genome.fa.s669.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168494.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_91, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100055

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44230--45424	181	6.7	181	76	5	1004	39	8	10	41	1.69
44235--45424	362	3.3	356	78	5	1143	40	8	10	41	1.69
45473--45945	178	2.6	178	81	7	544	39	6	9	44	1.63
45842--46068	125	1.8	125	82	3	296	39	7	8	44	1.63
46302--46351	19	2.6	19	87	0	73	42	0	0	58	0.98
48570--48610	21	2.0	21	85	0	55	58	7	12	21	1.58
50658--50770	58	2.0	57	96	1	208	33	11	8	46	1.71
50766--50944	64	2.9	61	90	5	263	32	13	7	45	1.72
50658--50963	132	2.5	122	85	7	411	33	12	7	46	1.71
50982--51044	12	5.3	12	83	9	76	74	0	9	15	1.06
50985--51050	18	3.8	18	80	11	75	74	0	9	16	1.06
50982--51035	6	9.0	6	87	0	72	75	0	7	16	1.01
52947--52998	22	2.5	20	77	22	54	71	1	5	21	1.17
58855--58915	29	2.2	26	85	8	77	45	0	0	54	1.00
59049--59090	21	2.1	19	86	8	57	59	0	2	38	1.10
59170--59223	23	2.3	23	83	3	63	38	1	3	55	1.28
59195--59273	34	2.4	34	83	12	101	49	2	0	48	1.14
59245--59308	16	4.0	16	70	8	58	46	0	3	50	1.17
59465--59528	26	2.4	26	82	7	76	42	4	0	53	1.22
59789--59836	16	3.1	16	77	14	55	41	0	0	58	0.98
60230--60262	15	2.2	15	89	10	50	54	0	3	42	1.15
60306--60338	17	2.0	17	88	5	50	54	0	9	36	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63070--63161	26	3.5	27	74	10	84	47	3	2	46	1.30
64318--64421	38	2.6	40	73	17	101	44	0	2	51	1.22
64815--64910	47	2.0	47	80	11	108	46	2	3	47	1.29
64884--64951	27	2.5	27	80	7	75	50	1	2	45	1.26
65382--65408	14	1.9	14	100	0	54	37	7	0	55	1.28
65419--65509	36	2.5	38	77	8	100	41	3	2	52	1.30
65463--65516	17	3.2	17	80	12	58	38	3	0	57	1.17
65575--65625	24	2.3	22	81	15	61	56	0	0	43	0.99
65736--65778	20	2.0	20	86	8	59	51	2	2	44	1.27
66394--66791	175	2.3	176	79	5	430	39	7	11	41	1.69
66827--66926	37	2.9	37	73	18	92	40	4	2	54	1.31
66883--66948	11	4.8	14	71	26	52	45	0	1	53	1.09
66930--66992	20	3.3	20	72	19	62	47	0	1	50	1.10
66895--66995	30	3.3	30	79	15	93	48	0	0	50	1.07
66916--66981	6	11.3	6	75	15	50	46	0	1	51	1.10
66957--67014	25	2.3	25	79	8	64	50	0	0	50	1.00
67314--67358	22	2.0	22	83	8	56	46	2	2	48	1.26
67731--67777	15	3.1	15	84	3	58	51	0	0	48	1.00
68000--68050	21	2.4	22	81	12	63	43	3	0	52	1.19
68121--68176	25	2.3	24	82	11	62	51	1	1	44	1.22
68261--68318	15	3.8	15	80	11	55	50	0	0	50	1.00
68284--68320	16	2.4	15	90	4	56	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68385--68431	17	2.7	18	80	12	53	61	0	0	38	0.96
68456--68576	22	5.4	22	73	21	92	45	0	0	53	1.06
68608--68640	17	1.9	17	93	0	57	48	6	0	45	1.27
68642--68879	13	17.6	14	65	24	86	52	2	1	43	1.20
68656--68749	12	7.3	12	73	17	57	52	2	1	44	1.20
68700--68763	30	2.1	30	82	5	76	51	1	1	45	1.20
68759--68848	43	2.1	43	78	14	96	56	2	1	40	1.19
68719--68846	60	2.2	59	80	11	145	53	1	0	44	1.15
68767--68892	39	3.2	40	71	18	102	55	2	0	41	1.18
68787--68891	26	3.9	27	75	12	76	56	1	0	40	1.17
68841--68889	16	3.4	16	69	30	56	59	4	0	36	1.17
68798--68863	20	3.4	19	78	19	73	56	1	1	40	1.18
68831--68893	26	2.5	26	94	2	110	57	3	0	39	1.15
69115--69164	22	2.3	22	75	3	57	46	0	0	54	1.00
