genome.fa.s676.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168501.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_98, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  90112

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36--115	6	14.2	6	70	23	50	50	2	1	46	1.23
43--103	15	3.7	15	74	23	52	54	1	1	42	1.20
44--109	33	2.1	33	81	16	77	53	3	1	42	1.25
186--276	10	9.8	9	75	16	64	43	1	3	51	1.25
189--236	21	2.3	21	89	7	71	39	2	4	54	1.32
349--382	15	2.3	15	89	0	50	47	5	0	47	1.26
772--837	10	6.2	10	75	18	62	46	3	0	50	1.16
976--1018	19	2.2	19	87	8	59	55	2	2	39	1.25
1644--1679	18	1.9	19	88	5	56	52	0	0	47	1.00
1645--1726	25	3.1	25	70	21	60	53	2	0	43	1.13
1703--1752	19	2.6	19	84	6	57	44	0	0	56	0.99
1693--1769	24	3.2	24	78	12	68	46	0	1	51	1.09
1805--1863	19	3.1	19	78	4	64	47	0	0	52	1.00
2516--2548	14	2.3	15	90	10	52	60	0	9	30	1.27
2720--2756	18	2.1	18	89	0	56	45	0	0	54	1.00
3063--3132	25	2.6	27	80	8	74	50	1	1	47	1.19
3078--3132	25	2.2	25	87	6	76	49	1	0	49	1.11
3231--3295	15	4.3	15	77	18	64	43	1	0	55	1.09
3681--3733	24	2.2	24	82	0	61	49	0	1	49	1.12
3702--3754	10	5.3	10	78	14	56	43	0	1	54	1.11
3827--3896	32	2.2	33	82	12	83	44	4	2	48	1.37
3986--4058	36	2.0	38	86	10	107	43	0	1	54	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3991--4069	36	2.2	36	82	10	101	45	0	1	53	1.08
4543--4584	22	2.0	21	86	13	59	50	2	0	47	1.14
4554--4592	15	2.5	16	88	12	55	48	5	0	46	1.24
5727--5791	32	2.0	33	88	8	98	50	0	3	46	1.17
5747--5803	12	5.1	12	76	23	54	49	0	3	47	1.18
5733--5803	32	2.2	31	85	9	90	52	0	2	45	1.15
6235--6322	34	2.7	32	80	15	101	45	0	0	54	0.99
6237--6329	27	3.5	27	78	20	106	45	0	0	54	0.99
6240--6381	22	6.2	22	70	21	71	49	0	0	49	1.11
6235--6335	37	2.8	35	78	11	107	46	0	0	53	1.00
6233--6360	42	3.2	40	75	17	106	46	0	0	51	1.11
6425--6451	14	1.9	14	100	0	54	48	0	0	51	1.00
6420--6488	13	5.6	12	72	16	52	47	0	1	50	1.09
6535--6951	179	2.3	179	82	6	470	41	11	6	40	1.67
6978--7057	28	2.8	30	79	9	78	52	1	0	46	1.08
7248--7330	32	2.7	30	75	17	80	42	1	6	50	1.34
7592--7645	17	3.4	16	76	21	51	57	1	0	40	1.09
7775--7816	17	2.4	17	81	14	50	38	4	4	52	1.44
8030--8078	21	2.3	22	79	13	57	51	0	0	48	1.00
8016--8080	26	2.4	27	73	14	64	50	0	0	49	1.00
8963--9008	16	3.1	15	78	12	51	43	2	0	54	1.12
9150--9208	22	2.7	22	82	17	63	61	0	3	35	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10783--10828	19	2.2	23	85	14	64	50	0	0	50	1.00
10786--10880	17	5.6	17	67	20	56	46	0	1	52	1.07
10834--10911	30	2.6	30	78	15	72	46	1	1	51	1.17
12079--12125	16	2.8	18	81	15	64	51	0	0	48	1.00
12084--12158	14	5.2	14	73	19	57	48	1	0	50	1.09
12128--12175	21	2.3	21	85	0	60	47	2	0	50	1.12
12352--12400	24	2.0	24	88	7	73	40	2	0	57	1.10
12352--12391	12	3.3	12	83	10	55	42	0	0	57	0.98
12943--12984	16	2.7	16	82	17	61	54	0	0	45	0.99
13763--13808	8	5.9	8	78	14	51	47	0	2	50	1.13
13763--13810	14	3.2	14	80	11	51	47	0	2	50	1.12
13969--14049	29	2.7	31	76	17	84	53	2	1	43	1.22
14101--14134	16	2.2	15	89	5	50	32	2	2	61	1.26
14475--14539	27	2.4	27	77	20	66	43	3	0	53	1.16
14527--14572	19	2.5	19	79	13	51	41	2	4	52	1.33
