genome.fa.s1920.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold344
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  528373

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1--1079	132	8.2	132	88	1	1556	30	20	24	25	1.99
1005--1154	75	2.0	75	94	0	264	30	18	27	24	1.97
880--1286	207	2.0	207	92	0	672	29	18	26	25	1.98
1192--1397	102	2.0	103	87	4	301	27	21	22	28	1.99
1080--2001	234	3.9	234	95	1	1591	29	19	23	27	1.98
1426--1631	102	2.0	103	87	4	301	27	21	22	28	1.99
1660--1871	102	2.1	103	87	0	300	27	21	23	27	1.99
1763--3321	132	11.8	132	89	2	2018	29	19	23	26	1.98
2998--3182	44	4.2	44	65	8	115	29	21	22	26	1.99
3082--3777	233	3.0	234	87	2	961	30	19	23	27	1.98
3473--3660	101	1.9	101	82	2	243	31	17	21	29	1.96
3549--7659	132	31.2	132	99	0	8152	31	16	25	25	1.97
23301--23709	132	3.1	132	93	0	685	28	20	23	26	1.99
25144--25208	24	2.7	23	73	21	62	30	1	3	64	1.18
37358--37401	21	2.0	22	86	4	63	54	25	9	11	1.65
42994--43154	80	2.0	79	97	1	304	36	16	16	31	1.91
48207--48262	22	2.5	22	91	0	85	23	19	32	25	1.98
49908--49951	21	2.0	22	86	4	63	54	25	9	11	1.65
50022--50139	57	2.1	57	100	0	236	51	16	8	22	1.71
59660--59713	25	2.2	25	89	0	81	22	11	48	18	1.79
61638--61751	36	3.2	34	75	13	88	42	16	7	34	1.75
61922--62128	41	5.0	40	86	3	252	24	25	19	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61927--62128	82	2.5	82	89	0	305	24	25	19	30	1.98
62736--63038	155	1.9	156	81	7	366	43	15	3	36	1.65
62837--63038	78	2.6	80	89	4	331	44	13	3	38	1.61
65683--65736	27	2.0	27	85	7	74	38	22	16	22	1.93
68380--68634	41	6.3	41	81	1	271	21	27	16	34	1.94
68520--68586	20	3.3	20	66	4	53	16	31	17	34	1.93
77656--77706	21	2.4	22	83	6	61	7	21	1	68	1.25
81958--81997	21	1.9	21	94	0	71	60	5	12	22	1.52
86351--86389	20	2.0	19	85	14	53	38	0	17	43	1.50
88925--89081	39	4.0	38	67	14	104	26	21	25	26	2.00
88777--89155	114	3.3	115	83	5	449	26	20	23	30	1.99
88787--89155	117	3.2	116	85	3	458	25	20	23	30	1.99
94780--94831	20	2.5	21	75	6	52	34	9	17	38	1.82
100741--101031	50	5.9	50	81	3	302	21	28	21	28	1.99
114402--114454	27	2.0	27	96	0	97	30	22	7	39	1.82
114732--115025	27	10.9	27	81	9	332	40	21	18	19	1.91
115343--115405	33	1.9	33	86	0	90	22	22	25	30	1.99
117001--117052	18	2.9	18	82	0	59	75	1	17	5	1.10
120997--121070	37	2.0	37	91	0	121	25	14	18	40	1.89
132842--133747	454	2.0	454	97	0	1704	34	16	16	32	1.91
134603--134820	116	1.9	116	98	0	418	43	11	5	40	1.62
135049--135105	24	2.4	23	80	11	62	66	3	21	8	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
135073--135107	18	1.9	18	88	0	52	68	2	20	8	1.29
137554--137619	30	2.2	30	88	0	105	19	31	28	19	1.97
138930--138998	35	2.0	34	83	8	86	24	26	24	24	2.00
147643--147818	93	1.9	93	95	0	316	22	19	28	29	1.98
152186--152226	21	2.0	21	90	0	64	31	12	19	36	1.89
156993--157061	25	3.0	25	82	14	69	17	14	10	57	1.63
159374--159672	88	3.4	87	90	1	413	24	25	28	22	2.00
159242--159517	132	2.1	132	88	1	410	25	26	24	23	2.00
159330--159735	176	2.3	174	82	4	539	25	25	25	22	2.00
159537--159806	131	2.1	132	87	2	391	27	22	26	22	2.00
159833--160711	88	10.0	88	92	0	1359	24	23	27	24	2.00
159669--160711	176	5.9	176	91	2	1520	25	23	27	24	2.00
159669--160711	264	3.9	264	90	2	1538	25	23	27	24	2.00
160644--160943	87	3.4	87	77	6	304	30	16	24	29	1.96
160644--160943	44	6.9	44	79	6	297	30	16	24	29	1.96
