genome.fa.s643.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168468.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_68, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  134064

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14--4941	180	27.8	177	71	12	1713	40	7	9	42	1.66
716--1025	166	1.9	167	83	4	412	41	5	8	43	1.59
394--1385	524	1.9	523	82	5	1232	40	7	9	42	1.64
1550--4941	180	18.9	181	74	9	1796	40	7	9	42	1.66
1550--5601	361	11.4	360	75	8	2581	40	8	9	41	1.67
4801--5095	158	1.9	157	79	7	339	39	8	9	42	1.68
5681--8181	181	13.9	181	75	7	1737	40	8	9	41	1.68
6179--7982	716	2.5	711	79	7	1806	40	8	9	41	1.68
5686--8181	361	6.9	361	76	7	1521	40	8	9	41	1.68
8758--8790	18	1.9	17	88	11	50	48	6	6	39	1.53
8476--8975	181	2.7	182	81	4	510	40	8	9	41	1.68
8992--12852	181	21.6	180	76	6	2995	40	8	10	41	1.68
11157--11198	18	2.4	18	84	15	61	45	2	9	42	1.49
1590--8178	896	7.4	884	72	11	2365	40	8	9	41	1.67
13107--13678	177	3.2	178	77	7	513	39	10	9	41	1.71
13640--13860	119	1.9	119	84	5	304	33	13	8	45	1.72
13759--17532	181	21.1	182	76	7	2972	41	9	8	40	1.68
13738--19443	352	16.0	357	73	11	3524	41	9	8	40	1.69
17547--18930	181	7.7	181	76	7	1032	41	10	8	39	1.70
19049--19443	181	2.2	181	83	6	484	41	9	7	41	1.66
19056--19937	488	1.8	481	79	5	1024	41	9	8	40	1.68
19478--20288	182	4.5	181	79	5	687	41	9	8	40	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19478--24277	181	26.9	179	75	10	2130	41	9	8	40	1.68
20146--20450	162	1.9	162	83	1	396	40	10	7	41	1.67
20296--24280	181	22.3	180	77	8	3081	41	9	8	40	1.68
22560--22598	18	2.2	17	86	13	53	53	5	2	38	1.37
23177--24280	179	6.1	180	75	9	833	40	9	8	40	1.69
24166--24405	129	1.8	132	83	7	321	44	9	7	39	1.64
23979--24583	303	2.0	310	80	9	693	43	9	7	39	1.65
23621--24934	654	2.0	668	81	8	1569	41	9	8	40	1.66
24281--25777	178	8.5	179	76	8	1008	41	10	8	39	1.69
24454--25788	534	2.5	526	78	9	1263	41	10	8	39	1.69
25661--25905	127	1.9	127	81	6	291	43	10	6	39	1.66
25887--26433	178	3.1	175	79	6	494	40	10	8	40	1.69
27434--27923	181	2.7	181	80	2	509	41	8	10	39	1.70
29264--38216	181	49.3	180	72	10	4609	40	8	9	41	1.68
29963--29995	18	1.9	17	88	11	50	48	6	6	39	1.53
29397--39532	538	18.7	535	72	11	4384	40	8	9	41	1.68
32307--32346	18	2.4	17	87	8	55	50	7	2	40	1.44
34288--34363	34	2.2	35	92	2	127	42	3	13	40	1.62
34634--34756	64	1.9	64	81	6	151	47	6	9	36	1.63
35330--35367	17	2.2	18	85	4	51	39	5	0	55	1.23
34736--35388	359	1.8	356	81	4	801	40	8	9	41	1.69
34703--39501	181	27.0	175	72	11	1989	40	8	9	41	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34707--40772	720	8.6	710	73	12	3155	39	8	9	42	1.68
37477--37810	168	2.0	167	80	8	383	41	7	9	41	1.66
34702--40799	358	17.2	357	72	11	3085	39	8	9	42	1.68
38396--38735	166	2.0	166	82	6	411	40	9	7	42	1.65
38569--39394	180	4.6	180	75	8	536	40	8	8	41	1.67
39748--40776	181	5.7	180	75	7	850	38	7	11	42	1.69
39763--40797	182	5.7	180	75	7	855	38	7	11	42	1.69
40885--40934	25	1.9	27	92	8	86	54	12	12	22	1.69
40929--42307	181	7.7	180	76	10	1062	40	7	9	41	1.66
40925--42311	362	3.9	361	78	7	1285	40	7	9	41	1.66
40928--42311	543	2.6	529	80	7	1435	40	7	9	41	1.66
42844--43056	58	3.7	56	85	7	266	36	14	6	42	1.71
42844--43080	58	4.1	56	77	13	230	36	12	7	43	1.71
43132--43171	3	13.0	3	85	15	55	67	0	0	32	0.91