14567--14632	14	4.8	13	73	15	62	45	1	3	50	1.26
14938--14983	24	2.0	24	86	4	67	50	0	4	45	1.21
14944--15007	21	3.0	20	82	13	58	50	0	1	48	1.10
15115--15185	31	2.3	31	80	7	74	50	1	1	46	1.18
15377--15452	25	3.1	24	75	16	75	47	1	1	50	1.18
15377--15452	12	6.2	12	69	14	57	47	1	1	50	1.18
15448--15513	33	2.0	32	83	16	82	48	3	0	48	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16000--16048	18	2.8	18	76	17	50	57	0	0	42	0.99
16178--16252	29	2.6	29	79	16	84	45	1	2	50	1.24
16198--16340	28	5.0	28	72	17	89	48	1	2	47	1.22
17031--17077	16	2.8	16	83	9	58	36	0	8	55	1.31
17173--17312	26	5.6	25	71	18	71	45	1	1	52	1.18
17541--17589	2	27.0	2	78	19	54	46	2	0	51	1.12
17541--17634	8	13.0	7	71	17	59	46	1	1	51	1.15
17545--17632	15	5.7	16	71	12	60	46	1	1	51	1.15
17545--17645	28	3.5	28	79	12	82	48	0	0	49	1.14
17580--17647	27	2.5	28	79	9	77	48	0	1	50	1.10
17779--17839	18	3.1	19	72	11	52	44	1	0	54	1.10
18051--18132	41	2.0	41	81	9	96	39	1	2	57	1.20
18180--18252	29	2.5	29	80	10	78	46	0	2	50	1.15
18508--18556	21	2.3	21	82	6	55	53	8	2	36	1.43
18622--18676	19	2.8	21	78	15	64	52	1	3	41	1.29
19345--19386	17	2.4	18	80	7	52	33	0	0	66	0.92
19732--19772	14	3.0	14	83	16	59	41	2	0	56	1.13
20289--20360	6	12.0	6	69	16	51	45	1	5	47	1.34
20316--20358	18	2.3	18	85	14	61	41	0	9	48	1.35
20324--20359	18	1.9	18	94	5	63	38	0	8	52	1.32
21143--21211	19	3.3	20	69	16	59	44	1	5	47	1.35
21138--21234	43	2.2	43	82	8	126	47	1	4	47	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23004--23056	19	3.1	19	73	26	55	41	0	1	56	1.10
23190--23238	17	3.0	17	77	17	59	53	0	0	46	1.00
23225--23287	14	4.8	14	72	18	55	53	1	1	42	1.19
23189--23261	32	2.3	31	79	13	85	54	0	1	43	1.08
23197--23285	12	7.2	13	70	21	59	53	1	1	43	1.15
23187--23287	12	8.6	12	67	21	54	54	0	0	43	1.13
23255--23296	17	2.5	17	88	3	59	52	4	0	42	1.22
24022--24073	16	3.1	16	81	8	50	50	3	3	42	1.39
24142--24193	22	2.4	22	81	18	72	48	0	0	51	1.00
25186--25219	17	2.0	17	88	0	50	41	0	2	55	1.15
26422--26466	15	2.8	16	87	12	58	51	0	0	48	1.00
26422--26502	14	5.7	14	73	20	62	49	1	0	49	1.08
26472--26519	21	2.3	21	85	0	60	47	2	0	50	1.12
26700--26739	19	2.1	19	85	0	53	45	0	0	55	0.99
26697--26737	12	3.3	12	83	6	55	43	0	0	56	0.99
27302--27343	16	2.7	16	79	17	52	52	2	0	45	1.13
28113--28156	14	3.2	14	80	6	54	50	2	0	47	1.13
28930--28962	16	2.1	15	94	5	57	57	0	0	42	0.98
28949--29005	20	2.8	21	79	15	66	52	1	3	42	1.28
29687--29733	17	2.7	18	81	15	55	38	0	0	61	0.96
29996--30048	18	2.9	20	72	27	55	56	3	0	39	1.17
30280--30339	24	2.5	23	82	12	77	48	0	1	50	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30282--30338	21	2.8	21	78	7	55	49	0	1	49	1.11
30821--30857	13	2.9	13	92	4	58	51	2	0	45	1.15
30823--30862	13	3.3	12	89	6	55	47	2	0	50	1.14
31265--31329	27	2.4	27	77	20	66	43	3	0	53	1.16
31356--31421	14	4.8	13	71	15	53	43	3	3	50	1.33
31756--31801	24	2.0	24	86	4	67	50	0	4	45	1.21
31762--31825	21	3.0	20	82	13	58	50	0	1	48	1.10
31930--32000	31	2.3	31	80	7	74	50	1	1	46	1.18
32169--32272	30	3.7	28	73	21	67	47	1	2	48	1.28
32222--32300	30	2.6	30	82	6	97	46	2	0	50	1.14

Tables:   1   2   3