genome.fa.s2969.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold325
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  982141

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 327 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
724--775	21	2.5	21	78	6	61	42	34	1	21	1.64
757--823	23	2.9	23	91	4	100	41	40	0	17	1.50
801--1094	90	3.3	90	96	0	527	42	27	3	26	1.71
1262--1587	113	2.9	113	88	3	467	27	22	17	31	1.97
1773--1921	57	2.5	59	81	12	180	29	19	26	24	1.98
3323--3389	34	2.0	34	96	0	125	23	22	5	47	1.73
11018--11054	2	18.5	2	100	0	74	0	48	0	51	1.00
11176--11203	6	4.7	6	100	0	56	85	14	0	0	0.59
31324--31355	15	2.2	15	94	5	57	65	0	3	31	1.08
35979--36157	44	3.8	44	73	13	160	29	21	21	26	1.99
35882--36149	98	2.7	98	88	1	367	30	20	21	27	1.98
35980--36523	143	3.9	140	82	6	523	30	18	21	28	1.97
35828--36282	241	1.9	241	86	0	660	29	20	22	27	1.98
36229--36346	45	2.6	45	78	1	121	29	19	26	24	1.98
36265--36840	51	12.6	44	67	16	181	31	16	19	31	1.94
36307--36714	51	8.7	50	66	18	212	33	15	18	32	1.93
36266--36523	137	1.9	137	91	1	428	31	16	22	30	1.96
36442--36751	92	3.3	92	84	4	367	33	16	17	32	1.92
36683--36835	44	3.5	44	78	2	141	28	17	19	33	1.95
36730--36845	44	2.6	44	83	0	142	27	16	23	32	1.96
36767--36862	44	2.2	44	81	3	104	30	16	20	32	1.95
37055--37088	17	1.9	18	94	5	61	50	23	23	2	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51480--51972	95	5.2	95	80	1	488	36	13	19	31	1.90
51517--51963	190	2.4	190	84	2	551	36	12	18	32	1.88
55080--55117	10	4.0	10	90	10	62	50	0	28	21	1.49
57823--57866	20	2.2	20	88	8	63	59	4	18	18	1.55
64571--64615	24	1.9	24	86	4	65	22	2	2	73	1.05
65163--65187	3	8.3	3	100	0	50	68	0	32	0	0.90
69468--69625	77	2.0	78	98	1	309	39	3	11	44	1.58
70546--70580	15	2.2	16	90	5	54	68	0	0	31	0.90
70687--70731	23	1.9	24	86	4	65	26	2	2	68	1.12
71212--71314	9	11.3	9	68	20	63	64	3	1	30	1.23
71252--71317	19	3.5	19	73	17	57	60	6	3	30	1.36
71239--71314	27	2.8	27	79	14	86	63	3	2	30	1.26
71216--71314	29	3.6	27	74	22	73	63	4	2	30	1.24
71476--71526	26	2.0	25	88	11	77	58	7	5	27	1.49
71465--71677	9	22.8	9	68	17	96	60	6	2	30	1.37
71465--71628	10	17.5	10	69	19	72	60	6	2	31	1.34
71522--71618	28	3.4	28	77	14	101	62	5	1	30	1.23
71510--71625	29	4.1	28	75	11	94	61	5	0	32	1.24
72034--72061	10	2.8	10	100	0	56	32	0	0	67	0.91
72129--72270	9	14.8	9	71	16	81	31	1	4	62	1.23
72128--72241	10	11.4	10	74	10	65	32	0	4	62	1.21
72127--72235	30	3.7	28	77	9	94	32	0	4	62	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72149--72241	19	4.7	20	77	6	91	34	1	2	62	1.14
72618--72696	31	2.6	30	81	4	86	24	10	12	53	1.69
72990--73068	31	2.6	30	81	4	86	24	10	12	53	1.69
72616--73361	372	2.0	373	99	0	1485	36	11	10	40	1.77
75704--75759	25	2.2	25	87	0	76	14	25	21	39	1.91
75801--75867	25	2.7	26	80	13	70	20	20	20	37	1.95
75815--75898	25	3.4	25	78	4	80	19	23	21	35	1.96
75976--76024	25	2.0	25	91	0	80	24	26	18	30	1.98
79384--79455	36	2.0	36	83	0	90	30	8	27	33	1.86
81817--81898	28	2.9	28	78	7	94	50	0	17	32	1.46
81824--81896	7	10.4	7	76	5	67	52	0	15	32	1.43
96637--96679	20	2.2	20	82	0	50	16	37	16	30	1.91
103475--103562	38	2.3	38	94	0	149	29	20	14	35	1.93
105159--105234	39	1.9	39	100	0	152	42	5	15	36	1.70
105164--105227	20	3.2	20	64	27	55	46	4	17	31	1.68
107704--107755	24	2.2	24	89	0	77	36	3	9	50	1.54
