genome.fa.s2167.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold182
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  891401

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1--176	41	4.3	41	93	1	291	36	29	17	15	1.91
3851--3942	46	2.0	46	97	0	175	20	21	20	36	1.95
4212--4259	25	2.0	24	87	4	69	6	8	10	75	1.20
6324--6400	14	5.0	15	71	20	52	42	15	9	32	1.78
6340--6379	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
6328--6394	34	1.9	35	90	3	109	46	13	8	31	1.74
6363--6402	14	2.9	14	84	0	53	42	17	7	32	1.77
7150--7203	20	2.8	20	82	17	71	42	1	0	55	1.10
7147--7198	25	2.1	25	85	7	70	42	1	0	55	1.10
7238--7262	12	2.1	12	100	0	50	52	0	0	48	1.00
9376--9407	17	1.9	16	93	6	55	28	0	0	71	0.86
11671--11774	47	2.2	47	89	0	163	33	22	13	30	1.92
13982--14031	25	2.1	23	82	14	57	14	4	26	56	1.56
14139--14207	30	2.3	30	92	0	111	20	17	34	27	1.95
15357--15382	12	2.2	12	100	0	52	34	0	23	42	1.54
15688--15740	25	2.2	24	86	3	70	15	24	24	35	1.94
21880--21931	24	2.2	24	85	0	68	50	9	5	34	1.59
28837--28934	43	2.2	44	80	5	108	45	5	3	45	1.40
28919--28950	5	6.4	5	100	0	64	37	0	0	62	0.95
29184--29226	22	2.0	22	81	9	52	51	0	0	48	1.00
29311--29349	18	2.0	20	85	9	55	64	10	5	20	1.44
31014--31072	27	2.2	27	81	6	66	62	5	1	30	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31175--31232	28	2.1	28	83	3	73	34	0	0	65	0.93
37905--38003	10	9.8	10	72	14	53	62	3	3	31	1.25
39678--39733	26	2.1	27	86	3	78	51	5	3	39	1.42
46408--46557	58	2.5	59	81	3	167	26	17	16	40	1.89
47515--47566	24	2.2	24	85	0	68	50	7	3	38	1.50
51938--51989	24	2.2	24	85	0	68	50	7	1	40	1.42
53134--53177	23	2.0	22	83	12	56	45	0	0	54	0.99
61567--61642	37	2.1	37	100	0	152	31	15	15	36	1.90
64192--64268	35	2.2	35	97	0	145	45	10	3	40	1.57
66295--66328	16	2.1	16	89	10	52	70	20	2	5	1.21
66719--66784	17	3.2	22	62	25	54	43	1	12	42	1.51
67100--67134	17	2.0	17	88	5	52	48	0	17	34	1.47
67324--67387	26	2.4	26	78	2	65	50	1	12	35	1.50
70114--70176	31	2.0	32	84	3	83	23	31	33	11	1.90
70728--70776	25	2.0	24	84	15	64	44	0	4	51	1.20
71647--71745	41	2.4	41	91	1	155	39	11	25	24	1.88
76409--76493	33	2.6	33	75	0	89	24	38	10	25	1.88
76886--77053	62	2.7	61	87	3	246	50	8	5	35	1.57
76991--77102	48	2.3	48	93	0	188	50	7	7	35	1.57
80396--80457	31	2.0	31	96	0	115	17	25	29	27	1.98
80826--80866	19	2.2	19	100	0	82	46	14	14	24	1.82
84638--84697	29	2.1	29	90	0	93	33	5	28	33	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86931--87151	110	2.0	111	98	0	426	47	5	10	36	1.62
88010--88122	42	2.7	43	82	12	151	23	22	27	27	1.99
102373--102421	26	1.9	25	84	12	64	55	18	0	26	1.43
112025--112072	25	1.9	25	95	0	87	37	10	10	41	1.74
114096--114146	4	12.8	4	100	0	102	25	0	25	49	1.51
122058--122104	23	2.0	23	100	0	94	25	4	29	40	1.75
122564--122601	18	2.1	18	85	9	51	50	0	5	44	1.24
125294--125348	24	2.2	25	83	3	76	47	14	14	23	1.81
125739--125799	18	3.4	18	73	13	72	36	18	9	36	1.84
125732--125801	35	2.0	35	100	0	140	37	17	11	34	1.85
136728--136784	23	2.5	23	100	0	114	42	14	7	36	1.72
137270--137322	25	2.1	25	82	0	61	35	22	22	18	1.95
137443--137491	25	2.0	25	87	0	71	36	20	22	20	1.95
142514--142546	17	1.9	18	88	11	52	42	9	0	48	1.35
155403--155438	14	2.7	13	87	8	54	63	0	0	36	0.94
170482--170584	44	2.3	42	75	14	100	63	2	2	31	1.24
171150--171183	12	2.7	13	86	9	52	2	0	11	85	0.71
