genome.fa.s1836.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold168
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  938898

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 356 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3858--3929	20	3.7	19	83	9	83	54	6	1	37	1.36
3908--3960	24	2.2	25	86	3	72	50	3	0	45	1.19
3911--3961	26	1.9	27	84	11	70	50	3	0	45	1.20
3891--3983	44	2.2	44	83	11	122	51	3	1	44	1.24
5135--5230	43	2.2	43	85	3	122	32	13	22	31	1.93
7117--7216	42	2.4	42	87	0	146	24	28	11	37	1.89
10850--10948	30	3.3	30	82	2	128	29	10	34	26	1.89
10863--10949	29	3.0	29	89	1	129	27	10	35	26	1.89
13019--13065	2	23.5	2	93	0	76	53	0	44	2	1.12
15473--15505	17	2.0	17	88	5	50	48	0	0	51	1.00
21759--21831	29	2.5	29	95	0	128	45	13	9	31	1.76
27511--27570	10	5.9	10	84	9	68	10	3	3	83	0.88
27509--27582	20	3.5	21	83	9	89	13	5	2	78	1.03
29058--29083	13	2.0	13	100	0	52	46	23	15	15	1.83
31610--31639	16	1.9	15	93	6	51	36	3	26	33	1.73
32445--32478	6	5.8	6	96	3	61	70	11	0	17	1.16
32491--32535	23	2.0	24	86	8	67	53	4	0	42	1.21
37641--37675	17	2.0	18	94	5	63	45	5	14	34	1.68
38898--39368	237	2.0	239	93	0	811	30	24	8	36	1.86
41305--41354	25	2.0	25	96	0	91	40	16	10	34	1.81
41906--42044	25	5.7	24	73	7	93	35	22	24	17	1.96
41955--42045	24	3.8	24	78	7	103	37	24	25	13	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
41955--42057	24	4.2	24	75	10	102	36	23	25	14	1.93
41967--42085	48	2.4	49	80	8	136	36	21	24	17	1.95
49683--49772	25	3.7	24	72	8	74	38	18	24	17	1.92
49723--49812	24	3.7	24	68	12	76	42	22	22	13	1.88
51145--51207	25	2.6	25	80	16	78	20	25	15	38	1.92
53977--54162	93	2.0	93	98	0	363	39	18	11	30	1.87
56609--56655	25	1.9	25	87	12	71	65	8	12	12	1.46
57579--57619	19	2.2	19	90	0	64	65	12	0	21	1.25
57838--57916	30	2.6	28	78	9	77	27	24	26	21	1.99
58026--58128	26	4.0	26	84	5	109	35	25	20	18	1.95
58066--58135	26	2.7	26	90	0	113	32	25	22	18	1.97
58328--58714	27	14.4	27	82	5	417	22	15	18	43	1.87
61218--61482	90	3.0	90	78	10	267	34	20	15	29	1.94
63154--63280	63	2.0	63	96	0	236	34	13	20	31	1.91
65183--65226	18	2.5	18	82	10	56	63	9	0	27	1.24
70083--70182	50	2.0	50	84	0	128	40	1	12	47	1.47
75739--75861	62	2.0	64	83	3	160	51	5	4	39	1.45
77197--77254	12	5.0	12	77	6	66	43	13	12	31	1.81
77198--77254	23	2.5	23	94	0	96	43	12	12	31	1.79
79060--79117	9	6.4	9	85	0	80	41	20	10	27	1.85
79060--79117	18	3.2	18	87	0	89	41	20	10	27	1.85
84424--84504	37	2.2	37	84	4	101	25	17	14	41	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84501--84753	40	6.3	40	83	4	235	33	16	22	28	1.95
88192--88534	167	2.0	167	99	0	677	36	17	24	21	1.94
89236--89274	19	2.1	19	90	0	60	48	12	10	28	1.74
89255--89328	35	2.1	35	94	0	130	40	14	10	33	1.81
89364--89402	20	1.9	20	84	5	51	28	12	30	28	1.93
89822--89889	25	2.7	24	82	8	82	17	26	20	35	1.95
93197--93432	37	6.3	37	76	1	184	29	16	16	37	1.90
93161--93313	75	2.0	76	80	6	168	30	16	17	35	1.92
93197--93432	112	2.1	112	90	0	373	29	16	16	37	1.90
97570--97608	19	2.0	19	85	5	51	64	5	0	30	1.15
103247--103329	42	2.0	42	95	0	148	36	6	6	51	1.51
105983--106009	4	6.8	4	100	0	54	77	0	22	0	0.76
106119--106164	16	2.6	18	76	16	51	28	6	8	56	1.54
107673--107735	33	1.9	33	83	6	83	20	4	47	26	1.70
107908--107983	30	2.5	30	89	0	107	10	9	40	39	1.72
108808--109077	134	2.0	135	99	0	533	51	6	4	37	1.48
