genome.fa.s673.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168498.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_95, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  90895

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48636--48673	14	2.7	14	84	8	51	57	0	0	42	0.98
48690--48776	34	2.6	34	80	8	90	47	0	0	52	1.00
48714--48814	13	8.3	13	68	18	56	48	0	0	51	1.00
48871--48919	13	3.6	14	77	17	50	48	2	0	48	1.12
49738--49777	14	2.8	14	88	3	53	37	2	5	55	1.35
49832--49857	11	2.4	11	100	0	52	34	0	7	57	1.27
50190--50231	17	2.5	18	81	14	54	50	0	4	45	1.23
51092--51134	17	2.5	18	81	11	54	51	2	0	46	1.13
51217--51322	6	17.3	6	71	19	60	46	1	1	50	1.23
51210--51351	13	11.5	13	71	20	83	44	2	1	51	1.25
51210--51322	19	6.1	19	69	21	71	45	2	1	50	1.26
51224--51357	25	5.0	26	71	21	82	46	1	1	50	1.19
51402--51449	17	2.8	17	75	12	53	50	0	0	50	1.00
52109--52314	107	1.9	107	94	1	362	44	5	6	44	1.52
52568--52633	31	2.3	31	82	10	77	48	0	1	50	1.10
52909--52954	21	2.0	21	84	12	56	54	0	0	45	0.99
53432--53530	40	2.4	41	79	12	107	54	3	0	42	1.15
53619--53702	24	3.5	24	76	20	77	51	0	1	47	1.08
53629--53677	18	2.7	18	79	14	57	53	0	0	46	1.00
53653--53729	21	3.6	21	72	24	56	54	0	2	42	1.14
53814--53852	21	1.9	20	84	5	51	48	5	2	43	1.38
53836--53933	35	2.9	34	79	15	105	51	3	1	44	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54927--54981	23	2.6	21	72	16	51	47	3	0	49	1.19
56137--56689	180	3.1	179	79	5	600	38	7	10	43	1.69
57050--58048	181	5.6	180	74	6	706	43	8	7	40	1.63
57886--58156	144	1.9	146	85	3	377	42	8	7	42	1.63
58670--58713	18	2.4	19	84	7	63	50	2	2	45	1.27
58762--58787	12	2.2	12	100	0	52	42	0	0	57	0.98
59083--59161	40	2.0	38	81	13	90	44	1	5	49	1.32
59414--59455	14	3.1	14	79	3	50	40	0	2	57	1.12
59435--59475	17	2.3	18	76	19	50	43	2	0	53	1.13
59531--59640	42	2.6	43	81	10	118	50	4	0	43	1.28
60053--60101	18	2.8	18	84	9	57	46	0	2	51	1.12
60886--60925	20	1.9	22	90	10	66	47	0	0	52	1.00
61040--61066	13	2.1	13	100	0	54	29	7	0	62	1.22
61735--61773	10	3.7	10	83	10	51	53	0	0	46	1.00
61747--61792	15	2.9	15	81	15	56	47	2	0	50	1.13
61745--61791	18	2.5	19	76	13	53	51	2	0	46	1.13
62493--62546	27	2.0	28	85	3	74	46	1	7	44	1.42
63465--63499	10	3.7	10	85	14	56	45	0	0	54	0.99
63566--63603	20	1.9	20	88	0	58	34	7	2	55	1.43
63764--63831	30	2.3	30	82	9	86	51	4	0	44	1.21
63994--64055	20	3.0	20	84	11	74	54	0	0	45	0.99
64042--64107	17	4.1	17	69	18	52	45	0	1	53	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64035--64147	60	1.9	59	80	5	129	46	0	2	51	1.15
64061--64139	30	2.6	30	79	15	74	45	0	2	51	1.14
64140--64862	179	4.0	181	74	9	525	40	7	11	41	1.68
65438--65471	15	2.3	15	90	10	52	52	0	0	47	1.00
65399--65476	38	2.0	41	82	12	101	47	1	1	50	1.17
65974--67359	543	2.6	538	80	4	1492	39	8	10	41	1.69
65974--67359	181	7.7	179	78	6	1278	39	8	10	41	1.69
67459--67991	181	2.9	180	81	3	633	41	9	10	38	1.71
67955--67987	18	1.9	17	88	11	50	48	6	6	39	1.53
67950--67996	19	2.7	18	80	12	62	44	4	10	40	1.59
68211--70703	181	13.9	181	76	7	1870	41	10	7	39	1.69
68222--70703	356	6.9	353	76	7	1603	41	10	7	39	1.68
68222--70665	537	4.5	537	75	8	1262	41	10	7	39	1.68
71082--71115	17	1.9	18	88	5	52	61	0	0	38	0.96
