genome.fa.s1743.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold157
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1658850

Tables:   1   2   3   4   5   

This is table  3  of  5  ( 570 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
632915--633027	26	4.3	26	80	1	91	22	22	19	36	1.95
634434--634494	15	4.0	15	74	19	54	63	3	24	8	1.37
639223--639313	45	2.0	45	91	0	146	28	17	20	32	1.96
642052--642152	52	1.9	52	91	0	166	34	21	16	26	1.95
655971--656102	50	2.6	51	84	5	162	27	15	25	31	1.96
656025--656106	26	3.2	26	63	22	64	26	14	25	32	1.95
656108--656202	45	2.1	45	86	3	138	26	18	24	30	1.98
662348--662575	76	3.0	76	95	2	397	24	8	24	42	1.83
662870--663089	106	2.1	106	89	1	334	24	24	27	24	2.00
675120--675357	120	2.0	120	91	0	386	34	11	23	29	1.90
687394--687435	16	2.6	16	96	0	75	9	11	26	52	1.68
687397--687438	13	3.0	13	89	10	57	14	9	23	52	1.71
693383--693418	16	2.2	16	100	0	72	25	0	36	38	1.56
700642--700667	13	2.0	13	100	0	52	61	7	30	0	1.24
701134--701167	16	2.1	16	100	0	68	47	35	11	5	1.65
715337--715362	9	2.9	9	100	0	52	46	0	30	23	1.53
723037--723121	33	2.6	33	86	0	125	30	21	24	23	1.99
723195--723275	26	3.1	26	81	0	99	32	20	23	23	1.98
724723--724756	17	2.0	17	94	0	59	50	14	17	17	1.79
732365--732417	13	4.1	13	75	0	61	33	24	7	33	1.84
732354--732409	26	2.2	26	83	0	67	32	23	5	39	1.77
742601--742708	39	2.8	39	81	0	144	25	28	13	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
744639--744699	30	2.0	30	96	0	113	24	27	14	32	1.95
747325--747390	10	6.6	10	80	13	57	25	30	16	27	1.97
747325--747398	20	3.8	20	85	5	98	24	29	17	28	1.97
747323--747409	40	2.2	40	79	8	97	22	27	17	32	1.96
749348--749385	19	2.0	19	100	0	76	36	21	5	36	1.76
752264--752299	3	13.0	3	83	16	51	72	0	0	27	0.85
752264--752299	11	3.3	11	100	0	72	72	0	0	27	0.85
754549--754672	50	2.5	50	93	0	203	23	22	24	29	1.99
754529--754670	75	1.9	75	85	2	196	23	22	24	29	1.99
754529--754672	25	5.8	25	81	1	173	22	22	25	29	1.99
757971--758025	28	2.0	28	92	0	92	41	16	9	32	1.80
770351--770398	25	1.9	25	100	0	96	25	12	35	27	1.92
772285--772466	30	6.1	30	77	5	197	40	14	21	23	1.90
772285--772442	60	2.6	60	94	0	271	41	13	22	22	1.89
779437--779491	6	9.3	6	76	9	51	10	5	3	80	1.01
783337--783420	29	2.8	29	83	3	105	42	15	22	19	1.88
783354--783414	29	2.1	29	96	0	113	42	16	26	14	1.87
783408--783493	30	2.9	30	77	3	93	34	12	19	32	1.90
785553--785585	12	2.9	12	86	13	52	72	0	6	21	1.05
794060--794158	50	2.0	50	86	4	137	27	20	33	19	1.96
794070--794183	50	2.3	49	78	4	120	30	20	28	21	1.98
794461--794503	16	2.7	16	81	0	50	55	6	23	13	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
796261--796363	25	4.1	25	81	12	97	27	21	22	29	1.99
798350--798392	21	2.1	20	83	12	52	27	9	4	58	1.49
805743--805811	33	2.1	34	83	2	86	28	26	23	21	1.99
805776--805864	28	3.2	28	85	1	135	30	25	21	22	1.99
806171--806433	27	9.8	26	84	8	280	21	14	22	41	1.90
808732--808839	28	3.9	28	85	0	144	29	24	21	25	1.99
808733--808839	56	1.9	56	88	0	160	28	24	21	25	1.99
809156--809322	27	6.2	27	81	4	151	20	14	25	38	1.92
809167--809322	54	2.9	53	80	7	179	19	15	25	39	1.91
809167--809322	81	1.9	81	83	5	199	19	15	25	39	1.91
815254--815523	131	2.1	130	91	0	432	25	14	14	45	1.83
823615--823704	27	3.3	27	92	3	146	42	22	20	15	1.89
824037--824212	30	5.9	30	89	0	253	23	27	19	28	1.98
824037--824212	90	2.0	90	90	0	280	23	27	19	28	1.98
863270--863510	50	4.8	50	87	2	295	21	30	21	26	1.98
