23	2.5	24	83	13	77	49	1	0	49	1.11
4656--4718	7	8.9	7	74	20	51	50	1	0	47	1.10
4667--4715	13	4.0	13	79	12	59	51	0	0	48	1.00
4775--4854	25	3.1	25	75	17	74	47	1	1	50	1.17
5121--5148	14	2.0	14	100	0	56	57	0	0	42	0.99
5712--5814	19	5.6	19	68	24	69	49	2	1	45	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7665--7698	11	3.1	11	82	0	50	44	2	2	50	1.32
7949--8041	28	3.8	24	70	22	61	48	3	0	48	1.17
7986--8037	25	2.0	28	88	11	83	50	1	0	48	1.12
8081--8125	13	3.4	13	87	6	63	44	0	2	53	1.13
8529--8586	23	2.6	23	79	17	68	48	1	0	50	1.11
8755--8801	23	2.1	22	84	4	58	44	2	2	51	1.25
8788--8858	7	10.7	7	78	11	53	50	1	2	45	1.25
9014--9124	25	4.2	25	70	14	73	48	0	1	48	1.18
9019--9126	28	4.0	28	69	21	86	49	0	0	49	1.13
9028--9075	16	3.0	16	84	6	53	43	0	0	56	0.99
9766--9809	15	2.8	16	81	18	56	45	0	0	54	0.99
10651--10713	18	3.6	18	76	6	58	50	1	1	46	1.20
10671--10731	10	6.1	10	73	21	56	55	0	3	40	1.16
11579--11655	36	2.2	36	84	11	99	45	3	1	49	1.28
11613--11664	22	2.4	21	78	18	61	46	1	1	50	1.23
11742--11861	33	3.8	33	73	17	94	48	1	1	48	1.21
12013--12064	21	2.6	21	74	17	56	46	0	3	50	1.20
12034--12079	15	3.1	15	82	11	51	47	0	2	50	1.13
12003--12143	67	2.2	66	79	14	150	46	0	4	48	1.23
12164--12217	26	2.1	25	80	16	58	53	1	1	42	1.22
12318--12414	40	2.3	40	76	16	99	46	0	3	50	1.17
12384--12422	17	2.3	17	81	0	51	48	0	2	48	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13049--13077	12	2.3	13	94	5	51	48	0	0	51	1.00
13048--13128	15	5.2	15	70	21	51	45	0	2	51	1.14
13189--13238	12	4.1	12	75	14	57	44	0	4	52	1.20
14081--14170	22	4.4	21	71	22	75	51	1	1	46	1.15
14569--14612	11	3.9	11	84	3	52	45	0	0	54	0.99
15880--15923	15	2.8	16	81	18	56	45	0	0	54	0.99
16212--16269	27	2.2	26	78	3	62	58	3	1	36	1.25
16484--16524	16	2.6	15	92	7	64	43	0	0	56	0.99
16545--16576	15	2.1	16	94	5	57	53	0	6	40	1.26
16704--17138	181	2.4	182	81	4	486	42	8	8	40	1.67
17305--17355	18	2.8	17	80	11	57	50	0	0	49	1.00
17293--17368	14	5.5	14	72	21	54	51	1	0	47	1.09
17303--17368	30	2.1	34	83	11	86	51	1	0	46	1.10
17600--18165	180	3.2	177	76	7	543	39	7	10	43	1.66
18690--18727	20	1.9	20	88	0	58	44	0	5	50	1.24
18720--18763	15	2.8	16	80	19	56	56	0	4	38	1.20
18718--18766	23	2.2	22	82	10	55	55	0	4	40	1.19
19000--19067	26	2.6	25	75	11	66	45	8	0	45	1.34
19181--19241	12	4.9	12	73	13	52	47	0	1	50	1.10
19183--19258	38	2.0	38	82	5	91	50	0	1	48	1.09
19238--19284	23	2.1	22	84	4	58	59	2	0	38	1.09
19901--19939	21	1.9	20	89	5	60	51	5	2	41	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19923--20020	35	2.9	35	79	13	107	52	3	0	44	1.16
20085--20167	25	3.2	25	69	19	62	48	1	2	48	1.22
20473--20512	21	1.9	21	85	10	55	47	0	0	52	1.00
