genome.fa.s1210.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold289
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  602941

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1284--1350	33	2.0	34	97	2	127	23	31	5	38	1.79
1682--1809	50	2.5	51	92	1	213	28	25	14	32	1.94
4992--5609	114	5.4	114	85	4	755	27	22	24	25	1.99
5455--5768	162	1.9	162	90	1	504	28	23	23	24	1.99
5334--5884	276	2.0	277	89	3	842	28	22	23	25	1.99
5610--6036	114	3.7	115	90	0	660	26	22	25	25	2.00
5819--6412	190	3.1	190	90	0	917	27	22	24	25	2.00
5935--6111	75	2.4	74	92	0	291	28	22	23	24	1.99
6009--6226	115	1.9	116	93	0	375	27	22	24	25	2.00
6125--6299	73	2.4	74	87	0	244	28	22	23	25	1.99
6199--7110	114	8.0	114	89	2	1312	27	22	24	25	2.00
6199--7110	229	4.0	228	87	3	1278	27	22	24	25	2.00
6199--7110	343	2.7	342	88	2	1355	27	22	24	25	2.00
27770--27795	5	5.2	5	100	0	52	42	19	19	19	1.90
35777--35827	24	2.1	24	88	0	75	39	11	1	47	1.52
36087--36111	13	1.9	13	100	0	50	0	0	84	16	0.63
41392--41440	21	2.4	21	82	3	64	14	2	40	42	1.57
41392--41441	7	7.3	7	76	10	50	14	2	40	44	1.56
41468--41766	96	3.1	95	86	4	386	39	3	17	40	1.64
41809--42099	125	2.3	125	90	1	458	31	18	20	28	1.96
43238--43882	320	2.0	320	95	0	1157	31	17	19	30	1.95
45260--45302	18	2.4	18	88	0	59	44	9	27	18	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45363--45421	30	2.0	30	82	0	73	10	16	40	32	1.82
45949--45977	7	4.1	7	100	0	58	58	13	0	27	1.36
47140--47212	11	6.6	11	81	6	94	47	0	30	21	1.51
47140--47212	23	3.3	21	88	9	110	47	0	30	21	1.51
65208--65252	14	3.3	14	82	17	51	68	6	22	2	1.24
65220--65252	13	2.5	13	86	13	50	69	6	24	0	1.10
66107--66144	18	2.1	18	95	0	67	47	13	5	34	1.65
66115--66150	18	2.0	18	88	0	54	52	19	2	25	1.59
69291--69454	43	3.8	42	73	10	145	25	18	26	29	1.98
70376--70624	43	5.8	43	85	5	315	28	31	18	21	1.97
72191--72221	14	2.2	14	100	0	62	45	12	9	32	1.75
74354--74437	14	5.9	14	67	10	55	36	40	0	22	1.54
74413--74473	31	2.0	31	96	0	113	40	32	1	24	1.65
74867--74943	40	1.9	40	86	0	109	37	23	19	19	1.94
74858--75192	41	8.2	41	88	4	471	30	32	20	17	1.95
75247--75362	40	2.9	41	81	6	141	25	23	18	33	1.96
75922--75962	21	2.0	21	85	9	57	78	0	19	2	0.87
80145--80306	83	2.0	83	94	0	288	24	22	15	37	1.93
80521--80603	43	1.9	43	92	2	139	9	18	24	48	1.77
87477--87514	17	2.2	18	85	4	51	15	0	31	52	1.43
87861--87912	25	2.1	25	96	0	95	32	7	28	30	1.85
93112--93226	43	2.7	43	74	15	110	24	15	28	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95109--95142	14	2.3	15	90	5	52	52	0	0	47	1.00
95268--95303	16	2.2	17	90	5	56	47	0	8	44	1.33
95659--95978	159	2.0	159	93	0	550	34	14	18	33	1.91
115207--115436	27	8.5	27	76	5	180	35	19	26	18	1.95
115207--115412	81	2.5	81	92	1	324	34	18	26	19	1.96
115207--115436	54	4.3	54	78	2	203	35	19	26	18	1.95
115207--115460	81	3.1	81	86	2	269	34	18	27	19	1.95
117651--117680	7	4.3	7	100	0	60	46	26	0	26	1.53
121852--121952	5	20.2	5	78	4	69	34	5	18	40	1.75
121844--121952	30	3.6	30	78	0	101	33	6	21	38	1.79
121885--121964	20	4.2	20	67	15	62	37	6	15	41	1.72
121886--121977	25	3.5	25	70	18	78	34	5	15	44	1.69
122819--122862	23	1.9	23	95	0	79	22	18	20	38	1.93
124538--124588	3	17.0	3	95	0	93	31	0	33	35	1.58
126593--126707	43	2.7	41	77	10	133	32	26	13	26	1.94
126895--126990	35	2.7	35	100	0	192	42	9	8	39	1.67