69234--69298	23	2.7	23	76	9	60	53	3	3	40	1.32
69683--69723	16	2.4	18	84	12	59	60	4	0	34	1.18
70499--70681	82	2.2	82	80	4	199	29	18	18	33	1.95
70918--71007	46	2.0	46	88	0	135	35	14	7	42	1.75
70922--71005	21	3.8	21	76	11	87	35	15	7	41	1.75
71430--71848	126	3.3	126	78	6	422	29	26	10	33	1.90
71430--71844	63	6.6	63	78	6	367	29	26	11	33	1.91
72616--72697	7	11.6	7	77	13	71	2	17	1	79	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72616--72697	13	6.3	13	82	13	98	2	17	1	79	0.91
72621--72689	31	2.3	30	90	7	104	0	15	1	82	0.74
72622--72697	6	12.0	6	82	14	91	1	17	1	80	0.85
72890--72925	17	2.1	18	94	5	65	55	0	0	44	0.99
74118--74156	4	9.8	4	83	10	53	51	0	0	48	1.00
74079--74156	12	6.4	13	73	11	51	44	2	2	50	1.29
74238--74267	7	4.4	7	95	4	53	40	0	0	60	0.97
74238--74280	13	3.2	13	83	12	52	37	0	0	62	0.95
74470--74515	6	7.7	6	81	13	51	56	0	0	43	0.99
74487--74522	16	2.2	16	95	0	63	55	0	0	44	0.99
74617--74652	19	1.9	19	88	5	56	63	0	0	36	0.94
74695--74751	27	2.2	25	84	12	71	54	1	0	43	1.10
74769--74857	39	2.4	35	85	12	108	42	1	1	55	1.14
74769--74864	12	7.9	12	74	20	76	43	2	1	53	1.19
74999--75041	22	2.0	22	81	9	52	53	9	0	37	1.33
75669--75699	15	2.0	16	93	6	55	38	0	0	61	0.96
75993--76061	3	22.0	3	76	19	61	59	1	1	37	1.15
76676--77229	182	3.1	178	80	7	584	42	11	7	38	1.70
78084--78347	21	12.0	21	74	15	180	35	16	9	38	1.82
78084--78344	46	5.9	42	80	11	229	35	16	9	38	1.81
78108--78344	67	3.5	66	89	2	314	35	16	10	38	1.82
78126--78344	46	4.8	45	81	10	234	33	16	10	39	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79423--79465	16	2.7	16	79	13	52	53	2	0	44	1.13
79729--79772	15	2.8	16	79	6	54	54	0	0	45	0.99
80002--80040	19	2.1	18	90	4	60	35	5	5	53	1.45
80397--80434	20	1.9	20	94	0	67	44	0	7	47	1.32
80548--80610	24	2.6	23	78	16	65	50	1	3	44	1.27
81619--81664	23	2.0	23	83	8	58	41	4	4	50	1.42
83212--83249	18	2.1	19	85	14	53	44	7	0	47	1.32
83277--83329	21	2.5	21	81	12	63	50	3	3	41	1.38
83411--83460	17	2.8	19	82	14	70	44	0	2	54	1.11
84204--84264	20	3.0	21	86	11	74	40	0	4	54	1.22
84563--84621	22	2.6	23	78	5	66	57	1	0	40	1.09
84867--84925	23	2.5	24	75	21	63	52	0	0	47	1.00
84878--84910	16	2.0	17	94	5	59	54	0	0	45	0.99
84867--84927	16	3.6	18	72	22	51	52	0	0	47	1.00
84941--85016	33	2.5	30	77	12	75	50	3	1	44	1.29
85012--85052	18	2.2	19	83	12	50	36	0	2	60	1.10
85349--85436	38	2.4	36	81	14	99	42	0	3	54	1.17
85828--85878	22	2.3	22	75	0	57	49	0	0	50	1.00
86474--86538	34	1.9	33	81	9	78	44	1	1	52	1.19
87126--87208	28	3.1	28	75	14	86	40	1	3	54	1.26
87204--87250	14	3.5	13	80	11	51	51	2	0	46	1.13
87864--87894	15	2.0	16	93	6	55	45	6	3	45	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87973--88015	14	3.1	14	82	0	50	58	0	2	39	1.11
87999--88043	23	1.9	24	81	4	56	53	4	0	42	1.21
88575--88690	60	1.9	63	82	12	152	48	2	0	48	1.21
88635--88685	17	3.3	15	79	15	59	41	0	0	58	0.98
88601--88705	32	3.3	32	72	21	89	48	2	0	48	1.16
88726--88759	16	2.1	17	88	5	52	44	0	0	55	0.99
88805--88871	16	4.2	16	73	16	59	53	1	1	43	1.19
88805--88848	19	2.2	21	92	8	74	56	0	0	43	0.99
88833--90079	181	7.0	177	79	7	976	40	10	8	40	1.69
88883--90079	353	3.4	349	75	9	1005	40	10	7	40	1.69

Tables:   1   2   3