genome.fa.s1799.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold261
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  750797

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4206--4237	16	1.9	17	93	6	57	40	0	21	37	1.54
5795--5826	14	2.1	16	88	11	50	43	6	21	28	1.77
9983--10067	25	3.4	23	82	9	89	40	23	20	16	1.91
11894--12054	68	2.4	68	88	0	232	31	14	24	29	1.94
11894--12085	68	2.8	67	77	4	197	32	14	23	29	1.94
14206--14265	25	2.5	24	79	12	70	6	20	1	71	1.17
15410--15470	22	2.8	22	76	0	68	26	18	13	42	1.86
15730--15774	22	2.0	22	86	0	63	33	13	8	44	1.75
15365--16102	312	2.4	312	95	0	1332	26	14	22	36	1.93
16034--16094	22	2.8	22	76	0	68	26	18	13	42	1.86
17064--17527	232	2.0	232	95	0	829	26	13	23	36	1.92
29504--29593	32	2.9	31	93	3	153	46	13	10	30	1.75
29505--29600	31	3.1	31	93	3	165	46	12	9	31	1.73
44969--45029	29	2.1	29	84	0	77	22	26	27	22	1.99
45638--45727	46	1.9	47	81	2	110	24	20	22	33	1.97
48519--48583	25	2.6	25	74	16	62	30	1	3	64	1.18
49983--50037	28	1.9	29	88	3	85	20	3	7	69	1.28
50629--50653	13	1.9	13	100	0	50	40	0	8	52	1.31
66121--66542	132	3.2	132	90	2	697	27	19	24	28	1.98
68249--68277	2	15.0	2	92	7	51	48	0	0	51	1.00
68250--68275	13	2.0	13	100	0	52	46	0	0	53	1.00
68249--68278	15	2.0	15	100	0	60	46	0	0	53	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68828--68982	78	2.0	78	89	2	240	34	12	13	39	1.82
76436--76480	23	2.0	23	82	8	56	22	4	22	51	1.66
78261--78365	34	3.1	34	88	2	149	28	13	14	43	1.83
79082--79123	21	2.0	22	86	13	61	30	0	9	59	1.29
82048--82154	56	1.9	57	88	1	162	49	7	14	28	1.71
85403--85444	22	1.9	22	90	0	66	69	11	7	11	1.37
89998--90053	23	2.4	24	80	14	71	58	1	5	33	1.31
94246--94276	12	2.7	11	95	5	53	67	3	6	22	1.28
95215--95278	18	3.5	18	81	8	76	65	1	23	9	1.30
95283--95316	12	2.8	12	90	0	50	73	2	17	5	1.16
103398--103561	87	1.9	86	85	6	224	25	13	23	37	1.92
107990--108029	7	5.7	7	93	0	71	40	0	15	45	1.46
109308--109364	28	2.0	28	100	0	114	45	14	10	29	1.78
110865--110898	6	5.7	6	100	0	68	32	14	35	17	1.91
115671--115697	14	1.9	14	100	0	54	37	11	0	51	1.37
115578--116849	125	10.1	126	85	1	1556	29	15	15	39	1.89
116937--117035	34	2.9	33	86	5	144	42	19	1	37	1.58
117452--117633	93	2.0	90	82	11	219	39	15	8	35	1.79
117717--117897	9	19.4	9	67	19	70	63	2	4	29	1.28
117801--117900	28	3.6	28	82	6	123	63	3	3	31	1.25
146407--146431	11	2.3	11	100	0	50	24	8	0	68	1.16
149424--149588	41	4.0	41	100	0	330	31	19	7	41	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
150812--150952	45	3.1	47	78	8	130	19	12	8	59	1.58
150890--150952	22	2.8	22	72	13	65	26	11	6	55	1.59
151051--151100	21	2.3	21	89	3	73	22	16	6	56	1.62
152337--152543	55	3.8	55	99	0	405	44	7	6	41	1.58
168430--168560	43	3.0	43	82	5	149	25	18	25	31	1.98
174221--174257	19	2.0	19	89	5	58	40	0	0	59	0.97
178254--178301	24	2.0	24	88	8	71	72	0	16	10	1.10
180837--180915	28	2.6	31	80	11	92	32	0	16	50	1.45
181262--181336	36	2.1	36	87	5	107	28	6	20	45	1.76
181980--182087	51	2.1	51	87	3	155	31	10	14	43	1.79
181980--182087	17	6.4	17	70	4	83	31	10	14	43	1.79
185140--185179	20	2.0	20	85	0	53	22	5	0	72	1.04
191674--191715	15	2.9	15	83	16	54	21	4	16	57	1.58
197240--197274	18	2.0	17	94	5	61	62	0	2	34	1.10
208605--208635	11	2.7	11	95	5	53	54	0	0	45	0.99
211489--211532	23	1.9	22	82	17	54	38	22	0	38	1.55
