genome.fa.s3899.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold209
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  944012

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
577179--577640	224	2.1	224	92	0	762	23	26	25	23	2.00
580834--580910	14	5.0	15	70	20	52	41	15	9	33	1.79
585028--585064	18	2.1	18	95	5	67	35	10	10	43	1.75
585383--585447	20	3.3	20	70	12	62	55	7	16	20	1.65
585372--585452	39	2.1	39	92	0	135	53	6	19	20	1.67
586305--586356	26	2.0	27	88	3	79	32	1	3	61	1.25
586776--586818	12	3.7	11	82	17	52	16	2	2	79	0.95
589071--589114	5	8.8	5	100	0	88	40	0	0	59	0.98
589180--589688	279	1.8	283	88	4	782	38	7	18	35	1.79
593925--594040	37	2.9	40	73	10	121	31	18	19	31	1.96
595884--595915	11	2.8	12	90	9	50	12	0	18	68	1.20
596715--596766	20	2.5	22	85	14	76	36	3	3	55	1.36
601922--601967	24	1.9	24	95	0	83	43	13	17	26	1.85
604834--604931	33	3.0	33	87	3	126	36	1	18	43	1.57
605019--605506	126	3.9	124	90	2	712	37	18	19	25	1.94
605860--605893	17	2.0	17	100	0	68	11	11	52	23	1.70
608585--608692	56	1.9	56	81	10	132	57	3	1	37	1.27
609660--609684	7	3.6	7	100	0	50	60	12	0	28	1.32
611114--611175	29	2.1	30	90	3	99	37	1	24	37	1.65
613718--613875	53	3.0	53	94	0	271	28	22	16	32	1.96
613861--613893	17	2.0	17	88	5	50	24	24	9	42	1.83
625884--625921	9	4.1	9	89	3	58	63	0	0	36	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
625883--625919	18	2.0	19	94	5	67	62	0	0	37	0.96
625883--625921	10	4.1	10	83	12	55	61	0	0	38	0.96
626391--626456	29	2.4	27	78	14	71	62	4	3	30	1.30
626639--626683	19	2.4	19	80	0	54	40	2	4	53	1.33
627924--628155	114	2.0	115	92	0	385	32	12	17	37	1.87
629802--629839	3	12.7	3	89	10	60	31	0	2	65	1.06
631726--631756	15	2.1	15	100	0	62	38	22	19	19	1.93
637169--637280	42	2.7	42	90	0	179	32	12	29	25	1.93
638438--638900	44	10.5	44	65	6	148	29	18	24	27	1.98
638438--639101	132	5.0	132	90	2	1037	28	18	24	28	1.98
639759--639786	12	2.3	12	100	0	56	32	32	25	10	1.90
640703--640740	3	12.7	3	89	10	60	31	0	2	65	1.06
646456--646562	32	3.4	31	75	7	99	24	36	22	16	1.94
646675--646705	3	10.7	3	93	6	55	64	0	35	0	0.94
649403--649446	22	2.0	22	86	4	61	0	38	0	61	0.96
651764--651806	19	2.3	19	87	0	59	55	4	6	32	1.47
657573--657620	23	2.1	22	84	7	60	72	6	14	6	1.24
658785--658921	64	2.2	64	80	4	152	18	33	5	43	1.72
658907--658935	14	2.0	15	93	6	51	13	34	0	51	1.42
658849--659028	76	2.4	78	80	10	212	18	37	3	40	1.68
666891--667010	45	2.7	43	76	2	114	29	16	22	31	1.96
668321--668352	16	1.9	17	93	6	57	53	3	0	43	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
668451--668487	18	2.1	19	85	10	51	62	0	0	37	0.96
670735--670765	6	5.0	6	96	4	53	83	0	0	16	0.64
671436--671470	12	3.0	11	88	12	52	2	11	0	85	0.69
671564--671640	19	3.7	21	76	13	68	41	15	5	37	1.70
671564--671621	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
671600--671653	19	2.8	19	88	0	90	37	14	9	38	1.79
672202--673411	44	27.8	43	68	18	341	27	24	19	29	1.98
672031--673591	217	7.2	217	99	0	3113	27	24	19	29	1.98
674852--674898	14	3.3	15	91	8	80	12	14	0	72	1.13
674858--674898	7	5.7	7	94	5	73	12	14	0	73	1.11
680602--680653	21	2.4	22	75	18	72	34	17	7	40	1.78
680611--680665	19	2.7	21	86	11	87	36	14	9	40	1.78
