genome.fa.s1432.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold40
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1915636

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1400--1438	17	2.4	17	82	4	53	43	2	0	53	1.14
2016--2232	90	2.4	89	79	10	219	44	17	5	32	1.72
2624--2664	21	2.0	21	90	4	66	36	2	0	60	1.10
2671--2842	89	1.9	91	84	2	231	36	9	16	38	1.81
6981--7006	11	2.4	11	100	0	52	84	0	0	15	0.62
21843--22231	191	2.0	195	91	4	642	29	18	19	32	1.96
23680--23737	28	2.1	28	100	0	116	31	13	6	48	1.69
28578--28787	115	1.8	113	82	4	269	22	20	18	39	1.93
28764--28902	58	2.4	58	78	2	145	23	21	16	38	1.93
32202--32241	16	2.6	16	92	4	64	70	0	12	17	1.18
32150--32270	21	5.7	21	73	20	83	64	0	11	23	1.31
32152--32284	63	2.1	65	86	9	184	64	0	12	22	1.31
32674--32773	5	18.4	5	72	15	74	50	0	19	31	1.48
32674--32773	11	9.2	10	74	14	74	50	0	19	31	1.48
32674--32773	28	3.4	29	84	8	114	50	0	19	31	1.48
32692--32773	32	2.5	33	92	4	130	48	0	19	31	1.49
32799--32832	18	1.9	17	94	5	59	70	5	11	11	1.32
32866--32904	21	1.9	20	89	5	60	64	0	12	23	1.28
32862--32918	21	2.8	21	80	15	57	63	0	12	24	1.29
33345--33376	6	5.3	6	92	0	55	34	28	0	37	1.57
35616--35825	90	2.3	90	86	2	262	55	12	5	26	1.58
35660--35832	90	1.9	90	95	0	310	54	14	5	25	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35660--35852	90	2.1	90	91	0	305	52	14	6	26	1.65
36567--36894	111	2.9	111	86	4	453	31	22	22	24	1.99
40312--40351	17	2.4	17	100	0	80	45	15	20	20	1.86
42357--42406	26	1.9	26	87	0	73	52	0	2	46	1.12
42319--42407	31	3.0	30	69	23	73	50	2	4	42	1.35
45637--45669	5	6.6	5	100	0	66	21	18	21	39	1.93
53524--53562	19	2.0	20	90	5	62	61	5	0	33	1.18
56589--56621	16	2.1	16	94	0	57	90	0	9	0	0.44
67974--68011	19	2.1	19	85	5	51	23	0	5	71	1.07
69597--69647	22	2.5	20	87	6	66	11	7	9	70	1.33
71216--71298	40	2.0	41	86	2	114	39	18	8	33	1.80
73597--73644	10	4.3	12	72	17	50	56	0	0	43	0.99
74976--75034	30	1.9	30	86	3	82	49	3	18	28	1.64
76197--76290	21	4.5	21	69	0	62	15	21	17	45	1.85
76198--76389	42	4.6	42	80	5	190	16	19	17	46	1.84
76332--76391	21	2.9	21	72	7	59	15	21	18	45	1.86
76517--76544	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
78142--78277	41	3.5	39	74	7	114	32	23	16	27	1.96
78433--78479	24	2.0	24	84	16	62	51	14	0	34	1.43
79180--79220	19	2.0	20	86	13	57	7	21	0	70	1.11
87528--87615	7	12.4	7	82	13	85	77	10	1	11	1.05
87526--87615	18	4.6	19	78	20	89	77	10	1	11	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87528--87609	6	12.8	6	80	11	51	78	9	1	10	1.03
87526--87615	39	2.3	40	83	11	107	77	10	1	11	1.04
88475--88511	15	2.6	14	91	4	56	72	0	13	13	1.11
93119--93420	86	3.5	85	84	4	345	30	21	22	25	1.99
93376--93538	89	1.8	89	89	1	254	29	24	23	22	1.99
93565--94141	50	11.8	49	74	12	393	31	19	20	28	1.97
93579--94244	100	6.8	100	86	5	770	31	20	20	27	1.97
94095--94326	102	2.3	100	84	4	304	33	22	19	25	1.97
94111--94342	50	4.6	50	71	2	158	33	21	19	24	1.97
94165--94343	50	3.5	50	73	3	162	33	22	19	24	1.97
94318--94367	25	2.0	25	84	0	64	36	20	18	26	1.95
94568--94617	25	2.0	25	84	0	64	36	22	16	26	1.94
94218--94705	125	3.9	125	93	0	807	34	22	18	24	1.96
94738--94996	44	5.9	43	73	9	146	29	19	23	27	1.98
100456--100482	7	3.9	7	100	0	54	25	0	14	59	1.36
102127--102157	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
