genome.fa.s401.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168226.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_46, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  198541

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1--59	21	3.1	18	75	15	64	52	5	6	35	1.50
49--476	179	2.4	179	81	6	490	40	10	10	38	1.74
2675--2711	18	2.0	20	89	10	60	51	0	13	35	1.41
2674--2717	19	2.2	20	80	11	56	50	0	13	36	1.42
8370--11091	357	7.6	362	75	6	2103	39	8	10	41	1.69
8370--11091	181	15.2	181	76	6	2085	39	8	10	41	1.69
8370--11094	361	7.6	358	76	7	2144	39	8	10	41	1.69
8425--11109	719	3.7	707	76	8	2017	39	8	10	41	1.69
10459--11712	649	1.9	649	78	7	1337	38	8	10	42	1.69
11095--14923	181	21.4	181	75	8	2699	39	8	10	41	1.70
11101--14916	357	10.7	353	75	9	2482	39	8	10	41	1.70
11101--14916	538	7.1	530	77	9	2510	39	8	10	41	1.70
16889--24188	181	41.1	178	72	11	2625	39	8	9	42	1.68
16488--24188	543	14.4	542	74	10	4484	39	8	9	42	1.68
18307--18634	160	2.0	166	80	8	379	41	7	8	42	1.63
19067--19102	18	2.1	18	90	10	58	44	2	13	38	1.59
20330--20664	180	1.9	180	81	2	413	39	8	9	42	1.68
21171--21481	164	1.9	164	81	5	382	40	7	8	43	1.63
23664--23699	16	2.1	17	90	10	56	44	5	11	38	1.63
21405--23998	524	4.9	528	77	9	1622	39	8	9	42	1.67
26540--27534	361	2.8	355	76	9	886	39	8	9	42	1.69
26540--27533	181	5.5	178	73	8	498	39	8	9	42	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27631--28473	181	4.7	175	78	7	730	40	7	9	42	1.66
28489--29015	181	2.9	180	80	5	530	37	7	11	42	1.70
28130--28799	326	2.1	325	79	7	734	39	7	10	43	1.67
28888--29167	152	1.8	151	82	8	354	41	7	12	38	1.71
29040--31890	181	15.9	180	75	8	2022	40	8	10	41	1.69
29069--31860	361	7.8	359	74	8	2055	40	8	10	41	1.69
29262--31861	721	3.6	715	76	7	1830	40	8	10	41	1.69
31889--35390	181	19.5	179	75	6	2338	41	10	8	39	1.69
31889--35396	541	6.5	540	76	7	2603	41	10	8	39	1.69
31889--35361	361	9.7	361	75	6	2351	41	10	8	39	1.69
35483--35874	214	1.8	216	83	7	528	41	7	8	42	1.64
35689--36227	176	3.0	173	77	9	509	42	10	8	38	1.69
35689--36227	179	3.0	175	78	6	500	42	10	8	38	1.69
36102--36351	137	1.8	137	82	6	319	41	12	6	40	1.67
36234--38830	182	14.7	179	73	11	1418	42	10	8	39	1.69
36944--37270	169	1.9	169	83	5	428	40	10	8	40	1.69
37647--37984	181	1.9	180	80	6	407	44	9	7	37	1.67
39278--39939	177	3.7	179	75	7	402	41	10	7	40	1.68
39275--39939	358	1.9	358	80	5	790	41	10	7	40	1.68
38901--41861	181	16.4	182	73	8	1699	41	9	8	40	1.68
38901--41867	543	5.5	539	74	8	2140	41	9	8	40	1.68
40348--41862	719	2.1	720	81	6	1715	41	9	8	39	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
41756--41991	125	1.9	125	83	0	303	45	8	7	38	1.62
41879--42958	180	6.0	178	75	9	761	41	8	8	41	1.67
42095--42958	181	4.8	175	75	10	508	41	9	7	41	1.66
42784--43117	159	2.1	160	80	5	370	40	8	8	42	1.65
48682--48751	35	2.0	35	97	0	131	47	11	18	22	1.81
49168--51621	181	13.6	181	76	5	1733	40	8	9	40	1.68
49129--51421	542	4.2	538	77	6	1798	41	8	9	40	1.68
51021--51053	18	1.9	17	88	11	50	48	6	6	39	1.53
51513--51752	132	1.8	131	81	4	295	40	7	10	41	1.67
51915--51953	18	2.2	18	86	9	53	30	2	2	64	1.21
51628--53467	181	10.3	181	76	8	1562	40	8	10	40	1.69
53497--53533	18	2.0	19	89	5	58	45	5	5	43	1.49
53583--57001	181	19.0	180	77	6	2601	41	10	8	39	1.69
56141--56173	18	1.9	17	88	11	50	42	6	3	48	1.43
