genome.fa.s2167.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold182
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  891401

Tables:   1   2   3   4   

This is table  3  of  4  ( 404 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
586822--587019	99	2.0	100	84	3	256	36	12	14	36	1.84
591353--591584	44	5.2	45	65	8	152	18	24	28	28	1.98
591316--591535	43	5.0	42	63	8	107	18	25	30	26	1.98
591313--591738	88	4.8	88	89	0	645	20	23	28	27	1.99
591326--591557	44	5.3	44	64	8	148	18	23	31	26	1.98
593261--593294	15	2.3	15	100	0	68	11	23	11	52	1.70
596590--596637	24	2.1	23	88	7	71	58	4	8	29	1.46
596640--596722	32	2.6	30	81	7	76	54	4	3	37	1.39
596857--596900	17	2.6	17	85	3	63	47	0	11	40	1.39
596814--596936	60	2.0	60	82	6	149	54	1	10	33	1.45
597028--597069	3	14.0	3	89	0	66	64	2	2	30	1.19
597411--597455	21	2.2	20	88	7	65	40	17	8	33	1.81
597428--597464	19	1.9	19	88	0	56	40	18	5	35	1.74
601434--601474	19	2.1	20	86	4	57	60	2	0	36	1.10
605648--605673	3	8.7	3	100	0	52	65	34	0	0	0.93
609339--609408	27	2.6	27	93	4	115	27	28	28	15	1.96
609450--609594	4	37.8	4	69	21	89	71	0	28	0	0.87
609473--609591	38	2.9	38	80	11	139	70	0	29	0	0.87
609468--609639	17	10.9	16	66	21	78	69	0	30	0	0.89
609459--609636	83	2.1	83	82	12	224	70	0	29	0	0.88
610441--610504	26	2.4	26	82	10	76	46	3	10	39	1.55
614125--614189	3	21.7	3	100	0	130	67	32	0	0	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
614253--614285	10	3.4	10	87	8	50	66	6	0	27	1.15
614511--614551	21	2.0	21	95	0	73	56	0	4	39	1.21
618385--618415	2	15.5	2	100	0	62	48	0	51	0	1.00
622895--622966	33	2.1	34	97	2	137	51	2	15	30	1.57
631432--631528	45	2.1	46	90	1	160	22	20	26	29	1.99
631432--631528	23	4.3	23	85	2	142	22	20	26	29	1.99
634753--634787	10	3.6	10	88	3	54	37	0	2	60	1.12
635260--635309	25	1.9	26	84	15	68	60	0	2	38	1.09
636658--636752	27	3.5	27	85	2	129	20	31	29	18	1.96
643731--643777	24	2.0	24	84	16	62	29	2	8	59	1.39
643733--643904	88	2.0	88	96	0	317	34	7	9	48	1.64
644371--644515	44	3.3	44	84	2	168	1	29	0	68	0.97
644457--644514	28	2.0	29	83	9	75	1	27	0	70	0.97
644345--644526	72	2.4	77	79	13	202	1	31	0	67	0.98
644411--644521	38	3.0	36	78	13	113	0	32	0	66	0.98
644570--644636	27	2.5	26	76	7	71	17	29	34	17	1.94
644948--644999	24	2.2	24	85	0	68	36	1	9	51	1.46
649296--649347	24	2.2	24	85	0	68	38	3	7	50	1.50
652604--652635	16	1.9	17	93	6	57	43	0	12	43	1.42
655639--655693	21	2.6	21	82	0	65	38	18	25	18	1.93
655761--655808	25	2.0	24	91	4	78	20	29	4	45	1.70
657277--657329	19	2.8	20	77	8	56	15	1	7	75	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
657302--657339	13	3.0	13	84	7	51	7	5	10	76	1.15
662707--662756	23	2.2	23	86	10	68	54	8	0	38	1.30
665714--665813	44	2.3	44	81	5	112	24	24	17	35	1.95
668038--668492	227	2.0	228	99	0	894	40	7	19	33	1.78
669026--669103	37	2.4	30	74	25	93	35	5	19	39	1.74
669039--669104	20	3.4	20	62	21	50	33	6	21	39	1.78
669036--669111	37	2.1	37	100	0	152	35	5	18	40	1.73
669514--669629	24	5.0	23	78	14	105	31	31	12	25	1.92
669507--669629	48	2.6	46	78	16	128	31	32	11	24	1.91
669514--669615	24	4.3	24	79	13	106	31	33	11	23	1.91
669883--670001	22	5.3	22	78	8	125	31	15	21	31	1.94
669883--669981	45	2.2	44	85	1	126	31	14	21	33	1.93
673136--673190	27	2.1	26	83	6	67	45	14	5	34	1.68
673146--673198	27	2.0	27	92	7	90	43	13	5	37	1.67
674161--674192	5	6.4	5	96	0	55	21	0	3	75	0.95