126929--126987	18	3.3	18	63	13	50	40	10	6	42	1.65
128783--128808	11	2.4	11	100	0	52	84	7	7	0	0.77
129308--129534	113	2.0	115	90	4	361	31	11	14	41	1.82
129651--129701	15	3.6	14	78	7	50	39	1	0	58	1.09
130724--130872	41	3.7	40	86	7	201	30	25	18	25	1.98
130909--131063	40	3.8	39	78	8	132	21	20	20	38	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
130939--131045	40	2.7	39	84	4	133	20	17	20	41	1.91
140483--140523	15	2.7	16	85	11	59	75	7	0	17	1.02
140774--140944	85	2.0	86	98	1	335	37	19	22	20	1.94
140786--140920	41	3.2	41	68	13	130	35	19	24	20	1.96
141027--141207	91	2.0	91	87	2	265	23	25	27	23	2.00
141118--141619	114	4.4	113	89	3	711	22	23	26	27	2.00
141873--141903	15	2.1	15	93	0	53	19	0	45	35	1.51
141926--141959	8	4.6	7	86	13	50	17	0	50	32	1.47
141926--141959	15	2.3	15	90	10	52	17	0	50	32	1.47
142190--142245	21	2.6	22	83	8	71	21	0	41	37	1.53
141873--142639	304	2.5	300	86	5	1008	27	2	29	40	1.69
142461--142504	14	3.1	14	83	9	54	29	0	34	36	1.58
142493--142545	21	2.5	22	79	14	58	20	0	37	41	1.53
143244--143650	151	2.7	151	80	7	449	47	11	14	26	1.77
143373--143674	148	2.1	143	79	12	292	47	11	13	27	1.78
144591--144616	13	2.0	13	100	0	52	53	15	0	30	1.42
146795--146879	43	2.0	43	88	0	125	35	7	11	45	1.68
147146--147366	43	5.1	43	86	5	304	23	18	30	27	1.98
147728--147775	15	3.2	15	77	11	53	41	8	0	50	1.33
150479--150573	45	2.1	45	96	0	172	44	15	18	21	1.87
155332--155501	84	2.0	85	98	1	333	46	9	7	37	1.64
158321--158347	7	3.9	7	100	0	54	59	0	0	40	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
160136--160174	20	1.9	20	89	5	60	74	0	12	12	1.08
160651--161338	114	6.0	114	91	1	1029	24	21	26	27	1.99
162401--162469	21	3.3	21	89	0	84	33	18	43	4	1.70
162864--163033	43	4.0	41	79	8	171	27	20	22	30	1.98
162915--163041	43	3.0	41	87	5	173	25	20	21	33	1.97
163806--163891	10	8.7	10	70	22	58	37	2	2	58	1.24
163817--163850	17	1.9	17	88	5	50	35	2	0	61	1.11
164018--164058	14	3.0	13	82	10	55	24	14	34	26	1.94
165699--165774	31	2.5	31	85	6	102	40	15	23	19	1.90
169540--169600	21	3.0	20	73	7	59	18	21	16	44	1.87
169502--169621	42	2.9	42	83	0	132	18	19	16	45	1.85
177185--177299	43	2.7	43	80	1	115	17	19	17	46	1.85
177213--177285	21	3.4	21	69	3	56	13	23	17	45	1.84
179995--180030	11	3.2	11	96	4	63	16	27	16	38	1.90
179995--180037	22	1.9	23	85	4	61	18	27	18	34	1.95
188271--188408	31	4.6	29	74	16	104	50	14	2	32	1.58
188323--188378	8	7.8	8	83	16	70	60	12	0	26	1.32
188322--188378	23	2.7	23	86	13	70	59	12	0	28	1.33
189277--189309	6	5.0	7	85	14	52	45	9	0	45	1.35
189275--189309	13	2.7	13	100	0	70	42	8	0	48	1.33
189405--189448	17	2.6	17	85	0	52	47	0	4	47	1.22
189446--189629	43	4.3	42	85	4	219	22	16	31	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
189464--189621	86	1.8	85	89	4	246	25	17	30	26	1.97
196543--196991	224	2.0	225	99	0	891	40	9	7	42	1.65
212628--212688	30	2.0	30	90	6	97	50	8	6	34	1.58
214300--214340	12	3.7	12	75	18	52	7	21	7	63	1.45
214297--214339	21	2.0	21	100	0	86	9	18	9	62	1.51
221298--221356	30	2.0	30	86	6	84	45	13	8	32	1.74
231508--231666	87	1.8	87	82	10	209	30	27	16	25	1.97
231508--231672	43	3.8	43	79	13	169	32	26	16	24	1.96
232789--232813	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
239858--240133	27	10.2	27	86	3	353	43	16	19	20	1.88

Tables:   1   2   3