genome.fa.s227.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold91
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  988755

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
498748--498826	40	1.9	42	87	5	117	29	31	18	20	1.97
501412--501442	6	5.2	6	92	0	53	80	0	3	16	0.83
516840--516883	10	4.1	10	78	16	52	75	0	6	18	1.02
519257--519379	38	3.3	38	93	1	203	23	21	30	25	1.99
521306--521406	42	2.4	43	80	6	116	28	22	19	28	1.98
528881--529064	94	2.0	94	98	0	359	36	14	11	36	1.83
533620--533791	67	2.7	64	76	7	186	29	16	30	24	1.96
535818--535995	50	3.5	50	88	2	259	35	16	21	26	1.94
535973--536174	31	6.5	31	91	0	305	28	18	26	26	1.98
536205--536328	47	2.6	48	84	5	155	29	15	25	30	1.96
541271--541453	67	2.8	64	78	9	203	28	17	30	22	1.97
544920--545239	27	11.8	27	76	7	164	39	19	7	33	1.80
545028--545258	54	4.2	54	76	6	214	41	17	8	32	1.79
545284--545357	27	2.7	27	76	12	71	37	20	20	21	1.94
548030--548185	27	5.8	27	88	3	217	30	23	7	39	1.82
548030--548185	53	2.9	54	87	1	233	30	23	7	39	1.82
548030--548188	80	2.0	81	87	3	232	30	22	7	39	1.82
548137--548249	27	4.2	26	78	8	100	38	23	6	32	1.79
548178--548277	27	3.7	27	79	12	91	41	19	9	31	1.82
738782--738885	53	1.9	55	84	7	142	18	26	24	30	1.98
746572--746757	47	4.0	47	90	0	282	32	12	29	25	1.92
746601--746672	22	3.1	22	64	24	58	33	13	29	23	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
746919--747027	37	2.9	37	94	0	182	23	19	30	26	1.98
748165--748272	26	4.2	26	89	0	171	32	8	24	35	1.85
749870--750010	27	5.2	27	80	11	164	19	24	22	34	1.97
749867--750010	54	2.7	54	92	2	227	18	24	22	34	1.97
749870--750028	81	2.0	80	81	10	191	20	24	21	33	1.97
754500--754536	19	1.9	19	88	0	56	59	2	2	35	1.26
754500--754559	10	5.8	10	74	14	50	60	1	1	36	1.17
758926--758977	25	2.2	25	89	6	81	32	0	0	67	0.91
759046--759098	15	3.9	14	88	11	76	33	3	0	62	1.13
759046--759119	27	2.8	27	80	17	84	32	4	0	63	1.13
759044--759119	13	5.6	14	80	13	81	32	3	0	63	1.13
759049--759149	25	3.8	26	79	19	95	33	2	0	62	1.17
759016--759142	15	9.7	14	73	19	73	32	3	0	62	1.19
759227--759340	36	3.1	36	70	18	110	37	3	2	56	1.31
765388--765474	22	3.8	23	76	14	90	40	14	24	20	1.90
765436--765485	25	2.0	25	92	0	82	42	14	18	26	1.87
765437--765493	25	2.3	25	84	0	78	43	15	15	24	1.86
771807--771839	9	3.7	9	88	12	50	42	3	24	30	1.70
775037--775081	4	11.2	4	100	0	90	0	24	0	75	0.80
775864--775999	48	2.8	48	87	2	193	33	29	16	20	1.94
777658--777794	24	5.5	24	70	12	89	36	19	21	21	1.95
777863--777936	25	3.0	25	90	5	107	36	20	24	18	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
777874--777957	25	3.4	24	85	4	71	39	17	22	20	1.92
782252--782296	22	2.0	22	95	0	81	48	6	13	31	1.68
783451--783545	42	2.3	42	82	10	106	41	8	5	45	1.57
783978--784033	25	2.2	25	83	3	76	33	1	1	62	1.16
784047--784125	39	2.0	39	95	0	140	40	6	11	41	1.66
785409--785458	26	2.0	24	88	7	73	64	6	0	30	1.18
792282--792325	21	2.1	21	100	0	88	31	34	9	25	1.87
792924--793059	68	2.0	68	100	0	272	30	16	4	48	1.65
802945--803256	47	6.6	46	74	10	199	25	19	30	25	1.98
813110--813162	25	2.1	25	100	0	106	45	16	0	37	1.48
813116--813169	25	2.2	25	93	0	90	46	14	0	38	1.45
814273--814391	60	2.0	60	91	3	195	52	10	1	34	1.46
814410--814475	25	2.7	25	79	13	75	62	0	0	37	0.96
814438--814479	18	2.2	19	83	8	50	61	0	0	38	0.96
818760--818850	11	7.9	11	74	11	58	64	4	3	27	1.28
