genome.fa.s73.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold477.1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1033125

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10534--11022	233	2.1	224	83	7	601	47	13	15	22	1.81
11489--11578	45	2.0	45	95	0	162	35	8	22	33	1.85
12674--12728	27	2.0	27	100	0	110	30	25	0	43	1.55
14969--15022	26	2.1	26	100	0	108	29	7	18	44	1.77
23054--23100	20	2.3	20	78	7	51	57	0	2	40	1.11
24857--24928	5	14.8	5	74	21	64	38	1	4	55	1.28
24886--24928	19	2.3	19	92	8	70	41	2	0	55	1.12
24938--24971	17	2.0	17	94	0	59	79	0	17	2	0.86
24938--24971	9	3.9	9	84	7	52	79	0	17	2	0.86
32029--32072	14	3.1	14	76	3	52	63	2	0	34	1.07
39453--39537	31	2.7	30	80	3	89	27	10	5	56	1.56
47784--47818	15	2.3	15	85	0	52	42	20	0	37	1.52
51574--51608	11	3.1	11	88	8	52	14	2	0	82	0.77
51582--51611	6	5.0	6	100	0	60	16	0	0	83	0.65
52411--53793	691	2.0	691	99	0	2757	24	27	22	25	2.00
53310--54428	557	2.0	557	99	0	2231	25	22	23	28	1.99
57952--57991	20	2.0	20	85	9	55	62	5	0	32	1.17
61291--61367	29	2.7	29	85	4	111	22	12	15	49	1.78
66646--66729	42	2.0	42	95	0	150	45	9	15	29	1.78
67742--67825	42	2.0	42	95	0	150	45	9	15	29	1.78
72093--72136	20	2.2	19	84	12	52	47	0	2	50	1.13
77769--77897	56	2.2	57	80	5	152	45	3	10	40	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80927--81091	72	2.3	72	100	0	330	33	32	10	24	1.89
82865--82889	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
84004--84038	17	2.0	18	88	5	54	68	0	0	31	0.90
88356--88450	39	2.4	39	98	0	181	18	23	28	29	1.98
91000--91426	131	3.4	124	82	4	306	34	21	18	25	1.96
91061--91455	131	3.0	131	85	0	484	35	18	18	26	1.95
92811--92859	26	1.9	25	83	4	62	57	6	8	28	1.52
94433--94654	88	2.5	88	92	0	372	23	24	21	30	1.99
94619--94802	45	4.1	45	71	5	113	30	25	16	26	1.97
94600--95172	133	4.3	133	91	0	914	27	24	19	28	1.99
94960--95156	45	4.4	45	70	7	159	25	26	18	29	1.98
95195--95322	64	2.0	64	90	0	202	35	14	20	30	1.92
96000--96145	52	2.8	52	92	1	229	50	10	15	23	1.75
97077--97125	23	2.1	23	84	0	62	36	6	10	46	1.63
97306--97365	27	2.2	28	80	14	72	70	1	8	20	1.22
97316--97364	13	3.7	13	86	10	64	73	2	8	16	1.16
98130--98210	40	2.0	40	80	0	90	35	9	16	38	1.81
98417--98522	45	2.4	45	85	3	142	20	19	17	41	1.90
99262--99288	7	3.9	7	100	0	54	85	0	0	14	0.61
102040--102087	19	2.5	19	89	0	78	39	14	25	20	1.91
103632--103935	131	2.4	124	80	7	312	35	22	18	24	1.96
103697--104092	131	3.0	131	85	1	497	36	19	17	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
105449--105497	26	1.9	25	83	4	62	57	6	8	28	1.52
116568--116637	31	2.3	31	84	0	86	28	7	18	45	1.76
119974--120033	19	3.1	19	75	17	61	58	5	1	35	1.30
119974--120031	20	2.9	19	78	16	57	58	5	1	34	1.30
120274--120310	18	2.0	19	89	5	58	37	5	5	51	1.48
121098--121143	16	2.9	16	80	0	56	43	8	0	47	1.34
121385--121409	3	8.3	3	100	0	50	0	32	0	68	0.90
123277--123317	12	3.4	12	86	0	55	24	2	24	48	1.63
126204--126599	132	3.0	131	79	7	433	22	20	26	30	1.99
127596--127876	102	2.8	102	96	0	519	30	16	19	33	1.94
131585--131638	27	2.0	27	100	0	108	40	7	11	40	1.69
134147--134202	9	6.2	9	81	8	60	32	10	35	21	1.88
143320--143354	18	1.9	18	88	11	54	60	17	0	22	1.37
143498--143554	30	1.9	30	82	7	71	40	14	5	40	1.68
150307--150347	20	2.0	20	100	0	82	60	19	4	14	1.51
151960--152017	29	2.1	29	84	9	77	50	1	1	46	1.22
