genome.fa.s412.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168237.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_47, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  187289

Tables:   1   2   

This is table  2  of  2  ( 232 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55888--60620	538	8.8	538	74	8	3185	41	10	7	39	1.68
59332--59456	64	2.0	64	84	7	166	53	5	7	33	1.52
59511--59550	20	1.9	22	85	10	57	25	15	15	45	1.84
59431--60613	359	3.3	355	76	8	953	41	11	7	39	1.70
60277--60321	17	2.7	17	86	10	58	55	4	2	37	1.32
60619--62288	180	9.3	179	77	5	1523	40	9	8	41	1.69
60619--62288	359	4.7	355	79	5	1575	40	9	8	41	1.69
62373--62914	181	3.0	177	81	6	567	41	9	7	41	1.65
63117--63810	360	1.9	362	79	5	787	42	10	9	38	1.71
63021--66137	181	17.2	180	71	12	1582	42	10	8	38	1.70
63960--64007	17	2.7	18	75	12	55	37	8	8	45	1.64
63507--64282	410	1.9	409	81	5	949	42	10	8	39	1.69
64407--65902	537	2.8	531	81	5	1568	43	10	8	37	1.70
65431--65472	21	2.0	21	86	13	61	38	9	9	42	1.70
65284--66102	357	2.3	356	81	3	928	44	10	6	38	1.66
65127--66046	180	5.1	175	77	8	470	43	10	7	38	1.66
66801--68010	182	6.7	179	77	7	941	42	9	9	39	1.69
66825--67881	352	2.9	362	79	6	877	41	9	8	39	1.70
67133--68043	362	2.5	363	78	4	865	41	9	9	39	1.70
68060--68099	20	2.0	20	95	0	71	47	15	0	37	1.45
68311--68619	159	1.9	158	79	10	342	44	9	6	39	1.63
68474--69275	181	4.4	178	75	8	613	42	9	7	40	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69277--73997	181	26.3	181	76	6	3545	40	10	8	40	1.70
69277--73995	719	6.6	710	74	8	2857	40	10	8	40	1.70
74016--76147	181	11.8	180	75	8	1595	42	9	8	39	1.68
73530--74432	473	1.9	467	79	6	1011	40	9	8	40	1.70
75987--76019	18	1.9	17	88	11	50	39	6	6	48	1.53
75839--76408	297	1.9	300	83	7	741	41	8	7	42	1.64
76152--81681	181	30.7	180	76	7	4143	41	9	8	39	1.70
76495--82259	181	32.1	178	75	8	3389	41	9	8	40	1.70
76152--82259	540	11.3	540	75	9	3888	41	9	8	39	1.69
76198--82259	721	8.4	712	75	9	3665	41	9	8	39	1.69
81547--81842	163	1.8	162	84	6	411	44	9	9	36	1.68
89785--91592	181	10.2	178	74	11	835	40	9	8	41	1.68
98254--98297	21	2.1	21	86	0	61	25	25	20	29	1.99
98471--100309	180	10.2	178	73	9	696	40	7	8	42	1.65
98471--100380	361	5.3	353	74	9	1142	41	8	8	41	1.66
100689--100713	6	4.2	6	100	0	50	36	48	16	0	1.46
100856--108249	181	41.4	178	72	11	3836	39	8	10	41	1.70
101875--102203	176	1.9	177	79	1	383	39	10	10	40	1.73
102104--102745	172	3.6	179	75	7	416	40	8	9	41	1.68
101177--107249	181	33.8	180	75	6	3859	39	8	10	41	1.69
100836--107250	539	11.9	537	75	8	4127	39	8	10	41	1.69
108349--140721	181	179.5	178	69	13	8793	41	10	8	40	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109079--110693	715	2.2	712	81	5	1806	40	11	8	39	1.71
108270--110658	542	4.5	535	76	6	1632	40	10	8	40	1.71
110752--111021	145	1.9	146	85	0	380	40	10	9	39	1.72
113720--140721	538	49.8	540	70	12	6467	41	10	8	40	1.69
116786--117096	170	1.8	168	85	5	439	44	8	5	42	1.57
117246--117275	12	2.4	13	88	11	53	50	0	13	36	1.42
120126--140715	361	57.0	362	69	12	5715	41	10	8	40	1.69
120334--128099	360	21.7	359	70	11	2032	42	9	8	39	1.68
121474--128343	180	38.3	180	74	8	4228	42	10	8	39	1.68
128437--129197	180	4.2	179	79	6	714	40	8	8	42	1.67
