genome.fa.s601.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168426.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_64, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  138588

Tables:   1   2   

This is table  1  of  2  ( 201 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
588--625	15	2.5	15	84	12	51	50	0	0	50	1.00
695--726	15	2.1	15	100	0	64	53	6	0	40	1.26
953--1293	181	1.9	181	85	4	483	42	10	7	39	1.67
1184--1466	145	1.9	146	82	4	358	41	8	8	41	1.66
2450--2474	13	1.9	13	100	0	50	40	8	0	52	1.31
2648--2694	13	3.5	13	77	11	51	57	2	0	40	1.11
3489--3605	18	7.5	15	71	22	59	45	0	2	51	1.21
3544--3576	13	2.5	13	85	14	50	42	0	6	51	1.26
3544--3603	25	2.4	25	83	8	68	43	0	3	53	1.17
3571--3605	18	1.9	18	94	0	61	45	0	0	54	0.99
3658--3709	13	4.2	12	77	18	54	53	3	1	40	1.30
3739--4128	182	2.1	183	80	3	430	38	7	8	45	1.64
4229--4608	182	2.1	181	81	3	440	38	7	11	43	1.68
31803--39154	479	15.6	478	82	6	7974	31	13	16	38	1.87
34040--36276	478	4.7	479	86	2	2959	31	13	16	38	1.87
38743--39574	420	2.0	420	85	3	1129	30	13	18	37	1.89
34558--42372	899	8.4	891	78	10	5986	30	13	17	38	1.88
36395--42372	479	12.9	450	78	9	5125	30	13	17	38	1.88
40625--42423	446	3.9	449	78	8	1716	31	13	17	38	1.87
42087--42117	14	2.2	14	100	0	62	19	16	29	35	1.93
42628--45148	479	5.4	475	80	7	2422	31	13	16	38	1.88
45334--45361	13	2.2	13	100	0	56	28	21	14	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45346--46257	470	1.9	470	95	0	1648	32	14	17	36	1.89
46235--46288	19	2.8	19	97	2	99	42	3	16	37	1.66
45919--46652	387	1.9	377	81	5	882	30	13	17	38	1.88
47489--54787	925	7.9	923	75	12	5349	31	13	16	38	1.88
48412--49720	477	2.8	469	84	5	1592	30	13	16	39	1.87
49975--50103	43	3.0	43	100	0	258	41	4	13	39	1.66
49975--50133	86	1.8	85	83	10	207	41	8	11	38	1.72
54384--55198	413	2.0	409	86	2	1150	29	14	18	37	1.90
54796--58196	479	7.2	478	85	4	4444	30	14	17	38	1.89
54796--58196	940	3.6	940	85	4	4314	30	14	17	38	1.89
58203--58259	22	2.6	21	78	15	53	40	7	0	52	1.28
59086--59133	16	2.9	16	75	12	53	50	2	2	45	1.25
59424--59462	19	2.1	18	85	4	51	41	2	0	56	1.13
60319--60354	19	1.9	18	88	5	54	50	2	0	47	1.15
60460--60510	18	2.9	17	74	25	52	45	3	0	50	1.20
60542--60599	10	5.0	12	75	19	52	48	1	1	48	1.22
60599--60669	19	3.8	17	75	15	61	49	0	4	46	1.21
60711--60753	15	2.9	15	80	16	54	55	0	0	44	0.99
61098--61140	15	2.8	16	82	7	52	46	0	0	53	1.00
61852--61983	70	1.9	68	92	3	219	56	8	12	23	1.63
62518--62606	25	3.6	25	92	0	151	44	13	12	29	1.80
62517--62603	12	6.9	14	67	20	57	45	13	12	27	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62568--62696	22	5.8	22	79	3	107	37	10	15	36	1.81
62563--62696	44	3.0	44	82	4	144	36	11	14	37	1.82
64262--64387	54	2.4	53	86	5	184	46	10	14	29	1.77
64697--64721	9	2.8	9	100	0	50	44	8	0	48	1.32
64772--64816	20	2.4	18	79	13	54	42	0	2	55	1.12
64772--64817	19	2.4	19	82	10	58	41	0	2	56	1.11
65071--65125	18	3.2	17	76	14	51	50	0	1	47	1.11
65420--65554	66	2.0	71	80	14	158	51	0	2	44	1.21
65447--65526	33	2.4	32	78	14	83	55	0	2	42	1.13
65467--65560	20	5.2	19	72	20	62	53	0	3	43	1.17
65520--65563	17	2.4	17	85	14	52	54	0	2	43	1.12
65601--65634	15	2.2	16	89	5	52	50	0	0	50	1.00
65652--65723	15	5.0	15	70	13	53	44	4	0	51	1.20
