genome.fa.s3899.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold209
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  944012

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1649--1809	42	3.8	42	82	0	169	29	19	24	26	1.98
1696--1880	84	2.2	84	82	1	210	25	20	23	30	1.99
1746--2026	42	6.6	42	79	4	244	24	20	20	33	1.97
2313--2870	115	4.9	114	74	8	445	25	23	19	31	1.98
3015--3231	115	1.9	114	89	3	337	23	24	19	31	1.98
11246--11286	20	2.0	21	85	4	57	43	2	9	43	1.50
12525--12705	84	2.2	84	86	4	249	23	19	2	53	1.58
13853--13883	15	2.1	15	93	0	53	51	9	0	38	1.35
15168--15478	42	7.4	42	89	2	446	32	21	21	23	1.98
22548--23617	9	121.0	9	66	19	284	34	2	18	45	1.61
22724--22788	28	2.3	28	97	0	121	35	3	15	46	1.62
22939--23065	40	3.3	40	72	20	144	32	0	18	49	1.47
23186--23246	20	3.1	20	81	9	72	36	0	14	49	1.44
23210--23406	43	4.3	43	72	10	142	36	3	16	43	1.66
23098--23317	113	1.9	113	87	2	325	33	4	18	44	1.69
23346--23423	21	3.5	21	72	17	68	35	0	12	51	1.40
23122--23472	25	14.8	25	65	18	135	34	2	17	45	1.63
23445--23568	34	3.8	34	74	16	136	29	2	23	44	1.66
23412--23568	50	3.2	50	77	10	146	31	1	22	44	1.64
23500--23595	28	3.2	28	68	23	79	26	4	21	47	1.68
23466--23595	62	2.1	62	94	2	226	27	3	23	45	1.70
23343--23617	25	11.0	25	65	20	105	31	2	19	47	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25287--25659	127	3.0	124	67	14	298	32	21	17	28	1.96
26082--26132	21	2.4	21	96	0	93	33	47	0	19	1.50
29238--29304	17	3.9	18	69	11	59	38	0	5	55	1.25
30827--30859	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
43994--44045	27	1.9	27	92	0	86	17	36	23	23	1.95
50282--50350	30	2.3	31	85	7	97	44	11	4	39	1.61
52234--52296	30	2.1	30	93	0	108	26	3	14	55	1.54
69358--69689	124	2.7	125	87	8	471	29	15	21	33	1.94
72681--73149	22	19.4	21	71	23	151	28	0	25	46	1.53
72671--73258	74	7.9	74	93	3	1027	28	0	25	45	1.55
73094--73218	29	4.6	29	80	12	156	28	0	24	46	1.53
72690--73218	51	10.5	51	74	15	415	28	0	25	46	1.53
73253--73321	14	5.6	13	69	23	51	24	0	42	33	1.55
73251--73325	27	2.8	26	80	11	80	22	0	41	36	1.54
73246--73326	20	4.1	19	76	16	76	22	0	40	37	1.54
73492--73516	7	3.6	7	100	0	50	60	12	0	28	1.32
74354--74408	22	2.5	22	94	5	94	38	0	32	29	1.58
74369--74425	10	5.2	11	74	21	57	43	0	35	21	1.52
74586--74651	28	2.3	29	76	5	73	45	13	15	25	1.83
80650--80710	31	2.0	31	100	0	122	26	19	13	40	1.88
84290--84342	15	3.6	15	73	14	56	24	7	11	56	1.60
84286--84348	29	2.2	29	100	0	126	28	6	9	55	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90332--90429	25	3.8	25	77	9	108	32	22	27	17	1.96
90257--90437	25	7.2	25	71	12	95	34	20	27	17	1.95
90497--90559	25	2.5	25	97	0	117	38	22	25	14	1.92
100424--100461	14	2.4	17	87	12	55	47	0	0	52	1.00
100607--100669	4	16.8	4	77	12	55	77	3	19	0	0.90
100603--100669	14	4.8	13	84	12	80	77	4	17	0	0.93
100606--100678	28	2.7	27	83	12	87	78	2	19	0	0.88
100607--100672	18	3.8	18	78	17	77	77	3	19	0	0.90
101632--101719	23	4.0	23	84	11	121	21	19	21	37	1.94
123140--123176	6	6.2	6	100	0	74	16	0	0	83	0.64
124563--124603	12	3.4	12	86	0	55	34	19	7	39	1.80
134011--134044	16	2.1	17	94	5	61	44	11	5	38	1.65
137916--137948	14	2.3	15	90	10	52	33	6	3	57	1.38
138288--138323	17	2.1	17	89	0	54	61	0	0	38	0.96
138301--138359	24	2.3	26	80	5	77	52	0	0	47	1.00
139054--139101	24	2.0	24	84	12	62	64	10	2	22	1.35