125028--125071	22	2.0	23	86	4	63	31	2	2	63	1.19
125602--125659	22	2.6	23	79	20	61	34	3	0	62	1.12
125580--125659	15	5.4	15	74	12	60	33	6	0	60	1.22
138015--138052	15	2.5	15	100	0	76	7	26	21	44	1.79
140517--140586	23	3.0	23	79	12	88	51	8	8	31	1.63
145343--145384	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
145334--145375	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
145529--145619	45	2.0	44	85	2	119	37	28	4	29	1.77
146789--146869	29	2.7	30	78	5	92	49	7	8	34	1.62
153127--153168	19	2.2	19	83	8	50	69	9	2	19	1.28
156663--156715	3	17.7	3	76	0	52	32	1	5	60	1.31
168116--168204	44	2.0	45	84	2	117	29	21	24	24	1.99
168092--168549	222	2.1	219	89	2	702	32	19	19	28	1.96
170305--170366	28	2.2	28	80	5	72	33	1	1	62	1.14
181761--181825	21	3.2	21	66	16	64	29	20	32	18	1.96
181764--181825	19	3.1	20	66	15	56	29	19	32	19	1.96
181761--182027	41	6.6	41	86	0	367	34	16	28	19	1.94
183937--183968	2	16.0	2	100	0	64	0	0	50	50	1.00
185837--186033	98	2.0	97	96	1	358	32	20	9	37	1.85
186082--186117	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
186617--186671	14	4.0	14	78	4	67	43	34	0	21	1.53
186617--186671	7	8.0	7	80	10	51	43	34	0	21	1.53
186619--186677	14	4.3	13	76	8	55	47	32	0	20	1.50
186719--186761	21	2.1	20	91	4	68	11	0	39	48	1.40
187360--187407	25	1.9	25	100	0	96	29	18	16	35	1.93
189207--189234	13	2.2	13	100	0	56	42	7	7	42	1.59
189248--189291	19	2.3	20	84	7	56	45	0	4	50	1.22
189331--189432	13	7.7	13	70	12	64	43	4	9	42	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
189323--189407	26	3.2	26	71	15	84	40	4	10	44	1.60
191835--192159	109	3.0	107	86	6	435	28	12	10	48	1.74
192661--192695	14	2.5	14	90	9	54	31	45	0	22	1.53
192693--192725	14	2.3	15	89	5	50	39	45	0	15	1.46
192810--192839	14	2.1	14	100	0	60	40	33	0	26	1.57
193272--193417	74	2.0	73	89	1	220	23	26	21	27	1.99
193156--193536	188	2.0	187	86	3	525	26	26	20	26	1.99
193335--193650	114	2.8	114	91	0	499	25	26	22	25	2.00
193558--193722	73	2.3	72	91	3	269	24	26	23	25	2.00
193450--193834	186	2.1	186	94	1	684	24	26	24	24	2.00
194607--194659	25	2.1	25	92	0	88	37	13	16	32	1.88
227332--227520	51	3.7	50	82	5	229	31	26	13	28	1.94
239798--239962	79	2.1	81	89	2	253	43	20	16	20	1.88
239798--239966	27	6.3	27	86	5	227	43	20	16	20	1.88
239740--239993	27	9.5	26	78	11	201	43	19	15	21	1.87
239798--239994	54	3.7	53	83	7	229	43	19	16	20	1.88
240383--240505	28	4.4	28	87	5	187	22	24	23	29	1.99
241277--241309	5	6.4	5	93	6	57	63	0	0	36	0.95
247274--247320	24	1.9	25	86	4	69	76	2	0	21	0.89
247274--247322	25	2.0	25	84	8	64	75	2	0	22	0.90
253773--253823	21	2.4	21	77	9	50	37	3	9	49	1.55
256911--256982	36	2.0	36	94	0	126	18	23	18	40	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
260675--260714	21	1.9	21	84	0	53	52	12	7	27	1.66
264416--264466	20	2.6	19	84	9	66	58	3	0	37	1.16
264424--264467	19	2.3	20	92	7	74	59	4	0	36	1.18
273971--274124	77	2.0	77	96	0	281	30	9	17	42	1.80
278787--278873	27	3.3	27	85	3	122	42	16	16	25	1.87
278790--278871	26	3.1	25	87	6	110	42	17	15	24	1.88
278790--278898	53	2.1	53	82	6	132	42	17	16	23	1.89
278865--278928	27	2.4	27	89	10	96	39	15	23	21	1.92
278919--279277	27	13.3	27	85	0	430	32	18	24	25	1.97
279299--279408	24	4.6	24	82	4	114	24	8	22	44	1.80

Tables:   1   2   3