genome.fa.s530.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  400853

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1879--2308	50	8.6	50	77	5	332	26	18	24	30	1.98
1933--2308	101	3.8	101	76	7	282	26	18	25	29	1.98
1929--2305	147	2.5	149	85	3	490	26	18	25	29	1.98
2519--2550	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
5777--5836	15	4.1	14	80	8	66	15	16	11	56	1.67
8797--9190	50	7.8	50	76	5	337	24	17	26	31	1.97
8797--9036	101	2.4	103	81	2	279	24	17	25	31	1.97
9002--9186	101	1.8	101	94	0	325	23	17	27	31	1.97
8842--9188	151	2.3	151	85	1	453	24	18	26	31	1.97
9749--10105	180	2.0	180	90	3	558	37	8	19	34	1.82
11792--11910	6	19.3	6	70	17	75	49	13	17	19	1.79
11813--11907	19	4.7	19	70	21	77	48	13	18	18	1.81
11846--11910	25	2.6	25	87	0	103	47	12	18	21	1.81
11801--11910	31	3.5	31	75	14	100	50	12	18	19	1.78
11803--11875	37	2.0	37	91	0	119	52	13	16	17	1.75
12029--12088	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
12414--12472	27	2.2	27	81	0	64	28	18	23	28	1.98
12427--12665	27	8.9	27	87	1	302	23	20	18	38	1.94
12423--12672	81	3.1	81	86	0	347	24	19	18	38	1.94
12656--12813	81	2.0	81	79	5	176	32	8	20	37	1.83
12693--13051	27	13.3	27	83	1	405	30	9	20	40	1.83
12694--13051	54	6.6	54	86	1	466	30	9	19	40	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21036--21582	47	11.6	46	90	3	736	33	9	29	27	1.88
21433--21554	22	5.3	22	62	21	61	33	11	29	25	1.91
23655--23729	38	2.0	38	89	0	114	32	18	25	24	1.97
23783--24142	40	9.1	40	91	0	562	23	21	28	25	1.99
27489--28037	47	11.6	47	94	2	929	32	8	29	29	1.87
27489--28037	96	5.8	95	96	0	935	32	8	29	29	1.87
30172--30246	38	2.0	38	89	0	114	32	18	25	24	1.97
30300--30659	40	9.1	40	91	0	571	23	21	28	25	1.99
30304--30659	159	2.2	160	91	1	570	23	22	28	25	1.99
36335--36458	42	2.9	42	80	7	133	30	25	13	29	1.94
43033--43123	40	2.3	40	84	0	110	26	15	24	34	1.95
47845--47923	39	2.0	39	90	0	122	13	24	24	37	1.92
56873--56934	24	2.5	24	84	2	88	40	19	20	19	1.92
74616--74689	28	2.6	28	82	4	96	28	13	29	28	1.94
77892--78067	46	3.8	45	77	15	128	28	21	27	22	1.99
79185--79243	30	2.0	29	86	3	82	27	33	25	13	1.93
85759--85880	58	2.1	58	96	0	226	26	27	4	42	1.73
85759--85848	28	3.1	28	64	17	76	27	26	4	41	1.75
91258--91321	32	2.0	32	90	0	101	26	17	25	31	1.97
94088--94118	15	2.1	15	93	0	53	19	0	25	54	1.44
96564--96621	24	2.4	24	91	0	98	22	31	31	15	1.95
102206--102275	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102206--102303	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
107892--107927	16	2.2	16	95	0	63	50	11	11	27	1.72
109754--109787	17	2.1	16	88	5	50	76	14	0	8	1.01
111528--111597	22	3.2	22	87	0	95	31	18	17	32	1.94
111748--111782	18	1.9	18	88	0	52	42	20	0	37	1.52
114066--114095	16	1.9	16	93	6	53	30	0	20	50	1.49
114738--114786	24	2.0	24	100	0	98	30	12	24	32	1.92
116269--116344	24	3.2	24	65	20	59	22	15	23	38	1.93
116268--116502	48	4.9	48	75	5	206	19	16	28	35	1.94
116268--116502	97	2.4	94	75	8	204	19	16	28	35	1.94
119889--119948	27	2.3	26	82	2	66	36	20	21	21	1.95
119988--120038	27	1.9	26	84	4	66	35	17	27	19	1.94
127447--127497	27	1.9	26	84	4	66	35	19	27	17	1.94
132361--132455	15	6.4	15	81	6	113	10	15	13	60	1.60
139607--139777	93	1.8	93	89	2	272	28	30	21	20	1.98
139604--139774	46	3.7	45	75	16	163	28	29	21	20	1.98