71130--71199	20	3.4	19	76	20	70	50	4	1	44	1.30
71398--71444	18	2.5	18	83	16	60	42	0	0	57	0.98
71403--71446	22	2.0	23	82	13	56	43	0	0	56	0.99
73138--73203	9	7.4	9	71	20	50	48	1	0	50	1.10
73173--73207	18	2.1	16	89	10	52	54	0	0	45	0.99
73182--73213	12	2.6	13	90	9	50	53	0	0	46	1.00
73566--74024	180	2.5	181	80	5	491	44	10	7	38	1.66
74386--74423	19	2.0	19	85	10	51	44	5	0	50	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74661--74700	22	1.9	22	85	10	57	40	0	0	60	0.97
74653--74795	58	2.5	59	73	14	145	45	0	2	51	1.18
74971--75008	19	2.1	18	85	14	51	39	2	5	52	1.38
75120--75188	31	2.3	31	82	10	88	50	1	2	44	1.25
75587--75619	17	1.9	17	93	0	57	51	0	0	48	1.00
75621--75683	14	4.6	14	70	16	51	42	4	1	50	1.32
75746--75815	24	3.1	21	78	12	52	55	0	0	44	0.99
75895--76740	176	4.8	176	79	5	821	41	8	9	40	1.69
77243--77394	22	7.2	22	71	22	103	47	1	1	49	1.21
77268--77377	47	2.3	48	83	14	140	47	1	0	50	1.11
77442--77518	16	4.8	16	74	19	79	49	1	0	49	1.09
77442--77518	33	2.4	34	82	10	99	49	1	0	49	1.09
77604--77683	6	14.2	6	70	23	50	50	2	1	46	1.23
77611--77671	15	3.7	15	74	23	52	54	1	1	42	1.20
77612--77677	33	2.1	33	81	16	77	53	3	1	42	1.25
77754--77844	10	9.8	9	75	16	64	43	1	3	51	1.25
77757--77804	21	2.3	21	89	7	71	39	2	4	54	1.32
78344--78409	10	6.2	10	75	18	62	46	3	0	50	1.16
78548--78590	19	2.2	19	87	8	59	55	2	2	39	1.25
79276--79332	20	2.8	20	71	12	53	45	0	0	54	0.99
79266--79344	25	3.2	25	82	10	74	46	0	1	51	1.08
79303--79362	24	2.5	24	78	7	68	43	0	1	55	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79380--79438	19	3.1	19	78	4	64	47	0	0	52	1.00
79953--79993	16	2.6	16	84	0	55	43	2	0	53	1.13
79947--79999	16	3.3	16	78	5	54	41	1	0	56	1.10
80150--80206	22	2.6	22	83	8	71	49	1	0	49	1.11
80147--80203	18	3.5	17	79	15	59	47	1	0	50	1.11
80174--80223	22	2.3	22	82	6	57	44	4	2	50	1.32
80296--80352	24	2.3	24	80	16	64	49	0	0	50	1.00
80286--80377	38	2.5	35	75	15	85	47	1	1	50	1.15
80649--80718	25	2.6	27	80	8	74	50	1	1	47	1.19
80664--80718	25	2.2	25	87	6	76	49	1	0	49	1.11
80816--80880	16	4.3	15	74	21	64	41	1	0	56	1.08
81278--81333	29	1.9	29	82	13	71	44	0	1	53	1.11
81296--81350	26	2.1	26	83	6	67	41	1	5	50	1.36
81368--81434	28	2.4	28	83	16	86	52	1	4	41	1.31
81567--81622	9	5.9	10	75	23	50	44	0	0	55	0.99
82123--82164	22	2.0	21	86	13	59	50	2	0	47	1.14
82134--82172	15	2.5	16	88	12	55	48	5	0	46	1.24
82292--82325	11	3.1	11	84	16	52	47	0	0	52	1.00
83322--83386	32	2.0	33	88	8	98	50	0	3	46	1.17
83342--83398	12	5.1	12	76	23	54	49	0	3	47	1.18
83328--83398	32	2.2	31	85	9	90	52	0	2	45	1.15
83829--83916	34	2.7	32	80	15	101	45	0	0	54	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83831--83923	27	3.5	27	78	20	106	45	0	0	54	0.99
83834--83975	22	6.2	22	69	21	62	49	1	0	48	1.15
83829--83929	37	2.8	35	78	11	107	46	0	0	53	1.00
83827--83954	42	3.2	40	75	17	106	46	1	0	50	1.16
84018--84044	14	1.9	14	100	0	54	48	0	0	51	1.00
84082--84113	12	2.8	12	95	4	57	50	0	0	50	1.00
84163--84546	179	2.1	178	82	7	449	42	11	6	39	1.66
84163--84580	181	2.3	179	80	6	463	41	11	6	40	1.66
84573--84642	30	2.3	29	77	17	72	50	1	1	47	1.19
84604--84637	17	2.0	17	88	0	50	55	2	0	41	1.15

Tables:   1   2   3