129192--130582	180	7.7	179	76	7	978	42	9	7	39	1.68
129223--131376	180	12.1	178	72	11	669	42	9	7	40	1.67
130454--130747	158	1.9	158	84	4	405	42	9	7	41	1.64
133757--133812	16	3.4	16	73	26	62	37	10	3	48	1.56
133751--133817	34	2.0	34	96	0	125	40	11	2	44	1.56
133575--133998	215	2.0	215	84	2	566	39	8	9	41	1.68
134137--134186	18	2.9	17	76	11	57	38	4	12	46	1.60
133790--142444	358	24.1	354	70	12	2930	41	10	8	39	1.69
135744--135820	34	2.2	34	90	2	118	40	12	3	42	1.62
135589--136001	215	1.9	214	83	4	537	39	8	8	42	1.67
133790--140706	720	9.6	719	74	8	4060	41	10	8	39	1.70
135792--140706	539	9.1	536	76	8	3471	41	10	8	39	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
137629--137670	19	2.1	21	86	8	61	42	4	9	42	1.58
138292--138324	18	1.9	17	88	11	50	42	6	3	48	1.43
140690--140745	25	2.3	25	90	3	87	26	7	12	53	1.64
140833--142060	181	6.9	178	73	11	769	42	9	8	39	1.68
141013--141336	170	1.9	170	83	5	422	43	8	8	38	1.67
141574--141879	162	1.9	162	85	6	433	43	10	7	38	1.67
140857--142028	525	2.2	528	80	4	1265	43	9	8	38	1.67
141402--142069	343	1.9	344	81	2	806	42	10	8	38	1.70
142526--142965	178	2.5	179	78	4	447	39	9	8	42	1.68
145231--145272	19	2.1	20	86	8	59	50	0	16	33	1.46
150529--151805	181	7.1	181	78	7	1087	40	9	9	40	1.70
150521--151805	361	3.6	357	81	5	1290	40	9	9	40	1.70
151817--159851	181	45.0	180	74	7	4663	41	9	8	40	1.68
153492--153524	17	2.0	17	88	5	50	39	12	0	48	1.40
151998--165065	905	14.7	893	72	10	5926	41	9	8	40	1.68
159211--159783	174	3.3	170	74	12	367	41	8	7	42	1.64
160506--165065	181	25.7	176	74	9	2383	41	9	8	40	1.68
160506--165067	359	12.8	356	74	9	3002	41	9	8	40	1.68
161506--165067	181	20.0	180	75	7	2474	41	9	8	40	1.68
163205--163237	18	1.9	17	88	11	50	36	6	9	48	1.60
163216--163531	169	1.9	168	81	7	381	42	9	6	42	1.62
166424--166756	174	1.9	175	84	5	451	41	9	9	39	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
166669--166978	166	1.9	166	80	4	365	40	9	9	41	1.69
166830--169661	181	15.7	182	76	8	2068	41	9	8	40	1.67
166428--173671	539	13.5	532	74	9	4537	41	9	8	40	1.68
169500--169529	15	2.0	15	93	0	51	63	0	0	36	0.95
169513--169819	158	1.9	158	82	2	375	41	8	7	42	1.63
169671--172571	181	16.2	179	74	9	1928	41	10	8	39	1.69
169727--171847	721	2.9	721	75	9	1583	42	10	8	39	1.69
169760--172571	358	7.8	351	74	9	1521	42	10	8	39	1.69
166428--172539	359	17.1	354	74	9	3751	41	9	8	40	1.68
166428--173673	901	8.1	893	74	10	3099	41	9	8	40	1.68
172573--173671	180	6.1	180	77	7	910	41	10	8	40	1.68
174067--174611	299	1.8	299	80	3	666	41	9	12	36	1.75
174654--175054	176	2.3	178	79	8	424	42	6	7	42	1.61
175842--176163	164	2.0	159	81	5	378	36	5	10	47	1.63
176001--187281	181	62.4	180	71	10	4683	40	8	10	41	1.70
176002--187281	543	20.8	541	73	10	5670	40	8	10	41	1.70
176003--187281	362	31.2	362	71	10	5285	40	8	10	41	1.70
177139--178753	723	2.2	725	79	5	1617	40	8	10	40	1.70
179486--179804	170	1.9	170	79	6	360	40	6	9	42	1.64
182010--187248	540	9.8	536	73	10	2245	40	8	10	40	1.70
185258--185420	82	2.0	80	93	2	281	46	7	13	32	1.71
185399--186148	178	4.2	178	77	8	607	42	9	9	38	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
186237--187091	358	2.4	357	80	3	876	39	7	10	41	1.68
186237--187259	358	2.8	356	78	7	804	39	8	10	41	1.70

Tables:   1   2

The End!