genome.fa.s669.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168494.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_91, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100055

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
123--166	18	2.4	18	81	7	54	52	0	2	45	1.13
318--353	15	2.3	16	90	4	56	66	5	0	27	1.13
1543--1585	21	2.0	23	86	9	63	37	2	4	55	1.33
2328--2675	181	1.9	181	84	1	464	39	7	11	42	1.68
2356--2717	181	2.0	181	81	2	431	40	8	10	41	1.69
2837--3299	181	2.6	178	79	7	465	41	9	9	39	1.71
3656--3698	19	2.2	20	84	12	54	34	2	4	58	1.32
3826--3868	21	2.2	19	83	8	50	44	0	0	55	0.99
4000--4034	18	1.9	18	88	0	52	51	2	2	42	1.31
4103--4161	29	2.0	30	86	6	84	47	3	0	49	1.18
4249--4294	17	2.8	18	81	15	55	56	0	0	43	0.99
4333--4391	21	2.7	21	78	5	64	44	3	6	45	1.47
4375--4419	17	2.7	17	83	10	58	46	2	4	46	1.35
4482--4535	20	2.8	18	81	15	63	46	5	1	46	1.37
4667--4723	17	3.2	17	76	11	60	45	3	0	50	1.18
4839--4894	22	2.6	21	75	16	60	41	1	0	57	1.09
4941--4994	19	3.0	19	76	15	53	38	3	0	57	1.17
4942--4987	23	2.0	24	86	4	67	41	2	0	56	1.11
4943--5011	27	2.6	27	80	15	65	40	4	0	55	1.20
5147--5211	12	5.7	11	75	20	53	46	3	0	50	1.17
5108--5194	24	3.8	24	68	18	69	48	1	1	49	1.16
5160--5232	25	3.1	22	75	13	58	49	2	0	47	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6176--6222	17	2.6	19	80	19	64	55	0	4	40	1.19
6257--6362	17	6.2	17	63	23	53	48	0	0	50	1.07
6287--6311	13	1.9	13	100	0	50	52	0	0	48	1.00
6256--6370	41	2.9	40	75	12	103	48	0	0	50	1.06
6334--6379	17	2.7	17	83	10	58	45	0	0	54	0.99
6327--6378	22	2.2	25	83	10	74	44	0	0	55	0.99
6556--6597	12	3.2	13	80	10	50	54	0	0	45	0.99
6767--6855	16	5.6	16	68	20	53	48	1	1	49	1.16
7728--7775	13	3.5	13	81	15	60	45	4	2	47	1.33
7764--7810	20	2.4	19	82	10	58	46	0	0	53	1.00
7832--7881	19	2.5	21	75	18	52	50	4	0	46	1.20
7872--7928	19	2.8	19	75	17	53	45	1	0	52	1.11
8038--8100	30	2.1	30	82	5	74	46	3	0	50	1.17
8058--8110	21	2.5	21	77	17	56	43	0	0	56	0.99
8195--8240	15	3.1	15	82	11	51	50	2	0	47	1.13
8210--8262	21	2.5	22	75	19	60	49	5	0	45	1.26
8578--8650	19	4.1	19	71	18	57	41	1	1	56	1.16
8852--8962	20	5.2	20	70	21	73	50	0	2	46	1.15
8849--8914	4	16.2	4	74	14	55	51	0	1	46	1.10
8847--8962	45	2.6	44	82	11	132	50	0	2	46	1.15
9108--9161	26	2.0	29	85	10	78	48	1	3	46	1.30
9109--9170	28	2.4	25	75	24	65	48	1	3	46	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9706--9813	16	6.9	14	75	15	56	49	0	1	48	1.18
9749--9796	13	3.2	15	80	17	55	50	0	0	50	1.00
9739--9824	32	2.6	31	80	14	102	48	1	0	50	1.08
9706--9825	17	7.6	14	71	23	57	49	0	1	48	1.17
9866--9898	12	2.8	12	86	13	50	36	0	0	63	0.95
10201--10256	24	2.5	22	82	11	60	42	0	1	55	1.10
10598--10659	17	3.6	17	76	8	54	54	6	3	35	1.42
10912--10957	19	2.3	20	75	14	51	58	2	0	39	1.10
11281--11329	20	2.5	20	82	0	53	46	0	2	51	1.12
11576--11630	17	3.4	16	76	19	53	47	0	0	52	1.00
11577--11630	23	2.3	23	84	12	65	46	0	0	53	1.00
11574--11635	24	2.7	23	82	14	74	46	0	0	53	1.00
12325--12363	19	2.0	20	85	5	53	53	0	0	46	1.00
14630--14677	19	2.5	20	83	16	66	54	2	0	43	1.12
15282--15337	25	2.2	25	82	17	71	48	0	1	50	1.11
15796--15825	15	2.1	15	93	6	53	60	0	0	40	0.97
