genome.fa.s1432.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold40
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1915636

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
590436--590813	178	2.1	176	83	5	460	26	24	18	29	1.98
597732--597769	19	2.0	19	100	0	76	26	10	21	42	1.85
602970--603017	17	2.8	17	75	12	53	75	2	6	16	1.11
603128--603228	3	34.0	3	75	5	71	60	0	7	31	1.25
603169--603235	18	3.8	17	80	9	71	58	0	10	31	1.32
603195--603249	21	2.8	21	81	8	53	56	1	7	34	1.38
603884--603920	17	2.2	17	90	0	56	72	0	21	5	1.04
605808--605864	22	2.5	23	83	13	66	50	3	1	43	1.29
611358--611392	18	2.0	18	94	5	63	65	5	17	11	1.43
611700--611733	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
613120--613393	46	6.3	44	74	11	219	28	21	20	29	1.98
613197--613300	41	2.6	40	79	14	117	32	25	16	25	1.96
613037--613397	170	2.1	171	90	3	555	27	21	20	29	1.98
621467--621578	51	2.2	51	98	0	215	24	16	34	24	1.95
626879--626920	20	2.0	21	82	13	52	7	4	35	52	1.50
628321--628417	48	2.0	50	83	4	126	44	10	15	29	1.80
635859--635928	23	3.0	23	77	8	79	34	14	12	38	1.84
643908--643934	14	1.9	14	100	0	54	33	0	22	44	1.53
643922--643967	19	2.3	20	88	7	76	23	4	17	54	1.61
644048--644084	16	2.4	16	91	8	60	54	0	0	45	1.00
645469--645493	12	2.1	12	100	0	50	0	32	0	68	0.90
647452--647657	89	2.3	88	77	7	211	41	21	5	31	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
651901--651949	21	2.3	21	92	0	89	24	8	24	42	1.81
661713--661753	19	2.2	19	100	0	82	39	21	0	39	1.54
678136--678206	14	5.0	14	80	14	83	70	1	28	0	0.96
678139--678206	7	9.6	7	71	25	54	70	1	27	0	0.96
678140--678206	29	2.3	29	90	7	102	70	1	28	0	0.96
683491--683527	14	2.6	15	83	12	51	0	32	2	64	1.07
683835--683967	70	1.9	70	84	0	176	30	15	22	30	1.95
683818--683977	35	4.6	35	74	3	133	28	18	25	27	1.98
686384--686418	12	2.9	12	82	0	52	74	11	8	5	1.22
687953--688005	27	2.0	27	88	0	79	22	30	16	30	1.96
691381--691449	30	2.3	30	82	5	77	24	33	26	15	1.95
700555--701329	387	2.0	387	100	0	1550	31	13	19	34	1.91
704637--704690	26	2.1	26	100	0	108	18	7	37	37	1.79
706989--707013	6	4.2	6	100	0	50	84	0	16	0	0.63
708353--708405	27	2.0	26	96	3	97	32	3	22	41	1.72
708794--708821	4	7.0	4	100	0	56	50	0	0	50	1.00
710194--710279	45	1.9	45	92	0	145	24	20	11	43	1.85
714853--715049	98	2.0	98	95	0	358	36	10	25	27	1.89
724088--724154	14	4.6	14	75	17	66	32	0	0	67	0.91
724079--724154	28	2.6	29	81	6	91	35	0	0	64	0.94
724102--724172	22	3.1	22	74	11	72	33	1	0	64	1.02
724070--724171	8	13.5	8	72	19	60	35	0	0	63	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
725359--725393	18	2.1	18	89	10	56	11	11	0	77	1.00
728299--728323	9	2.8	9	100	0	50	20	12	24	44	1.85
743504--743534	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
746246--746285	17	2.4	17	82	0	53	47	12	7	32	1.69
751275--751336	31	1.9	31	90	6	97	32	16	12	38	1.86
757472--757580	39	2.8	39	92	1	175	50	28	3	17	1.63
763876--763946	37	1.9	37	94	0	124	35	4	14	46	1.64
765066--765138	18	3.9	18	70	22	62	30	0	4	65	1.11
765068--765143	17	4.2	16	75	12	53	30	0	3	65	1.10
769051--769121	37	1.9	37	94	0	124	35	4	14	46	1.64
770323--770395	18	3.9	18	70	22	62	30	0	4	65	1.11
770325--770400	17	4.2	16	75	12	53	30	0	3	65	1.10
777677--777729	19	2.8	19	78	16	56	39	16	1	41	1.60
788242--788319	22	3.6	22	87	3	106	12	38	25	23	1.90
788325--788372	19	2.5	19	93	0	78	20	41	20	16	1.90
