genome.fa.s2896.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold305
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  679795

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 273 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2141--2178	10	3.9	10	79	6	51	39	0	2	57	1.12
9599--9869	131	2.1	130	87	0	380	33	15	7	43	1.74
17817--17885	20	3.5	19	84	7	86	53	10	0	36	1.35
17817--17890	19	3.9	19	84	7	73	52	9	0	37	1.34
17896--17930	18	2.0	18	88	5	54	65	5	0	28	1.15
18072--18102	16	1.9	16	93	0	53	35	6	9	48	1.62
20991--21035	20	2.2	20	88	7	65	64	11	0	24	1.26
20997--21043	7	6.7	7	90	9	62	59	12	2	25	1.45
21067--21113	9	5.2	9	84	0	67	25	8	21	44	1.80
21430--21462	16	2.0	17	88	5	50	63	3	0	33	1.10
22093--22130	17	2.2	17	86	9	51	15	15	0	68	1.22
23831--23887	16	3.6	16	78	0	60	42	5	21	31	1.75
23872--23959	44	2.0	45	86	6	126	35	4	22	37	1.75
24438--24486	24	2.0	24	100	0	98	63	12	8	16	1.51
24729--24823	47	2.0	47	92	6	158	46	6	5	42	1.51
26476--26604	39	3.2	39	81	4	123	19	29	26	24	1.98
26499--26604	39	2.6	41	85	4	126	19	27	28	24	1.99
28440--28871	149	3.0	142	91	5	592	16	21	2	58	1.51
28493--28871	149	2.5	149	97	0	715	14	21	2	60	1.46
35264--35304	17	2.3	18	87	4	57	31	2	19	46	1.63
41220--41401	51	3.6	52	79	4	192	35	26	14	23	1.93
41200--41401	102	2.0	102	85	3	273	33	26	15	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43537--43567	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
44378--44403	5	5.2	5	100	0	52	23	19	19	38	1.93
44493--44518	5	5.2	5	100	0	52	19	19	19	42	1.90
46691--46821	50	2.7	48	87	2	172	29	24	19	27	1.98
48244--48291	12	4.1	12	76	15	55	37	20	16	25	1.93
50226--50432	22	9.3	22	81	5	200	23	8	22	44	1.80
50226--50453	113	2.0	113	89	1	350	24	9	21	45	1.80
50348--50433	11	7.9	10	69	15	55	25	5	22	46	1.74
55960--55989	15	2.0	15	100	0	60	26	0	20	53	1.46
57826--58006	22	8.1	22	79	6	184	22	9	23	44	1.81
57912--57995	11	7.6	11	72	5	71	21	8	26	44	1.80
57946--58017	11	6.5	11	76	12	76	23	4	26	45	1.71
57876--58109	124	1.9	124	92	0	396	22	9	22	44	1.82
58036--58109	22	3.4	22	90	0	112	22	13	24	39	1.90
58069--58199	69	1.9	69	90	3	210	24	7	20	47	1.76
58000--58174	91	1.9	91	89	0	269	24	10	21	44	1.83
58000--58151	47	3.3	47	76	5	184	24	11	20	44	1.84
58127--58180	22	2.5	22	87	6	83	22	5	24	48	1.72
59208--59251	22	2.0	22	90	0	70	38	15	25	20	1.92
61561--61587	14	1.9	14	100	0	54	55	0	0	44	0.99
62006--62056	18	2.7	18	81	6	57	25	0	5	68	1.12
62624--62680	27	2.1	27	80	6	62	70	1	5	22	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63375--63624	43	5.8	43	84	5	281	27	30	18	24	1.98
63378--63625	129	1.9	129	85	4	340	27	29	18	23	1.98
63712--63861	43	3.5	43	77	2	158	32	30	14	22	1.93
63481--63943	237	2.0	236	89	3	707	36	20	11	31	1.88
65210--65247	15	2.4	17	86	8	53	68	2	0	28	1.03
68438--68772	74	4.5	74	99	0	652	58	9	13	17	1.61
70981--71175	41	4.8	41	90	2	302	33	25	21	20	1.97
71959--72071	30	3.8	29	82	5	145	38	20	12	28	1.89
71959--72071	60	1.9	60	88	0	172	38	20	12	28	1.89
79146--79194	24	2.0	24	100	0	98	34	8	20	36	1.82
81172--81211	19	2.0	20	95	4	73	30	12	0	57	1.36
82328--82376	13	3.5	15	71	18	52	24	0	2	73	0.94
84287--84506	84	2.6	84	80	7	250	40	17	9	32	1.81
84927--84974	20	2.4	21	82	10	64	39	0	0	60	0.97
85087--85111	13	1.9	13	100	0	50	24	0	4	72	1.02
