genome.fa.s673.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168498.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_95, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  90895

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39--1195	181	6.4	180	75	8	800	41	10	7	40	1.68
39--1254	362	3.4	357	75	7	1045	41	10	7	39	1.68
1548--2228	181	3.8	179	75	6	550	42	8	8	40	1.66
2225--3728	181	8.4	179	76	6	1156	42	8	8	40	1.67
2225--3728	534	2.8	533	78	7	1438	42	8	8	40	1.67
3938--4250	161	1.9	161	83	2	405	42	9	9	39	1.69
4318--4378	24	2.6	24	82	12	65	54	3	4	37	1.39
4099--4479	181	2.1	180	84	3	480	39	8	9	43	1.66
4528--5619	180	6.1	180	73	9	751	41	9	8	41	1.67
5115--5425	170	1.8	170	81	5	387	40	9	7	42	1.66
8756--9119	181	2.0	180	80	2	399	44	9	7	38	1.65
9615--9652	14	2.7	14	84	11	51	57	0	0	42	0.98
9634--9681	17	2.9	17	75	3	53	52	0	0	47	1.00
9909--9947	18	2.1	18	95	4	69	51	0	0	48	1.00
9914--9953	18	2.2	18	86	4	53	52	2	0	45	1.14
11014--11046	17	1.9	17	88	11	50	39	0	0	60	0.97
11807--11874	26	2.7	24	75	6	64	48	0	5	45	1.26
12012--12128	20	5.3	22	65	25	52	47	1	1	49	1.21
12089--12134	22	2.0	22	88	12	67	45	0	0	54	0.99
12064--12136	27	2.7	26	81	14	69	47	1	0	50	1.09
12253--12301	19	2.5	20	80	16	57	46	0	0	53	1.00
12632--12661	14	2.1	14	93	0	51	46	3	0	50	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13284--13308	13	1.9	13	100	0	50	52	0	0	48	1.00
13255--13321	28	2.4	28	80	12	66	47	1	1	49	1.19
13290--13353	20	3.0	20	77	11	58	43	0	0	56	0.99
13325--13377	17	3.1	17	76	7	54	43	0	1	54	1.11
13295--13369	22	3.5	22	78	14	68	44	0	1	54	1.08
13438--13489	24	2.2	25	79	10	63	53	0	5	40	1.25
13445--13491	24	2.0	23	87	4	67	53	0	4	42	1.20
13460--13511	11	4.5	11	75	17	52	50	0	1	48	1.12
13999--14173	92	1.9	92	79	2	199	45	9	10	33	1.72
14078--14426	181	1.9	180	82	6	429	42	9	8	39	1.69
14391--14455	31	2.1	31	85	5	87	43	0	4	52	1.22
14409--14456	13	3.5	13	80	8	51	47	0	2	50	1.12
15127--15175	25	2.0	25	88	8	73	59	8	12	20	1.58
16677--16730	22	2.5	22	87	6	74	40	5	0	53	1.24
17137--17186	10	4.9	10	80	9	57	40	2	2	56	1.22
17179--17601	180	2.3	181	80	6	430	39	6	8	44	1.62
17265--17900	345	1.9	342	81	5	771	40	8	9	41	1.67
17998--18375	178	2.1	180	83	4	476	41	8	9	40	1.68
20382--20507	61	2.0	64	83	14	163	40	7	17	34	1.77
21332--22446	181	6.1	180	76	9	892	42	9	7	39	1.67
21582--21614	18	1.9	17	88	11	50	39	6	6	48	1.53
22665--22716	14	3.3	16	82	17	65	50	0	1	48	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22663--22716	11	5.3	10	74	26	51	50	0	1	48	1.11
23647--23679	18	1.9	17	88	11	50	48	6	6	39	1.53
23442--24699	181	7.0	179	75	8	912	41	7	10	41	1.67
24919--24962	20	2.3	19	84	11	54	52	0	6	40	1.28
24700--25873	181	6.5	179	77	6	948	41	7	9	42	1.65
24700--25878	538	2.2	534	79	6	1216	41	7	9	42	1.65
25899--25931	18	1.9	17	88	11	50	39	6	6	48	1.53
25902--26397	181	2.7	180	77	2	485	37	9	10	43	1.71
26261--26293	18	1.9	17	88	11	50	39	12	6	42	1.67
26513--27348	181	4.7	179	79	5	780	39	11	8	41	1.70
27250--27482	124	1.9	124	80	5	274	35	11	10	42	1.76
27375--27923	181	3.1	179	77	9	503	42	10	7	39	1.67
27655--27984	177	1.8	178	80	7	400	43	10	8	38	1.68
28720--28752	18	1.9	17	88	11	50	48	9	6	36	1.60
