genome.fa.s654.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168479.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_78, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  117733

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
187--240	21	2.5	22	84	3	65	40	1	1	55	1.21
379--427	26	1.9	25	88	12	73	46	2	2	48	1.25
388--419	16	1.9	17	93	6	57	50	3	0	46	1.17
484--545	21	3.1	20	80	13	65	43	1	4	50	1.33
876--933	27	2.1	28	81	12	66	53	1	1	43	1.21
1069--1129	26	2.3	26	80	5	79	57	0	3	39	1.15
1085--1123	9	4.6	8	84	6	51	61	0	2	35	1.10
1522--1561	13	2.9	14	81	11	55	45	0	0	55	0.99
1650--1705	24	2.5	22	81	16	69	46	1	1	50	1.22
1656--1713	26	2.3	24	85	8	71	44	1	1	51	1.21
3071--3120	13	3.8	13	76	15	50	56	0	2	42	1.11
3187--3220	13	2.6	14	90	9	54	55	2	0	41	1.15
3446--3502	17	3.3	18	76	13	57	40	0	1	57	1.09
3739--3815	40	2.0	40	84	7	104	46	5	6	41	1.52
4224--4630	181	2.3	179	82	5	462	42	10	9	37	1.72
4610--4711	49	2.1	49	100	0	204	38	9	13	38	1.78
6375--6424	22	2.3	22	78	0	55	42	2	6	50	1.38
6683--6728	21	2.1	22	84	4	58	58	2	2	36	1.22
6929--6970	14	3.0	14	75	25	52	30	4	7	57	1.47
6929--6978	28	1.9	26	84	15	68	32	4	6	58	1.41
7496--7614	10	12.2	9	69	26	50	53	0	0	44	1.12
7496--7587	14	6.1	15	73	21	61	54	0	0	45	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7679--7737	19	3.2	19	77	18	61	45	3	0	50	1.18
7806--7856	19	2.9	17	81	18	61	45	0	1	52	1.12
8284--8318	16	2.1	18	89	10	56	45	0	5	48	1.26
9088--9132	3	15.0	3	81	9	56	71	0	0	28	0.87
9311--9361	19	2.6	19	81	9	59	41	0	1	56	1.10
9435--9502	23	3.2	20	71	22	57	54	0	1	44	1.09
9481--9513	15	2.3	15	90	10	52	48	0	0	51	1.00
9824--9883	30	2.0	31	83	9	79	46	3	1	48	1.28
10358--10417	25	2.4	25	76	18	61	41	1	5	51	1.33
10708--10732	13	1.9	13	100	0	50	40	0	4	56	1.18
10697--10730	17	1.9	17	88	5	50	41	2	2	52	1.31
10908--10946	20	2.0	20	85	10	53	51	7	0	41	1.31
10977--11028	17	3.1	17	76	10	54	44	0	1	53	1.11
11181--11244	23	2.7	23	76	23	62	40	1	3	54	1.25
11350--11929	181	3.2	180	79	6	549	40	7	11	40	1.69
12118--12187	17	3.8	18	74	23	58	44	1	0	54	1.09
12118--12191	37	2.0	37	86	5	105	44	1	0	54	1.08
13314--13369	22	2.6	20	75	22	51	51	3	0	44	1.18
13360--13407	21	2.2	22	85	3	71	56	2	4	37	1.30
14054--14101	22	2.2	21	82	17	62	43	0	0	56	0.99
14065--14133	22	3.1	22	78	13	70	43	2	0	53	1.15
14156--14200	18	2.5	19	82	10	58	48	2	0	48	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14265--14318	12	4.6	12	77	13	67	48	1	0	50	1.11
14290--14404	42	2.6	42	81	14	117	50	4	0	44	1.27
14337--14415	23	3.2	24	74	18	72	55	2	0	41	1.13
14470--14508	18	2.1	19	95	4	71	53	0	2	43	1.14
14837--14909	33	2.2	32	81	13	87	43	1	1	53	1.17
14851--14924	25	2.8	26	82	8	80	41	1	0	56	1.07
14861--14930	32	2.2	33	87	12	101	38	1	0	60	1.06
15222--15290	35	2.0	35	83	11	88	49	1	1	47	1.19
15301--15339	16	2.4	16	82	0	51	48	0	0	51	1.00
16831--16871	15	2.8	15	88	3	57	56	2	0	41	1.13
17079--17156	14	5.5	15	73	19	62	46	1	2	50	1.23
17143--17178	17	2.2	16	90	5	54	50	2	0	47	1.15
17288--17853	178	3.2	174	78	7	532	42	10	7	39	1.67
17874--17911	19	1.9	19	89	5	58	63	5	0	31	1.17
18384--18875	182	2.7	180	80	4	510	40	9	10	39	1.72
