genome.fa.s634.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168459.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_67, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  134467

Tables:   1   2   3   4   

This is table  1  of  4  ( 436 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
228--1140	179	5.1	179	77	8	808	40	8	8	41	1.67
594--649	18	3.2	18	75	12	62	48	7	8	35	1.62
1387--1420	13	2.6	13	90	9	52	5	14	0	79	0.91
2597--2726	65	2.0	66	90	6	210	43	6	15	35	1.72
3419--4322	181	5.0	180	76	10	791	42	9	8	39	1.68
4559--4607	18	2.8	18	72	25	50	57	2	2	38	1.22
4533--4609	27	2.7	28	72	11	68	55	2	1	40	1.22
4544--4610	26	2.6	27	72	13	68	58	2	1	37	1.23
4819--4858	20	2.0	20	85	9	55	32	0	2	65	1.06
5090--5130	16	2.4	18	84	12	59	36	0	2	60	1.10
5746--5778	18	1.9	17	88	11	50	48	6	6	39	1.53
5881--5925	19	2.4	19	84	0	63	46	6	11	35	1.66
5932--5964	17	2.0	17	88	5	50	48	0	12	39	1.40
5928--5977	18	2.8	18	74	22	52	42	6	12	40	1.67
6583--6613	16	1.9	16	93	0	53	32	0	6	61	1.21
5900--8279	181	13.2	180	74	7	1604	40	7	9	41	1.67
5900--8279	361	6.6	359	74	8	1614	40	7	9	41	1.67
8296--8342	18	2.6	19	87	12	73	42	10	2	44	1.51
8667--8699	18	1.9	17	88	11	50	39	12	6	42	1.67
8301--8939	181	3.5	180	80	6	677	37	10	9	42	1.72
8672--9217	300	1.8	299	80	3	668	37	10	8	43	1.70
8966--10341	181	7.7	180	76	7	974	41	10	7	40	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8305--9601	661	2.0	662	82	3	1594	38	10	8	41	1.70
9165--10196	520	2.0	522	81	6	1216	41	10	7	39	1.68
10309--10382	36	2.1	36	94	0	130	50	6	4	39	1.48
10587--10622	18	1.9	19	88	5	56	44	8	5	41	1.58
10345--11203	181	4.8	176	75	7	513	40	9	8	42	1.66
10419--11212	358	2.2	352	78	6	805	39	9	8	42	1.67
11977--12012	10	3.5	11	88	11	58	47	0	0	52	1.00
12057--12124	16	4.1	16	71	17	57	45	1	1	51	1.19
12127--12168	22	2.0	20	82	17	50	54	2	2	40	1.26
12226--12305	23	3.4	23	72	10	72	57	2	2	37	1.26
12294--12323	14	2.1	14	93	0	51	46	0	0	53	1.00
12777--12815	19	2.1	19	85	9	53	46	2	2	48	1.29
13292--13349	18	3.3	18	74	13	59	44	8	10	36	1.69
13688--13731	21	2.0	22	83	16	56	54	2	2	40	1.25
13990--14041	26	1.9	28	85	14	74	46	1	1	50	1.23
14082--14132	17	2.6	20	73	23	54	52	1	0	45	1.12
14110--14174	24	2.6	25	79	16	64	47	1	1	49	1.20
14173--14213	21	2.0	21	85	9	57	58	0	0	41	0.98
14570--14640	25	2.7	27	80	12	85	52	1	0	46	1.09
14557--14615	16	3.2	20	68	24	58	50	0	0	49	1.00
15031--15503	181	2.6	181	78	6	467	41	7	9	40	1.67
15695--15726	17	1.9	17	93	6	57	53	0	6	40	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15799--15823	13	1.9	13	100	0	50	52	0	0	48	1.00
15938--15986	13	3.6	14	77	17	50	48	0	2	48	1.12
15947--16002	24	2.4	24	82	5	62	48	0	3	48	1.19
16533--16581	21	2.4	21	89	3	73	53	4	0	42	1.20
16722--16778	26	2.2	25	82	11	71	47	0	0	52	1.00
16754--16804	20	2.5	20	87	12	70	47	0	1	50	1.12
16747--16844	22	4.7	21	73	16	57	43	1	5	50	1.31
16934--16959	11	2.4	11	100	0	52	34	0	7	57	1.27
17025--17076	17	3.1	16	79	15	52	48	1	0	50	1.12
17044--17122	33	2.5	31	76	11	88	45	1	1	51	1.17
18240--18269	14	2.1	14	93	0	51	50	3	0	46	1.18
18479--18519	13	3.2	13	89	6	57	41	2	0	56	1.13
18483--18519	19	1.9	19	94	0	65	43	2	0	54	1.14
19391--19441	22	2.3	22	76	6	59	50	0	0	49	1.00
