genome.fa.s666.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168491.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_89, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101268

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52572--52605	15	2.2	16	89	5	52	50	0	0	50	1.00
52623--52694	15	5.0	15	70	13	53	44	4	0	51	1.20
53984--54061	25	3.2	25	80	12	65	47	1	2	48	1.23
54052--54090	20	1.9	20	89	5	60	48	2	0	48	1.15
54385--54479	27	3.6	27	76	10	81	46	0	1	52	1.07
54401--54482	21	4.0	20	74	15	60	46	0	0	53	1.00
54883--54923	7	5.1	8	78	21	50	46	0	0	53	1.00
54872--54920	26	2.0	24	88	8	71	48	0	0	51	1.00
55298--55326	14	2.0	15	93	6	51	48	0	6	44	1.29
56074--56098	12	2.1	12	100	0	50	40	0	0	60	0.97
56413--56475	14	4.6	14	72	18	60	53	3	1	41	1.26
56436--56502	24	2.9	23	80	14	75	50	1	0	47	1.10
56789--56818	15	2.0	15	93	0	51	53	3	0	43	1.17
57070--57641	180	3.2	179	79	7	579	43	9	6	39	1.65
60054--60102	15	3.3	15	77	8	55	51	2	0	46	1.12
60581--60616	19	1.9	18	88	5	54	41	0	0	58	0.98
61050--61098	24	2.0	26	84	8	66	51	8	4	36	1.51
61729--61769	19	2.2	19	86	0	55	48	4	0	46	1.23
61952--61981	6	5.0	6	91	0	51	53	0	0	46	1.00
62244--62813	182	3.2	177	79	9	602	43	10	7	39	1.66
63122--63612	181	2.7	179	76	10	437	40	11	9	38	1.74
63734--63801	26	2.7	24	75	6	64	48	0	5	45	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64126--64176	20	2.6	20	78	3	59	56	0	0	43	0.99
64356--64430	26	3.0	25	75	13	73	44	1	5	49	1.33
65850--65891	22	1.9	22	95	0	75	50	2	2	45	1.27
66169--66219	23	2.1	25	82	7	61	45	1	1	50	1.24
66276--66308	15	2.3	15	90	10	52	51	0	0	48	1.00
66287--66354	23	3.2	20	71	22	57	44	1	0	54	1.09
66429--66473	19	2.4	18	85	7	54	57	2	0	40	1.11
67053--67123	14	5.5	12	75	17	54	59	1	1	38	1.15
67089--67121	17	1.9	17	93	0	57	63	0	0	36	0.95
67380--67430	24	2.1	25	81	3	59	45	1	1	50	1.24
67603--67654	19	2.6	19	81	9	59	44	0	0	55	0.99
68079--68107	13	2.1	14	93	6	51	44	3	0	51	1.18
68164--68232	32	2.0	33	83	10	86	43	4	2	49	1.37
69249--69527	22	12.8	22	85	5	336	37	16	9	36	1.82
69629--69682	20	2.7	20	97	0	99	24	14	25	35	1.94
69949--70380	63	6.9	64	79	9	390	27	26	10	35	1.89
69880--70379	126	4.0	126	79	8	468	27	26	10	35	1.89
69949--70380	188	2.3	189	85	2	575	27	26	10	35	1.89
71470--71521	24	2.2	23	82	3	59	3	21	3	71	1.18
71486--71521	19	1.9	18	88	5	54	2	25	2	69	1.15
72007--72054	23	2.3	21	86	13	64	52	16	6	25	1.67
72595--72705	33	3.4	33	79	14	106	54	0	2	42	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72632--72769	17	7.4	18	67	19	63	54	0	1	43	1.14
72914--72949	17	2.1	17	94	0	63	55	0	2	41	1.14
73148--73192	17	2.7	18	83	10	60	44	4	0	51	1.21
73263--73333	17	4.4	16	71	16	58	49	0	0	50	1.00
73863--73906	19	2.2	20	84	11	56	56	2	4	36	1.32
73850--73963	23	4.6	26	69	23	77	50	1	2	44	1.26
73850--73951	49	2.1	49	82	12	124	51	1	1	44	1.23
73948--73985	13	3.0	13	88	3	51	50	0	2	47	1.15
74458--74490	18	1.9	17	88	11	50	39	12	6	42	1.67
74282--74688	181	2.2	181	82	5	457	37	11	10	41	1.75
74735--75134	181	2.2	179	83	3	498	42	12	7	38	1.69
75383--75711	181	1.8	181	81	0	408	42	7	9	40	1.65
76411--76467	22	2.6	21	78	15	53	40	7	0	52	1.28
77295--77342	16	2.9	16	75	12	53	50	2	2	45	1.25