789834--789892	18	3.4	18	69	4	50	77	1	15	5	1.01
790604--790646	22	2.0	22	85	0	59	23	16	9	51	1.73
794667--794709	14	3.1	14	86	0	59	18	4	16	60	1.52
797527--797623	43	2.3	42	80	7	97	8	27	2	61	1.35
801902--802144	85	2.8	85	86	0	324	34	13	19	32	1.90
803311--803358	10	4.4	11	82	14	55	12	10	0	77	1.00
805301--805337	18	2.1	18	89	0	56	59	0	8	32	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
805965--806009	23	2.0	23	86	0	63	35	6	0	57	1.25
816290--816328	16	2.4	16	86	0	51	28	33	2	35	1.71
816303--816359	16	3.6	16	95	0	87	33	36	0	29	1.58
832521--832558	19	2.0	19	85	10	51	21	42	0	36	1.53
851580--851615	13	2.8	13	100	0	72	72	5	8	13	1.27
871853--871938	43	2.0	42	93	2	145	40	5	15	38	1.71
876906--876973	32	2.1	32	86	5	93	26	23	10	39	1.87
878070--878329	135	1.9	135	87	0	376	31	19	12	36	1.89
886852--886891	19	2.2	18	95	4	71	42	15	0	42	1.46
897960--898020	27	2.3	27	97	0	113	40	13	4	40	1.65
898143--898185	19	2.3	19	84	15	54	58	0	0	41	0.98
902039--902237	66	3.0	66	83	2	240	12	24	13	50	1.75
903259--903296	17	2.3	17	86	4	51	10	10	2	76	1.12
904018--904070	3	17.3	3	84	11	72	30	3	0	66	1.10
904200--904249	24	2.1	24	85	7	66	8	2	4	86	0.78
904200--904241	15	2.8	15	96	0	75	7	0	4	88	0.64
905429--905464	17	2.1	17	89	0	54	22	13	19	44	1.86
905907--905952	19	2.4	18	82	10	56	23	19	8	47	1.77
908789--908831	7	6.0	7	81	13	52	65	2	18	13	1.38
908793--908839	13	3.5	13	78	16	51	63	2	19	14	1.40
910142--910876	133	5.6	132	90	2	1025	30	19	22	27	1.98
910142--910876	265	2.8	266	89	1	1095	30	19	22	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
910142--910876	398	1.8	397	88	2	1134	30	19	22	27	1.98
911720--911758	17	2.3	17	86	0	51	10	10	2	76	1.10
913949--914298	174	2.0	174	98	0	682	42	15	10	32	1.80
928728--928839	45	2.5	45	79	12	124	30	20	22	26	1.98
928727--929486	89	8.8	88	69	13	344	28	20	23	28	1.98
928727--929585	44	19.9	44	69	13	311	28	19	23	28	1.98
928773--929138	172	2.1	172	90	1	572	28	20	21	28	1.98
928941--929575	216	2.9	216	91	1	1013	28	19	23	28	1.98
928773--929239	172	2.7	171	85	5	532	29	19	22	28	1.98
931084--931154	29	2.6	27	80	6	70	26	4	5	63	1.35
945260--945407	73	2.0	73	96	0	269	29	19	8	41	1.82
945487--945515	14	2.0	15	93	6	51	75	0	20	3	0.94
948887--949620	390	1.9	390	85	2	1026	38	11	16	32	1.85
948868--949625	130	5.8	130	84	2	878	39	12	16	32	1.85
956264--956486	69	3.1	69	63	22	170	54	6	10	28	1.59
956237--956530	146	2.0	147	99	0	581	53	6	12	27	1.63
956840--956886	20	2.4	19	83	13	60	51	4	4	40	1.41
959084--959113	15	2.0	15	93	0	51	30	6	0	63	1.20
962700--962944	96	2.6	93	81	4	274	41	8	15	35	1.76
963026--963217	94	2.1	92	85	2	258	39	8	17	34	1.81
964096--964134	17	2.2	19	86	9	55	69	0	2	28	1.02
964093--964136	18	2.6	16	82	13	52	65	0	2	31	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
964456--964498	20	2.2	20	100	0	86	51	0	9	39	1.34
966858--966907	18	2.8	19	76	11	52	6	18	2	74	1.12
974865--974933	23	3.0	22	82	4	75	39	13	1	46	1.52
981405--981450	11	4.4	11	82	17	62	80	0	19	0	0.71
981404--981458	6	9.0	6	77	15	51	80	0	20	0	0.72
981410--981458	9	5.3	9	79	13	55	79	0	20	0	0.73
981402--981457	18	3.1	19	83	16	75	82	0	17	0	0.68
982730--983194	88	5.3	88	89	0	653	30	19	22	27	1.98
982835--982969	44	3.1	44	65	8	112	31	20	20	28	1.97
983378--983519	72	2.0	72	84	2	187	32	14	25	27	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6