676335--676517	91	2.0	92	98	1	359	37	5	9	46	1.60
677524--677914	195	2.0	196	99	0	775	46	5	6	42	1.51
687899--687968	29	2.4	29	85	0	95	27	11	11	50	1.73
699635--699697	30	2.2	28	78	13	65	44	1	17	36	1.59
703258--703291	13	2.6	13	86	13	52	20	0	0	79	0.73
711565--711626	6	9.7	6	74	19	54	67	3	1	27	1.15
711565--711621	20	2.8	20	72	15	55	66	3	1	28	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
711564--711626	26	2.4	26	76	10	67	68	3	1	26	1.14
711565--711620	21	2.8	21	73	13	55	67	3	1	26	1.16
713715--713776	31	2.0	31	96	0	115	30	9	17	41	1.82
714295--714335	12	3.7	11	81	18	50	73	9	9	7	1.26
715637--715662	12	2.2	12	100	0	52	30	26	15	26	1.96
721715--721781	3	22.3	3	100	0	134	32	0	0	67	0.91
728168--728340	92	1.8	93	80	7	204	30	10	12	45	1.77
730051--730080	15	2.1	15	93	6	53	46	6	0	46	1.29
737496--737539	18	2.4	19	81	14	56	38	0	0	61	0.96
746583--746748	58	2.8	57	77	5	170	22	15	21	40	1.90
748274--748312	2	19.5	2	94	0	69	53	0	46	0	1.00
751238--751426	88	2.2	87	84	1	245	37	24	9	29	1.87
751449--751543	19	4.9	18	69	19	57	58	1	3	36	1.21
751757--751806	10	5.3	9	81	13	57	26	2	0	72	0.96
751756--751809	27	2.0	28	96	3	101	29	1	0	68	1.00
751766--751809	9	5.0	8	80	20	52	27	2	0	70	0.99
751895--752083	88	2.2	87	84	1	245	37	24	9	29	1.87
756525--756555	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
758456--758506	4	12.8	4	100	0	102	50	23	0	25	1.49
770077--770119	21	2.0	21	90	0	68	44	18	23	13	1.86
775254--775278	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
779375--779490	45	2.4	47	80	12	121	69	5	16	8	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
779837--779869	7	5.0	7	92	7	52	69	0	15	15	1.19
779841--779871	6	5.0	6	92	7	53	67	0	16	16	1.23
779841--779871	13	2.5	12	94	5	53	67	0	16	16	1.23
781092--781458	98	3.9	98	87	9	571	29	22	25	22	1.99
781262--781286	12	2.1	12	100	0	50	40	16	28	16	1.89
781347--781480	43	3.1	43	61	16	105	29	26	23	21	1.99
781275--781530	86	3.0	86	92	1	415	28	23	24	23	1.99
781572--781668	40	2.3	40	84	8	115	29	23	20	25	1.99
781563--781742	43	4.3	40	76	10	148	31	23	18	26	1.98
781601--781783	83	2.2	83	84	3	253	32	24	18	24	1.97
784035--784241	107	2.0	105	90	3	326	28	19	20	32	1.97
804812--804845	16	2.1	16	94	0	59	64	2	0	32	1.08
805852--805904	21	2.5	21	90	0	79	45	24	11	18	1.82
813186--813368	3	62.0	3	70	6	106	33	4	5	56	1.42
813322--813363	22	1.9	22	90	0	66	33	2	2	61	1.21
813379--813403	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
813402--813426	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
813742--813766	13	1.9	13	100	0	50	24	4	24	48	1.68
819057--819184	16	7.5	17	71	14	50	39	10	12	37	1.77
819117--819427	17	17.4	17	70	15	148	45	10	12	31	1.76
819117--819262	70	2.1	70	87	1	213	44	13	13	29	1.80
819045--819262	87	2.5	85	79	11	194	43	11	13	32	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
819272--819316	19	2.4	18	88	3	63	42	4	15	37	1.67
819344--819412	35	1.9	35	88	2	102	50	8	10	30	1.66
819420--819462	21	2.0	21	86	0	59	46	9	11	32	1.72
819466--819509	17	2.6	17	82	7	54	52	9	13	25	1.70
819498--819668	85	2.0	86	98	1	335	40	8	12	38	1.72
819694--819742	17	2.8	17	82	11	64	44	10	16	28	1.80
820339--820374	19	2.0	18	89	10	56	0	8	13	77	0.98
820492--820546	12	5.0	11	79	14	51	9	9	0	81	0.87
820507--820560	25	2.2	25	83	6	65	3	18	0	77	0.91
821226--821283	30	2.0	30	86	3	82	37	6	24	31	1.82

Tables:   1   2   3   4