140184--140231	24	2.0	24	84	12	62	64	10	2	22	1.35
145215--145279	32	2.0	32	96	0	121	46	21	20	12	1.83
149086--149146	22	2.8	22	82	2	79	54	14	9	21	1.69
153951--154012	30	2.0	31	84	9	81	69	1	4	24	1.17
154434--154476	20	2.2	20	82	0	50	25	2	2	69	1.12
157299--157339	21	2.0	20	86	13	57	21	24	0	53	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
158239--158289	25	2.0	26	84	3	68	35	1	3	58	1.28
160246--160330	34	2.5	33	79	7	89	40	15	14	30	1.86
161190--161241	9	5.4	9	76	13	50	69	0	28	1	0.99
161228--161283	29	2.0	28	85	3	76	51	10	12	25	1.71
161360--161389	13	2.3	13	94	0	51	66	0	10	23	1.21
162122--162173	24	2.2	24	86	3	70	67	7	1	23	1.27
165367--165452	43	2.0	43	86	4	120	20	26	2	50	1.61
168506--168561	12	4.8	12	75	4	51	53	0	28	17	1.44
168499--168549	23	2.2	23	82	6	59	47	1	29	21	1.62
171458--171624	86	2.0	84	89	5	257	43	8	13	33	1.76
173860--174126	146	1.8	146	84	3	367	39	8	8	43	1.67
175962--176026	21	3.3	21	85	8	84	35	18	9	36	1.83
176469--176798	44	7.6	44	70	13	139	28	20	21	29	1.98
176373--176812	217	2.0	219	87	1	643	27	22	20	30	1.98
177163--177280	44	2.7	43	86	5	157	27	27	17	27	1.98
177322--177548	44	5.2	43	63	8	134	22	25	25	25	2.00
177284--177689	88	4.6	88	90	1	616	22	23	25	27	2.00
179786--179846	26	2.3	26	83	5	70	57	4	14	22	1.57
180725--184269	176	20.1	176	99	0	7081	22	24	26	27	2.00
186365--186425	26	2.3	26	83	5	70	57	4	14	22	1.57
192290--192334	23	2.0	23	81	0	54	62	15	0	22	1.33
192518--192632	19	5.8	19	84	4	131	38	17	7	36	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
192518--192632	38	2.9	38	88	5	149	38	17	7	36	1.79
198137--198194	21	2.8	21	75	21	59	62	6	1	29	1.31
198137--198198	20	3.0	20	76	9	54	61	6	1	30	1.31
202302--202332	1	31.0	1	100	0	62	0	0	0	100	0.00
202265--202472	103	2.0	104	94	0	364	18	17	14	50	1.79
210687--210733	24	1.9	24	83	12	60	63	2	0	34	1.06
210907--210959	19	2.9	18	80	5	61	39	3	35	20	1.71
222727--222754	11	2.5	11	100	0	56	7	39	10	42	1.67
223829--223949	63	1.9	63	85	6	165	23	14	25	36	1.93
229809--229843	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
229986--230094	44	2.6	40	74	17	112	34	27	6	31	1.82
230009--230100	45	2.1	44	83	2	112	38	27	6	28	1.81
230080--230131	16	3.2	16	94	0	95	38	34	0	26	1.57
235358--235397	18	2.2	19	86	4	55	37	25	25	12	1.91
243393--243418	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
243417--243470	3	18.0	3	100	0	108	0	0	33	66	0.92
246417--246442	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
246441--246493	3	17.7	3	100	0	106	0	0	32	67	0.91
251806--253918	133	16.0	133	94	3	2975	27	19	24	28	1.99
253460--253904	44	10.2	44	66	11	180	29	17	23	29	1.97
253504--253862	87	4.1	87	69	10	228	30	17	23	28	1.97
254683--254721	11	3.5	11	86	6	51	53	2	33	10	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
261796--261971	47	3.7	47	75	5	158	36	15	22	25	1.93
263076--263115	21	1.9	21	89	0	62	35	0	25	40	1.56
263613--263720	25	4.4	24	71	15	87	17	26	24	31	1.97
264327--264386	30	1.9	32	83	6	79	46	1	3	48	1.28
264313--264386	35	2.2	33	77	15	80	48	1	2	47	1.24
265159--265213	15	3.7	15	73	26	55	36	0	16	47	1.47
274630--274661	16	2.0	16	100	0	64	68	6	6	18	1.32
275273--275315	18	2.4	18	80	7	52	51	0	2	46	1.13
276649--276689	21	2.0	21	85	9	57	56	2	4	36	1.34
278163--278356	87	2.3	86	83	5	257	39	18	8	33	1.81

Tables:   1   2   3   4