15899--15948	9	5.7	9	72	13	50	46	4	2	48	1.32
15889--15949	26	2.3	25	81	10	68	49	3	1	45	1.28
16256--16315	21	2.8	20	72	16	57	51	0	1	46	1.10
16258--16379	14	8.8	14	67	26	57	50	0	2	47	1.14
16462--16519	9	5.9	10	78	11	50	50	0	1	48	1.11
16462--16552	36	2.5	36	81	12	98	48	0	2	49	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16458--16546	35	2.6	34	79	10	94	48	0	2	49	1.13
16948--16981	16	2.1	16	94	0	59	47	0	0	52	1.00
17038--17073	14	2.7	13	91	8	63	47	0	0	52	1.00
17514--18472	356	2.7	351	75	7	858	43	10	8	38	1.69
17500--18488	177	5.5	180	73	9	732	43	10	8	38	1.69
18505--20779	181	12.7	181	76	6	1769	41	10	8	40	1.69
18600--20779	357	6.1	362	77	6	1849	40	10	8	40	1.69
18523--20779	540	4.2	534	78	7	1936	41	10	8	40	1.69
21034--21072	19	2.1	19	85	9	53	48	2	2	46	1.29
21491--21531	14	3.1	14	82	6	50	51	0	2	46	1.14
21520--21599	23	3.4	23	77	10	81	38	2	1	57	1.20
21788--21820	16	2.0	17	88	5	50	45	0	0	54	0.99
23122--23195	36	2.1	36	92	0	121	40	4	6	48	1.48
22947--23375	216	2.0	215	79	8	469	40	6	10	42	1.66
23225--24532	176	7.3	174	74	11	803	40	8	9	41	1.68
23171--24544	532	2.6	530	80	7	1410	40	8	10	41	1.68
24089--24544	180	2.5	181	81	4	553	41	8	11	38	1.72
23225--24544	534	2.5	529	79	6	1384	40	8	9	41	1.68
24450--24687	120	2.0	120	80	3	273	45	9	12	33	1.73
24084--25024	480	2.0	481	85	2	1282	41	8	11	38	1.71
24992--25024	18	1.9	17	88	11	50	48	6	6	39	1.53
24987--25033	19	2.7	18	80	12	62	44	4	10	40	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25050--27749	720	3.8	701	75	10	2070	41	9	8	41	1.67
25050--27769	181	15.2	181	75	6	2031	41	9	8	41	1.67
28218--28242	13	1.9	13	100	0	50	48	0	0	52	1.00
28503--28552	14	3.2	16	81	18	61	46	2	0	52	1.12
28678--28744	26	2.5	26	76	9	73	35	1	4	58	1.28
28679--28746	27	2.4	29	73	11	70	35	1	4	58	1.27
28872--28956	35	2.4	35	100	0	170	49	5	3	41	1.44
28909--29752	182	4.6	177	72	11	503	39	8	9	42	1.68
29751--29793	14	3.0	14	80	12	52	53	0	0	46	1.00
30067--30666	181	3.4	177	79	8	569	41	10	8	40	1.69
31269--31852	181	3.2	179	77	7	538	44	9	7	38	1.65
32021--32084	24	2.8	24	84	13	73	46	0	0	53	1.00
33439--33489	26	2.0	25	88	7	77	19	17	7	54	1.67
33405--33958	279	2.0	281	92	3	927	29	14	11	44	1.80
34056--34099	22	2.0	22	90	0	70	43	11	11	34	1.77
34445--34510	21	3.2	21	72	18	57	51	9	0	39	1.34
34465--34530	31	2.1	31	83	5	80	53	6	0	40	1.26
34495--34831	181	1.9	181	83	5	439	39	8	9	41	1.69
35398--35444	21	2.2	21	81	7	51	44	2	2	51	1.25
35543--35595	17	3.1	17	79	12	56	54	1	0	43	1.11
35545--35600	22	2.6	23	86	8	73	55	1	0	42	1.10
35731--35755	13	1.9	13	100	0	50	40	8	0	52	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37629--37677	19	2.5	20	81	18	59	53	0	0	46	1.00
37637--37674	12	3.2	12	88	7	51	52	0	0	47	1.00
37979--38033	22	2.5	21	74	8	56	45	3	3	47	1.38
38905--38944	10	3.9	11	87	12	50	52	2	0	45	1.14
38913--38965	13	4.4	12	81	11	56	54	0	0	45	0.99
40034--40077	16	2.6	18	82	17	67	50	0	0	50	1.00
40883--41497	181	3.4	180	77	3	560	41	8	8	42	1.64
41003--41563	181	3.1	177	75	8	531	42	8	8	41	1.64
41604--42105	181	2.8	178	78	5	453	42	10	8	39	1.68
43922--43991	22	3.2	21	80	9	77	50	2	2	44	1.31

Tables:   1   2   3