genome.fa.s227.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold91
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  988755

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
382--444	13	5.1	13	75	11	51	26	0	4	68	1.10
383--423	13	3.4	12	87	9	57	24	0	2	73	0.96
478--516	17	2.3	17	86	8	53	71	0	10	17	1.12
730--785	19	2.8	20	89	5	96	3	0	33	62	1.12
1491--1793	87	3.4	85	78	10	279	35	17	15	31	1.91
1799--1831	14	2.4	14	94	0	57	63	6	12	18	1.48
1578--1996	87	4.7	88	79	9	305	37	17	15	29	1.91
1911--2050	76	1.9	74	87	3	208	30	20	17	30	1.96
2093--2464	76	4.6	77	74	14	261	33	19	19	28	1.96
2227--2407	93	2.0	90	84	4	236	34	17	20	27	1.95
2310--2486	77	2.3	78	86	2	230	33	17	20	27	1.95
2158--2803	170	3.8	167	93	1	911	31	20	19	29	1.97
1942--2486	249	2.2	239	79	8	555	33	18	18	29	1.95
2387--2576	93	2.1	91	82	5	222	34	18	21	26	1.96
2490--2804	75	3.9	76	69	20	237	28	21	18	30	1.97
2739--2861	62	2.0	62	95	0	219	23	24	16	35	1.94
2687--2937	138	1.8	136	87	3	378	28	24	16	31	1.96
11287--11321	16	2.3	15	90	5	52	62	2	2	31	1.24
11700--11729	11	2.7	11	89	0	51	60	0	0	40	0.97
11908--11959	25	2.1	25	82	13	63	57	7	5	28	1.50
12162--12204	12	3.6	11	82	17	59	18	0	2	79	0.85
12164--12203	11	3.5	11	87	12	55	20	0	2	77	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12160--12206	25	1.9	24	91	4	76	21	0	2	76	0.89
12160--12209	13	4.0	13	82	17	70	22	0	2	76	0.89
12257--12295	17	2.3	17	86	8	53	71	0	10	17	1.12
12519--12569	24	2.1	24	96	3	93	3	0	47	49	1.20
17161--17192	17	1.9	17	93	6	57	56	6	0	37	1.25
17808--17858	26	2.0	26	84	7	68	47	0	3	49	1.20
24301--24358	23	2.6	22	81	5	62	60	3	3	32	1.30
24640--24670	15	2.1	15	93	0	53	41	0	0	58	0.98
24649--24708	29	2.1	28	84	9	77	36	1	0	61	1.06
30423--30491	28	2.5	28	83	9	95	53	2	0	43	1.15
31544--31590	22	2.1	22	85	14	62	51	4	0	44	1.21
36691--36715	6	4.2	6	100	0	50	0	48	0	52	1.00
37917--37945	2	14.5	2	100	0	58	0	51	0	48	1.00
39658--39691	2	17.0	2	100	0	68	0	50	0	50	1.00
41436--41466	15	2.1	15	93	0	53	51	0	3	45	1.17
48102--49178	72	15.2	72	76	7	876	15	30	12	41	1.84
48102--49942	144	12.8	143	74	11	1110	15	30	12	41	1.84
48104--49761	216	7.7	216	73	12	634	15	30	12	41	1.84
48697--48816	60	2.0	60	96	0	222	20	27	14	38	1.91
48628--48875	132	1.9	132	87	1	363	17	29	12	39	1.87
49198--49942	72	10.4	72	78	5	657	15	29	13	41	1.85
49226--49754	141	3.8	138	81	6	451	14	31	12	40	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49202--49753	213	2.6	209	82	4	628	15	31	12	40	1.85
49946--49972	6	4.5	6	100	0	54	18	33	14	33	1.92
49849--54530	117	39.0	117	71	13	1761	15	28	15	41	1.87
49850--54527	234	19.5	235	75	13	2282	15	28	15	41	1.87
51466--51491	6	4.3	6	100	0	52	15	34	15	34	1.89
51295--52601	129	10.5	129	77	12	1195	15	28	15	41	1.87
51295--52601	123	10.5	129	77	12	1213	15	28	15	41	1.87
53044--53069	6	4.3	6	100	0	52	15	34	15	34	1.89
49845--54520	351	13.0	354	74	13	2608	15	28	15	41	1.87
54652--54709	24	2.4	24	80	8	64	1	22	18	56	1.50
56929--57173	126	1.9	127	91	0	402	39	15	16	28	1.90
57274--57323	13	4.2	12	80	14	52	68	0	4	28	1.08
58071--58106	18	2.0	18	100	0	72	16	0	61	22	1.35
58083--58182	37	3.1	30	71	19	85	18	2	49	31	1.59
58085--58159	37	2.0	37	94	0	132	17	1	53	28	1.52
68878--68940	26	2.4	25	84	12	74	58	1	1	38	1.17
68893--68945	8	7.9	7	78	19	51	58	0	0	41	0.98
