genome.fa.s90.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold643.1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  856865

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
602278--602317	19	2.1	19	95	0	71	42	17	15	25	1.88
621097--621129	13	2.6	13	90	4	50	21	0	0	78	0.75
621097--621129	16	2.0	17	94	5	59	21	0	0	78	0.75
621728--621791	22	2.8	22	79	11	67	50	6	1	42	1.37
621740--621791	22	2.4	22	83	6	70	53	5	0	40	1.25
623262--623288	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
632814--633212	18	22.9	17	70	14	190	44	10	13	30	1.78
632809--633171	17	21.0	17	69	11	166	45	11	12	30	1.77
632771--633212	35	12.8	34	70	10	206	45	10	13	30	1.77
633185--633261	35	2.2	36	80	2	84	45	3	10	40	1.57
633452--633862	17	23.5	17	69	12	181	44	10	13	31	1.78
633430--633862	18	24.6	18	70	14	226	44	10	13	31	1.78
633432--633862	34	12.3	34	71	11	210	44	10	13	31	1.78
633854--633890	18	2.0	20	89	10	60	43	2	13	40	1.58
632895--634120	648	1.9	629	91	4	2001	41	12	12	33	1.81
634498--634548	8	6.1	8	77	8	57	1	15	0	82	0.76
634504--634548	11	4.1	10	83	16	54	2	15	0	82	0.77
634504--634565	22	2.7	21	79	20	63	1	19	0	79	0.82
634505--634565	18	3.3	18	82	13	63	1	19	0	78	0.83
634500--634550	12	4.4	12	79	18	54	1	17	0	80	0.81
634509--634555	16	3.1	16	82	14	55	2	21	0	76	0.89
634731--634792	32	1.9	32	87	6	90	3	27	1	67	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
634890--634953	25	2.6	24	88	9	94	1	17	4	76	1.03
634922--634963	19	2.2	20	87	8	61	0	21	7	71	1.09
635309--635462	59	2.6	60	83	6	190	40	3	20	36	1.69
635309--635462	29	5.2	28	80	8	157	40	3	20	36	1.69
642290--642315	11	2.4	11	100	0	52	61	0	0	38	0.96
644652--644761	23	5.1	21	80	9	132	38	21	20	20	1.94
644652--644760	44	2.5	42	82	10	130	38	22	20	19	1.93
645656--645713	18	3.3	18	72	15	50	0	18	5	75	0.98
645688--645713	6	4.3	6	100	0	52	0	15	0	84	0.62
645664--645707	22	2.0	22	87	12	65	0	15	6	77	0.97
645746--645786	3	13.7	3	100	0	82	65	0	0	34	0.93
645746--645810	9	7.8	8	87	5	60	58	0	0	41	0.98
645932--646000	28	2.5	27	79	11	68	43	0	1	55	1.08
645962--645993	16	2.1	16	94	5	57	40	0	0	59	0.97
645949--646001	27	2.1	25	86	10	72	43	0	0	56	0.99
648109--648149	20	2.0	20	85	0	55	36	2	9	51	1.48
648170--648251	34	2.4	34	80	9	89	31	1	12	54	1.45
648597--648675	23	3.3	23	68	25	63	26	22	21	29	1.99
648584--648684	50	2.0	50	96	0	184	26	21	23	27	1.99
656599--656680	42	2.0	42	82	4	103	30	25	15	28	1.96
657976--658034	28	2.2	26	81	6	64	55	1	10	32	1.43
660006--661154	44	25.8	44	82	7	1163	29	25	14	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
662484--662526	7	6.3	7	84	15	54	16	16	0	67	1.24
662484--662517	6	5.3	6	89	10	50	14	17	0	67	1.23
662466--662525	13	4.5	13	79	10	59	15	20	1	63	1.39
664376--664440	33	2.0	33	96	0	121	29	15	10	44	1.80
667813--667848	18	2.0	18	94	0	63	33	25	16	25	1.96
669169--669214	23	2.0	22	88	12	67	52	10	15	21	1.73
669237--669278	14	3.2	13	83	12	50	57	9	14	19	1.64
669939--670015	23	3.4	22	87	3	100	16	23	23	36	1.94
672882--672942	17	3.5	17	70	16	61	32	1	8	57	1.38
672883--672954	36	2.0	36	100	0	144	36	2	8	52	1.46
681546--681675	42	3.2	42	89	3	149	18	26	28	26	1.98
681568--681675	42	2.6	42	96	0	198	17	28	28	25	1.97
683871--683895	13	1.9	13	100	0	50	36	8	16	40	1.77
689413--689573	80	2.0	81	97	1	306	42	16	25	16	1.88
690223--690253	12	2.6	12	100	0	62	41	0	6	51	1.27