106034--106137	41	2.5	41	79	0	127	33	14	27	24	1.94
109915--109947	16	2.1	16	88	11	50	57	0	15	27	1.38
120449--120493	18	2.6	18	85	3	56	40	8	15	35	1.79
121126--121162	19	1.9	19	89	10	58	24	5	5	64	1.36
121126--121169	19	2.3	19	81	14	54	22	4	9	63	1.42
123176--123622	224	2.0	221	89	3	691	43	10	14	31	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
135703--136375	152	4.4	152	99	0	1301	46	5	6	41	1.53
136408--136517	45	2.6	43	80	11	120	34	28	4	32	1.77
136498--136533	16	2.2	16	90	0	54	38	30	0	30	1.58
139323--139362	20	2.1	19	95	4	71	57	7	0	35	1.27
139590--139634	22	2.0	22	83	8	56	33	6	4	55	1.46
158549--158607	30	2.0	30	93	0	100	20	27	35	16	1.94
158723--158795	33	2.2	32	92	4	119	20	31	32	15	1.93
160040--160094	15	3.7	15	83	11	60	67	1	5	25	1.22
160844--160892	25	2.0	25	83	0	62	38	0	16	44	1.48
161288--161349	15	4.3	15	66	22	51	53	0	22	24	1.46
161902--161944	22	1.9	23	85	4	61	20	0	27	51	1.48
162865--162899	15	2.4	15	90	4	54	48	0	8	42	1.33
164392--164442	24	2.1	24	100	0	102	23	13	23	39	1.91
166803--166878	15	4.9	15	77	16	66	19	3	0	76	0.94
166811--166877	4	16.5	4	73	17	50	19	4	0	76	0.96
166811--166877	17	4.1	16	77	7	64	19	4	0	76	0.96
167717--167908	101	1.9	101	84	5	260	27	14	26	31	1.95
167930--168073	77	1.9	77	91	5	238	52	4	20	22	1.63
168582--168616	15	2.4	15	90	4	54	48	0	8	42	1.33
170200--170239	18	2.2	18	86	8	55	82	0	7	10	0.84
170323--170393	6	12.5	6	76	16	71	77	4	1	16	1.00
170323--170393	28	2.5	28	86	8	92	77	4	1	16	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
173632--173673	20	2.1	20	86	0	57	80	2	0	16	0.81
175727--175754	14	2.0	14	100	0	56	42	14	14	28	1.84
178389--178561	35	4.9	35	98	0	328	35	8	2	54	1.43
181077--181113	19	1.9	19	100	0	74	32	21	8	37	1.83
182125--182289	82	2.0	84	81	7	194	28	13	12	45	1.80
187413--187493	25	3.2	25	80	15	78	59	2	2	35	1.24
187413--187518	26	4.2	24	77	12	88	61	2	1	33	1.22
190741--191338	143	4.2	143	83	1	718	28	21	19	30	1.98
190741--191359	284	2.2	283	83	2	776	28	21	19	30	1.98
192924--192991	6	10.8	6	73	23	52	2	4	13	79	1.00
192924--192988	13	5.0	13	76	9	62	3	4	13	78	1.03
197226--197318	26	3.6	25	76	4	78	60	2	3	34	1.25
202105--202179	28	2.7	27	80	10	80	56	6	1	36	1.34
202882--202943	31	2.0	31	87	0	88	40	11	11	37	1.77
212646--212673	3	9.3	3	100	0	56	64	0	35	0	0.94
219324--219469	41	3.6	41	91	0	231	30	23	21	25	1.99
221984--222054	36	2.0	36	100	0	142	30	22	19	26	1.98
227091--227210	41	2.9	41	89	0	195	31	23	19	25	1.98
232664--232716	16	3.3	16	94	0	97	37	3	35	22	1.72
237515--237579	3	23.3	3	74	12	50	1	0	30	67	1.00
237507--237570	12	5.4	12	88	3	103	0	0	32	67	0.91
237605--237650	23	2.0	23	91	0	74	17	4	15	63	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
245608--245657	6	8.3	6	97	0	91	68	14	2	16	1.31
253845--253908	12	5.4	12	76	10	69	65	29	3	1	1.17
253834--253908	25	3.2	24	80	9	84	66	28	2	2	1.18
257024--257313	138	2.1	136	83	3	357	37	22	11	29	1.88
257195--257396	110	1.8	112	84	4	284	37	22	11	28	1.89
263842--263881	20	2.0	20	100	0	80	35	20	10	35	1.86
263843--263886	20	2.4	18	88	11	63	31	20	9	38	1.84
263918--263951	17	2.0	17	94	0	59	20	8	35	35	1.84
265627--265689	26	2.4	26	83	0	81	28	19	12	39	1.88
265641--265696	26	2.2	26	90	0	85	33	17	12	35	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6