genome.fa.s2400.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold220
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1016241

Tables:   1   2   3   4   

This is table  1  of  4  ( 400 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5958--6052	49	1.9	50	84	2	129	38	12	13	34	1.83
6269--6346	40	2.0	40	84	5	104	26	20	23	29	1.99
22718--22840	7	17.9	7	72	12	51	20	0	32	46	1.56
25236--25287	25	2.2	24	86	10	72	44	17	0	38	1.49
25798--26260	227	2.0	232	92	2	776	31	6	10	51	1.62
26279--26336	19	3.1	19	85	5	91	44	12	3	39	1.58
26276--26740	9	50.6	9	70	14	202	44	17	1	36	1.59
26373--26642	38	7.4	36	74	11	153	45	19	1	34	1.58
26358--26739	52	7.6	52	79	13	322	45	18	1	35	1.58
26514--26582	35	2.0	35	85	0	93	42	18	2	36	1.66
26585--26737	34	4.5	33	72	14	112	47	16	1	33	1.55
28453--28484	12	2.7	12	100	0	64	34	9	25	31	1.87
29334--29501	84	2.0	84	98	0	327	34	11	25	29	1.90
31248--31297	26	1.9	26	91	0	82	26	12	20	42	1.86
32654--32804	43	3.5	42	83	7	171	23	13	27	35	1.93
35177--35210	16	2.2	16	89	5	52	26	8	14	50	1.72
36970--37046	19	4.0	19	81	1	91	20	19	22	37	1.94
40733--40881	55	2.7	55	79	10	153	26	12	25	36	1.91
46808--46843	16	2.2	16	100	0	72	66	16	11	5	1.40
47612--47720	52	2.1	52	98	0	209	36	26	11	25	1.89
50693--50785	28	3.4	28	87	1	143	31	24	22	21	1.98
50894--50980	26	3.3	26	79	7	95	33	19	25	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51169--51403	27	8.7	26	83	3	116	20	18	21	39	1.93
51173--51403	54	4.3	53	85	3	259	19	19	22	39	1.93
51202--51579	27	14.0	27	82	2	357	19	17	23	39	1.92
51340--51539	80	2.5	81	84	5	264	20	17	23	39	1.92
58399--58440	21	1.9	23	85	9	61	38	0	4	57	1.20
60619--60665	21	2.1	23	85	14	64	21	23	25	29	1.99
60619--60659	21	2.0	21	90	9	66	24	21	24	29	1.99
60742--60824	21	4.0	21	76	6	60	19	27	25	27	1.99
63548--63664	30	4.0	29	84	5	155	28	10	35	25	1.89
65892--65940	21	2.3	21	93	6	82	18	22	32	26	1.97
80370--80535	22	7.5	22	77	2	154	30	19	27	22	1.98
80370--80535	44	3.8	44	88	2	226	30	19	27	22	1.98
80371--80512	66	2.1	67	82	1	178	30	19	28	21	1.97
82926--83071	72	2.0	73	98	1	285	24	10	15	49	1.76
83930--83983	26	2.1	26	80	19	69	48	1	1	48	1.23
83942--83989	26	1.9	26	91	8	82	50	2	2	45	1.25
84957--85090	40	3.4	40	73	9	132	25	15	25	33	1.95
91119--91143	6	4.2	6	100	0	50	32	16	16	36	1.90
91074--91178	46	2.4	43	80	10	115	30	20	18	30	1.96
97967--98000	17	2.1	17	88	5	52	23	8	14	52	1.69
98395--98466	34	2.2	32	83	11	92	26	20	22	30	1.98
101973--102284	156	2.0	156	91	0	498	31	27	13	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
106918--106973	16	3.5	16	82	0	67	32	28	5	33	1.80
110604--110784	90	2.0	91	98	1	355	45	5	16	32	1.71
112614--112667	12	4.9	12	76	21	64	0	42	9	48	1.35
112619--112658	19	2.1	19	95	0	71	0	45	7	47	1.31
113942--113967	12	2.2	12	100	0	52	30	11	0	57	1.34
114067--114105	18	2.2	18	100	0	78	43	0	10	46	1.37
114072--114111	18	2.2	18	90	0	62	50	0	10	40	1.36
114660--114746	33	2.7	33	80	8	97	47	17	9	26	1.77
114722--114798	14	5.0	15	71	20	52	42	15	9	32	1.78
114738--114777	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
114726--114792	34	1.9	35	90	3	109	46	13	8	31	1.74
114761--114800	14	2.9	14	84	0	53	42	17	7	32	1.77
116902--117001	37	2.7	35	84	4	110	32	9	7	52	1.60
119666--119756	44	2.1	44	87	4	130	49	10	12	27	1.73
127700--127755	13	4.3	13	73	8	51	16	3	8	71	1.25