18748--19021	145	1.9	146	85	7	387	39	8	9	41	1.68
18115--19169	504	2.1	502	82	3	1197	40	8	10	40	1.71
19827--19857	14	2.2	14	94	0	53	64	0	3	32	1.09
20126--20188	6	10.2	6	80	10	65	52	0	0	47	1.00
20143--20199	8	7.4	8	86	9	66	52	0	0	47	1.00
20134--20202	31	2.3	30	87	9	104	52	0	0	47	1.00
20128--20199	39	1.9	37	91	8	119	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20221--20457	118	2.0	118	97	0	447	47	7	5	39	1.55
20551--20678	12	10.1	13	66	28	62	50	0	2	46	1.19
20544--20639	31	3.1	31	69	13	81	50	0	2	47	1.12
20661--20698	15	2.4	16	82	8	51	55	0	0	44	0.99
21066--21381	171	1.8	171	81	4	395	40	10	8	40	1.70
23516--23606	46	1.9	47	82	6	112	50	1	3	45	1.25
23592--23659	22	3.1	22	75	10	68	55	2	1	39	1.24
23734--23784	24	2.2	22	82	6	57	50	0	3	45	1.20
23968--24015	24	2.0	24	84	8	62	50	2	2	45	1.25
24506--24584	31	2.5	31	78	21	83	50	5	0	44	1.24
24665--24723	9	7.0	9	74	14	54	59	1	0	38	1.08
24646--24697	26	2.0	25	82	17	63	63	0	0	36	0.95
24644--24696	10	5.3	10	77	8	54	62	0	0	37	0.96
24734--24789	21	2.8	20	78	10	60	51	0	0	48	1.00
25360--25411	11	4.5	11	75	17	52	46	0	1	51	1.12
25508--25552	18	2.5	18	78	7	56	46	2	0	51	1.13
25535--25563	14	2.0	15	93	6	51	37	0	0	62	0.96
25623--25647	8	3.1	8	100	0	50	64	0	0	36	0.94
26998--27034	19	1.9	19	89	10	58	48	0	0	51	1.00
27024--27051	14	2.0	14	100	0	56	35	0	0	64	0.94
27079--27157	41	1.9	42	85	12	110	46	2	3	46	1.34
27675--27707	13	2.6	13	90	4	50	57	3	6	33	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27813--27839	14	1.9	14	100	0	54	44	0	0	55	0.99
28256--28288	15	2.1	16	88	5	50	54	0	0	45	0.99
28341--28753	180	2.3	179	82	5	465	42	7	9	39	1.67
29325--29578	135	1.9	134	86	2	366	38	7	7	46	1.60
29470--29940	182	2.6	180	78	9	440	38	8	9	43	1.69
30967--31017	23	2.2	23	86	6	68	50	0	1	47	1.12
31052--31085	16	2.2	15	89	5	50	44	0	0	55	0.99
31287--31319	17	1.9	17	93	0	57	54	3	3	39	1.31
31912--32095	56	3.2	56	81	6	183	36	11	9	41	1.74
31914--32095	57	3.2	56	82	10	210	36	12	8	42	1.73
32052--32141	46	2.0	44	89	4	135	41	8	12	37	1.74
32259--32297	20	2.0	19	90	5	60	61	5	0	33	1.18
32260--32315	20	3.2	19	80	16	59	66	3	0	30	1.09
34126--34192	27	2.4	28	80	12	75	46	1	1	50	1.19
34670--34732	31	2.0	31	81	9	74	49	1	1	47	1.20
34863--34903	19	2.2	19	91	4	66	53	2	0	43	1.13
34888--34936	23	2.1	23	88	0	71	46	0	2	51	1.12
34904--34954	20	3.1	16	75	24	52	39	0	1	58	1.09
34918--34955	20	1.9	19	94	5	67	36	0	2	60	1.11
35644--35674	12	2.5	12	94	5	53	45	0	0	54	0.99
36379--36439	20	3.0	20	84	15	81	44	0	1	54	1.10
36379--36503	14	9.4	13	68	20	71	40	0	4	54	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37221--37255	16	2.3	15	90	5	52	37	5	2	54	1.39
37274--37343	21	3.2	21	76	11	54	44	4	1	50	1.30
37346--37441	23	4.3	22	75	10	79	52	1	4	42	1.27
37789--37832	21	2.1	21	82	0	52	36	0	4	59	1.18
38082--38111	9	3.3	9	90	0	51	56	0	6	36	1.26
38081--38125	18	2.3	20	88	7	67	55	0	4	40	1.20
38114--38153	21	1.9	21	85	10	55	42	2	5	50	1.37
38524--38793	143	1.9	143	80	6	314	38	7	10	43	1.66
38950--39001	23	2.2	25	86	6	72	44	0	1	53	1.11
38987--39049	19	3.3	18	74	10	54	53	1	3	41	1.26

Tables:   1   2   3