genome.fa.s2120.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold256
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  726231

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 348 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58--82	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
3437--4706	86	14.7	86	87	0	1748	26	23	20	29	1.99
3701--3922	43	5.2	42	63	18	98	28	23	20	27	1.99
3437--4700	258	4.9	258	90	0	1936	26	23	20	29	1.99
5877--5963	33	2.5	35	79	3	106	10	10	10	68	1.39
6184--7058	437	2.0	437	100	0	1750	29	20	17	32	1.96
17611--17651	21	1.9	22	90	5	66	24	7	9	58	1.55
19690--20267	44	13.2	44	62	8	190	27	27	24	20	1.99
19685--20315	88	7.2	88	89	0	922	26	28	24	20	1.99
20278--20489	44	4.9	43	73	4	201	26	24	23	25	2.00
19706--20517	88	9.3	88	86	2	422	27	26	24	21	1.99
20304--20538	44	5.4	44	71	6	190	28	22	21	27	1.99
20278--20553	87	3.2	87	89	0	408	28	22	23	25	1.99
23485--24318	23	36.3	23	99	0	1641	21	21	25	30	1.98
26722--26764	20	2.2	20	92	8	72	30	0	4	65	1.13
31860--31892	12	2.8	12	100	0	66	42	0	6	51	1.26
34647--34794	74	2.0	74	97	0	278	31	19	29	18	1.96
38325--38762	86	5.1	86	92	0	671	25	23	23	27	2.00
38467--38687	42	5.2	42	64	27	124	23	26	24	24	2.00
38733--38917	46	4.1	46	64	13	114	27	21	23	28	1.99
38710--40320	134	12.1	133	94	1	2620	27	19	23	29	1.98
39262--39940	88	7.6	91	67	11	253	26	20	23	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39133--40053	88	10.3	90	65	12	239	26	19	23	29	1.98
40713--40834	40	2.9	41	83	8	158	34	23	20	21	1.97
40924--41104	44	4.2	44	69	2	114	31	17	23	27	1.97
40802--41354	130	4.3	130	90	1	813	29	19	24	26	1.99
42816--42848	12	2.8	12	100	0	66	42	0	6	51	1.26
43140--43189	18	2.7	19	70	14	50	28	12	10	50	1.71
49395--49433	20	2.0	20	90	10	62	15	23	5	56	1.59
49635--49827	50	3.8	50	77	4	181	28	24	19	27	1.98
50141--50194	26	2.1	26	100	0	108	33	31	7	27	1.84
52157--52232	23	3.3	23	80	5	91	30	26	19	23	1.98
59576--59639	22	2.9	22	80	0	74	17	25	18	39	1.92
60247--60285	19	2.1	18	85	4	51	38	0	17	43	1.50
62019--62056	20	1.9	20	94	0	67	39	15	2	42	1.61
63928--64057	41	3.2	41	98	0	251	40	15	20	23	1.90
66163--66292	40	3.3	40	74	7	122	24	16	25	33	1.95
67222--67283	27	2.3	27	88	0	97	27	19	35	17	1.94
67323--67386	28	2.4	27	86	5	85	48	10	0	40	1.38
67341--67394	28	2.0	28	88	3	83	51	11	0	37	1.37
67426--67486	27	2.3	27	88	0	86	24	21	37	16	1.93
67636--67694	19	3.2	18	80	4	73	38	10	1	49	1.47
67644--67694	18	2.7	19	81	3	68	37	11	0	50	1.39
67691--67737	18	2.6	19	83	6	53	55	0	8	36	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67813--67890	27	2.9	27	82	3	95	19	28	20	32	1.97
67953--67998	24	1.9	24	95	0	83	58	2	6	32	1.36
70230--70294	27	2.4	28	87	7	89	38	9	1	50	1.44
70371--70434	27	2.4	27	91	0	101	29	20	34	15	1.94
70507--70576	19	3.7	19	83	11	99	37	7	0	55	1.27
70510--70582	37	2.0	37	97	0	137	38	8	0	53	1.31
71388--71446	19	3.2	19	80	4	84	38	11	0	49	1.40
71443--71489	18	2.6	19	83	6	53	53	0	10	36	1.36
71458--71498	19	2.1	19	86	4	55	53	0	9	36	1.34
71562--71640	27	2.9	27	90	0	122	17	32	20	29	1.95
71693--71758	27	2.5	28	74	18	77	50	0	4	45	1.22
72259--72297	19	2.1	19	85	0	51	53	7	5	33	1.51
72668--72738	30	2.4	30	95	2	126	30	5	7	56	1.49
73868--73910	7	6.1	7	94	0	77	25	0	30	44	1.55
74047--74072	5	5.2	5	100	0	52	42	19	19	19	1.90