20666--20739	29	2.5	31	78	20	79	45	0	2	51	1.15
20672--20741	31	2.2	30	80	14	79	45	0	2	51	1.16
21572--21606	14	2.6	14	95	4	63	62	0	0	37	0.95
21770--21814	18	2.6	18	77	19	51	57	0	0	42	0.98
22088--22127	11	3.8	11	87	12	66	55	0	0	45	0.99
22092--22153	27	2.1	30	80	14	76	51	0	1	46	1.10
22069--22120	20	2.5	20	87	9	70	50	0	0	50	1.00
22085--22152	16	4.3	16	72	20	63	50	0	1	48	1.10
22081--22162	16	4.9	16	75	19	53	48	0	1	50	1.08
22927--22970	20	2.2	20	84	12	54	54	0	2	43	1.12
22952--22984	15	2.2	15	94	0	57	54	0	0	45	0.99
22955--22992	20	1.9	20	88	0	58	52	0	0	47	1.00
22997--23046	14	3.6	14	76	15	50	50	0	0	50	1.00
23008--23063	19	3.1	19	73	14	55	51	0	0	48	1.00
23026--23064	15	2.5	15	83	4	51	48	0	0	51	1.00
23040--23069	12	2.4	13	94	5	53	50	0	0	50	1.00
23223--23293	31	2.3	30	81	11	90	45	0	2	52	1.15
24010--24048	19	2.0	20	85	5	53	53	0	0	46	1.00
24730--24783	19	2.8	20	84	15	71	55	0	0	44	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25884--25912	15	2.0	15	93	6	51	58	0	0	41	0.98
25985--26034	9	5.7	9	77	17	52	48	2	0	50	1.12
25983--26034	18	2.8	20	78	21	69	48	1	0	50	1.12
26390--26447	28	2.1	28	83	6	73	46	1	5	46	1.35
26435--26474	14	3.1	14	86	13	59	50	0	0	50	1.00
26553--26664	15	7.9	14	70	22	65	51	1	0	45	1.17
27052--27109	28	2.1	28	83	6	73	46	5	1	46	1.35
27080--27186	56	1.9	56	81	14	132	49	1	1	46	1.23
27230--27270	22	1.9	21	95	5	73	43	0	0	56	0.99
27323--27743	180	2.3	180	78	2	398	43	10	5	39	1.63
28841--30138	356	3.6	353	78	8	974	40	10	8	40	1.69
28818--30001	537	2.2	532	79	5	1249	40	10	8	40	1.70
28774--30343	177	8.9	177	75	8	1015	41	10	8	40	1.69
28720--30370	181	9.3	180	75	9	1139	41	10	8	40	1.69
30414--30946	180	2.9	182	81	4	648	40	9	10	39	1.72
31213--31251	19	2.1	19	85	9	53	48	2	2	46	1.29
31267--31310	23	2.0	22	90	4	70	45	2	0	52	1.13
31530--31605	21	3.5	21	77	16	68	48	0	6	44	1.28
31551--31610	23	2.5	25	75	20	65	51	0	6	41	1.28
31719--31796	22	3.4	22	77	8	68	37	2	2	57	1.26
31999--32052	20	2.6	20	78	21	58	50	0	1	48	1.11
32860--32901	20	2.2	20	82	4	50	42	2	0	54	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33407--33480	36	2.1	36	89	5	114	36	4	8	51	1.51
32810--34175	743	1.8	742	79	6	1609	40	7	9	42	1.66
33448--34830	181	7.7	180	79	7	1252	39	7	10	41	1.68
33448--34830	360	3.9	358	79	7	1308	39	7	10	41	1.68
33464--34830	541	2.6	525	80	6	1409	39	7	10	41	1.68
34368--35306	478	2.0	482	82	4	1146	41	8	11	38	1.72
34195--35448	659	1.9	661	80	4	1478	41	8	11	39	1.71
34851--35461	180	3.4	178	77	6	574	42	8	10	38	1.69
35479--38162	180	15.0	179	74	8	1713	41	9	8	41	1.67
35474--38162	356	7.5	352	75	8	1674	41	9	8	41	1.67

Tables:   1   2