147237--147404	46	3.6	47	74	14	143	27	17	29	25	1.97
161951--162072	43	2.9	42	77	9	131	30	23	14	31	1.95
166351--166572	46	4.8	46	82	9	290	21	20	29	28	1.98
166397--166565	93	1.8	93	93	0	293	21	21	29	27	1.98
173931--174106	46	3.8	46	77	12	198	21	20	28	29	1.98
173928--174099	93	1.8	93	93	0	299	21	20	29	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
182815--182856	6	6.8	6	84	12	50	0	21	0	78	0.75
182813--182852	14	3.0	14	82	14	57	0	27	0	72	0.85
182816--182856	20	2.1	19	90	4	64	0	19	0	80	0.71
187403--187441	18	2.2	18	100	0	78	61	28	0	10	1.28
188815--188963	46	3.3	46	87	0	201	18	19	15	46	1.83
188972--189100	45	2.9	45	83	4	154	22	18	19	39	1.92
196671--196808	57	2.4	58	81	3	163	30	15	20	33	1.94
199887--199929	19	2.3	19	100	0	86	30	4	16	48	1.66
202307--203411	47	23.7	47	92	2	1788	32	8	28	29	1.87
202307--203411	187	5.9	188	92	2	1797	32	8	28	29	1.87
202307--203397	372	2.9	374	93	2	1831	32	8	28	29	1.87
203250--203411	46	3.5	47	87	5	224	32	9	29	28	1.88
203529--203607	37	2.1	38	88	4	117	24	18	31	25	1.98
205534--205608	38	2.0	38	86	5	107	30	18	26	24	1.98
205661--205961	39	7.8	40	86	8	392	22	22	28	25	1.99
205661--205971	117	2.7	117	87	8	435	22	22	28	26	1.99
209346--209890	47	11.5	47	91	3	762	33	9	29	27	1.88
209682--209757	25	3.2	25	62	24	63	30	13	31	25	1.93
213381--213506	39	3.2	39	90	0	198	25	20	27	26	1.99
213381--213524	78	1.8	78	86	2	209	25	22	27	25	2.00
213381--213540	39	4.1	39	84	4	189	25	21	26	26	1.99
218718--218747	14	2.1	15	93	6	53	63	13	6	16	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
222418--222520	40	2.6	39	71	6	100	36	36	10	15	1.82
222888--222933	17	2.7	17	100	0	92	21	39	30	8	1.84
222998--223038	18	2.3	18	87	8	57	19	48	19	12	1.80
225372--225642	4	67.8	4	100	0	542	25	0	24	50	1.50
240085--240703	308	2.0	308	100	0	1238	29	21	9	39	1.84
240785--241116	49	6.7	49	81	3	394	28	27	18	25	1.98
240785--241114	100	3.3	99	88	2	455	29	26	18	25	1.98
251784--251896	44	2.7	41	75	11	111	33	27	16	22	1.95
254417--254526	23	4.8	23	71	6	98	26	24	18	30	1.98
254417--254522	46	2.3	45	83	4	142	26	23	18	31	1.98
260682--260714	6	5.5	6	96	0	57	81	0	0	18	0.68
270128--270186	26	2.2	27	79	11	68	11	25	8	54	1.65
270141--270190	26	1.9	26	95	0	91	10	24	10	56	1.63
272392--272425	18	1.9	17	94	5	59	23	0	0	76	0.79
274091--274132	20	2.1	20	86	0	57	19	2	0	78	0.86
274110--274141	6	5.5	6	92	7	57	15	0	0	84	0.63
274088--274147	17	3.5	17	80	8	59	20	1	0	78	0.84
274086--274144	23	2.5	24	81	13	68	20	1	0	77	0.85
274102--274141	11	3.5	11	87	12	55	17	0	0	82	0.67
274086--274147	26	2.4	26	86	5	81	19	1	0	79	0.82
288303--288368	23	2.9	23	81	0	78	24	21	21	33	1.97
288299--288427	45	2.8	45	83	3	134	24	20	20	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
291212--291363	76	2.0	76	100	0	304	26	9	14	50	1.73
293070--293180	23	4.9	23	76	1	116	25	23	19	31	1.98
293070--293180	46	2.4	45	86	4	161	25	23	19	31	1.98
304539--304568	14	2.1	14	93	0	51	33	26	26	13	1.93
309681--309712	16	1.9	17	93	6	57	34	15	6	43	1.72
311512--311567	27	2.1	27	100	0	112	42	3	19	33	1.69
314346--314375	14	2.1	14	93	0	51	50	16	0	33	1.46
314704--314857	45	3.6	44	78	10	165	31	26	16	25	1.96
322238--322396	45	3.7	44	72	9	139	30	27	16	25	1.97
341896--341929	15	2.2	16	89	5	52	64	8	0	26	1.22

Tables:   1   2