genome.fa.s3779.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold290
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  778129

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 300 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2059--2171	44	2.6	43	80	9	124	30	22	19	28	1.98
2205--2367	44	3.7	44	76	9	127	26	24	20	28	1.99
2197--2892	217	3.2	217	92	0	1126	27	23	19	29	1.98
2298--2801	44	11.6	45	68	19	207	28	23	19	28	1.98
37459--38170	44	16.3	44	73	12	504	26	24	20	29	1.99
37499--37966	217	2.1	220	92	2	782	26	23	20	29	1.99
37459--38170	89	8.1	88	76	12	483	26	24	20	29	1.99
37552--38130	217	2.7	215	86	6	658	26	24	20	29	1.99
38199--38559	44	8.4	42	70	14	175	28	22	19	28	1.98
47838--48082	44	5.7	43	76	8	237	29	20	19	30	1.97
94018--94056	12	3.4	11	82	10	51	76	2	0	20	0.90
94018--94159	10	14.3	10	70	17	50	68	0	1	29	1.03
94075--94159	9	9.2	9	76	13	66	70	0	1	28	0.95
94034--94126	40	2.3	40	88	7	134	65	0	2	32	1.04
94105--94150	8	5.6	8	82	5	56	69	0	0	30	0.89
94028--94134	40	2.8	39	82	9	123	65	0	1	32	1.04
94534--94609	3	25.0	3	75	15	59	65	5	3	25	1.31
104347--104643	27	11.1	27	83	2	357	42	21	18	17	1.90
105943--106028	29	3.0	29	81	6	111	22	18	19	39	1.92
105943--106144	58	3.5	57	78	2	217	24	19	18	37	1.94
105967--106128	29	5.7	29	64	8	80	26	20	17	35	1.95
108872--108918	21	2.2	21	81	7	51	17	38	21	23	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
117678--117719	22	1.9	22	90	0	66	9	19	16	54	1.69
134383--134427	22	2.0	22	83	8	56	46	2	2	48	1.26
141662--141702	16	2.5	17	80	15	50	24	4	0	70	1.06
142329--142375	20	2.2	20	85	7	58	25	0	14	59	1.36
142337--142376	20	2.0	21	90	5	64	25	0	15	60	1.35
145697--145734	19	2.0	19	100	0	76	52	10	21	15	1.72
146347--146390	18	2.5	17	82	10	52	40	2	6	50	1.42
146352--146400	19	2.6	18	87	9	62	36	2	8	53	1.43
146613--146666	27	2.0	27	100	0	108	37	18	11	33	1.86
155338--155377	19	2.1	19	85	4	53	30	12	15	42	1.83
155729--155763	6	5.8	6	100	0	70	51	0	31	17	1.45
160025--160081	27	2.1	27	93	0	96	29	24	21	24	1.99
161634--161703	28	2.5	28	90	4	106	40	10	1	48	1.45
161705--161745	17	2.4	17	84	15	50	80	9	4	4	1.00
161777--161857	27	3.0	27	87	0	117	25	23	39	11	1.88
166087--166123	17	2.2	17	100	0	74	45	8	16	29	1.76
169032--169067	2	18.5	2	91	5	56	50	0	2	47	1.15
172305--172347	11	3.9	11	81	0	50	37	0	25	37	1.56
173663--173698	19	1.9	19	88	5	56	58	2	2	36	1.27
173644--173711	17	3.7	18	75	9	57	60	2	1	35	1.21
174676--174718	18	2.2	21	84	12	56	25	0	4	69	1.07
175583--175637	28	1.9	29	85	3	76	43	16	3	36	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
175895--175965	35	2.0	35	81	5	81	54	25	2	16	1.56
175971--176067	28	3.5	28	79	8	90	52	25	4	17	1.62
175909--176272	188	1.9	188	97	0	692	50	28	3	17	1.61
176193--176267	28	2.7	26	76	11	78	54	28	1	16	1.50
176201--176252	21	2.4	21	81	9	61	57	21	1	19	1.50
176159--176267	56	1.9	56	81	7	132	52	27	3	16	1.61
176339--176393	28	2.0	28	85	0	74	56	23	0	20	1.42
176473--176553	7	11.1	7	84	11	51	53	29	0	17	1.44
176476--176513	7	5.3	7	90	3	58	55	28	0	15	1.41
176476--176519	14	3.1	14	86	3	61	56	27	0	15	1.40
176495--176561	14	4.8	13	76	8	53	50	29	1	17	1.55
176571--176628	27	2.1	28	87	3	82	44	31	6	17	1.75
176624--176649	7	3.7	7	100	0	52	46	15	0	38	1.46
176623--176656	14	2.4	14	85	0	50	44	23	0	32	1.54
176710--176796	41	2.2	39	79	8	93	41	35	2	20	1.65