869782--869919	50	2.8	49	87	6	197	23	14	30	31	1.94
876062--876477	27	15.4	27	87	0	535	40	21	19	18	1.91
878472--878604	45	3.0	45	97	0	257	45	18	15	21	1.85
881393--881432	19	2.2	18	86	4	53	42	5	15	37	1.68
890352--890390	12	3.2	12	85	0	51	20	23	5	51	1.67
890580--890771	50	3.7	50	79	7	174	26	25	19	29	1.99
898011--898264	138	1.9	138	89	1	404	42	3	7	46	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
898224--898265	22	2.1	19	86	13	57	45	0	0	54	0.99
898222--898262	16	2.6	15	84	7	55	46	0	0	53	1.00
904680--904754	38	2.0	38	94	0	132	48	0	9	42	1.35
904686--904767	38	2.2	38	86	0	110	50	2	8	39	1.46
904716--904940	52	4.5	50	80	11	264	50	2	5	41	1.39
904717--904890	26	6.9	25	67	16	74	49	3	4	42	1.40
904704--904940	101	2.3	101	97	1	449	50	2	5	41	1.39
921294--921319	9	2.9	9	100	0	52	88	0	0	11	0.52
927323--927355	17	1.9	17	100	0	66	42	30	6	21	1.77
929233--929265	17	1.9	17	100	0	66	42	30	6	21	1.77
937750--937844	25	3.8	25	74	2	75	29	20	22	28	1.98
939885--939964	25	3.2	25	76	3	90	23	22	22	31	1.99
944605--945217	336	1.8	331	88	3	933	27	15	20	36	1.93
963635--963661	13	2.1	13	100	0	54	22	0	29	48	1.51
964770--964908	44	3.2	42	83	5	145	28	17	22	31	1.96
974638--974691	18	2.8	19	77	11	65	22	35	3	38	1.72
983810--983869	22	2.6	22	82	10	68	35	31	5	28	1.79
991415--991478	22	2.9	22	71	0	65	23	21	18	35	1.95
995076--995122	21	2.2	22	88	3	69	25	14	21	38	1.92
996578--996654	39	2.0	39	94	0	136	35	10	16	37	1.83
999056--999110	23	2.4	23	78	6	67	60	5	14	20	1.54
999102--999175	6	12.2	6	74	16	55	79	2	4	13	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1004187--1004217	8	3.9	8	100	0	62	48	0	0	51	1.00
1005870--1005914	22	2.0	23	86	4	65	22	13	20	44	1.85
1008053--1008089	19	1.9	19	94	0	65	43	24	16	16	1.87
1011919--1011957	19	2.1	19	85	9	53	53	0	41	5	1.23
1028944--1028981	18	2.1	18	90	5	58	65	0	18	15	1.27
1039192--1039409	32	6.8	32	79	1	240	33	26	22	17	1.96
1039192--1039409	64	3.4	64	90	1	348	33	26	22	17	1.96
1039578--1039623	24	1.9	24	86	8	67	47	26	8	17	1.76
1039695--1039980	27	10.7	27	83	2	308	23	20	19	36	1.95
1039695--1039980	53	5.4	54	80	4	283	23	20	19	36	1.95
1039695--1039964	107	2.5	106	83	5	312	24	20	20	35	1.95
1051146--1051223	20	3.9	20	87	0	120	6	29	23	41	1.79
1059360--1059406	3	15.7	3	95	0	85	0	31	0	68	0.90
1060939--1060980	22	2.1	19	86	13	57	52	0	2	45	1.13
1062429--1062459	14	2.2	14	94	0	53	25	9	12	51	1.70
1062874--1063105	51	4.6	50	78	5	207	25	17	26	31	1.97
1062874--1063113	101	2.4	101	82	1	275	24	17	27	31	1.97
1090980--1091018	20	2.0	20	90	10	62	15	2	30	51	1.57
1106739--1106790	20	2.6	20	93	0	86	21	30	1	46	1.62
1110030--1110090	6	10.2	6	96	0	104	80	0	3	16	0.84
1125158--1125396	129	1.9	129	83	3	311	28	22	18	30	1.97
1126280--1126334	7	7.6	7	88	8	83	58	25	1	14	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1128091--1128129	20	2.0	20	89	0	60	48	5	0	46	1.24
1144206--1144423	73	3.0	73	94	0	373	32	5	22	39	1.76
1152892--1152936	19	2.4	19	96	0	81	22	11	26	40	1.87
1162829--1162861	16	2.0	17	88	5	50	57	0	3	39	1.14
1175694--1175736	19	2.3	19	91	0	77	30	18	9	41	1.82
1179550--1179758	50	4.1	50	86	3	256	23	22	33	20	1.97
1182236--1182275	19	2.1	19	100	0	80	40	25	0	35	1.56
1193094--1193138	18	2.5	18	81	0	63	42	4	28	24	1.74
1195798--1195859	21	2.8	23	68	9	56	43	9	3	43	1.53
1196192--1196256	32	2.0	32	100	0	130	29	9	15	46	1.77

Tables:   1   2   3   4   5