691132--691347	108	2.0	108	98	0	414	34	12	12	39	1.82
692698--692741	19	2.3	20	84	7	56	27	20	11	40	1.86
713114--713171	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
713383--713414	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
713508--713706	50	3.9	50	89	4	272	25	23	30	21	1.99
713508--713699	106	1.9	103	88	6	291	25	23	30	20	1.98
717202--717277	38	2.0	38	89	0	116	27	13	7	51	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
718539--718623	23	3.7	23	87	12	129	31	4	18	44	1.71
720691--720754	20	3.0	21	78	13	60	60	0	3	35	1.12
728885--728982	44	2.2	44	85	1	126	26	20	23	29	1.99
729016--729332	43	7.2	43	68	7	195	23	22	24	28	1.99
728946--729346	90	4.5	88	88	3	561	24	22	23	29	1.99
728946--729346	177	2.3	178	87	2	565	24	22	23	29	1.99
729481--729656	44	4.0	44	72	5	147	25	21	20	33	1.97
729704--729847	45	3.2	44	72	11	150	22	27	22	27	1.99
729642--729889	88	2.8	88	89	0	379	22	27	24	25	2.00
729642--729864	44	5.1	44	68	13	147	24	26	24	24	2.00
729900--729993	44	2.1	45	80	5	111	30	22	17	29	1.96
732228--732268	21	2.0	21	90	0	64	7	9	2	80	0.99
732229--732274	21	2.2	21	84	0	56	8	8	4	78	1.09
732222--732311	15	6.1	15	80	12	73	10	7	3	78	1.05
744290--744325	18	2.0	18	89	10	56	69	5	22	2	1.22
744299--744333	18	1.9	18	88	0	52	71	2	17	8	1.23
749689--749737	23	2.1	24	85	11	66	57	0	40	2	1.10
755058--755099	12	3.6	12	77	6	50	40	21	14	23	1.90
755053--755115	23	2.7	23	87	2	90	39	17	12	30	1.87
755128--755161	15	2.3	15	89	0	50	73	5	0	20	1.04
755483--755625	75	1.9	76	92	1	243	44	24	4	25	1.73
761114--761150	12	3.0	13	84	11	51	29	40	18	10	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
762163--762195	14	2.2	16	89	10	52	33	0	0	66	0.92
763865--763895	6	5.2	6	100	0	62	48	0	35	16	1.46
766451--766541	42	2.2	42	85	0	119	28	29	16	25	1.97
767659--767689	14	2.1	15	94	5	55	45	32	6	16	1.72
768150--768174	7	3.6	7	100	0	50	88	0	12	0	0.53
768705--768729	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
768784--768820	12	3.0	13	88	7	51	21	5	0	72	1.04
775988--776012	13	1.9	13	100	0	50	72	0	4	24	1.02
777582--777739	44	3.6	44	75	14	144	26	22	19	31	1.98
777756--777867	44	2.5	44	84	2	145	30	18	19	31	1.96
777874--778664	268	3.0	267	87	1	1102	26	24	19	28	1.99
779388--779436	26	1.9	26	88	12	75	61	8	14	16	1.56
783874--783910	4	9.5	4	83	16	51	75	0	2	21	0.92
783874--783910	13	2.7	14	91	4	58	75	0	2	21	0.92
784641--784674	16	2.1	17	94	5	61	70	8	2	17	1.25
784928--784977	26	1.9	26	87	0	73	16	20	46	18	1.85
787009--787053	11	4.0	11	80	5	54	35	0	2	62	1.08
788745--788810	13	5.1	13	79	0	69	36	24	7	31	1.83
789174--789231	7	8.6	7	74	11	50	0	27	0	72	0.85
789168--789233	33	2.0	33	87	0	96	0	27	0	72	0.85
789475--789556	6	13.5	6	72	16	62	0	20	0	79	0.74
789488--789556	13	5.5	13	78	14	74	0	20	0	79	0.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
789468--789555	10	8.5	10	71	16	63	1	18	0	80	0.77
789488--789553	7	8.9	7	78	18	55	0	19	0	80	0.72
789880--790012	60	2.2	59	82	5	160	44	5	16	33	1.70
789887--790011	30	4.2	29	75	10	110	43	4	17	35	1.68
790747--790777	14	2.1	15	94	5	55	25	0	16	58	1.38
793801--793896	47	2.0	47	97	0	183	32	21	14	31	1.94
794160--794468	126	2.5	126	82	3	338	34	18	15	32	1.92
794233--794469	126	1.9	126	86	1	341	33	18	15	32	1.92
794751--795251	259	1.9	259	88	1	745	27	25	17	29	1.97
796545--796590	9	5.1	9	75	19	51	13	0	4	82	0.81

Tables:   1   2   3   4