174689--174915	101	2.2	101	93	1	384	31	15	23	29	1.95
174755--174917	33	4.9	32	71	9	112	31	15	23	30	1.95
174921--174971	24	2.1	24	92	0	84	47	3	25	23	1.69
181886--181941	23	2.4	25	80	17	75	37	1	0	60	1.07
188468--188525	29	2.0	30	89	3	91	13	6	24	55	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
188692--189304	311	2.0	312	98	1	1185	26	21	11	39	1.88
190093--190223	13	10.2	13	77	9	126	36	4	6	51	1.49
190091--190199	35	2.9	37	84	9	141	36	5	7	50	1.54
190093--190223	27	5.1	26	76	10	126	36	4	6	51	1.49
190093--190223	40	3.4	40	84	9	157	36	4	6	51	1.49
193729--193799	19	3.6	19	78	10	88	18	7	19	54	1.65
193747--193780	10	3.0	12	83	16	54	14	8	17	58	1.61
193747--193780	11	3.1	11	87	12	52	14	8	17	58	1.61
195471--195514	23	1.9	22	82	17	54	36	25	0	38	1.56
195561--195647	45	1.9	45	92	0	147	35	24	14	25	1.94
195658--195946	51	5.7	51	79	2	330	31	28	17	23	1.97
195656--195942	102	2.8	101	93	2	470	31	27	17	23	1.97
200577--200701	38	3.3	38	81	3	153	13	16	31	38	1.88
224470--224499	12	2.6	12	94	5	53	0	6	0	93	0.35
224474--224503	9	3.3	9	90	0	51	0	6	0	93	0.35
226150--226182	17	1.9	17	100	0	66	24	6	0	69	1.10
226816--226843	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
228917--228964	23	2.0	24	92	4	80	45	0	2	52	1.12
228917--228964	12	4.1	12	82	15	64	45	0	2	52	1.12
228920--228975	23	2.4	23	85	8	69	46	1	3	48	1.30
230927--230968	14	3.2	14	83	12	54	19	7	14	59	1.57
234250--234281	6	5.3	6	96	0	55	28	34	18	18	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
247199--247247	15	3.2	16	76	21	52	61	2	0	36	1.08
250778--250825	20	2.4	20	100	0	96	20	41	25	12	1.87
251908--251973	24	2.6	25	75	13	73	37	18	25	18	1.93
251911--252076	25	6.7	26	70	14	107	36	21	25	16	1.94
254977--255009	15	2.1	16	88	5	50	81	0	18	0	0.68
257979--258012	11	2.9	12	86	8	52	85	5	8	0	0.75
267466--267550	4	21.5	4	68	15	52	2	23	4	69	1.19
267949--267973	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
269922--270241	159	2.0	160	99	0	633	56	5	16	21	1.61
271659--272244	45	12.8	45	77	6	509	29	19	17	33	1.95
271604--272243	96	6.9	92	77	9	488	29	19	17	33	1.95
271659--272239	141	4.2	137	80	7	592	29	19	17	33	1.95
287147--287309	84	1.9	85	82	7	206	27	17	25	29	1.97
289808--289870	29	2.2	29	81	10	69	44	3	20	31	1.67
290452--290538	45	1.9	45	95	0	156	40	4	11	43	1.61
290861--291121	40	6.5	40	98	0	495	22	16	25	36	1.94
302243--302294	23	2.3	23	81	15	63	9	17	3	69	1.31
303087--303142	24	2.3	25	75	9	62	33	5	12	48	1.64
306920--306975	27	2.1	27	96	0	103	32	17	33	16	1.92
311899--311959	29	2.1	29	84	6	79	14	11	8	65	1.46
316717--317630	127	7.2	127	94	0	1569	28	22	22	26	1.99
316711--317546	44	19.7	44	64	18	213	28	22	22	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
317396--317830	210	2.1	210	91	0	690	27	21	22	28	1.99
316710--317757	254	4.1	250	87	5	1238	28	22	22	26	1.99
316711--317883	381	3.1	378	83	8	1231	28	21	22	26	1.99
316834--318302	83	17.3	86	64	17	287	28	21	22	27	1.99
317015--318215	591	2.0	591	90	0	1904	28	21	22	27	1.99
317606--318469	127	6.8	127	95	0	1480	28	20	23	28	1.99
319085--319127	8	4.9	8	81	15	50	2	6	9	81	0.95
325252--325303	27	2.0	26	88	3	77	46	11	17	25	1.81
328079--328209	10	13.3	10	65	16	51	56	3	4	35	1.35
329209--329245	18	2.1	17	90	5	56	24	0	5	70	1.08

Tables:   1   2   3   4