818811--818856	22	2.1	22	83	0	56	67	6	6	19	1.36
818820--818856	11	3.4	11	96	0	65	67	2	8	21	1.29
818820--818867	22	2.2	22	84	0	60	66	4	10	18	1.37
820998--821023	10	2.6	10	100	0	52	26	0	0	73	0.84
821586--821827	133	1.8	133	96	0	448	26	25	12	35	1.91
825293--825328	15	2.4	15	90	0	54	33	0	0	66	0.92
827266--827297	11	2.9	11	100	0	64	43	18	0	37	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
827431--827564	48	2.8	48	83	11	143	32	8	5	52	1.55
829153--829195	18	2.4	18	92	0	68	20	27	9	41	1.83
832664--832918	126	2.0	126	93	1	431	26	18	19	36	1.94
833369--833398	15	2.0	15	93	0	51	50	30	0	20	1.49
836307--836333	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
839389--839431	9	4.6	9	77	11	50	41	0	2	55	1.12
839396--839432	20	1.9	20	88	5	58	45	0	2	51	1.15
839388--839433	10	4.7	10	79	15	51	41	0	2	56	1.11
839367--839447	29	2.7	29	76	17	85	43	0	1	55	1.07
839367--839459	29	3.1	28	75	20	82	40	1	1	56	1.13
840094--840136	21	2.0	21	91	8	70	32	32	4	30	1.78
845471--845522	25	2.1	25	96	0	95	28	3	9	57	1.48
847573--847741	24	6.8	25	70	12	80	31	19	27	20	1.97
849622--849659	14	2.4	17	87	12	55	47	0	0	52	1.00
850721--850762	22	1.9	22	85	0	57	33	2	16	47	1.60
852290--852621	87	3.7	86	80	10	332	37	17	8	36	1.80
852770--852809	21	2.0	20	90	9	64	60	0	5	35	1.19
853083--853259	19	9.3	19	69	9	76	30	5	1	62	1.26
853093--853242	58	2.6	58	81	10	164	30	5	2	62	1.29
853140--853258	29	4.1	28	74	10	105	31	3	1	63	1.21
853140--853297	29	5.4	29	72	12	101	32	3	1	62	1.24
853084--853309	9	23.8	9	67	17	66	30	4	1	62	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
853227--853308	29	2.9	28	74	7	76	31	2	1	64	1.14
859137--859168	10	3.2	10	90	0	55	0	0	12	87	0.54
863891--863973	39	2.1	39	95	0	148	43	20	6	30	1.76
864260--864307	23	2.1	23	100	0	96	45	4	20	29	1.70
871947--871997	25	2.0	25	96	0	93	39	5	15	39	1.72
876619--876669	25	2.0	25	88	0	75	41	5	17	35	1.74
879665--879745	40	2.0	40	100	0	162	35	27	4	32	1.78
882827--882878	23	2.3	23	80	6	61	46	5	15	32	1.70
888713--888747	11	3.3	11	92	4	54	62	0	0	37	0.95
898276--898315	19	2.1	19	95	0	71	12	42	2	42	1.56
898912--898945	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
903551--903584	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
904049--904089	6	7.0	6	97	2	75	0	68	0	31	0.90
905588--905657	27	2.6	27	78	12	74	45	2	0	51	1.16
906040--906118	30	2.6	31	93	2	133	62	0	5	32	1.17
907030--907082	28	2.0	27	88	7	81	67	0	3	28	1.07
906983--907055	19	3.7	19	73	10	58	65	1	2	30	1.15
907030--907082	17	3.1	16	78	13	52	67	0	3	28	1.07
906993--907089	19	5.1	18	70	18	56	62	2	3	31	1.22
907287--907367	20	4.2	19	74	16	76	38	3	2	55	1.31
907332--907431	46	2.1	49	82	10	120	38	3	0	59	1.13
907448--907611	87	1.9	87	86	3	233	31	8	20	40	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
907439--907621	87	2.1	86	81	4	224	33	7	18	39	1.79
907451--907644	87	2.2	85	80	9	196	33	8	19	39	1.81
911437--911501	32	2.0	33	82	8	80	61	1	0	36	1.05
911539--911611	37	1.9	38	83	2	94	67	6	4	21	1.32
916031--916078	24	2.0	24	100	0	96	45	4	20	29	1.70
916311--916353	17	2.6	17	81	3	52	37	6	16	39	1.75
937200--937512	125	2.5	125	89	0	455	38	19	14	27	1.90
938058--938109	25	2.0	26	85	3	70	61	3	3	30	1.32
938330--938391	24	2.8	22	75	7	63	58	3	11	27	1.48
944122--944157	18	2.0	18	88	0	54	61	0	5	33	1.19

Tables:   1   2   3   4