19493--19553	25	2.5	24	82	15	63	47	1	0	50	1.10
19618--19676	23	2.5	24	83	13	77	47	0	1	50	1.11
19757--19815	28	2.2	28	85	8	79	49	0	0	50	1.00
19856--19915	27	2.4	25	81	13	70	55	0	0	45	0.99
19861--19920	26	2.3	26	78	18	70	53	0	0	46	1.00
19843--19936	43	2.2	44	79	11	104	46	1	0	52	1.07
19974--20021	13	3.4	14	80	16	55	52	0	0	47	1.00
21059--21105	14	3.6	13	73	21	53	40	0	2	57	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21078--21115	17	2.2	17	86	9	51	42	0	2	55	1.14
21736--21780	18	2.5	18	81	0	54	40	6	0	53	1.27
22106--22160	23	2.3	24	87	12	78	45	3	1	49	1.30
22344--22409	10	6.2	10	72	18	53	45	3	0	51	1.16
22378--22404	14	1.9	14	100	0	54	37	7	0	55	1.28
22503--22540	3	12.7	3	100	0	76	65	0	0	34	0.93
23651--23697	19	2.3	20	79	17	53	42	4	0	53	1.20
23883--23940	28	2.1	27	87	9	82	51	0	1	46	1.11
23832--23967	16	8.4	17	67	21	62	52	2	1	43	1.25
24082--24124	22	2.0	22	85	0	59	55	0	2	41	1.12
24535--24621	35	2.6	33	84	10	108	50	2	0	47	1.13
25258--25312	26	2.1	26	86	6	76	45	3	3	47	1.38
25260--25322	25	2.6	22	77	18	63	44	3	3	49	1.34
25669--25737	21	3.2	22	77	8	70	47	0	2	49	1.16
25663--25742	43	1.9	44	82	10	105	45	1	2	51	1.22
25816--26136	175	1.8	176	81	6	400	43	8	7	40	1.64
26706--27023	176	1.8	176	83	2	424	44	7	7	40	1.62
26704--27441	181	4.1	180	78	5	611	40	8	9	41	1.67
27798--29381	180	8.9	181	74	10	1179	42	9	8	40	1.67
27893--29381	528	2.8	529	77	11	1301	41	9	8	41	1.67
29976--30062	8	10.2	8	68	16	50	45	4	1	48	1.30
29958--30017	18	3.2	20	71	22	58	46	3	0	50	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30391--30430	19	2.0	20	86	13	57	55	0	0	45	0.99
30355--30426	21	3.3	21	73	13	65	54	1	1	43	1.17
30351--30475	45	2.7	46	77	14	114	52	4	0	43	1.26
31169--31203	16	2.1	17	89	5	54	57	2	0	40	1.14
31347--31388	21	2.0	21	86	13	59	47	7	4	40	1.52
31659--31793	58	2.3	58	79	13	150	48	0	0	49	1.11
31659--31792	59	2.3	59	80	12	143	49	0	0	49	1.11
31675--31800	31	4.1	29	75	18	87	49	0	1	48	1.16
32412--32502	23	4.0	23	77	15	91	46	0	2	51	1.13
32428--32478	16	3.1	16	75	24	52	41	0	1	56	1.10
32377--32479	19	5.5	19	71	24	76	45	0	0	52	1.13
32559--32611	28	2.0	26	81	7	61	47	1	1	49	1.23
32692--33168	180	2.6	181	78	3	444	40	9	9	41	1.68
34179--34594	178	2.3	180	82	4	475	40	10	8	40	1.68
33748--34589	469	1.8	465	79	6	1002	43	10	8	38	1.68
34837--34885	18	2.7	19	69	12	50	53	0	2	44	1.12
35884--35929	17	2.6	19	80	16	62	56	2	0	41	1.11
35940--36006	26	2.6	25	83	9	73	47	1	1	49	1.19
36184--36241	22	2.7	22	71	28	54	37	1	5	55	1.33
36359--36412	20	2.4	23	82	17	69	46	0	1	51	1.11
36935--36963	15	1.9	15	100	0	58	41	0	3	55	1.17
37310--37370	12	4.8	12	78	13	52	44	1	0	54	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37324--37370	13	3.5	13	77	11	51	46	0	0	53	1.00
37382--37445	32	2.0	32	81	0	74	48	4	1	45	1.32
37521--37623	13	8.3	13	69	21	69	48	0	0	50	1.07
37512--37582	22	3.3	22	74	14	69	52	0	0	47	1.00
37667--37709	17	2.5	18	88	11	72	41	4	0	53	1.21
37878--38207	181	1.8	181	82	6	427	42	10	5	41	1.64
38769--38828	30	2.1	29	82	11	72	56	0	5	38	1.21
38783--38855	35	2.1	35	82	10	87	53	0	2	43	1.15
38794--38832	19	2.1	19	85	9	53	56	0	2	41	1.13
39072--39124	17	2.8	20	77	16	67	50	0	1	47	1.12

Tables:   1   2   3   4