86617--86661	18	2.5	18	100	0	90	4	6	11	77	1.09
89505--89552	22	2.2	22	88	0	69	25	27	0	47	1.52
89578--89628	22	2.3	22	82	0	75	25	29	1	43	1.66
89500--89664	73	2.3	73	91	2	260	26	25	1	47	1.60
91499--91534	18	2.0	18	94	0	63	22	30	5	41	1.76
92036--92361	29	11.2	29	90	1	481	45	30	0	22	1.57
92036--92361	117	2.8	116	87	2	465	45	30	0	22	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92041--92358	146	2.2	146	90	1	494	45	31	0	22	1.55
92898--92953	18	3.1	18	72	23	62	39	5	5	50	1.48
92879--92953	37	2.0	37	94	0	132	40	9	4	46	1.55
92880--92943	19	3.4	19	72	20	62	39	10	3	46	1.55
95727--96104	125	3.0	125	90	0	578	33	23	14	28	1.94
96591--96660	35	2.0	35	97	2	133	38	2	0	58	1.13
97109--97150	21	2.1	19	83	16	50	23	0	9	66	1.21
98181--98216	17	2.0	17	89	10	54	27	2	19	50	1.62
101729--101820	41	2.2	41	88	1	139	40	15	9	34	1.80
119382--119417	19	1.9	19	94	5	65	30	27	5	36	1.80
139683--139739	21	2.7	22	89	5	82	29	19	22	28	1.98
162632--162660	12	2.3	13	94	5	51	20	6	6	65	1.40
188592--188673	40	2.0	40	97	0	155	31	21	12	34	1.91
190487--190542	24	2.3	24	84	0	76	19	19	25	35	1.95
194524--194556	17	1.9	17	93	0	57	6	21	0	72	1.05
194520--194600	42	1.9	42	82	5	101	6	23	1	69	1.19
201773--201893	57	2.1	57	81	6	136	47	7	19	26	1.75
202828--202870	19	2.2	20	83	4	52	39	6	0	53	1.28
204230--204277	17	2.9	17	90	6	64	39	6	10	43	1.64
204238--204277	17	2.4	17	100	0	80	37	5	12	45	1.64
207674--207718	23	2.0	23	90	0	72	57	4	6	31	1.44
207764--208044	69	4.0	66	73	12	183	54	5	6	33	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
207856--208061	70	3.0	68	76	10	175	55	5	6	32	1.47
208724--208768	22	2.0	22	86	4	63	33	17	6	42	1.76
208747--208800	19	2.8	19	91	0	90	35	14	11	38	1.82
217820--217862	21	2.0	21	100	0	86	58	4	13	23	1.55
221166--221197	15	2.1	15	100	0	64	18	6	12	62	1.50
222728--222803	37	2.1	36	83	11	93	42	1	1	55	1.16
227519--227561	21	2.0	21	100	0	86	18	23	13	44	1.86
229696--229746	25	2.0	25	88	0	75	39	23	5	31	1.79
229870--229965	18	5.2	18	77	10	95	38	11	19	30	1.87
229900--229975	40	2.0	38	89	7	118	39	10	19	30	1.86
229944--230078	58	2.4	59	88	7	183	35	11	20	33	1.88
230012--230159	76	1.9	76	94	0	260	37	9	20	33	1.85
230256--230350	16	5.9	16	71	9	59	32	17	22	27	1.96
230323--230363	16	2.6	16	88	0	64	24	17	29	29	1.97
232982--233023	14	2.9	15	73	20	52	38	2	0	59	1.10
233005--233082	28	2.6	29	78	17	79	34	0	2	62	1.09
241988--242328	23	14.6	23	81	5	389	27	11	19	41	1.86
241988--242315	92	3.5	92	88	4	460	27	11	19	41	1.86
250696--251089	23	16.8	23	80	4	439	27	12	19	39	1.88
250696--251089	116	3.4	114	83	4	493	27	12	19	39	1.88
254760--254786	4	6.8	4	100	0	54	77	0	22	0	0.76
256492--256652	53	3.2	52	67	15	149	46	19	4	29	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
256453--256652	97	2.1	98	95	0	357	47	20	4	28	1.68
258072--258128	3	19.0	3	96	0	105	33	0	1	64	1.04
259111--259154	18	2.4	18	88	0	61	29	13	22	34	1.93
260060--260092	17	1.9	18	88	11	52	45	0	12	42	1.41
260083--260121	9	4.3	9	80	0	51	46	2	2	48	1.29
262474--262499	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
262606--262664	29	2.0	30	86	3	84	28	3	11	55	1.52
282465--282523	31	1.9	31	96	0	109	32	0	3	64	1.10
290739--290815	13	5.9	13	82	0	82	28	7	25	37	1.84
298261--298293	14	2.4	14	100	0	66	6	15	0	78	0.93

Tables:   1   2   3