genome.fa.s1063.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold187
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  870467

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 284 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1277--1327	26	2.0	26	92	0	84	45	5	9	39	1.62
3304--3353	26	1.9	26	95	0	91	44	6	10	40	1.63
7297--7346	26	1.9	26	100	0	100	44	6	12	38	1.66
9120--9169	26	1.9	26	100	0	100	44	6	12	38	1.66
11734--11783	26	1.9	26	91	0	82	42	4	12	42	1.60
14338--14387	26	1.9	26	91	0	82	46	8	10	36	1.67
16390--16439	26	1.9	26	100	0	100	44	6	12	38	1.66
18439--18488	26	1.9	26	87	0	73	44	8	10	38	1.68
20492--20541	26	1.9	26	91	0	82	44	8	12	36	1.71
22261--22328	35	1.9	35	93	0	118	30	14	22	32	1.94
22567--22617	26	2.0	26	92	0	84	43	5	9	41	1.62
24331--24380	26	1.9	26	95	0	91	46	6	10	38	1.62
28021--28070	26	1.9	26	95	0	91	46	4	12	38	1.60
32040--32074	16	2.2	16	89	0	52	17	5	0	77	0.96
32040--32085	23	2.0	24	86	4	67	19	4	0	76	0.96
32140--32200	30	2.1	28	84	6	77	26	0	3	70	1.02
33854--33900	24	1.9	25	86	4	69	34	27	8	29	1.87
36645--36699	26	2.1	26	96	0	101	38	9	10	41	1.72
38677--38731	26	2.1	26	93	0	92	38	10	10	40	1.76
46286--46340	26	2.1	26	96	0	101	38	9	10	41	1.72
58991--59040	26	1.9	26	100	0	100	44	6	12	38	1.66
62887--62938	26	2.0	26	92	0	86	48	9	5	36	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64682--64757	15	5.1	15	67	10	57	46	6	22	25	1.76
64678--64757	30	2.7	30	94	0	133	47	6	22	23	1.74
69172--69251	30	2.7	30	90	0	124	46	6	23	23	1.75
69836--69866	12	2.5	12	94	5	53	9	19	12	58	1.62
70056--70105	26	1.9	26	87	0	73	46	8	12	34	1.70
77776--78621	432	2.0	432	98	0	1620	34	15	15	34	1.90
80279--80324	23	2.0	23	83	8	58	50	2	6	41	1.40
80845--80909	16	4.1	16	95	0	121	20	35	6	38	1.77
80953--81007	19	2.7	21	88	11	96	36	14	10	38	1.81
82554--82593	3	13.3	3	100	0	80	67	0	0	32	0.91
82619--82676	6	9.2	6	78	10	53	74	3	6	15	1.17
88923--89000	33	2.4	33	84	4	104	48	20	17	12	1.80
98401--98456	27	2.1	27	89	0	85	39	17	19	23	1.92
98440--98492	26	2.0	27	92	3	90	24	20	24	30	1.99
102997--103057	28	2.2	28	85	5	81	45	0	3	50	1.17
103633--103723	45	2.0	44	89	6	139	34	28	5	31	1.80
103702--103766	16	4.1	16	91	0	103	21	33	4	40	1.74
107937--107979	21	2.0	22	81	4	52	55	6	0	37	1.27
110785--110860	13	5.8	13	77	14	84	31	19	3	44	1.69
115956--116020	33	2.0	33	96	0	121	40	9	24	26	1.85
118534--118573	18	2.1	18	86	9	53	15	7	10	67	1.41
127282--127444	81	2.0	81	93	0	281	28	8	15	47	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
127519--128253	370	2.0	370	91	1	1177	35	11	20	32	1.89
130191--130218	12	2.3	12	100	0	56	64	14	0	21	1.29
131086--131129	14	3.2	13	90	3	61	34	9	9	47	1.67
133931--134025	35	2.7	35	80	0	109	30	26	14	28	1.95
138090--138145	18	3.2	18	75	12	53	44	5	12	37	1.65
138116--138162	17	2.8	16	79	17	51	46	6	12	34	1.67
144896--144951	18	3.2	18	75	12	53	44	5	14	35	1.68
145445--145483	14	2.8	13	85	11	51	33	7	17	41	1.79
145468--145507	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
145455--145523	14	4.4	15	72	19	52	30	8	15	44	1.77
145677--145727	26	2.2	24	78	21	56	60	5	0	33	1.21
164913--164973	32	1.9	32	86	0	86	21	6	32	39	1.79
165151--165190	20	2.0	21	90	5	64	45	20	2	32	1.64
168803--168844	6	7.0	6	94	0	75	64	0	19	16	1.30
172520--172646	43	3.0	43	79	15	154	22	18	28	29	1.98
