genome.fa.s401.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168226.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_46, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  198541

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 247 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110893--110945	27	2.0	27	92	0	88	43	11	7	37	1.69
114091--114121	8	3.8	8	91	8	53	77	0	9	12	0.99
114091--114129	17	2.3	17	86	0	51	82	0	7	10	0.86
115596--115720	46	2.7	46	87	1	162	33	8	14	43	1.76
115614--115795	22	8.2	22	65	16	72	32	8	17	40	1.80
115903--115961	17	3.5	17	78	0	64	37	16	6	38	1.76
115895--115961	34	2.0	34	90	0	107	35	16	8	38	1.80
115899--116015	17	6.9	17	72	9	51	33	18	11	36	1.86
116052--116090	16	2.4	16	86	4	51	38	12	10	38	1.78
116567--116752	43	4.3	43	79	2	149	27	12	14	45	1.81
117595--117634	17	2.4	17	82	0	53	25	7	2	65	1.32
118484--128944	181	57.6	180	70	11	3187	40	8	9	41	1.67
118498--121045	360	7.1	361	77	6	1620	41	8	9	40	1.68
120821--121300	244	2.0	239	84	3	631	43	7	9	39	1.65
120575--121657	601	1.8	600	78	6	1251	40	7	10	41	1.68
122928--123049	64	1.9	65	84	1	165	38	4	3	53	1.39
122993--128854	181	32.5	181	74	7	3695	40	7	9	42	1.67
125607--125690	35	2.4	35	95	0	150	50	14	10	25	1.75
125443--125870	216	2.0	216	80	3	486	41	9	9	39	1.70
125709--127300	719	2.2	715	78	5	1591	41	8	9	41	1.67
125843--127918	540	3.9	529	76	8	1295	40	7	9	42	1.67
127308--128859	358	4.3	358	75	8	827	39	7	9	43	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
128952--129570	179	3.5	177	79	8	524	41	9	8	40	1.67
129259--129290	7	4.6	7	96	0	55	25	0	0	75	0.81
129578--135338	359	16.0	358	75	9	3829	39	8	10	41	1.70
129578--135338	181	32.0	178	73	10	3501	39	8	10	41	1.70
132048--132096	16	2.8	18	72	15	57	44	10	8	36	1.68
134932--134982	18	2.8	19	74	17	63	43	7	11	37	1.71
135963--135995	18	1.9	17	88	11	50	48	6	6	39	1.53
135827--142873	361	19.7	357	73	10	2299	39	8	10	42	1.69
135356--142889	181	42.1	178	71	11	2134	39	8	10	41	1.69
137800--137836	15	2.5	15	86	0	56	37	0	5	56	1.22
138150--138201	26	2.0	26	92	0	86	30	19	1	48	1.60
138181--141259	181	17.1	180	77	6	2339	39	8	9	42	1.68
139368--139418	17	2.8	19	77	17	72	43	7	9	39	1.67
135380--143852	539	15.7	536	74	10	4612	39	8	10	41	1.69
141402--141701	161	1.9	160	82	4	379	38	7	11	42	1.69
141583--142889	177	7.3	176	75	7	931	39	8	9	42	1.67
142958--143768	181	4.5	180	77	6	685	41	6	10	41	1.66
143806--143937	67	2.0	67	89	0	201	43	5	12	38	1.66
143998--144678	182	3.8	179	75	9	596	39	7	9	43	1.64
144545--144833	155	1.9	154	81	6	352	37	6	11	44	1.67
145001--145530	181	2.9	181	78	5	471	43	8	8	39	1.66
145508--145565	25	2.3	25	100	0	116	24	6	12	56	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
145595--145727	71	1.9	71	89	4	207	49	10	5	34	1.60
145874--146221	182	1.9	182	79	4	389	44	11	6	37	1.65
145665--147674	181	11.2	182	74	8	1324	41	10	8	39	1.69
146292--146600	169	1.8	167	84	4	424	40	10	6	42	1.65
145966--147531	537	2.9	530	80	6	1643	41	10	8	40	1.68
145693--147682	357	5.6	357	74	9	1371	41	10	8	40	1.69
147188--148180	507	2.0	502	81	5	1171	41	8	8	40	1.66
147700--152105	181	24.7	179	75	7	3199	41	9	8	40	1.69
148465--152107	180	20.4	175	73	10	1972	41	9	8	40	1.69
151050--151090	17	2.4	18	80	12	50	36	9	4	48	1.58
147707--152139	714	6.2	708	75	9	2825	41	9	8	40	1.69
152235--152273	12	3.3	12	89	10	55	20	2	0	76	0.90
152822--152860	17	2.2	17	86	4	51	66	0	33	0	0.92
157831--157881	22	2.3	22	96	0	93	27	13	15	43	1.85
