genome.fa.s650.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168475.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_74, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  125787

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
267--362	50	1.9	50	83	8	124	30	27	31	11	1.91
922--972	26	2.0	26	92	7	86	33	19	19	27	1.96
705--1174	196	2.4	196	84	2	568	26	28	22	22	1.99
1118--1167	26	1.9	26	95	0	91	30	22	24	24	1.99
1290--1899	159	4.0	154	77	9	582	23	30	28	17	1.97
1451--1825	146	2.5	146	80	9	373	24	30	26	17	1.97
1287--1899	305	2.0	304	84	2	784	23	30	28	17	1.97
2685--2737	26	2.0	26	92	0	88	30	20	24	24	1.99
4327--4372	21	2.2	21	96	0	83	15	45	19	19	1.85
5000--5052	26	2.0	26	85	7	72	26	20	26	26	1.99
5736--6238	159	3.2	156	79	7	516	22	32	26	18	1.97
6212--6264	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
6637--6688	25	2.0	26	96	3	97	23	21	28	26	1.99
7849--7899	26	2.0	26	88	0	75	25	17	27	29	1.98
8578--8630	26	2.0	26	88	0	79	30	18	24	26	1.98
8771--9070	159	1.9	157	80	5	345	22	31	28	18	1.97
9446--9498	26	2.0	26	85	0	70	24	15	28	32	1.95
8882--9916	368	2.8	362	80	5	1080	23	28	26	20	1.99
9814--9866	26	2.0	26	85	0	70	28	18	24	28	1.98
10547--11046	159	3.2	158	75	6	375	23	32	26	17	1.97
11020--11072	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
10703--11511	354	2.3	343	82	5	930	23	30	27	18	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10860--11757	354	2.5	353	79	5	841	23	29	26	20	1.99
12403--12455	26	2.0	26	85	0	70	32	18	22	26	1.97
11855--12539	355	1.9	355	84	1	917	23	30	27	19	1.98
12244--12613	184	2.0	184	85	1	499	24	29	26	20	1.99
11399--13174	856	2.1	852	82	5	2118	23	29	26	20	1.99
12904--12956	26	2.0	26	88	0	79	26	13	28	32	1.93
13074--13371	159	1.9	159	81	2	366	23	29	27	18	1.98
13074--13539	159	2.9	158	78	5	359	22	30	27	19	1.98
12218--13457	527	2.4	499	80	7	1310	23	29	27	19	1.98
13273--13615	158	2.2	158	83	2	420	22	29	27	20	1.98
13589--13641	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
13957--14009	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
20742--20794	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
20929--21516	157	3.6	158	76	8	540	24	31	26	17	1.97
21598--21649	26	2.0	26	92	3	88	28	19	23	28	1.98
21566--21937	196	1.9	195	89	0	573	24	30	25	19	1.98
21818--22256	159	2.8	158	80	4	481	23	30	28	18	1.98
22204--22658	196	2.3	196	83	2	554	23	28	27	20	1.99
23580--23632	26	2.0	26	85	7	72	32	18	20	28	1.97
24249--25218	159	6.1	157	72	7	669	23	30	26	19	1.98
24286--25246	316	3.0	312	79	6	970	23	29	26	19	1.98
25422--25474	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25447--25894	159	2.8	159	78	3	438	20	29	29	19	1.97
25923--25975	26	2.0	26	88	0	79	26	15	26	32	1.95
26654--27091	157	2.8	158	76	5	447	23	30	26	19	1.98
26656--27155	158	3.2	158	75	5	476	23	30	25	20	1.99
27129--27181	26	2.0	26	92	7	90	26	16	26	30	1.97
27311--27930	159	3.9	157	78	3	623	23	30	28	17	1.97
27320--27998	159	4.3	159	77	4	595	23	30	27	18	1.98
27348--27998	317	2.1	316	85	0	888	24	30	26	18	1.98
30868--30921	26	2.1	26	85	0	72	27	20	27	24	1.99
31623--32115	159	3.1	157	77	7	476	23	29	26	19	1.98
32096--32145	26	1.9	26	91	0	82	28	14	28	30	1.95
32455--32504	26	1.9	26	84	8	66	30	18	24	28	1.97
32950--33002	26	2.0	26	88	0	79	28	20	24	26	1.99
33140--33652	158	3.3	156	73	7	438	22	28	28	21	1.99
32480--34288	676	2.7	679	79	5	1918	24	28	26	20	1.99