108939--108994	29	2.0	28	86	10	78	57	3	0	39	1.16
117596--117652	27	2.1	27	84	9	73	43	15	22	17	1.87
117744--117822	33	2.4	33	91	4	124	24	22	17	35	1.95
119261--119304	14	3.1	14	76	0	52	27	13	25	34	1.93
119249--119344	28	3.5	28	84	1	113	32	18	16	32	1.94
128777--128807	15	2.0	16	93	6	55	45	3	0	51	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
139153--139185	15	2.2	15	89	10	50	27	0	3	69	1.03
140685--140714	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
145898--146138	50	4.8	50	87	0	329	25	23	29	20	1.99
152998--153182	50	3.7	50	78	6	203	27	22	29	21	1.99
155248--155308	26	2.3	26	82	0	77	39	21	24	14	1.91
158236--158282	20	2.3	20	81	0	58	21	27	2	48	1.61
164840--164906	31	2.3	30	90	10	104	31	7	17	43	1.77
176772--176809	19	2.0	19	94	0	67	42	13	15	28	1.85
180001--180037	13	2.9	13	88	4	58	29	0	0	70	0.88
180397--180426	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
186299--186328	16	1.9	16	93	6	53	50	20	0	30	1.49
187449--187558	25	4.4	25	77	7	116	32	20	23	23	1.98
187449--187558	50	2.2	50	85	6	143	32	20	23	23	1.98
189390--189414	11	2.3	11	100	0	50	44	0	24	32	1.54
191374--191428	14	4.0	14	80	4	67	21	9	32	36	1.85
191374--191428	27	2.0	28	82	3	67	21	9	32	36	1.85
192851--192960	34	3.3	33	81	7	132	40	0	14	45	1.45
193022--193290	126	2.1	126	88	2	398	37	14	15	31	1.89
196352--196408	25	2.3	23	81	18	71	52	3	0	43	1.18
196835--196870	18	2.0	18	94	0	63	41	5	27	25	1.77
198622--198682	30	2.0	30	90	0	95	37	3	27	31	1.73
205834--205969	50	2.7	51	80	6	170	24	16	27	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
207977--208125	74	2.0	74	100	0	298	31	14	20	33	1.93
224125--224184	28	2.1	28	87	0	84	55	5	23	16	1.61
224093--224247	83	1.8	85	82	5	199	43	2	30	23	1.67
224325--224385	29	2.1	29	90	0	95	57	1	26	14	1.47
225956--226006	20	2.5	21	81	6	61	11	27	21	39	1.88
238205--238244	19	2.0	20	85	4	55	57	5	7	30	1.48
238629--238656	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
241720--241866	38	3.8	38	79	7	136	44	10	9	34	1.72
247560--247811	42	5.9	43	89	1	321	32	25	17	25	1.97
247560--247811	85	3.0	85	85	2	319	32	25	17	25	1.97
252942--253156	7	30.7	7	69	10	100	42	35	2	20	1.65
252942--253122	21	8.7	21	72	9	120	43	35	1	19	1.61
253301--253339	21	1.9	20	94	5	69	56	15	0	28	1.40
253423--253612	40	4.8	40	83	0	236	27	24	19	28	1.98
253657--253766	40	2.8	40	88	0	175	28	22	19	30	1.98
253527--253892	154	2.4	153	87	0	518	28	21	18	31	1.97
253815--253890	40	1.9	40	86	5	109	31	23	15	28	1.96
253814--253899	40	2.2	40	80	4	102	29	20	17	32	1.96
254368--254415	25	1.9	25	91	0	78	39	22	20	16	1.92
264268--264323	22	2.6	22	94	2	96	23	35	8	32	1.86
270256--270613	192	1.9	192	84	4	490	29	24	16	30	1.97
271441--271466	13	2.0	13	100	0	52	30	0	23	46	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
279808--279850	17	2.6	15	80	20	50	44	18	9	27	1.80
280335--280373	19	1.9	19	85	10	51	46	0	2	51	1.14
281813--281891	21	3.7	21	81	8	70	16	27	25	30	1.97
281842--281904	21	3.0	21	83	2	83	15	25	25	33	1.95
289078--289138	23	2.8	20	76	11	59	16	22	22	37	1.93
290242--290283	17	2.4	17	92	4	66	38	23	19	19	1.93
290485--290575	18	5.1	18	76	5	76	47	18	4	29	1.68
292689--292756	28	2.4	27	77	18	77	27	23	25	23	2.00
293428--293466	20	2.0	20	85	10	53	41	7	12	38	1.72
295055--295173	28	4.2	28	84	4	168	31	20	24	24	1.98

Tables:   1   2   3