genome.fa.s90.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold643.1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  856865

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5902--5940	20	1.9	21	89	5	62	46	7	2	43	1.46
6411--6495	40	2.1	41	93	2	145	5	15	17	61	1.53
8351--8417	34	1.9	35	90	3	109	44	13	8	32	1.75
8949--8991	4	10.8	4	100	0	86	48	25	0	25	1.51
12559--12611	24	2.2	23	83	6	61	43	22	0	33	1.54
15109--15168	9	6.7	9	88	0	84	26	10	21	41	1.85
15109--15168	27	2.2	27	90	0	93	26	10	21	41	1.85
15195--15255	28	2.2	27	80	8	68	32	8	16	42	1.78
17512--17627	10	11.5	10	68	17	62	57	2	5	34	1.34
17506--17606	21	4.9	20	68	17	64	60	1	5	31	1.32
17516--17575	32	1.9	31	89	3	93	63	3	5	28	1.31
17629--17673	24	2.0	22	87	12	65	37	13	6	42	1.70
35789--35847	25	2.4	25	97	0	109	62	0	3	33	1.12
36992--37035	3	14.7	3	100	0	88	31	0	0	68	0.90
37614--37722	53	2.1	53	96	0	200	38	11	13	35	1.82
43112--43338	44	5.2	43	68	12	174	26	24	25	23	2.00
43131--43369	43	5.5	43	71	9	187	27	21	27	23	1.99
43050--43369	88	3.6	88	91	0	523	27	23	26	23	2.00
45111--45154	3	14.7	3	100	0	88	31	0	0	68	0.90
48757--48806	21	2.4	22	83	10	68	38	18	42	2	1.61
49209--49452	42	5.8	42	90	0	382	21	21	22	34	1.97
57871--57914	12	3.7	12	87	0	61	22	6	0	70	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57880--57917	3	12.7	3	88	0	58	26	5	0	68	1.11
59029--59063	16	2.2	16	94	0	61	17	17	20	45	1.85
62080--62171	48	1.9	48	81	0	112	42	18	21	17	1.89
63486--63888	45	9.0	45	88	0	545	30	16	22	30	1.96
65033--65078	4	12.0	4	77	9	51	19	2	2	76	1.00
65026--65077	15	3.3	15	78	13	52	17	1	5	75	1.10
94467--94535	21	3.3	21	87	2	95	11	24	8	55	1.64
100171--110368	497	20.5	497	99	0	20371	36	21	8	34	1.83
110469--110734	37	7.0	37	90	7	392	25	20	16	37	1.93
110652--111064	46	8.6	46	84	9	520	28	21	14	35	1.93
110652--111064	98	4.3	98	94	1	667	28	21	14	35	1.93
123254--123279	5	5.2	5	100	0	52	19	0	0	80	0.71
127565--127641	31	2.5	31	87	4	102	58	3	6	31	1.42
127850--127926	35	2.2	34	86	8	111	59	2	6	31	1.36
128649--128687	18	2.2	18	86	9	53	28	7	5	58	1.47
129499--129524	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
130239--130629	192	2.0	192	98	0	764	38	7	16	37	1.78
143156--143342	60	3.2	59	87	5	288	21	20	18	39	1.92
143166--143340	57	3.0	57	89	3	269	20	21	18	40	1.91
158008--158051	23	1.9	22	82	17	54	36	25	0	38	1.56
158096--158189	45	2.1	45	91	0	152	31	24	19	24	1.98
158186--158381	51	3.9	50	78	4	223	31	28	16	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
161677--161714	17	2.2	18	85	4	51	31	0	5	63	1.17
161888--161940	26	2.0	26	89	7	81	37	1	0	60	1.08
161851--161971	10	13.0	9	71	11	84	38	2	4	54	1.33
163359--163399	18	2.2	19	87	12	59	60	9	4	24	1.47
169189--169228	18	2.1	20	86	9	57	57	0	2	40	1.12
169380--169447	24	2.8	24	86	2	82	47	1	30	20	1.59
170159--170438	94	2.9	94	80	5	303	38	3	17	39	1.69
170378--170402	7	3.6	7	100	0	50	12	0	40	48	1.40
170471--171138	126	5.3	126	96	0	1176	31	19	23	26	1.98
174991--175050	11	5.4	11	87	2	75	45	0	31	23	1.53
175032--175059	12	2.3	12	100	0	56	50	0	28	21	1.49
174991--175061	22	3.2	20	76	20	63	46	0	29	23	1.53
190159--190267	54	2.0	54	96	0	200	35	22	21	21	1.96
196623--196932	151	2.0	152	88	0	451	26	27	17	29	1.97
202031--202062	14	2.4	14	94	5	57	34	18	12	34	1.89
213475--213510	18	1.9	19	88	5	56	58	2	5	33	1.36