28356--29511	359	3.2	360	75	6	814	38	6	10	43	1.66
28950--29381	180	2.4	179	81	3	474	37	6	9	46	1.61
29427--29459	16	2.0	17	88	5	50	48	3	9	39	1.50
29654--29687	16	2.1	16	94	0	59	52	0	0	47	1.00
30032--30096	29	2.4	26	74	18	62	52	0	1	46	1.10
30073--30161	35	2.6	34	81	10	94	49	1	0	49	1.08
30110--30159	26	1.9	26	84	15	68	48	0	0	52	1.00
30122--30335	12	16.6	13	65	22	71	51	0	2	45	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30121--30314	6	28.7	7	66	24	62	52	0	2	45	1.12
30102--30183	22	3.7	22	77	9	78	53	0	0	46	1.00
30102--30287	24	7.9	24	66	27	71	52	0	2	45	1.12
30199--30294	23	4.4	22	71	19	67	55	0	1	43	1.06
30210--30275	20	3.3	20	75	8	71	56	0	0	43	0.99
30037--30283	9	29.2	9	68	21	74	52	0	2	45	1.15
30137--30255	52	2.3	53	76	15	122	54	0	3	42	1.17
30639--30688	9	5.7	9	76	4	57	48	0	4	48	1.20
30762--30791	14	2.1	15	93	6	53	40	0	0	60	0.97
31013--31062	24	2.0	25	84	3	66	50	2	0	48	1.12
31835--31888	18	2.9	18	82	17	67	48	0	1	50	1.11
32749--32805	23	2.3	25	85	11	73	49	0	3	47	1.18
32964--33003	13	2.9	14	81	11	55	45	0	0	55	0.99
33360--33408	22	2.1	23	88	11	73	53	2	0	44	1.12
33346--33401	17	3.4	17	73	16	55	51	0	0	48	1.00
33346--33409	31	2.0	32	82	8	78	53	1	0	45	1.10
33622--33672	15	3.5	15	75	2	50	52	0	0	47	1.00
34425--34469	23	1.9	24	90	4	74	48	0	2	48	1.13
34534--34592	14	4.1	15	74	12	52	49	1	0	49	1.11
34549--34643	19	4.9	20	69	20	51	51	3	0	45	1.17
34859--34904	15	3.1	15	82	11	51	50	2	0	47	1.13
34874--34926	21	2.5	22	75	19	60	49	5	0	45	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35184--35247	29	2.2	30	86	8	87	39	0	3	57	1.14
35186--35274	10	8.1	11	66	17	51	41	1	3	53	1.24
35475--35516	12	3.2	13	83	10	59	47	0	0	52	1.00
35842--35912	25	2.8	26	78	4	74	50	1	1	46	1.18
36413--36466	25	2.2	24	83	6	65	55	0	0	44	0.99
37138--37198	19	3.3	18	75	8	52	54	0	0	45	1.00
37115--37179	25	2.7	25	86	13	93	53	0	0	46	1.00
37593--37641	14	3.3	14	76	15	53	46	0	2	51	1.12
37869--37903	17	2.1	16	89	5	52	51	2	0	45	1.16
38056--38122	31	2.2	31	79	15	77	47	2	0	49	1.16
38148--38191	13	3.2	13	83	6	52	45	6	0	47	1.29
38607--38685	35	2.3	34	80	10	88	51	3	2	41	1.33
38754--38840	10	9.0	10	72	14	67	48	0	2	49	1.13
38749--38825	6	12.8	6	70	20	54	48	0	2	49	1.15
38784--38852	18	3.9	17	80	12	70	52	1	1	44	1.19
38759--38825	29	2.3	30	86	2	91	49	0	2	47	1.16
38832--38878	16	2.9	16	84	6	60	46	4	0	48	1.21
38951--38993	22	2.0	22	86	9	61	53	6	0	39	1.28
39433--39480	14	3.4	14	82	2	60	43	0	0	56	0.99
39423--39480	29	2.0	29	87	9	84	48	0	0	51	1.00
39692--41361	181	9.3	179	79	7	1365	40	8	10	40	1.70
39693--41361	360	4.6	357	77	8	1455	40	8	10	40	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
41992--42748	181	4.2	177	77	7	608	39	7	10	42	1.68
42514--42975	227	2.0	226	80	3	509	38	9	9	42	1.70
43208--43239	14	2.1	16	88	11	50	53	0	3	43	1.16
44638--44704	26	2.6	27	75	11	70	49	0	1	49	1.10
44645--44717	35	2.1	35	82	5	85	50	1	1	46	1.18
44881--44956	24	3.2	23	76	9	64	51	1	3	43	1.28
45596--45652	17	3.2	18	72	20	57	47	3	0	49	1.18
45736--45806	7	10.7	7	78	11	53	50	1	2	45	1.25
47282--47331	24	2.0	26	82	17	63	50	2	0	48	1.12
48211--48452	128	1.9	128	83	3	317	42	8	10	37	1.71

Tables:   1   2   3