152680--152727	22	2.1	23	88	7	71	45	0	0	54	0.99
155607--155656	22	2.3	22	78	0	55	24	8	10	58	1.57
155691--155747	30	1.9	30	96	0	105	26	3	14	56	1.54
157885--158025	70	2.0	71	83	6	180	27	16	11	44	1.82
159139--159177	20	2.1	19	90	9	62	58	5	2	33	1.33
159611--159663	3	17.7	3	80	7	63	62	1	5	30	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
168599--168630	14	2.3	14	100	0	64	40	18	21	18	1.91
171712--171738	12	2.2	12	100	0	54	0	40	7	51	1.30
172746--172770	3	8.3	3	100	0	50	32	0	36	32	1.58
181534--181592	28	2.1	28	84	6	75	27	6	3	62	1.36
182619--182688	30	2.3	30	95	0	122	52	14	5	27	1.63
184177--184224	16	3.1	15	80	19	62	27	0	2	70	0.98
185113--185152	19	2.1	19	100	0	80	15	10	0	75	1.05
190341--190388	16	3.1	15	80	19	62	27	0	2	70	0.98
191279--191315	19	1.9	19	100	0	74	16	10	0	72	1.10
191280--191326	19	2.5	19	89	6	69	17	10	2	70	1.26
199086--199110	12	2.1	12	100	0	50	52	8	8	32	1.60
199331--199363	3	11.0	3	100	0	66	33	33	0	33	1.58
200352--200378	12	2.2	12	100	0	54	29	29	0	40	1.57
202550--203146	149	4.0	149	91	1	948	34	17	20	27	1.95
208081--208147	23	3.0	22	73	6	62	53	2	1	41	1.25
209820--209852	11	2.9	11	95	4	57	39	0	6	54	1.25
214788--214824	18	2.1	17	90	5	56	16	8	10	64	1.47
218598--218632	14	2.5	13	86	13	52	48	2	2	45	1.32
219627--219658	16	2.0	16	93	0	55	53	6	0	40	1.26
229515--229605	47	1.9	47	100	0	182	34	5	9	50	1.59
234195--234219	7	3.6	7	100	0	50	24	12	16	48	1.79
234623--234670	17	2.9	17	78	3	53	25	12	18	43	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
237084--237131	7	6.9	7	87	0	60	43	29	14	12	1.82
237083--237143	21	2.9	21	80	4	70	42	31	14	11	1.81
237083--237143	7	8.7	7	85	0	59	42	31	14	11	1.81
240427--240473	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
247777--247810	10	3.4	10	91	0	50	41	32	0	26	1.56
247777--247810	15	2.3	15	89	0	50	41	32	0	26	1.56
255379--255431	27	2.0	27	100	0	106	54	7	7	30	1.56
257960--258011	27	2.0	26	85	11	70	63	1	1	32	1.16
260023--260073	25	2.0	25	100	0	102	23	11	25	39	1.89
263444--263489	18	2.6	18	76	10	51	30	2	4	63	1.26
263444--263498	17	3.2	17	74	5	56	34	1	3	60	1.25
264742--264778	10	3.5	11	82	17	51	48	2	0	48	1.15
265162--265223	29	2.1	31	81	6	74	30	8	20	40	1.82
265457--265490	14	2.5	14	90	4	52	41	14	5	38	1.70
265464--265492	14	2.1	14	100	0	58	44	13	6	34	1.71
271378--271422	22	2.1	21	84	12	56	60	8	4	26	1.46
284041--284598	198	2.8	195	83	5	679	28	23	9	38	1.86
292445--292479	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90
305737--305805	29	2.3	30	80	7	79	57	2	2	36	1.28
313095--313151	18	3.2	18	94	0	96	29	17	26	26	1.97
314803--314856	18	3.0	18	91	0	81	29	16	25	27	1.97
316857--317164	125	2.4	125	83	4	350	31	14	11	41	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
322875--322908	17	2.1	16	88	5	50	20	2	2	73	1.09
324587--324635	16	3.1	16	84	0	62	53	22	6	18	1.66
333568--333610	18	2.4	17	77	11	50	16	34	6	41	1.75
335189--335239	23	2.2	24	85	3	68	54	5	1	37	1.36
341256--341350	47	2.0	47	100	0	190	34	8	27	29	1.86
342765--342913	74	2.0	74	92	0	244	38	17	18	24	1.92
349780--349832	26	2.1	26	82	3	63	60	3	0	35	1.15
349799--349823	10	2.5	10	100	0	50	64	0	0	36	0.94
352000--352186	60	3.2	60	71	11	188	29	13	18	37	1.90
351969--352166	56	3.5	56	68	14	145	29	14	18	37	1.90

Tables:   1   2   3