43127--43175	12	4.2	12	78	19	59	65	2	0	32	1.04
43926--43951	6	4.3	6	100	0	52	84	0	0	15	0.62
43961--44021	21	2.8	22	80	11	81	63	1	6	27	1.28
43929--44051	3	39.7	3	69	19	58	65	2	4	27	1.23
44061--44087	5	5.4	5	100	0	54	62	0	0	37	0.95
44049--44093	15	3.0	15	80	0	54	66	0	2	31	1.04
44288--44716	41	10.2	41	80	7	310	39	22	15	23	1.92
44285--44704	84	4.9	84	80	5	389	39	22	15	22	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44285--44648	43	8.5	43	82	6	384	39	21	15	22	1.91
45733--45796	10	6.4	10	83	5	85	1	14	0	84	0.70
45731--45796	19	3.5	19	84	10	82	1	15	0	83	0.72
45734--45796	20	3.2	19	90	4	99	1	14	0	84	0.71
45733--45796	30	2.1	29	88	11	94	1	14	0	84	0.70
53004--53038	15	2.3	15	85	0	52	48	0	22	28	1.51
57151--57184	16	2.1	16	88	0	50	76	0	14	8	1.01
57432--57480	3	16.7	3	91	4	82	67	0	2	30	1.02
58253--58313	21	2.8	22	80	11	81	63	1	6	27	1.28
58310--58335	9	2.9	9	100	0	52	57	7	0	34	1.27
58451--64477	181	33.8	181	76	6	4314	40	8	9	41	1.68
59607--60357	175	4.2	175	77	7	450	41	8	9	40	1.68
61972--62412	171	2.5	171	80	3	445	42	7	10	38	1.68
64478--68457	181	22.2	180	75	7	2698	40	8	9	41	1.68
64550--69290	362	13.3	360	72	11	1405	40	8	9	41	1.68
68480--69290	182	4.5	178	77	6	640	40	8	9	40	1.69
69325--69729	181	2.3	180	80	7	441	40	8	9	40	1.69
69838--72235	181	13.2	180	71	11	963	39	7	10	42	1.68
69838--72233	357	6.6	354	70	12	1127	39	7	10	42	1.68
69834--71126	538	2.4	540	79	7	1278	39	7	10	42	1.67
70510--71972	754	1.9	747	85	2	2022	40	8	9	41	1.68
71272--72235	356	2.7	354	79	8	1023	40	8	9	42	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71276--72235	180	5.4	179	78	10	911	40	8	9	42	1.67
74335--74392	26	2.3	25	90	3	89	27	15	27	29	1.96
76109--76210	45	2.3	45	86	3	143	25	28	26	19	1.99
76255--76477	45	5.0	45	73	9	150	20	26	30	22	1.98
76248--76483	90	2.6	89	76	5	222	19	26	31	22	1.98
83380--83517	67	2.1	67	86	2	188	36	12	7	42	1.72
83493--84113	175	3.5	177	77	10	613	42	9	6	41	1.61
83447--84112	359	1.9	356	82	7	848	42	9	6	42	1.62
84598--92940	181	46.6	180	75	8	5406	39	8	9	41	1.68
86198--86230	17	2.0	17	88	5	50	48	0	12	39	1.40
88057--92940	361	13.6	360	76	7	3582	40	8	9	42	1.68
92952--93800	176	4.8	176	76	11	744	38	8	10	42	1.69
93667--93929	142	1.8	142	81	7	325	39	6	9	44	1.63
93803--95285	181	8.3	180	76	6	1224	40	8	9	40	1.69
93871--95287	535	2.6	533	81	5	1552	40	8	9	41	1.69
96621--100781	181	23.1	180	74	7	2950	39	8	9	41	1.68
97323--97355	18	1.9	17	88	11	50	48	6	6	39	1.53
96787--109333	719	17.4	715	70	14	3156	40	8	9	41	1.68
96754--109337	538	23.6	533	70	12	3758	40	8	9	41	1.68
101387--101462	34	2.2	35	92	2	127	42	3	13	40	1.62
101732--101854	64	1.9	64	81	6	151	47	6	9	36	1.63
102428--102465	17	2.2	18	85	4	51	39	5	0	55	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101801--105280	181	19.4	177	74	10	2158	40	8	9	41	1.68
101872--106620	358	13.4	357	72	12	1405	40	8	9	41	1.68
104574--104907	168	2.0	167	80	8	383	41	7	9	41	1.66
104779--105244	182	2.6	178	81	5	494	40	8	8	41	1.66
105986--106470	180	2.7	179	80	3	544	41	8	9	40	1.68
106471--106782	154	2.1	153	79	7	332	39	6	9	45	1.61
106699--106977	153	1.8	153	86	0	405	41	8	8	41	1.65
106852--107316	181	2.6	182	78	3	454	40	7	10	42	1.66
106852--107870	182	5.7	178	73	10	737	38	7	10	42	1.68
107532--107872	180	1.9	181	84	3	463	36	7	10	45	1.66

Tables:   1   2