176748--176795	20	2.4	20	79	6	53	41	39	2	16	1.60
180460--180522	31	2.0	31	100	0	126	25	19	9	46	1.80
185922--185952	15	2.1	15	93	0	53	32	29	19	19	1.96
186612--186641	12	2.6	12	94	5	53	13	0	10	76	1.01
198470--198519	26	1.9	26	88	8	75	16	14	8	62	1.54
199453--199903	44	10.3	45	72	10	183	29	13	25	30	1.94
199428--200255	88	9.5	88	81	6	720	30	12	25	31	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
199428--199868	126	3.4	126	86	7	557	29	14	25	31	1.94
199667--200265	44	13.6	44	78	9	524	32	12	24	30	1.92
200260--200381	44	2.8	43	84	2	154	29	18	20	31	1.96
200765--200795	15	2.1	15	93	0	53	32	29	19	19	1.96
201110--201143	13	2.6	13	90	0	50	11	5	0	82	0.83
201465--201495	12	2.6	12	100	0	62	12	0	12	74	1.08
219155--219209	14	4.0	14	90	2	76	16	0	47	36	1.47
219162--219204	21	2.0	21	95	0	77	13	0	51	34	1.42
219073--219209	7	20.0	7	71	7	66	18	2	42	36	1.63
219616--219678	32	2.0	32	87	0	90	52	1	11	34	1.47
219673--219852	42	4.1	43	70	16	127	46	7	5	41	1.53
219670--219842	92	1.9	93	87	3	260	46	7	5	41	1.54
219823--219907	42	2.0	42	88	4	127	48	1	11	38	1.48
220898--221092	96	2.0	96	83	3	241	24	22	22	31	1.98
223945--224000	21	2.8	21	71	15	55	50	3	0	46	1.19
223945--224002	22	2.8	22	71	21	54	50	5	0	44	1.24
224940--224972	14	2.4	14	94	0	57	27	6	24	42	1.78
225356--225405	25	2.0	24	84	3	64	56	6	4	34	1.43
225348--225611	115	2.3	114	75	8	273	48	6	7	37	1.57
225562--225647	42	2.0	43	84	2	111	52	8	1	38	1.39
225541--225723	100	1.8	99	84	0	231	48	6	5	39	1.52
226531--226731	96	2.1	97	86	2	280	25	23	20	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
227221--227265	22	2.0	22	91	0	72	35	4	0	60	1.17
227330--227394	27	2.4	27	92	5	105	26	29	29	15	1.96
227477--227517	11	3.8	11	87	6	66	70	0	29	0	0.87
227522--227554	10	3.4	10	91	8	59	24	0	9	66	1.20
227618--227652	3	11.7	3	100	0	70	0	0	31	68	0.90
228420--228457	18	2.1	18	95	0	67	34	7	47	10	1.67
234155--234460	152	2.0	152	98	1	587	39	11	3	45	1.59
234439--234477	20	2.0	20	85	10	53	61	0	0	38	0.96
235087--235126	14	2.9	14	84	0	53	32	7	17	42	1.77
235110--235149	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
235095--235161	34	1.9	35	90	3	109	31	8	13	46	1.74
235089--235165	14	5.0	15	71	20	52	32	9	15	42	1.78
235142--235227	33	2.6	32	77	12	93	26	9	17	46	1.78
235344--235410	33	2.0	33	97	0	125	25	10	8	55	1.63
238099--238124	7	3.7	7	100	0	52	11	0	46	42	1.40
238425--238450	11	2.4	11	100	0	52	61	15	0	23	1.33
238730--238773	18	2.4	19	92	3	72	43	0	56	0	0.99
238730--238773	6	7.2	6	79	5	52	43	0	56	0	0.99
238730--238781	24	2.2	24	82	0	59	44	0	55	0	0.99
244289--244344	26	2.1	27	86	6	78	41	0	0	58	0.98
244295--244359	26	2.5	25	78	14	69	46	0	1	52	1.10
244544--244579	17	2.3	17	86	13	51	25	2	0	72	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
244627--244672	23	2.0	24	86	4	67	19	8	19	52	1.72
244892--244943	25	2.1	25	82	7	61	48	7	7	36	1.61
249280--249339	22	2.7	21	76	5	66	43	20	18	18	1.88
249333--249535	32	6.3	32	88	0	280	39	17	19	23	1.92
249532--249583	26	2.0	26	88	0	77	30	28	26	13	1.94
249798--250168	27	13.8	27	81	1	359	23	19	18	37	1.94
260269--260306	3	12.7	3	100	0	76	65	0	0	34	0.93
261410--261475	25	2.7	25	81	6	82	51	0	7	40	1.30
262130--262157	14	2.0	14	100	0	56	21	14	7	57	1.61
271005--271126	30	4.1	29	83	6	138	34	14	27	23	1.94

Tables:   1   2   3