genome.fa.s634.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168459.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_67, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  134467

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74270--74308	15	2.5	16	80	19	55	64	2	28	5	1.28
79175--79213	8	4.8	8	93	6	69	79	0	10	10	0.94
79175--79213	17	2.4	16	95	4	69	79	0	10	10	0.94
80223--80479	42	6.1	41	90	2	325	25	16	22	35	1.95
80223--80479	83	3.1	82	87	3	334	25	16	22	35	1.95
80487--80533	9	5.2	9	82	10	51	87	4	0	8	0.67
80486--80533	8	5.8	8	79	16	53	85	4	0	10	0.73
80487--80533	18	2.6	18	93	0	76	87	4	0	8	0.67
80680--80726	6	7.8	6	81	13	53	19	0	2	78	0.85
80680--80742	22	2.9	22	85	7	83	17	4	3	74	1.12
80681--80725	17	2.6	16	82	10	54	20	0	2	77	0.87
80783--80873	4	22.0	4	72	12	51	28	2	3	65	1.20
80785--80870	28	2.7	32	76	16	83	29	2	3	65	1.22
80866--80933	21	3.0	22	70	8	66	22	5	1	70	1.17
80866--80941	22	3.5	22	78	7	84	23	6	1	68	1.21
80866--80956	43	2.1	43	84	11	116	23	5	2	69	1.21
80879--80955	22	3.5	22	77	12	70	23	5	2	68	1.22
80958--80996	18	2.1	19	95	4	71	10	12	10	66	1.44
81906--81943	17	2.2	18	90	4	60	10	5	5	78	1.06
81869--81972	11	9.2	11	71	12	50	15	5	3	75	1.14
81905--81985	29	2.8	27	75	15	74	12	8	3	75	1.16
82006--82508	59	8.6	58	82	5	602	41	8	13	35	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82007--82508	118	4.3	117	92	1	785	41	8	13	36	1.76
83546--83613	18	3.7	18	78	5	66	73	5	7	13	1.23
83836--83890	20	2.9	19	78	7	58	76	3	7	12	1.12
83989--84036	20	2.4	19	79	6	51	75	2	10	12	1.14
83999--84047	20	2.5	20	79	0	53	79	2	10	8	1.01
84110--84194	7	11.9	7	71	9	64	76	4	3	15	1.09
84110--84214	36	3.0	35	76	16	94	74	4	4	16	1.16
84716--84768	15	3.5	15	78	17	56	75	0	7	16	1.02
84725--84836	61	1.9	57	80	14	129	75	3	5	15	1.11
85185--85267	29	2.8	31	75	15	77	75	1	8	14	1.08
85185--85266	30	2.8	30	76	14	73	75	1	8	14	1.09
85232--85270	19	2.0	20	90	9	64	71	2	10	15	1.23
85334--85371	20	1.9	20	88	0	58	68	5	2	23	1.23
85788--85824	10	3.6	10	92	3	56	81	0	8	10	0.89
86271--86316	23	2.0	23	82	4	56	69	4	15	10	1.32
86329--86395	17	3.9	17	79	9	73	74	5	7	11	1.20
86378--86513	71	1.9	71	82	10	170	63	4	11	19	1.44
86630--86693	33	1.9	33	81	6	76	78	4	9	7	1.09
86621--86660	20	2.0	20	90	9	64	85	2	5	7	0.83
86880--86941	19	3.2	20	78	17	69	75	4	8	11	1.16
86880--86941	18	3.3	19	80	13	65	75	4	8	11	1.16
87345--87390	17	2.6	17	83	13	58	69	4	10	15	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87343--87394	25	2.0	25	85	3	68	71	3	9	15	1.27
87442--87503	13	5.0	12	75	19	56	79	4	8	8	1.07
87552--87604	15	3.5	15	78	17	56	75	1	7	15	1.11
87561--87617	20	2.9	18	74	23	53	78	3	5	12	1.03
88207--88255	17	2.9	17	75	0	53	69	6	2	22	1.21
88269--88302	16	2.2	15	89	5	50	73	0	8	17	1.08
88377--88439	27	2.3	27	83	5	74	77	1	7	12	1.05
88560--88615	18	3.1	17	78	16	58	80	3	1	14	0.93
88872--89128	140	1.8	140	93	0	442	56	8	5	29	1.51
89463--89529	18	3.9	16	83	16	73	82	4	7	5	0.96
89468--89529	29	2.2	28	83	13	74	82	4	6	6	0.95
89468--89529	28	2.2	27	85	8	79	82	4	6	6	0.95
89908--89940	15	2.1	16	94	5	59	72	0	9	18	1.10
90106--90137	10	3.1	11	86	13	50	78	9	0	12	0.97