69104--69159	22	2.6	21	78	15	69	48	0	0	51	1.00
80075--80129	25	2.2	26	78	12	62	14	20	5	60	1.54
100439--100490	24	2.2	24	100	0	104	36	23	17	23	1.95
107033--107057	12	2.1	12	100	0	50	20	48	24	8	1.76
111589--111625	18	2.1	18	100	0	74	21	10	21	45	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113273--114237	201	4.9	200	88	4	1262	20	29	19	30	1.97
113273--114237	387	2.5	384	85	5	1236	20	29	19	30	1.97
114097--114553	162	2.8	162	88	2	659	21	31	20	26	1.98
121082--121189	54	2.0	54	96	0	198	42	20	3	33	1.70
123858--123912	26	2.1	26	83	6	67	30	12	18	38	1.88
126168--126435	47	5.7	47	86	5	298	37	19	23	19	1.94
126168--126459	25	12.4	24	73	12	239	37	19	23	19	1.94
126168--126380	92	2.3	92	88	2	304	38	18	23	19	1.93
127293--127425	25	5.5	24	84	8	162	20	24	18	36	1.95
127293--127445	47	3.2	47	88	4	200	19	24	18	36	1.95
127367--127445	22	3.5	22	75	10	86	17	22	18	40	1.91
127342--127464	47	2.7	46	88	6	144	20	23	17	39	1.92
129606--129647	19	2.3	19	88	8	61	71	0	28	0	0.86
129609--129646	14	2.7	14	88	8	51	71	0	28	0	0.87
134186--134269	28	3.0	28	91	1	132	19	3	30	46	1.66
134190--134283	28	3.6	24	78	18	91	15	4	34	45	1.66
134471--134514	22	2.0	23	95	4	81	18	18	25	38	1.92
148910--148938	14	2.1	14	93	6	51	62	0	10	27	1.28
149286--149325	21	2.0	20	85	5	53	40	0	2	57	1.12
155331--155366	19	1.9	18	88	5	54	63	2	2	30	1.22
156960--157081	46	2.7	46	98	0	235	40	11	23	24	1.88
161444--161551	26	4.2	26	92	2	173	32	7	23	37	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
162731--162760	8	3.8	8	90	0	51	43	26	26	3	1.70
163150--163290	27	5.2	27	81	11	173	18	24	22	34	1.96
163147--163290	54	2.7	54	93	2	236	18	24	22	34	1.96
163163--163308	27	5.4	26	75	19	104	20	24	19	34	1.96
163150--163308	81	2.0	80	83	10	200	19	24	21	34	1.96
164920--165014	28	3.6	24	75	22	93	44	33	5	16	1.71
164934--165016	28	2.9	28	87	1	121	43	31	4	20	1.73
167865--168006	46	3.1	45	81	3	167	43	14	23	18	1.87
168302--168334	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
172209--172282	37	2.0	37	94	0	130	28	24	13	33	1.93
175656--175680	10	2.5	10	100	0	50	48	12	8	32	1.69
181101--181133	16	2.0	17	88	5	50	36	21	0	42	1.53
181907--181943	18	1.9	18	89	10	56	40	5	0	54	1.24
184906--185014	33	3.3	33	82	6	132	33	22	11	33	1.89
187664--187697	17	2.0	17	100	0	68	29	23	23	23	1.99
190986--191099	33	3.5	33	83	7	142	32	23	11	32	1.90
192335--192396	21	2.8	23	78	4	74	38	27	19	14	1.90
192777--192816	15	2.7	14	85	11	53	52	12	0	35	1.39
193126--193242	50	2.3	51	86	4	157	25	22	11	40	1.88
195507--195990	27	17.9	27	75	7	219	37	20	9	32	1.85
195633--195891	81	3.2	80	83	6	292	39	21	9	30	1.84
195674--195881	81	2.6	80	90	2	310	40	21	9	28	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
196023--196110	27	3.3	27	87	3	115	36	20	25	18	1.95
196916--197013	26	3.8	26	94	1	171	26	23	23	26	2.00
197158--197249	42	2.2	42	92	0	148	29	14	21	34	1.93
197273--197351	31	2.5	31	91	0	131	30	17	25	26	1.97
200754--200778	7	3.6	7	100	0	50	56	0	12	32	1.36
201117--201274	37	4.3	37	78	4	158	18	13	29	37	1.90
205850--205911	24	2.6	24	92	0	97	50	11	12	25	1.74
209705--209761	25	2.3	25	75	0	69	35	15	24	24	1.95
211237--211291	24	2.3	24	90	0	83	54	5	12	27	1.60
236553--236588	16	2.2	17	90	9	58	69	2	0	27	1.02

Tables:   1   2   3   4