77633--77671	19	2.1	18	85	4	51	41	2	0	56	1.13
78258--78284	9	3.0	9	100	0	54	77	0	11	11	0.99
79233--79346	54	2.2	52	87	3	156	47	8	14	29	1.74
79233--79370	52	2.6	54	84	3	181	44	9	15	30	1.78
79668--79692	9	2.8	9	100	0	50	44	8	0	48	1.32
79743--79787	20	2.4	18	79	13	54	42	0	2	55	1.12
79743--79788	19	2.4	19	82	10	58	41	0	2	56	1.11
80044--80098	18	3.2	17	76	14	51	50	0	1	47	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80390--80524	66	2.0	71	80	14	158	51	0	2	44	1.21
80417--80496	33	2.4	32	78	14	83	55	0	2	42	1.13
80437--80530	20	5.2	19	72	20	62	53	0	3	43	1.17
80490--80533	17	2.4	17	85	14	52	54	0	2	43	1.12
80571--80604	15	2.2	16	89	5	52	50	0	0	50	1.00
80622--80693	15	5.0	15	70	13	53	44	4	0	51	1.20
81986--82063	25	3.2	25	80	12	65	47	1	2	48	1.23
82054--82092	20	1.9	20	89	5	60	48	2	0	48	1.15
82855--82895	7	5.1	8	78	21	50	46	0	0	53	1.00
82844--82892	26	2.0	24	88	8	71	48	0	0	51	1.00
83187--83240	18	3.1	18	72	17	51	48	1	5	44	1.37
83274--83302	14	2.0	15	93	6	51	48	0	6	44	1.29
83934--84094	15	10.9	15	67	12	66	46	1	1	50	1.20
83939--84002	30	2.1	32	88	5	96	50	0	0	50	1.00
84367--84428	10	6.5	10	78	12	60	53	3	1	41	1.27
84396--84452	10	5.4	10	76	19	53	50	1	0	47	1.11
84417--84467	24	2.2	23	82	10	59	47	5	0	47	1.26
84506--84547	19	2.2	20	86	4	59	52	4	0	42	1.22
84729--84758	15	2.0	15	93	0	51	53	3	0	43	1.17
85011--85583	182	3.2	181	78	8	571	43	9	7	39	1.64
85339--85879	296	1.8	300	79	6	632	45	10	5	38	1.62
87151--87224	38	1.9	39	86	2	105	36	2	8	52	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87553--87673	37	3.1	41	71	16	112	49	2	0	47	1.20
87624--87665	16	2.8	16	86	10	54	47	2	0	50	1.14
87557--87683	68	1.9	68	83	6	168	47	2	0	49	1.20
87872--87907	14	2.5	15	90	4	56	44	0	2	52	1.15
87976--88031	21	2.7	22	84	13	66	51	0	0	48	1.00
88189--88222	11	3.1	11	86	0	50	52	0	0	47	1.00
88520--88565	21	2.2	21	84	7	58	50	0	0	50	1.00
88518--88578	30	2.0	32	83	6	81	47	0	1	50	1.10
88820--88865	21	2.2	20	88	3	65	50	2	0	47	1.13
89120--89156	18	2.1	18	89	0	56	48	0	0	51	1.00
89502--89539	19	2.0	20	84	5	51	42	0	5	52	1.24
89653--89731	34	2.2	34	82	11	86	49	3	5	41	1.43
89976--90716	358	2.1	355	79	8	788	41	8	9	40	1.68
89802--90792	178	5.6	180	75	8	709	42	9	8	40	1.68
89792--90773	537	1.8	533	81	6	1232	41	9	8	40	1.68
90905--90951	21	2.2	22	88	3	69	38	4	2	55	1.31
90952--90994	10	4.4	10	88	2	61	55	0	2	41	1.12
92214--92304	21	4.1	23	80	14	102	48	3	2	46	1.31
92211--92320	21	5.2	21	73	21	88	48	3	3	44	1.37
92405--92490	42	2.0	45	82	13	108	51	3	1	44	1.26
92583--92643	25	2.4	25	78	15	63	52	3	1	42	1.27
92581--92665	14	6.2	13	73	20	59	52	3	1	42	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93178--93238	18	3.1	19	70	25	54	52	3	0	44	1.17
93463--93550	6	13.8	6	73	19	63	48	0	0	51	1.00
93448--93527	37	2.2	37	80	11	92	47	1	1	50	1.17
93478--93564	18	4.9	18	71	22	60	45	1	0	52	1.08
93480--93582	23	4.6	23	73	20	85	45	0	0	53	1.06
93518--93592	39	1.9	40	81	10	93	45	2	0	52	1.15
93756--93814	27	2.0	29	87	12	86	49	6	3	40	1.46
94689--94741	24	2.3	24	80	6	65	43	1	0	54	1.11
98559--98684	8	15.1	8	70	20	64	50	0	3	44	1.26
98561--98636	40	1.9	40	81	10	93	51	1	5	42	1.33

Tables:   1   2   3