215732--215946	112	1.9	113	92	0	360	41	13	11	32	1.81
217741--217789	15	3.3	15	72	16	57	26	0	10	63	1.26
218139--218170	16	2.0	16	93	0	55	43	34	9	12	1.75
220367--220440	19	3.8	19	78	7	94	40	10	13	35	1.80
221775--222167	98	4.0	98	98	0	741	29	9	23	37	1.87
231301--231342	22	1.9	22	85	9	59	61	9	9	19	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
233255--233296	12	3.4	13	80	9	52	30	7	2	59	1.37
246390--246464	29	2.5	31	75	12	75	53	2	0	44	1.14
246316--246502	60	3.1	60	72	21	201	52	5	1	41	1.31
248716--248801	43	2.0	43	95	0	154	24	15	36	24	1.94
249787--249833	19	2.5	19	86	3	60	48	0	0	51	1.00
250940--251236	43	6.9	43	89	0	432	24	27	16	30	1.97
251561--251623	21	3.0	21	90	0	90	0	41	22	36	1.54
253940--254069	9	15.3	9	77	15	116	36	0	17	44	1.55
253935--254014	25	3.2	25	96	0	142	35	1	20	43	1.60
253965--254069	34	3.1	34	81	8	133	37	0	17	44	1.55
253949--254212	59	4.4	59	75	15	218	39	1	13	44	1.55
254057--254241	34	5.6	34	79	16	194	42	2	10	44	1.51
254125--254253	9	15.2	9	67	17	71	41	0	13	45	1.43
254126--254194	25	2.8	25	88	0	93	43	0	11	44	1.40
254096--254228	59	2.3	59	93	2	223	42	0	11	45	1.39
253949--254290	180	1.9	180	94	0	603	40	2	13	44	1.56
255734--255763	13	2.2	14	94	5	53	56	16	13	13	1.67
257325--257593	7	36.9	7	70	13	96	43	31	2	23	1.67
258064--258213	41	3.7	41	86	3	212	24	30	20	26	1.98
258062--258238	82	2.2	83	80	9	211	25	28	19	26	1.98
259405--259520	41	2.8	41	85	0	160	25	27	17	29	1.97
259412--259545	41	3.3	40	77	10	137	26	27	17	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
261177--261201	13	1.9	13	100	0	50	68	24	0	8	1.16
261283--261387	52	2.0	52	100	0	210	49	19	3	27	1.65
261589--261766	38	4.7	38	90	8	299	41	15	4	38	1.67
261572--261845	114	2.6	102	87	11	390	41	15	3	39	1.64
263440--263542	41	2.5	40	81	9	145	27	26	22	24	2.00
263595--263725	40	3.3	39	80	10	149	22	24	22	31	1.98
263308--263698	154	2.5	151	80	6	421	29	24	19	26	1.99
263622--263766	40	3.6	39	81	3	139	22	24	23	30	1.99
263595--263765	80	2.1	80	79	6	186	22	23	22	30	1.99
264917--264959	18	2.3	19	84	8	61	44	0	0	55	0.99
268608--268652	18	2.6	18	86	10	58	42	6	15	35	1.73
270086--270112	12	2.2	12	100	0	54	0	7	7	85	0.75
271295--271368	5	14.8	5	72	8	53	5	22	18	52	1.66
271295--271342	20	2.4	20	80	13	62	2	22	18	56	1.52
273582--273649	23	2.8	24	80	14	70	32	17	26	23	1.97
280779--280858	40	2.0	40	97	0	151	40	16	12	31	1.85
286854--286938	39	2.2	38	77	10	91	65	2	1	30	1.12
286854--286946	10	9.6	9	76	19	73	66	2	1	30	1.10
286863--286948	28	2.9	28	81	10	84	66	2	2	29	1.16
290010--290052	22	2.0	22	95	0	77	44	25	11	18	1.84
290287--290323	18	2.0	19	89	5	58	45	29	0	24	1.53
297795--298180	96	4.0	96	98	0	745	34	11	15	38	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
300560--300603	18	2.4	19	84	3	54	43	0	13	43	1.44
300672--301703	46	22.6	46	97	1	1830	34	15	20	29	1.94
304200--304234	17	2.0	18	88	5	54	14	0	20	65	1.26
305334--305383	23	2.2	23	85	0	64	36	16	18	30	1.92
305780--305903	43	2.9	42	78	9	126	29	27	18	24	1.98
311835--311884	23	2.2	23	85	0	64	36	16	18	30	1.92
311938--312108	23	7.3	23	73	6	137	39	14	19	26	1.90
311921--312108	47	4.0	47	93	0	304	39	14	19	26	1.90
311925--312092	24	7.1	24	73	4	153	39	14	19	26	1.90
312955--313068	43	2.7	44	78	13	130	27	27	21	23	1.99

Tables:   1   2   3   4