132735--132765	15	2.0	16	93	6	55	54	0	19	25	1.44
133836--133872	19	2.0	19	89	5	58	48	8	5	37	1.56
134229--134278	25	2.0	25	96	0	91	46	0	18	36	1.49
135078--135138	21	2.8	22	85	5	72	14	21	27	36	1.93
135091--135140	21	2.4	21	93	0	82	16	24	28	32	1.96
135107--135151	21	2.2	21	88	4	65	20	20	24	35	1.96
135862--135922	21	2.8	22	85	5	72	14	21	27	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
135875--135924	21	2.4	21	93	0	82	16	24	28	32	1.96
135891--135935	21	2.2	21	88	4	65	20	20	24	35	1.96
139310--139338	12	2.3	13	94	5	51	20	6	6	65	1.40
142007--142033	13	2.1	13	100	0	54	55	0	29	14	1.40
145892--145953	26	2.4	26	91	0	97	40	14	11	33	1.82
146665--146732	34	2.0	34	85	5	93	26	26	19	27	1.99
149634--149682	22	2.2	22	88	0	71	28	22	14	34	1.93
152703--152760	27	2.1	27	87	0	80	41	15	22	20	1.90
153190--154773	534	3.0	534	94	0	2767	34	15	22	26	1.95
159217--159293	37	2.1	38	97	2	147	24	18	16	40	1.91
171336--171372	9	4.0	9	89	3	56	67	8	2	21	1.29
173765--173852	39	2.3	39	95	0	158	19	2	51	27	1.59
173765--173892	39	3.0	43	83	11	149	21	3	49	25	1.64
176431--176633	82	2.5	82	92	0	334	28	6	14	49	1.69
177971--178182	113	1.9	114	90	4	338	46	16	10	27	1.79
178632--178680	18	2.7	17	81	9	53	30	2	2	65	1.15
179699--179762	29	2.1	31	86	11	89	46	7	4	40	1.53
180663--180716	29	1.9	29	81	7	67	68	3	5	22	1.26
180753--180790	17	2.4	16	79	12	51	76	0	0	23	0.79
180732--180792	27	2.3	26	83	13	79	72	0	1	26	0.94
181205--181239	18	1.9	18	88	0	52	31	2	0	65	1.07
183435--183635	109	1.8	109	86	2	287	31	21	14	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
189191--189317	55	2.3	55	90	0	191	23	21	29	25	1.99
191414--191444	16	1.9	16	100	0	62	58	19	0	22	1.40
191734--191814	25	3.2	24	79	6	81	23	24	28	23	2.00
197832--197898	26	2.6	26	95	0	116	20	22	32	23	1.98
205161--205221	25	2.4	25	86	2	77	44	14	8	32	1.75
206510--206594	26	3.2	26	76	3	89	32	31	14	21	1.93
207848--207919	34	2.1	34	84	5	92	29	20	22	27	1.99
208374--208459	27	3.2	26	80	3	82	20	15	25	38	1.92
208383--208473	27	3.4	26	80	7	110	17	15	24	42	1.88
209564--209605	12	3.5	12	75	12	50	23	42	0	33	1.55
211571--211639	32	2.2	32	84	5	86	43	23	13	20	1.86
213603--213716	37	3.1	34	76	19	129	71	0	28	0	0.87
213554--213686	4	32.2	4	74	18	78	69	0	30	0	0.89
213661--213722	22	2.9	22	78	7	74	72	0	27	0	0.85
213631--213713	39	2.2	36	85	10	114	72	0	27	0	0.85
220188--220216	3	9.7	3	100	0	58	68	31	0	0	0.89
220450--220513	27	2.4	27	91	0	101	15	32	26	25	1.95
220584--220625	22	1.9	22	100	0	84	54	0	9	35	1.33
220712--220756	22	2.1	22	84	12	58	13	15	0	71	1.15
236662--236711	25	2.0	25	100	0	100	20	12	36	32	1.89
237172--237211	3	13.7	3	94	5	73	0	0	32	67	0.91
238617--238656	20	2.0	20	95	0	71	45	12	10	32	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
239205--239244	3	13.3	3	100	0	80	32	0	0	67	0.91
240118--240153	6	6.0	6	100	0	72	83	0	0	16	0.65
243020--243074	21	2.6	21	88	0	83	21	10	38	29	1.88
244339--244504	43	3.8	43	95	1	278	10	51	4	34	1.55
244438--244504	13	4.6	14	74	18	57	11	49	1	37	1.49
246977--247043	21	3.2	21	80	2	82	56	17	23	1	1.49
256100--256143	16	2.8	15	83	10	61	59	2	2	36	1.23
256255--256375	59	2.0	60	87	4	174	53	14	0	31	1.46
256368--256407	19	2.1	19	95	0	71	55	12	0	32	1.38
256707--256741	14	2.6	13	86	8	52	0	34	0	65	0.93

Tables:   1   2   3   4