67069--67106	15	2.6	15	95	4	69	71	0	5	23	1.07
67015--67082	25	2.8	26	76	12	65	47	1	2	48	1.26
67525--67569	20	2.3	19	76	3	54	13	55	28	2	1.50
67600--67691	32	2.9	32	90	0	148	35	41	20	2	1.65
67650--67692	13	3.1	15	87	12	65	37	41	20	0	1.53
68102--68145	18	2.4	18	84	3	52	63	2	2	31	1.19
67939--68490	212	2.7	205	89	5	817	43	8	15	32	1.77
68519--68548	9	3.2	9	95	4	51	60	0	0	40	0.97
68612--68983	193	1.9	192	96	1	683	36	12	15	36	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70081--70110	16	1.9	16	93	6	53	73	3	0	23	0.98
78283--79267	49	20.1	49	86	8	1237	26	12	25	35	1.92
78283--79253	96	9.9	96	87	7	1225	26	12	25	35	1.92
79054--79304	114	2.2	112	93	4	427	29	10	24	35	1.89
79317--79341	13	1.9	13	100	0	50	88	0	0	12	0.53
79483--79537	24	2.3	24	85	11	78	80	12	3	3	0.98
80266--80310	20	2.3	19	76	3	54	13	55	28	2	1.50
80341--80432	32	2.9	32	90	0	148	35	41	20	2	1.65
80391--80433	13	3.1	15	87	12	65	37	41	20	0	1.53
80673--81229	204	2.7	208	87	5	774	42	8	15	33	1.77
81363--81735	194	1.9	193	95	2	669	35	12	15	36	1.85
82434--82801	176	2.1	169	79	9	370	42	8	8	39	1.67
83388--83502	11	10.5	11	67	25	50	47	2	1	47	1.26
83490--83531	13	3.2	13	83	10	50	47	0	0	52	1.00
83471--83531	17	3.5	17	72	19	54	45	1	0	52	1.10
83809--83870	32	2.0	30	81	12	72	48	3	1	46	1.28
83837--83877	20	2.0	21	86	13	59	51	0	0	48	1.00
84058--84091	11	3.1	11	86	0	50	52	0	0	47	1.00
84248--84299	24	2.3	24	83	9	65	50	5	1	42	1.37
84691--84736	21	2.2	20	88	3	65	50	2	0	47	1.13
84970--85039	10	6.9	10	70	15	54	47	0	1	51	1.09
85386--85423	19	2.0	20	84	5	51	42	0	5	52	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85600--85659	23	2.6	23	76	7	68	48	0	0	51	1.00
85685--86681	180	5.6	178	75	9	739	42	9	8	39	1.68
85826--86663	361	2.3	360	78	6	870	41	9	8	40	1.67
86795--86841	21	2.2	22	88	3	69	38	4	2	55	1.31
86842--86884	10	4.4	10	88	2	61	55	0	2	41	1.12
87983--88054	37	2.0	36	83	8	92	55	0	1	43	1.08
88135--88225	23	4.3	22	93	6	138	49	4	4	41	1.42
88120--88225	45	2.6	39	83	15	128	49	4	4	41	1.45
88276--88347	26	2.8	26	78	17	71	47	2	4	45	1.36
89075--89105	9	3.4	9	95	0	53	58	0	0	41	0.98
89199--89234	19	1.9	19	88	5	56	38	11	8	41	1.71
89288--89341	23	2.4	22	76	11	56	50	0	1	48	1.11
89437--89530	19	4.9	19	68	29	67	45	1	0	53	1.07
89706--89768	29	2.0	33	85	11	89	49	6	3	41	1.44
90659--90708	25	2.0	24	84	3	64	40	2	0	58	1.10
91188--91237	17	2.9	18	75	24	54	54	0	4	42	1.19
91353--91398	14	3.2	14	78	6	56	45	2	2	50	1.26
91656--91723	33	2.1	31	81	10	75	48	1	5	44	1.36
93344--93431	23	3.8	23	74	5	70	48	1	1	48	1.16
94564--94700	8	16.8	8	69	21	63	49	1	4	44	1.31
94781--94816	19	1.9	19	88	5	56	38	11	8	41	1.71
94870--94923	23	2.4	22	76	11	56	50	0	1	48	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95031--95129	8	12.9	8	68	19	59	44	1	0	54	1.06
95014--95108	17	4.8	20	73	25	60	46	1	0	52	1.07
95026--95091	21	3.0	21	78	18	80	43	0	0	56	0.99
95020--95106	39	2.4	39	78	19	98	44	1	0	54	1.07
95051--95118	27	2.4	29	82	4	86	47	1	0	51	1.09
95411--95440	15	1.9	16	93	6	53	56	6	3	33	1.42
96215--96268	25	2.2	26	80	16	69	40	1	0	57	1.09
96227--96276	25	2.0	25	88	3	75	42	2	0	56	1.11
99001--99045	14	3.1	14	81	6	54	35	2	20	42	1.64
101506--101545	9	4.3	9	83	3	53	35	0	2	62	1.09

Tables:   1   2