57156--68192	181	61.4	179	72	10	5151	41	9	8	39	1.69
57088--91167	543	63.0	537	70	12	11544	41	9	8	40	1.69
57109--93238	897	40.1	894	69	13	7950	41	9	8	40	1.69
60431--60944	167	3.0	166	79	9	425	41	8	8	40	1.68
53583--86483	362	90.7	362	70	12	13122	41	9	8	39	1.69
62913--63299	180	2.2	178	79	8	401	42	10	8	38	1.71
63923--63961	20	2.0	20	85	10	53	51	2	7	38	1.44
66788--68257	180	8.3	179	72	10	821	41	10	8	39	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67152--67854	183	3.9	180	77	5	551	41	10	8	38	1.71
69269--69309	17	2.4	16	84	8	55	41	7	4	46	1.53
69269--69304	17	2.2	17	90	5	56	38	8	2	50	1.47
68328--86479	180	100.4	179	68	13	3382	41	9	8	40	1.68
70766--90146	181	107.2	180	69	13	4966	41	9	8	40	1.68
73367--73691	166	2.0	166	83	2	420	41	9	7	42	1.65
73858--73911	27	2.0	28	85	3	74	44	7	7	40	1.60
75922--76098	91	2.0	91	86	3	250	51	6	5	36	1.51
76366--78095	355	4.8	355	75	7	1428	41	9	8	39	1.70
77856--78361	266	1.9	268	83	6	661	39	11	7	41	1.70
78257--78592	166	2.0	165	82	5	401	42	9	7	40	1.66
78093--78735	347	1.9	346	83	4	839	41	10	7	40	1.68
78117--91161	542	24.2	533	71	12	4312	41	9	8	40	1.68
83760--83792	18	1.9	17	88	11	50	42	6	3	48	1.43
83716--86446	182	15.1	179	75	8	1794	42	9	8	39	1.67
86985--87017	17	2.0	17	88	5	50	39	12	0	48	1.40
86474--91167	723	6.6	719	75	9	3373	40	10	8	40	1.69
90292--91167	181	4.9	179	76	4	701	39	11	9	40	1.73
91065--91113	17	2.8	18	72	15	57	36	10	10	42	1.73
91255--93238	181	11.2	180	73	11	809	41	10	8	40	1.69
91215--93233	356	5.7	352	73	10	1211	41	9	8	40	1.69
93872--94164	151	1.9	153	81	5	360	41	7	9	40	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94056--94744	361	1.9	362	82	5	856	38	8	9	42	1.69
96029--96192	57	2.8	57	80	8	154	39	14	7	38	1.76
96214--96278	5	12.0	5	84	12	76	76	0	3	20	0.91
96213--96278	11	6.0	11	81	11	82	77	0	3	19	0.90
96298--96346	16	3.2	15	83	16	57	69	2	0	28	1.00
96298--96356	24	2.5	24	86	8	77	71	1	0	27	0.96
96302--96356	14	3.9	14	80	20	53	72	1	0	25	0.94
96318--96362	18	2.4	18	88	3	63	77	0	2	20	0.87
97260--97306	22	2.1	23	96	4	87	59	0	4	36	1.17
97272--97323	24	2.2	23	86	3	68	67	0	1	30	1.02
97538--97665	45	3.0	43	79	10	127	39	18	14	27	1.90
97587--97670	40	2.1	40	91	4	134	33	19	17	29	1.95
98675--98771	11	9.1	10	71	17	63	7	14	0	78	0.95
98676--98770	16	6.0	16	77	8	88	7	12	0	80	0.91
98677--98772	21	4.3	21	71	19	61	8	13	0	78	0.97
98692--98749	27	2.1	28	90	9	93	10	12	0	77	0.99
98671--98769	32	3.1	32	80	11	112	8	14	0	77	0.97
108788--109008	57	3.8	58	87	3	311	40	14	5	39	1.70
108954--109050	43	2.3	43	96	1	178	41	12	4	42	1.61
108895--109109	101	2.1	101	86	2	306	40	13	5	40	1.69
108997--109109	58	1.9	60	90	3	185	38	14	6	40	1.71
108991--109126	58	2.4	56	78	9	166	41	11	5	41	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109128--109211	11	7.9	10	79	9	78	78	0	1	20	0.82
109120--109208	8	11.4	7	73	18	52	78	1	1	19	0.87
109130--109190	5	11.4	5	86	13	86	80	0	1	18	0.80
109130--109197	16	4.1	16	90	9	102	79	0	1	19	0.81
109118--109211	28	3.2	28	84	15	113	78	1	1	19	0.87
109141--109268	7	19.0	7	77	14	87	70	2	1	25	1.08
109132--109248	6	19.8	6	82	14	70	70	1	1	25	1.06
110170--110224	22	2.6	20	78	13	56	60	0	7	32	1.24
110163--110227	23	2.8	22	86	11	78	58	1	7	32	1.36
110193--110241	21	2.2	22	85	7	64	63	0	4	32	1.13

Tables:   1   2   3