genome.fa.s446.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168271.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_50, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  165179

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4272--6020	181	9.9	181	73	9	1049	39	8	10	41	1.70
5336--5398	24	2.6	24	78	12	67	36	1	1	60	1.16
5362--5408	24	2.0	23	84	12	60	38	2	2	57	1.23
5466--6039	180	3.2	178	77	4	580	40	7	10	41	1.69
5051--5987	517	1.8	521	83	3	1246	40	8	10	41	1.68
6717--10234	181	19.4	178	70	12	826	40	7	9	41	1.68
6624--7414	361	2.2	361	82	6	969	40	7	9	42	1.64
7402--7529	67	1.9	67	88	0	193	43	9	10	36	1.71
7469--10234	181	15.6	180	75	8	1839	40	8	10	41	1.68
7543--10119	542	4.9	535	76	9	1728	40	8	9	41	1.68
9188--9507	161	2.0	161	90	0	505	42	6	10	40	1.66
9368--9399	15	2.1	15	94	0	55	28	0	0	71	0.86
8739--10038	700	1.9	692	80	5	1528	41	8	10	39	1.68
9814--10227	176	2.3	179	79	9	429	42	6	10	40	1.65
10638--10668	16	1.9	16	93	0	53	41	3	0	54	1.16
10260--10764	180	2.8	178	78	5	507	41	10	6	40	1.66
11155--11227	36	2.1	36	94	2	130	50	5	4	39	1.44
11190--12521	181	7.5	179	74	9	909	40	9	9	41	1.69
11203--12527	361	3.7	357	76	7	919	40	9	9	41	1.70
12634--12689	3	18.0	3	81	7	67	32	3	3	60	1.31
13483--13585	3	34.0	3	85	9	138	31	3	0	64	1.18
13853--13885	17	1.9	18	88	11	52	15	9	0	75	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13853--13885	16	2.0	17	88	5	50	15	9	0	75	1.03
24419--24516	43	2.3	42	79	8	110	29	14	19	36	1.91
24702--24749	21	2.4	19	86	13	69	89	4	0	6	0.58
24702--24748	25	1.9	24	91	4	76	89	4	0	6	0.59
24701--24756	9	5.6	10	79	10	53	85	7	1	5	0.79
24701--24756	25	2.2	25	81	15	71	85	7	1	5	0.79
24702--24749	1	48.0	1	78	0	51	89	4	0	6	0.58
24933--24969	3	12.3	3	100	0	74	35	0	0	64	0.94
24977--25042	22	3.0	20	72	14	60	25	9	3	62	1.40
25787--25869	3	27.0	3	86	9	114	30	3	1	65	1.17
26610--32967	181	35.4	181	72	10	3670	41	10	8	39	1.70
27059--27675	178	3.5	175	78	7	607	41	9	8	40	1.68
26610--32967	718	8.8	712	75	10	4104	41	10	8	39	1.70
30197--30237	18	2.4	18	88	8	59	41	4	9	43	1.59
27683--32962	538	9.8	531	76	8	3487	41	10	8	39	1.70
32977--33700	181	4.0	181	80	3	785	41	7	8	42	1.64
32977--33691	362	2.0	363	83	3	902	41	7	8	42	1.64
34162--35028	180	4.8	174	75	8	616	42	11	8	38	1.70
35045--35758	180	4.0	177	80	5	783	40	7	8	43	1.64
35040--35758	362	2.0	360	82	6	873	40	7	9	43	1.64
35660--35893	119	2.0	119	85	3	319	44	8	11	35	1.72
35780--37275	181	8.3	180	74	9	752	40	8	9	41	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35961--36279	172	1.9	172	84	5	430	42	12	10	35	1.76
35803--36460	353	1.9	353	80	5	785	41	10	9	38	1.72
36143--37251	182	6.1	179	74	9	749	40	6	9	43	1.63
37205--37342	67	2.1	67	87	0	195	42	7	10	39	1.68
36884--37677	425	1.9	425	79	6	901	39	7	9	42	1.66
37272--42211	181	27.4	179	73	10	2993	40	8	9	41	1.68
37309--40198	180	16.1	178	76	8	2055	40	8	9	40	1.69
37272--42211	714	6.8	716	75	9	3536	40	8	9	41	1.68
40174--40223	25	2.0	25	96	0	91	40	14	12	34	1.82
40176--40231	25	2.2	25	90	0	85	48	14	8	28	1.74
40001--40400	206	1.9	205	84	5	522	40	9	9	40	1.70
37484--42211	539	8.7	537	75	10	1736	40	8	9	40	1.68
42453--42860	181	2.3	181	80	4	430	38	11	9	40	1.75
42590--43163	304	1.9	301	80	3	659	38	10	8	42	1.70
42862--45977	181	17.2	181	75	7	2307	41	9	8	40	1.68