173486--173603	23	5.0	23	76	4	128	24	19	15	40	1.90
173486--174064	24	24.3	23	67	12	159	28	13	17	39	1.88
173557--174139	147	4.0	144	91	4	815	30	12	17	39	1.87
173498--174125	47	13.1	47	73	11	368	29	13	17	39	1.88
173693--174129	24	18.1	24	71	12	261	30	12	17	40	1.86
176199--176230	16	2.0	16	100	0	64	56	25	6	12	1.59
176663--176694	11	2.9	11	90	0	55	9	6	28	56	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
177350--177511	79	2.0	80	97	1	308	38	19	14	26	1.91
179210--179245	13	2.8	13	95	0	63	44	30	8	16	1.77
185258--185287	8	3.8	8	100	0	60	26	0	10	63	1.26
194916--194944	2	14.5	2	100	0	58	51	0	48	0	1.00
202517--202657	49	2.9	50	78	7	164	25	14	30	29	1.95
202517--202701	98	1.9	98	84	2	246	24	14	29	30	1.95
204304--204493	50	3.7	50	86	4	227	23	30	20	25	1.98
208186--208243	30	1.9	31	92	3	100	20	41	0	37	1.53
208186--208256	30	2.3	30	85	2	97	21	45	0	33	1.52
208454--208493	20	1.9	21	85	10	55	22	27	0	50	1.50
212024--212076	7	7.6	7	100	0	106	13	13	0	73	1.10
212047--212181	58	2.3	58	84	5	166	27	19	5	48	1.70
214018--214154	70	2.0	70	98	0	265	27	8	6	58	1.51
219076--219101	7	3.7	7	100	0	52	38	0	0	61	0.96
224194--224235	21	2.0	21	85	4	57	50	4	7	38	1.51
224292--224339	3	16.0	3	100	0	96	66	0	0	33	0.92
228619--228748	54	2.4	55	80	6	158	21	25	24	28	1.99
230502--230618	42	2.8	40	78	7	126	18	34	21	25	1.96
230634--230831	104	1.9	105	83	4	256	21	30	23	24	1.99
234277--234324	20	2.4	20	86	6	62	31	10	18	39	1.85
242975--243051	40	1.9	41	84	7	104	44	1	7	46	1.40
243044--243201	87	1.9	83	85	10	221	71	3	16	8	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
243148--243201	4	12.8	4	78	18	56	72	3	20	3	1.16
244055--244189	40	3.4	39	73	7	121	25	16	23	34	1.95
244344--244398	15	3.6	16	77	20	55	32	1	23	41	1.65
247707--247764	9	6.3	9	76	9	55	75	3	10	10	1.15
247707--247764	18	3.2	18	87	7	73	75	3	10	10	1.15
248463--248596	23	6.0	23	83	6	143	19	20	23	37	1.94
260156--260527	31	12.2	31	73	9	219	43	15	6	34	1.74
260162--260527	61	6.0	60	76	8	267	43	15	7	33	1.74
260156--260520	92	4.0	92	81	3	369	42	15	7	34	1.75
260136--260514	153	2.5	153	79	7	403	43	15	6	34	1.72
267877--267922	20	2.3	20	88	0	74	13	36	32	17	1.88
271075--271132	29	1.9	31	89	6	93	58	1	0	39	1.08
271174--271215	22	1.9	22	90	0	66	33	0	33	33	1.58
271165--271267	52	2.0	51	83	9	129	34	0	32	33	1.58
271217--271308	22	4.2	23	82	8	111	42	0	27	30	1.56
271217--271308	44	2.1	44	85	4	123	42	0	27	30	1.56
271968--272027	20	3.2	18	79	11	66	70	1	5	23	1.16
272496--272535	12	3.5	12	78	21	50	35	0	0	65	0.93
282271--282391	61	2.0	62	88	1	181	28	19	7	44	1.77
283402--283439	12	2.8	13	84	15	51	0	28	0	71	0.87
283437--283491	1	55.0	1	96	0	101	1	0	0	98	0.13
287237--287750	255	2.0	254	96	2	942	34	9	8	47	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
293530--293754	43	5.2	43	82	8	153	25	31	18	24	1.97
293530--293754	86	2.6	86	77	9	237	25	31	18	24	1.97
295423--295465	19	2.2	20	87	4	61	13	2	4	79	1.00
295756--295796	21	2.0	20	85	4	55	39	41	0	19	1.52
296944--297159	41	5.3	41	88	0	324	32	24	21	21	1.98
297217--297353	40	3.4	39	77	4	139	19	20	21	37	1.94
297946--298161	41	5.3	41	88	0	324	32	24	21	21	1.98
298219--298355	40	3.4	39	77	4	139	19	20	21	37	1.94
301091--301141	13	3.9	13	84	0	75	29	7	27	35	1.85
313173--313212	18	2.2	18	90	0	62	42	7	27	22	1.80

Tables:   1   2   3