genome.fa.s3722.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold476
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  220969

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12731--13031	76	4.0	76	97	1	563	38	8	8	43	1.66
13035--13177	64	2.2	64	85	4	182	27	24	28	18	1.98
13071--13200	64	2.0	64	83	2	163	30	23	25	20	1.98
15850--15892	20	2.3	18	88	8	59	18	0	4	76	0.95
27839--27882	21	2.1	21	87	8	63	36	6	15	40	1.74
29058--29112	28	2.0	28	92	0	92	43	0	0	56	0.99
31126--31282	56	2.8	56	88	0	233	31	6	15	47	1.70
35295--35374	25	3.2	25	77	13	83	41	8	0	50	1.33
35294--35355	27	2.4	25	82	12	72	41	8	0	50	1.32
35736--35867	69	1.9	69	88	0	201	29	15	20	34	1.93
36474--36514	6	7.0	6	83	5	57	29	0	0	70	0.87
36474--36514	17	2.4	17	87	4	55	29	0	0	70	0.87
38369--38418	3	15.3	3	80	15	55	60	2	34	4	1.27
42905--42937	17	2.0	17	94	5	59	12	6	36	45	1.66
43064--43137	31	2.5	29	82	4	85	25	13	13	47	1.79
43460--43495	18	2.0	18	100	0	72	27	22	5	44	1.75
43741--43817	34	2.2	36	93	4	131	35	16	9	38	1.81
44592--44661	29	2.3	29	80	9	79	50	12	14	22	1.77
51406--52700	144	9.0	144	95	0	2017	27	24	16	31	1.96
58057--58120	24	2.5	26	90	10	96	40	12	0	46	1.42
58258--58386	4	31.0	4	74	20	72	68	0	31	0	0.95
58248--58291	22	2.0	22	95	4	79	59	0	40	0	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58247--58386	23	6.6	22	70	19	68	66	0	32	0	0.97
58278--58393	10	11.7	10	67	22	59	68	0	30	0	0.95
58285--58410	42	3.1	41	82	6	175	70	0	28	0	0.93
58264--58442	81	2.3	77	84	11	238	67	0	31	0	0.95
58328--58417	39	2.6	33	80	15	92	70	0	30	0	0.88
58300--58421	45	2.8	44	82	12	121	69	0	30	0	0.89
58355--58423	22	3.1	22	75	10	70	69	0	30	0	0.89
58380--58442	29	2.2	29	81	16	69	68	0	31	0	0.90
64855--64899	18	2.5	18	88	0	72	15	48	6	28	1.70
65639--65678	11	3.7	11	86	6	64	0	30	0	70	0.88
65641--65679	21	1.9	20	94	5	69	0	30	0	69	0.89
65763--65840	27	2.9	27	86	0	111	15	30	25	28	1.96
65939--65975	17	2.1	18	95	5	67	59	2	10	27	1.44
75850--75951	27	3.6	27	77	18	93	34	4	0	59	1.25
83389--83699	144	2.2	144	95	1	561	35	14	20	30	1.92
83771--84277	144	3.5	144	94	1	899	34	17	19	28	1.95
85726--85755	11	2.6	11	94	5	51	90	0	0	10	0.47
87630--87659	15	2.0	15	100	0	60	26	40	6	26	1.81
95819--95882	20	3.2	20	80	14	78	64	0	0	35	0.94
95844--95883	9	4.2	9	87	12	62	67	0	0	32	0.91
98275--98321	15	3.2	15	84	3	51	27	2	0	70	0.99
99330--99526	107	1.8	107	90	4	317	27	14	19	38	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100787--100817	6	5.2	6	96	0	53	64	12	19	3	1.41
102710--102748	13	2.9	14	84	7	53	7	12	12	66	1.43
105240--105371	43	3.1	43	82	10	198	33	24	18	24	1.97
105383--105613	51	4.5	51	78	5	227	32	26	17	24	1.97
105385--105613	101	2.3	102	88	2	345	31	26	17	24	1.97
106768--107641	87	10.1	87	91	1	1245	24	22	22	30	1.99
107013--107150	43	3.2	43	64	20	106	25	21	23	29	1.99
106768--107641	173	5.0	172	89	1	1237	24	22	22	30	1.99
107100--107236	43	3.2	43	64	17	111	23	21	25	29	1.99
108915--108946	6	5.3	6	100	0	64	15	0	15	68	1.21
108925--108964	21	2.0	21	90	5	64	12	0	12	75	1.06
111493--111544	19	2.7	20	82	5	63	46	13	17	23	1.83
112639--112669	6	5.2	6	96	0	53	64	12	19	3	1.41
113681--113713	16	2.1	16	94	0	57	75	3	3	18	1.06
114563--114601	13	2.9	14	84	7	53	7	12	12	66	1.43
116748--116802	27	2.0	28	96	3	103	32	20	7	40	1.80
126279--126582	144	2.1	144	87	4	436	36	14	19	29	1.91