44198--44245	19	2.5	19	93	0	78	35	10	6	47	1.63
46027--46069	11	3.9	11	79	11	52	4	16	0	79	0.90
46022--46068	16	2.9	16	81	15	60	6	14	0	78	0.93
46198--46240	22	2.0	22	95	0	77	34	16	20	27	1.94
58673--59193	49	10.8	48	85	6	648	26	12	22	38	1.90
58673--59193	96	5.4	96	85	4	669	26	12	22	38	1.90
58673--59263	193	3.1	188	84	7	718	26	13	21	38	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58768--59302	44	11.4	44	80	10	271	27	13	20	38	1.90
59466--59507	6	7.0	6	84	15	52	0	16	0	83	0.65
59468--59504	17	2.2	17	90	0	56	0	16	0	83	0.64
60568--60606	19	2.0	19	90	5	60	69	0	2	28	1.02
61624--64108	181	13.8	181	72	11	991	40	9	9	40	1.69
62395--62697	147	2.1	146	84	0	399	41	9	9	38	1.71
62542--64104	361	4.3	358	77	7	1184	40	9	8	40	1.69
63992--64252	142	1.8	143	86	6	377	44	9	6	39	1.63
64126--69506	181	30.2	180	71	11	1007	41	9	8	40	1.68
64134--69517	361	15.1	360	74	9	3581	41	9	8	40	1.68
65321--65346	13	2.0	13	100	0	52	38	0	15	46	1.46
66140--69517	181	19.0	179	74	10	1888	42	9	7	40	1.66
64148--69516	719	7.5	718	73	11	2264	42	9	8	40	1.68
69967--70019	24	2.3	22	72	15	52	39	1	1	56	1.21
69759--70466	181	3.9	179	78	5	615	39	7	11	41	1.69
70509--72235	180	9.6	177	74	9	1001	38	8	10	42	1.70
71707--71747	19	2.1	19	86	13	57	39	7	14	39	1.74
70509--72235	359	4.8	355	75	8	1186	38	8	10	42	1.70
74852--74886	16	2.2	16	89	0	52	40	11	14	34	1.82
76614--76643	10	2.8	11	90	10	53	53	0	0	46	1.00
80078--83669	181	20.2	180	74	9	2261	40	8	9	41	1.68
81494--87258	181	31.8	181	70	12	2023	40	8	9	41	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82243--82275	18	1.9	17	88	11	50	48	6	6	39	1.53
80069--87302	361	20.1	360	71	12	2937	40	8	9	41	1.68
83127--83174	18	2.7	18	84	12	64	45	0	8	45	1.33
83599--83736	67	2.1	67	90	0	213	41	6	13	38	1.71
83733--86106	542	4.4	535	75	10	1388	39	8	9	42	1.68
85003--85333	165	2.0	168	82	2	409	38	7	10	42	1.68
85169--87302	180	12.0	177	72	11	990	40	7	9	42	1.66
87350--90115	180	15.6	177	74	9	1728	40	8	9	41	1.69
88055--88096	20	2.2	20	86	4	59	38	7	2	52	1.42
92389--92439	22	2.3	23	77	16	63	9	21	15	52	1.71
96161--96362	100	2.0	100	94	0	350	39	6	8	45	1.61
96261--100539	181	23.7	181	76	7	3215	40	8	9	41	1.68
100731--101473	180	4.1	176	76	6	560	43	9	8	39	1.67
101355--101618	147	1.8	146	83	2	350	42	9	7	40	1.66
101771--103323	181	8.6	181	75	9	1212	42	9	8	39	1.69
102129--103323	368	3.3	358	77	10	949	42	9	8	39	1.68
103216--103424	101	2.0	105	86	6	293	48	8	9	33	1.65
103037--103603	280	2.0	284	81	4	655	44	9	8	37	1.68
102491--104077	820	1.9	825	80	6	1856	42	9	8	39	1.69
104094--115237	181	62.2	181	75	8	7325	41	10	8	39	1.68
103388--115237	538	22.0	529	74	10	3178	41	9	8	39	1.68
106077--106109	18	1.9	17	88	11	50	42	6	3	48	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103322--115211	361	33.2	361	75	7	8152	41	9	8	39	1.68
108410--108442	18	1.9	17	88	11	50	42	6	3	48	1.43
109828--110136	169	1.8	168	86	3	442	42	8	7	42	1.62
110461--110502	19	2.3	18	87	4	57	71	2	0	26	0.98
110459--110523	26	2.6	25	81	13	64	69	3	1	26	1.12
115241--115787	181	3.1	176	74	11	461	40	10	10	39	1.72
115775--115801	12	2.2	12	100	0	54	62	14	11	11	1.53
116121--116169	17	2.8	18	78	12	57	42	4	8	44	1.53
116041--116467	181	2.4	181	82	8	512	39	6	10	43	1.66
116486--117314	180	4.7	177	77	9	697	40	7	9	42	1.67

Tables:   1   2