33808--34519	310	2.3	313	81	6	807	24	28	26	19	1.98
34617--34669	24	2.3	24	87	6	74	37	16	13	32	1.88
34993--35045	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
36215--36267	26	2.0	26	88	0	79	24	20	30	24	1.99
36423--36905	184	2.6	184	81	2	515	24	27	26	20	1.99
36766--36817	26	2.0	26	92	7	88	25	19	26	28	1.98
38145--38197	26	2.0	26	88	0	79	30	16	24	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37295--38611	510	2.5	511	81	4	1482	24	28	26	20	1.99
39392--39444	26	2.0	26	92	7	90	28	16	20	33	1.95
39588--39639	26	2.0	26	88	7	79	30	15	25	28	1.96
39785--39834	25	2.0	25	92	7	84	32	14	26	28	1.94
39390--39941	196	2.8	195	85	3	727	26	25	25	23	2.00
39810--40310	158	3.2	154	79	7	483	23	29	26	19	1.98
41004--41055	26	2.0	26	96	0	95	28	19	23	28	1.98
41030--41532	159	3.2	157	78	5	503	24	31	26	18	1.98
43078--43130	26	2.0	26	88	0	79	26	18	24	30	1.98
44004--44378	159	2.4	159	84	2	468	22	30	27	18	1.97
45105--45157	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
45130--45577	159	2.8	158	78	4	454	23	29	28	19	1.98
45606--45658	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
46312--46362	26	2.0	26	88	7	77	29	13	25	31	1.94
46933--46985	26	2.0	26	89	7	81	24	18	30	26	1.98
47606--47658	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
48862--48931	26	2.7	26	97	0	131	34	20	22	22	1.97
50122--50174	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
50512--50564	26	2.0	26	85	7	72	30	16	24	28	1.97
51598--51648	25	2.0	25	85	7	68	31	17	23	27	1.97
53676--54119	159	2.8	156	77	7	455	25	30	26	18	1.98
54617--55106	159	3.1	158	74	9	413	23	29	27	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54669--55345	317	2.1	317	82	4	825	23	28	27	20	1.99
55330--55381	26	2.0	27	88	3	79	34	19	19	26	1.95
55518--55570	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
56567--57007	159	2.8	156	76	8	426	24	29	26	20	1.99
57044--57096	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
57225--57844	159	3.9	157	78	3	607	24	30	27	18	1.98
57252--57912	159	4.2	158	76	6	577	24	29	26	19	1.98
57262--57912	317	2.1	316	86	0	899	24	29	26	18	1.98
59716--60219	158	3.2	155	73	9	466	25	29	25	19	1.99
60193--60245	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
60369--60661	159	1.8	159	84	5	396	23	29	27	18	1.98
60722--60775	26	2.1	26	82	0	63	27	22	25	24	2.00
61939--61988	26	1.9	26	87	0	73	28	16	28	28	1.97
62795--62847	26	2.0	26	88	0	79	28	20	24	26	1.99
64651--64703	26	2.0	26	85	0	70	22	18	26	32	1.97
65328--65377	25	2.0	25	92	0	82	34	16	20	30	1.94
65693--65745	26	2.0	26	85	0	70	28	18	24	28	1.98
66441--66856	158	2.6	157	76	5	381	25	26	27	20	1.99
66915--66967	26	2.0	26	85	0	70	24	18	30	26	1.98
67123--67576	184	2.5	183	80	3	482	24	26	27	21	1.99
67466--67517	26	2.0	26	92	7	88	25	19	26	28	1.98
67445--69141	870	2.0	866	80	3	1931	24	28	26	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68837--68889	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
68999--69382	159	2.4	159	73	6	364	24	30	25	20	1.99
69502--69554	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
70563--70615	26	2.0	26	88	0	79	24	20	28	26	1.99
70378--70717	184	1.8	184	80	1	412	24	27	26	21	1.99
70931--70981	26	2.0	26	92	0	84	33	17	25	23	1.96
71113--71165	26	2.0	26	96	0	97	24	16	28	30	1.97
70906--71238	184	1.8	184	81	5	413	25	26	28	19	1.99
72339--72389	26	2.0	26	96	0	93	25	19	29	25	1.99
72525--72998	158	3.0	157	76	6	436	23	30	27	18	1.98

Tables:   1   2