74170--74226	7	8.1	7	96	0	105	43	29	0	26	1.55
85959--86010	18	2.9	18	75	16	54	34	1	1	61	1.18
86955--86991	19	1.9	19	88	0	56	62	0	2	35	1.10
87004--87153	79	1.9	78	91	4	250	49	3	2	44	1.33
87014--87178	79	2.1	79	86	2	242	50	3	2	44	1.30
90196--90236	18	2.3	18	91	8	66	21	4	31	41	1.74
91585--91749	82	2.0	83	98	1	323	49	7	7	36	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92509--92551	23	2.0	23	81	9	54	34	2	25	37	1.69
93041--93113	6	12.3	6	71	23	57	31	4	0	64	1.12
93075--93110	17	2.1	17	94	0	63	27	0	0	72	0.85
93041--93131	21	4.1	23	73	21	79	30	4	1	63	1.21
94038--94215	50	3.6	50	92	0	293	20	30	23	25	1.98
94694--94745	26	2.0	26	85	7	70	34	7	3	53	1.48
97230--97304	22	3.5	22	70	14	66	26	25	36	12	1.91
98075--98103	5	5.8	5	100	0	58	62	17	0	20	1.33
98074--98113	15	2.7	15	84	7	55	65	12	0	22	1.26
98488--98533	14	3.3	14	93	0	83	41	0	2	56	1.11
105228--105261	17	2.0	17	88	11	52	32	0	2	64	1.08
106617--106872	126	2.0	127	99	0	505	42	5	8	43	1.58
107458--107491	17	2.0	17	100	0	68	35	0	11	52	1.38
107475--107500	12	2.2	12	100	0	52	34	0	15	50	1.45
107516--107572	24	2.2	27	78	9	66	59	1	5	33	1.30
107560--107666	24	4.2	25	78	6	99	62	2	3	30	1.27
107560--107673	51	2.2	50	87	6	158	62	2	4	30	1.28
109007--109040	17	2.0	17	100	0	68	35	0	11	52	1.38
109024--109049	12	2.2	12	100	0	52	34	0	15	50	1.45
109065--109121	24	2.2	27	78	9	66	59	1	5	33	1.30
109109--109215	24	4.2	25	78	6	99	62	2	3	30	1.27
109109--109222	51	2.2	50	87	6	158	62	2	4	30	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110670--110941	44	6.1	43	69	15	176	28	20	19	31	1.97
111044--111496	45	10.0	44	69	11	222	31	21	15	31	1.95
110908--111496	181	3.2	181	86	1	793	30	19	16	32	1.94
110819--111387	89	6.4	85	73	11	327	30	20	17	32	1.95
110774--111483	44	15.7	45	70	11	328	30	20	17	32	1.95
117595--117677	25	3.4	23	77	11	85	69	4	1	24	1.14
117718--117826	26	4.2	26	76	8	105	63	1	3	31	1.22
117718--117826	51	2.1	50	89	6	164	63	1	3	31	1.22
120742--120778	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
120837--120876	19	2.1	19	90	4	62	25	42	0	32	1.55
133131--133238	54	2.0	54	83	0	135	50	10	12	27	1.72
134170--134246	31	2.5	31	82	2	84	44	10	16	28	1.81
135694--135745	20	2.7	18	82	11	59	67	9	1	21	1.29
136316--136421	49	2.2	46	85	5	140	42	12	13	32	1.81
140178--140233	23	2.5	22	77	16	62	42	0	1	55	1.10
140178--140233	22	2.5	21	77	16	60	42	0	1	55	1.10
140466--140498	17	1.9	17	88	11	50	21	0	0	78	0.75
143143--143206	29	2.1	29	83	11	76	48	17	12	21	1.80
143244--143286	21	2.0	21	83	16	54	30	2	4	62	1.28
144540--144575	18	2.0	18	94	0	63	19	11	5	63	1.46
154099--154149	18	2.9	18	80	13	61	62	1	0	35	1.06
154462--154505	16	2.9	16	86	6	65	40	0	0	59	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
159292--159456	82	2.0	83	98	1	323	32	14	13	39	1.85
170397--170422	12	2.2	12	100	0	52	61	0	0	38	0.96
177711--178001	145	2.0	146	97	2	559	41	12	16	29	1.85
178056--178153	46	2.2	46	94	1	171	43	19	3	33	1.66
183246--183343	46	2.2	46	94	1	171	43	19	3	33	1.66
186691--186729	9	4.3	9	90	6	53	71	5	0	23	1.05
188134--188210	39	2.0	39	92	0	127	37	29	20	11	1.88
189099--189214	58	2.0	59	98	1	225	42	7	10	39	1.68
190169--190222	24	2.4	21	80	14	63	16	9	16	57	1.64
190869--190896	12	2.3	12	100	0	56	50	7	0	42	1.30

Tables:   1   2   3