160982--161152	44	3.9	44	87	6	256	30	13	25	30	1.94
160978--161152	42	4.0	43	85	8	246	29	13	26	30	1.94
160978--161239	133	2.0	133	81	2	314	30	15	25	29	1.96
161465--161562	19	4.8	19	80	13	106	37	7	15	39	1.75
161466--161528	21	3.1	21	90	4	94	39	7	12	39	1.73
161528--161572	23	2.0	23	86	4	65	33	4	15	46	1.66
166950--167151	28	7.2	28	83	5	257	31	23	21	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
166951--167151	84	2.4	84	86	3	296	30	23	21	24	1.99
167570--168207	27	23.8	26	79	8	603	20	17	19	42	1.89
167570--168207	80	8.0	79	79	7	603	20	17	19	42	1.89
167570--168207	107	6.0	106	85	4	768	20	17	19	42	1.89
173645--173769	53	2.4	53	89	5	173	38	2	40	18	1.64
173669--173776	53	2.0	53	100	0	216	37	1	39	20	1.63
175574--175636	26	2.4	26	89	5	92	26	6	15	50	1.68
178746--178795	18	2.5	20	81	9	59	70	6	20	4	1.25
192714--192791	40	2.0	40	97	0	147	43	20	3	32	1.70
197217--198337	561	2.0	561	93	0	1929	29	14	21	34	1.93
199287--199340	26	2.1	26	100	0	108	22	16	18	42	1.89
203478--203675	95	2.1	95	93	0	333	15	21	39	23	1.92
210800--211512	357	2.0	356	98	0	1392	37	8	15	38	1.79
213588--213625	7	5.4	7	87	0	58	28	13	23	34	1.92
219189--219699	27	19.0	27	83	3	575	41	20	18	19	1.90
219187--219699	80	6.4	79	83	5	620	41	20	18	19	1.90
221898--221947	12	4.0	13	75	15	52	36	0	40	24	1.55
222612--223091	27	18.1	27	80	5	469	42	23	16	18	1.89
222889--222928	21	1.9	21	84	0	53	35	25	20	20	1.96
222860--222955	47	2.0	48	85	2	131	38	25	18	17	1.93
222707--223091	209	1.8	209	88	2	585	41	22	17	18	1.90
223137--223178	16	2.7	15	79	17	50	23	9	19	47	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
228063--228091	15	1.9	15	100	0	58	41	20	0	37	1.53
232097--232203	16	6.4	16	68	13	63	50	5	12	31	1.63
232096--232201	17	6.2	17	72	8	90	51	5	11	31	1.61
239079--239163	27	3.1	26	76	8	80	55	2	2	40	1.26
239109--239189	26	3.1	26	80	7	76	51	2	0	45	1.14
251284--252867	791	2.0	791	100	0	3168	30	25	17	25	1.97
261641--261800	50	3.0	53	78	10	159	21	30	21	26	1.98
268327--268383	27	2.1	27	93	0	96	29	29	15	24	1.96
280308--280418	58	1.9	56	85	7	152	51	3	0	45	1.18
280307--280460	60	2.7	58	82	9	165	53	3	0	42	1.21
280577--280611	13	2.8	12	83	8	52	57	0	11	31	1.34
283943--284051	50	2.2	50	83	3	130	27	12	26	33	1.93
289380--289488	50	2.2	50	83	3	130	27	12	26	33	1.93
296052--296090	12	3.2	12	85	0	51	20	23	5	51	1.67
296339--296474	49	2.7	50	83	6	161	22	26	22	28	1.99
298785--298835	26	2.0	25	88	7	77	19	9	21	49	1.77
300971--301002	12	2.7	12	95	0	55	46	25	3	25	1.67
305802--305852	25	2.1	23	89	7	75	35	1	0	62	1.06
310541--310628	42	2.0	44	84	4	117	27	21	5	45	1.74
313136--313172	18	2.1	18	100	0	74	21	0	40	37	1.54
326171--326209	19	2.1	19	100	0	78	28	15	15	41	1.87
330131--330181	24	2.1	24	92	0	84	21	43	1	33	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
341625--341657	2	16.5	2	100	0	66	0	48	0	51	1.00
347742--347812	35	2.0	35	86	8	99	61	2	5	29	1.33
347799--347893	27	3.5	27	76	9	79	63	2	2	32	1.18
347797--347847	16	2.8	18	80	14	52	64	3	0	31	1.11
347797--347903	19	5.8	19	70	12	64	62	1	2	32	1.20
348192--348236	24	1.9	23	82	13	56	26	6	15	51	1.68
348256--348338	9	9.1	10	69	22	51	34	3	0	61	1.13
348253--348326	18	4.2	18	75	14	73	35	4	0	60	1.15
348256--348326	17	4.1	17	77	16	74	33	4	0	61	1.15
348270--348334	28	2.3	27	82	12	78	35	4	0	60	1.18

Tables:   1   2