genome.fa.s676.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168501.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_98, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  90112

Tables:   1   2   3   

This is table  3  of  3  ( 334 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62416--62861	179	2.5	181	80	7	453	39	7	10	41	1.68
62879--62911	13	2.8	12	90	9	50	48	0	0	51	1.00
62950--62976	14	1.9	14	100	0	54	51	0	0	48	1.00
63022--63163	22	6.8	21	70	20	77	49	1	0	48	1.15
63068--63163	19	4.9	19	67	31	60	53	0	0	46	1.00
63042--63172	36	3.2	41	75	18	112	50	1	0	47	1.15
63076--63167	26	3.7	25	78	16	93	54	0	0	45	0.99
63607--63651	20	2.2	21	88	11	67	51	2	0	46	1.13
63826--63878	23	2.4	21	78	12	54	52	0	3	43	1.19
64798--64836	15	2.5	16	88	12	55	46	0	5	48	1.24
64806--64847	22	2.0	21	86	13	59	47	0	2	50	1.14
65265--65298	17	1.9	17	88	5	50	50	5	2	41	1.42
65332--65404	36	2.0	36	86	10	103	56	0	0	43	0.99
65347--65464	9	12.4	9	70	21	64	51	0	2	44	1.20
65622--65676	26	2.1	26	83	6	67	50	5	1	41	1.36
65639--65694	29	1.9	29	82	13	71	53	1	0	44	1.11
66121--66186	15	4.3	15	81	12	73	56	0	1	42	1.08
66148--66198	16	3.1	16	80	8	59	54	0	0	45	0.99
66121--66197	23	3.3	23	76	21	79	55	0	1	42	1.07
66285--66339	25	2.2	25	87	6	76	49	0	1	49	1.11
66285--66354	26	2.6	28	78	13	85	47	1	1	50	1.19
66819--66875	18	3.5	17	79	15	59	50	0	1	47	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66816--66872	22	2.6	23	83	8	73	49	0	1	49	1.11
66816--66875	26	2.5	22	80	17	59	50	0	1	48	1.11
67146--67189	22	2.0	23	86	13	65	45	2	2	50	1.27
67305--67368	15	4.1	15	80	11	76	45	1	0	53	1.10
67429--67466	19	2.0	19	85	10	51	39	0	7	52	1.31
67591--67664	30	2.5	30	75	18	75	52	1	0	45	1.09
67631--67687	24	2.5	24	83	11	66	59	1	0	38	1.08
67668--67718	24	2.2	24	83	13	63	47	0	0	52	1.00
68846--68915	20	3.7	19	71	21	58	51	2	2	42	1.31
68992--69036	15	2.8	16	87	12	58	51	0	0	48	1.00
68992--69072	14	5.7	14	73	20	62	49	1	0	49	1.08
69042--69089	21	2.3	21	85	0	60	47	2	0	50	1.12
69270--69309	19	2.1	19	85	0	53	45	0	0	55	0.99
69267--69307	12	3.3	12	83	6	55	43	0	0	56	0.99
69860--69901	16	2.7	16	79	17	52	52	2	0	45	1.13
70512--70579	33	2.1	31	81	10	75	44	5	1	48	1.36
70658--70703	8	5.9	8	78	14	51	47	0	2	50	1.13
70658--70705	14	3.2	14	80	11	51	47	0	2	50	1.12
70864--70920	14	4.0	14	75	8	53	52	1	1	43	1.21
70864--70909	14	3.2	14	78	6	56	50	2	2	45	1.26
71429--71477	21	2.3	21	82	6	55	53	8	2	36	1.43
71524--71556	16	2.1	15	94	5	57	57	0	0	42	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71543--71599	20	2.8	21	79	15	66	52	1	3	42	1.28
72096--72141	20	2.4	18	82	7	56	43	0	0	56	0.99
72272--72332	28	2.2	27	82	8	77	44	0	1	54	1.10
72642--72701	27	2.3	25	81	16	68	46	1	0	51	1.10
73218--73255	18	2.1	19	90	5	60	44	2	5	47	1.39
74050--74120	19	3.2	23	69	25	71	43	1	5	49	1.35
75891--75945	17	3.1	17	82	15	58	41	0	0	58	0.98
75892--75933	12	3.5	12	81	9	50	42	0	0	57	0.99
76076--76174	12	8.4	12	70	25	52	54	1	1	43	1.13
76143--76183	16	2.5	17	92	4	66	51	4	0	43	1.23
76469--76502	18	1.9	17	94	5	59	44	0	0	55	0.99
77011--77044	13	2.6	13	86	13	52	55	0	0	44	0.99
77972--78073	17	5.9	17	64	20	52	49	0	0	49	1.14
78027--78104	30	2.6	30	78	15	72	46	1	1	51	1.17
80090--80153	32	2.0	33	87	9	96	51	0	3	45	1.17
80109--80165	12	5.1	12	76	23	54	49	0	3	47	1.18
80095--80165	32	2.2	31	85	9	90	52	0	2	45	1.15
80600--80700	37	2.8	34	80	11	112	47	0	0	52	1.00
80647--80698	19	2.7	19	80	14	61	51	0	0	48	1.00
80638--80753	22	5.1	23	72	19	84	51	0	1	45	1.17
80593--80753	42	3.8	43	77	18	135	49	0	1	47	1.16
80790--80816	14	1.9	14	100	0	54	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80924--81354	179	2.4	181	82	6	484	42	10	6	40	1.65
81347--81416	30	2.3	29	77	17	72	50	1	1	47	1.19
81378--81411	17	2.0	17	88	0	50	55	2	0	41	1.15
81578--81640	32	1.9	33	83	6	83	47	4	3	44	1.40
82446--82494	21	2.3	22	79	13	57	51	0	0	48	1.00
82432--82496	26	2.4	27	73	14	64	50	0	0	49	1.00
83373--83431	20	3.0	20	75	5	57	45	0	0	54	0.99
83372--83433	18	3.8	17	76	20	53	45	0	0	54	0.99
83377--83432	23	2.5	22	76	2	58	44	0	0	55	0.99
85405--85499	40	2.4	41	79	15	101	44	5	2	48	1.37
86008--86038	16	1.9	16	93	0	53	48	3	0	48	1.17
86176--86213	14	2.7	14	80	15	51	44	0	2	52	1.14
86261--86305	18	2.4	18	92	3	72	48	6	0	44	1.29
87490--87519	15	1.9	16	93	6	53	36	3	0	60	1.14
87617--87679	29	2.0	34	82	14	82	52	1	0	46	1.10
88447--88497	19	2.7	19	76	11	59	54	1	1	41	1.22
88471--88520	22	2.3	21	80	16	57	54	6	0	40	1.25
88616--88642	14	1.9	14	100	0	54	44	11	7	37	1.68
88862--88926	22	2.9	21	75	11	58	49	6	0	44	1.27
88908--88954	18	2.6	19	76	6	53	44	2	0	53	1.12
89476--89519	14	3.1	14	81	12	54	54	0	0	45	0.99
89476--89533	28	2.0	29	83	9	75	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89624--89654	15	2.0	16	93	6	55	45	3	6	45	1.45
89666--89700	16	2.3	15	90	5	52	37	5	2	54	1.39
89675--89728	27	2.0	27	82	13	67	44	3	1	50	1.30
89929--90001	15	4.9	16	77	12	68	49	2	0	47	1.15
89925--90000	12	6.0	13	72	18	63	48	2	0	48	1.15
90060--90097	16	2.2	18	90	9	62	60	2	0	36	1.11

Tables:   1   2   3

The End!