90242--90301	21	2.7	23	77	10	63	76	5	3	15	1.08
90242--90301	23	2.8	22	80	14	63	76	5	3	15	1.08
90497--90544	18	2.8	17	84	9	62	72	2	6	18	1.15
90707--90843	17	8.0	17	69	18	63	75	2	7	14	1.14
90693--90745	15	3.5	15	78	17	56	75	0	7	16	1.02
90785--90826	15	2.7	16	88	3	59	76	0	9	14	1.02
90702--90829	16	7.8	16	69	18	59	75	3	6	14	1.12
90917--90985	18	3.9	17	70	12	50	72	5	7	14	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90966--91110	77	1.9	76	81	8	177	66	4	11	17	1.39
91204--91254	20	2.6	19	81	9	66	78	1	5	13	1.02
91231--91294	33	1.9	32	81	12	76	76	4	10	7	1.14
91544--91643	51	2.0	50	82	2	119	73	5	6	16	1.21
91581--91624	15	2.8	16	82	6	54	79	0	6	13	0.92
91578--91616	7	5.3	7	82	11	51	79	0	5	15	0.90
95441--95491	18	2.8	19	77	11	54	45	0	0	54	0.99
95831--95886	17	3.2	18	78	14	55	53	1	0	44	1.11
95906--95986	42	1.9	43	82	12	105	53	1	0	45	1.08
95941--96013	27	2.6	28	75	14	69	49	2	1	46	1.24
96093--96148	22	2.6	21	83	8	67	44	0	1	53	1.11
96119--96231	22	5.1	22	67	22	60	46	1	1	50	1.22
96223--96287	12	5.5	12	74	15	55	46	0	0	53	1.00
96195--96283	36	2.4	37	79	11	101	47	0	1	51	1.08
96217--96269	20	2.8	18	81	15	63	45	0	0	54	0.99
96219--96283	19	3.5	19	74	18	64	46	0	0	53	1.00
96123--96287	48	3.3	49	73	19	121	46	1	1	51	1.16
96533--96581	24	2.0	24	85	14	66	46	0	2	51	1.12
96636--96711	23	3.3	24	79	18	81	51	2	1	44	1.23
96797--96849	19	2.8	18	83	13	63	66	1	0	32	1.03
96797--96855	9	6.2	9	76	9	55	64	3	0	32	1.10
96877--96927	20	2.6	21	78	12	54	54	0	1	43	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96872--96954	27	3.0	27	79	16	91	51	0	3	44	1.18
96905--96941	13	2.9	13	81	18	51	45	0	5	48	1.25
97019--97081	28	2.5	25	77	20	69	46	0	1	52	1.10
97646--97712	20	3.4	20	73	6	57	52	2	0	44	1.16
98069--98180	17	6.7	17	70	26	73	50	0	1	46	1.17
98307--98366	21	2.8	21	68	14	50	48	0	0	51	1.00
98329--98385	26	2.2	26	78	15	64	45	1	1	50	1.22
98804--98838	18	1.9	18	88	11	54	51	0	0	48	1.00
98893--98979	5	18.0	5	69	21	53	45	0	1	52	1.08
98856--98967	57	2.0	56	82	8	138	46	1	1	50	1.22
98893--98979	15	6.0	14	71	23	65	45	0	1	52	1.08
98866--98979	29	3.9	31	70	19	84	47	1	0	50	1.17
98954--99012	20	3.0	20	69	14	50	49	1	3	45	1.28
99553--99582	12	2.6	12	94	5	53	53	0	0	46	1.00
99610--99665	23	2.5	22	82	11	60	55	1	0	42	1.10
99636--99676	16	2.7	14	82	17	55	53	0	0	46	1.00
99639--99674	17	2.1	17	90	10	56	50	0	0	50	1.00
99739--99778	9	4.2	10	84	15	50	55	0	0	45	0.99
99889--99951	3	20.7	3	77	9	65	39	1	1	57	1.18
100530--100584	27	2.0	28	82	13	69	72	0	10	16	1.11
100649--100682	16	2.1	16	88	0	50	73	0	11	14	1.10
100803--100834	11	2.9	11	95	0	55	81	0	0	18	0.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100825--100863	15	2.5	15	87	4	51	79	2	5	12	1.00
101005--101052	25	1.9	25	82	0	60	66	6	12	14	1.42
103130--103227	50	2.0	49	83	2	124	24	8	32	34	1.85
103485--103518	13	2.6	13	85	0	50	52	0	0	47	1.00
103485--103518	7	5.0	7	92	7	52	52	0	0	47	1.00
105295--105347	27	2.0	26	82	13	65	47	1	3	47	1.31
105623--105655	16	2.1	16	94	0	57	39	0	3	57	1.14
106735--106764	2	15.0	2	92	0	51	46	0	3	50	1.18
109867--109897	2	15.5	2	100	0	62	51	0	48	0	1.00
113760--114068	163	1.9	163	93	0	528	36	13	22	27	1.92

Tables:   1   2   3   4