211631--211729	23	4.3	23	92	0	162	32	25	20	22	1.98
217484--217556	21	3.5	21	88	0	110	12	19	19	49	1.79
223308--223344	17	2.2	17	90	0	56	35	0	16	48	1.46
223533--223655	21	5.9	21	86	0	129	13	21	17	47	1.81
223540--223655	42	2.8	42	89	0	169	12	19	18	48	1.81
223573--223642	11	6.7	10	75	8	50	12	17	17	52	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
226199--226305	49	2.2	49	89	1	171	36	31	14	16	1.90
226199--226324	49	2.6	49	86	6	159	34	31	17	16	1.93
226303--226399	50	1.9	50	87	8	144	34	26	17	21	1.96
226304--226421	50	2.3	49	82	5	139	30	28	20	20	1.97
228384--228468	41	2.1	41	95	0	152	35	17	21	25	1.95
244403--244429	10	2.7	10	100	0	54	88	0	11	0	0.50
255182--255238	27	2.1	27	81	12	64	49	0	1	49	1.11
258223--258252	15	2.0	15	93	0	51	16	6	0	76	0.99
266051--266097	22	2.3	20	82	13	60	65	0	2	31	1.04
266053--266100	21	2.2	22	88	3	71	68	0	2	29	1.01
266065--266106	21	2.0	21	85	0	57	73	0	0	26	0.83
266687--266722	9	4.0	9	88	0	54	11	44	11	33	1.75
269479--269504	3	8.7	3	100	0	52	69	0	30	0	0.89
271609--271655	14	3.4	14	82	5	51	42	0	46	10	1.38
271609--271656	20	2.3	21	85	3	62	41	0	45	12	1.42
271609--271639	7	4.4	7	100	0	62	38	0	48	12	1.42
275070--275156	45	1.9	45	90	4	140	28	12	16	42	1.84
277544--277862	117	2.7	119	81	6	358	52	18	5	23	1.66
281375--281441	22	3.1	21	72	16	64	47	22	17	11	1.80
281569--281621	26	2.0	27	85	3	72	33	22	18	24	1.97
287043--287085	20	2.2	20	86	0	59	37	11	16	34	1.85
289692--289724	5	6.6	5	100	0	66	81	0	18	0	0.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
298665--298802	43	3.2	42	74	7	109	31	25	16	26	1.96
302659--302795	50	2.7	50	89	4	206	24	32	20	23	1.98
309907--309945	20	2.0	20	90	10	62	15	23	5	56	1.59
311692--311792	50	2.0	50	98	0	193	30	15	14	38	1.88
327201--327246	19	2.4	19	78	7	58	28	0	50	21	1.49
331731--332029	43	7.0	43	79	6	295	21	15	21	41	1.90
339556--339589	9	3.8	9	92	0	50	35	0	38	26	1.57
340047--340079	12	2.7	13	90	9	52	33	0	0	66	0.92
351361--351414	21	2.6	21	93	0	99	24	22	35	18	1.96
360760--360810	23	2.2	23	96	0	93	23	17	27	31	1.97
363785--363853	34	2.0	34	100	0	138	20	11	8	59	1.58
367042--367115	34	2.2	34	82	4	87	28	21	22	27	1.99
367566--367829	27	9.8	26	81	9	264	21	17	19	42	1.90
367577--367829	54	4.7	53	80	8	298	20	17	19	42	1.89
367578--367829	81	3.1	79	85	5	344	20	17	19	42	1.89
367938--368200	27	9.7	27	83	5	259	38	20	19	22	1.94
367938--368243	27	11.4	27	80	6	232	38	19	19	22	1.93
368223--368323	24	4.0	25	84	5	82	24	14	22	37	1.92
368260--368370	24	4.6	24	82	8	118	23	9	22	45	1.81
368262--368370	48	2.3	48	84	6	132	23	9	22	44	1.81
368289--368370	11	6.8	13	68	16	59	21	9	21	46	1.80
368542--368680	32	4.4	32	77	4	129	21	19	18	40	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
368542--368680	64	2.2	64	80	5	156	21	19	18	40	1.92
371923--372034	57	1.9	57	87	5	163	44	7	21	26	1.78
376464--376489	6	4.3	6	100	0	52	15	0	0	84	0.62
379915--379973	30	2.0	30	100	0	118	44	11	13	30	1.80
381664--381698	16	2.2	16	90	10	54	51	2	17	28	1.59
382379--382553	40	4.4	40	83	1	199	20	21	25	33	1.97
382378--382564	80	2.3	80	80	1	223	19	21	26	32	1.97
383093--383117	13	1.9	13	100	0	50	24	4	32	40	1.73
388623--388692	28	2.5	28	95	0	122	30	27	22	20	1.98
389027--389278	27	9.3	26	76	9	204	18	18	18	44	1.87

Tables:   1   2   3