132604--132644	5	8.4	5	84	15	59	80	0	19	0	0.71
132609--132642	11	3.2	11	91	4	52	79	0	20	0	0.73
133898--134665	89	8.6	89	87	1	1029	29	24	22	23	1.99
134882--135129	94	2.6	95	81	2	268	31	20	17	29	1.96
136284--136541	129	2.0	129	99	0	507	29	6	6	56	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
139104--139133	16	1.9	15	93	6	51	63	6	0	30	1.20
143010--143066	27	2.1	28	83	3	71	56	15	7	21	1.63
144706--144885	44	4.1	44	76	7	177	26	21	21	30	1.98
144920--145923	97	10.4	97	84	0	1166	28	23	17	29	1.97
146508--146550	17	2.5	18	77	7	54	18	2	11	67	1.32
146801--146975	44	4.0	44	85	5	219	22	19	26	31	1.98
147001--153771	97	69.5	96	72	10	2316	28	22	18	30	1.97
147059--147336	51	5.7	48	70	19	164	27	23	17	30	1.97
147003--152731	148	39.3	142	71	12	988	29	22	17	30	1.97
147001--156660	194	49.8	192	71	13	1008	29	22	17	31	1.97
147580--156779	148	62.8	148	73	9	3602	29	22	17	31	1.97
149095--149265	46	3.8	44	76	9	150	28	22	18	31	1.97
149095--149265	90	1.9	90	86	2	245	28	22	18	31	1.97
150561--152240	51	34.8	45	69	13	281	29	21	17	30	1.96
151080--151356	90	3.0	90	77	6	270	27	23	17	31	1.97
150265--153278	541	5.6	539	79	6	2209	28	21	18	30	1.97
151575--153650	541	3.8	536	82	3	2143	29	21	18	30	1.97
147159--156694	245	39.3	242	71	12	2152	29	22	17	31	1.97
153429--153770	51	6.9	51	75	9	294	25	21	21	31	1.98
153785--154573	46	16.3	51	70	11	367	28	21	17	31	1.96
153609--153946	175	1.9	176	82	4	423	26	21	18	32	1.97
153799--154172	90	4.0	90	74	9	279	28	21	17	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
153770--154228	97	4.8	97	77	8	413	28	21	17	32	1.96
154216--154527	97	3.2	97	79	2	322	29	21	16	32	1.96
154460--154690	117	2.0	117	80	0	264	29	21	15	32	1.94
154619--155015	51	7.8	51	99	0	769	30	20	12	36	1.89
154976--155187	97	2.2	97	98	0	406	25	23	18	32	1.97
155155--156750	92	16.9	91	80	9	1224	30	24	15	29	1.96
154604--156749	46	44.7	48	80	8	987	30	23	15	30	1.95
156265--156750	188	2.6	192	84	3	585	29	24	16	30	1.96
157001--157391	46	8.2	46	73	13	263	29	24	17	28	1.97
157022--157421	97	4.1	96	85	2	487	31	24	16	27	1.97
157627--157862	46	5.0	46	76	10	208	27	21	19	31	1.97
157640--157862	97	2.4	92	84	5	277	27	21	19	31	1.97
157627--157891	143	1.9	143	85	1	370	29	21	19	30	1.97
157359--158336	470	2.1	475	88	3	1452	30	22	16	30	1.96
158205--158385	46	3.8	46	75	12	143	30	22	18	28	1.97
158110--159027	148	6.2	148	77	5	804	28	22	18	30	1.97
158251--159030	296	2.6	295	81	4	908	27	22	18	30	1.98
158535--159107	51	11.6	49	70	13	175	28	22	18	30	1.97
158251--159123	296	2.9	294	78	9	850	27	22	19	30	1.98
159031--159182	51	3.1	51	79	12	167	26	21	21	31	1.98
159000--159171	46	3.6	46	75	10	166	28	20	20	30	1.97
158110--159182	97	10.9	97	73	9	645	28	22	18	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
161789--162157	46	7.7	45	73	13	272	29	24	16	28	1.97
161788--162187	97	4.1	96	85	1	503	31	24	16	28	1.96
162407--162679	46	5.7	45	73	11	204	28	21	18	30	1.97
162406--162727	97	3.3	97	85	1	412	29	21	17	31	1.96
162406--162780	51	7.6	51	75	8	296	29	21	17	31	1.96
163131--167259	51	85.1	51	72	13	2251	28	23	18	29	1.98
163131--167259	148	28.4	148	72	12	2092	28	23	18	29	1.98
163138--167259	97	42.5	97	79	6	3107	28	23	18	29	1.98
163769--167040	143	22.5	143	70	12	1405	28	23	18	29	1.98
164413--166572	291	7.4	290	98	0	4056	29	23	18	29	1.97

Tables:   1   2