158067--158185	17	7.4	15	72	17	87	72	0	16	10	1.12
158068--158187	15	8.3	16	65	28	65	73	0	15	10	1.10
158068--158229	41	3.8	43	79	15	160	71	0	16	11	1.17
158111--158187	26	2.7	30	77	20	94	74	0	16	9	1.07
158068--158198	56	2.3	57	82	14	150	73	0	16	10	1.10
158793--158978	79	2.4	79	87	0	273	36	8	22	33	1.84
159378--159448	33	2.2	33	86	0	97	26	15	21	36	1.93
159708--160008	44	6.8	44	83	1	361	26	14	16	42	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
159721--160008	132	2.2	132	86	2	400	27	13	16	42	1.86
159976--160260	141	2.0	141	87	4	414	32	8	20	37	1.84
162496--164038	181	8.7	179	76	8	1133	41	9	7	40	1.66
162496--164038	361	4.3	351	75	11	959	41	9	7	40	1.66
164043--165089	180	5.9	178	77	10	810	40	9	8	40	1.68
164043--165099	357	3.0	356	76	9	896	40	9	8	41	1.68
164943--164990	17	2.7	19	78	15	57	41	8	6	43	1.60
165105--167300	358	6.2	359	75	9	1584	41	9	8	40	1.69
165105--167300	180	12.3	179	74	10	1549	41	9	8	40	1.69
167237--167367	67	2.0	67	90	0	208	37	12	7	42	1.71
167449--168857	182	7.8	179	77	6	1131	42	9	8	39	1.67
167832--168857	363	2.8	360	78	6	1038	41	9	8	40	1.67
167484--168526	544	1.9	541	83	3	1346	42	9	8	39	1.67
168731--169007	151	1.8	150	80	6	326	40	10	6	42	1.65
169068--169538	182	2.6	178	79	8	444	40	11	7	40	1.69
168882--169648	181	4.3	177	75	9	516	41	11	8	39	1.70
168970--169648	182	3.8	182	75	9	443	41	10	8	39	1.70
171012--172480	181	8.2	180	75	10	1045	40	10	9	40	1.72
171043--172079	361	2.9	356	80	6	984	40	10	9	39	1.71
172490--176857	181	24.2	178	71	12	1308	41	9	8	40	1.68
172490--176880	357	12.2	353	73	11	1627	41	9	8	40	1.68
173652--173719	34	2.0	34	97	0	127	39	14	1	44	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
173665--173724	17	3.5	17	72	17	61	41	13	0	45	1.43
173476--173896	215	2.0	215	84	0	547	39	9	8	41	1.70
173812--174651	165	4.8	165	73	12	449	39	10	9	40	1.71
173994--176880	357	8.1	356	75	10	1739	41	9	8	40	1.69
176719--176756	18	2.2	18	86	13	53	44	7	2	44	1.47
177017--177050	18	2.0	17	88	11	52	38	5	8	47	1.59
177383--178007	182	3.5	179	76	7	552	39	11	9	39	1.74
177852--178152	164	1.8	164	83	7	396	40	10	9	39	1.73
178522--179904	181	7.7	180	75	9	683	41	9	7	40	1.67
178522--179904	363	3.9	358	77	6	1155	41	9	7	40	1.67
179414--179732	169	1.9	169	81	6	396	40	9	6	43	1.64
178589--180070	711	2.1	717	79	6	1590	41	9	7	40	1.67
179647--180619	504	1.9	503	80	4	1131	41	9	8	39	1.69
180104--184813	181	26.4	180	74	9	2893	41	9	8	40	1.68
180104--184813	358	13.2	362	74	8	2552	41	9	8	40	1.68
180104--183269	180	17.6	179	73	9	787	41	9	8	40	1.68
180104--184819	718	6.6	711	73	10	2662	41	9	8	40	1.68
180530--184747	180	23.6	176	72	11	1323	41	9	8	40	1.68
184109--184785	175	3.8	176	75	12	512	40	9	9	40	1.70
184823--185158	179	1.9	180	81	3	408	40	9	8	40	1.69
185343--185561	120	1.8	120	89	2	341	33	12	8	45	1.72
184579--186700	628	3.4	628	93	0	3491	39	10	8	41	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
185970--186188	120	1.8	120	82	0	285	32	13	7	46	1.71
186446--187099	179	3.6	178	82	5	685	41	9	7	41	1.65
186452--187099	181	3.6	180	80	6	683	41	9	7	41	1.65
186992--187473	248	1.9	248	80	7	550	37	10	9	42	1.72
187229--189752	180	14.1	181	72	7	1453	40	9	8	40	1.69
189532--189564	18	1.9	17	88	11	50	39	9	3	48	1.50
190564--191568	180	5.6	179	78	5	914	40	10	8	40	1.70
190523--191568	181	5.8	180	77	5	948	40	10	8	40	1.70
191564--191628	27	2.4	27	84	0	85	33	16	3	46	1.63
191865--191927	24	2.5	24	82	7	63	58	1	4	34	1.29

Tables:   1   2   3