682520--682545	6	4.3	6	100	0	52	15	0	0	84	0.62
683800--683847	23	2.1	23	100	0	96	33	12	33	20	1.90
688848--688878	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
689446--689578	41	3.3	39	87	11	198	33	3	0	62	1.16
689461--689569	11	10.4	11	68	22	56	36	3	0	58	1.22
698704--698736	15	2.2	15	94	0	57	24	12	45	18	1.83
706571--706907	168	2.0	167	92	0	566	34	18	3	44	1.66
706857--706904	17	2.8	18	71	22	50	47	16	0	35	1.47
709761--709828	29	2.3	30	85	10	95	30	16	8	44	1.78
716260--716294	13	2.7	13	86	0	52	31	0	0	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
716490--716780	99	2.9	99	82	9	355	54	15	0	29	1.46
716490--716781	98	2.9	97	77	14	319	54	15	0	29	1.46
716766--716901	60	2.3	59	77	6	148	60	14	1	23	1.43
722943--723040	51	2.0	48	86	11	139	47	10	0	41	1.37
731352--731383	16	2.0	17	88	11	50	9	15	0	75	1.05
733052--733089	19	2.0	20	89	5	60	34	13	2	50	1.55
736453--736635	50	3.7	50	86	0	249	27	22	29	20	1.99
742542--742590	25	2.0	25	83	0	62	38	0	16	44	1.48
744368--744464	49	2.0	49	89	0	149	43	6	25	24	1.77
749613--749654	17	2.5	16	82	17	50	19	4	7	69	1.31
754716--754747	15	2.1	15	100	0	64	43	21	21	12	1.86
757252--757296	9	5.1	9	82	15	58	53	2	0	44	1.13
759221--759253	17	1.9	18	88	11	52	39	0	0	60	0.97
769727--769833	53	2.0	53	100	0	214	20	31	20	27	1.97
770449--770520	20	3.5	20	80	10	90	50	23	0	26	1.50
770574--770629	28	2.0	28	100	0	112	46	3	0	50	1.19
770648--770677	5	5.8	5	96	4	51	76	0	0	23	0.78
776247--776347	34	3.0	34	97	0	184	36	28	4	29	1.78
781362--781436	23	3.3	23	92	0	123	34	26	21	17	1.95
794163--794188	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
795979--796034	27	2.1	27	82	0	67	62	1	1	33	1.16
796317--796378	31	2.1	30	81	6	72	45	12	6	35	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
796987--797049	31	2.0	31	90	0	99	44	3	20	31	1.67
797088--797122	10	3.5	10	88	0	52	20	0	0	80	0.72
797083--797133	19	2.7	20	82	8	63	21	1	3	72	1.11
809800--809847	21	2.3	21	88	0	69	33	4	29	33	1.77
836806--836892	12	7.2	12	73	12	70	48	9	14	27	1.75
838356--838416	21	2.9	21	77	0	68	52	18	26	3	1.60
838343--838423	21	3.8	21	70	8	65	51	14	30	2	1.55
849891--849978	41	2.1	41	89	2	131	25	11	28	35	1.90
870383--870495	4	26.0	4	81	13	77	0	23	5	69	1.14
870374--870443	34	2.1	34	100	0	140	0	28	0	71	0.86
870434--870480	5	9.8	5	93	6	64	0	21	12	65	1.25
870530--870568	5	7.8	5	100	0	78	58	0	0	41	0.98
871900--871951	22	2.5	20	79	14	59	36	0	3	59	1.16
874037--874061	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
874917--874960	22	2.0	22	95	0	79	27	25	6	40	1.80
875393--875436	23	1.9	23	90	0	70	61	4	2	31	1.28
875397--875439	11	3.8	11	80	17	52	65	2	2	30	1.18
878282--878664	189	2.0	189	90	3	601	31	18	26	23	1.97
881509--881735	113	2.0	113	98	0	436	26	17	20	35	1.94
886634--886697	32	2.0	32	96	0	119	21	23	14	40	1.90
886966--886999	17	2.0	17	100	0	68	41	11	23	23	1.87
888876--888902	14	1.9	14	100	0	54	44	14	3	37	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
890196--890223	10	2.8	10	100	0	56	50	21	17	10	1.77
892312--892413	49	2.1	49	96	0	186	42	5	11	40	1.66
894067--894110	23	2.0	23	90	4	72	43	0	4	52	1.22
909945--909982	18	2.1	18	85	9	51	78	0	18	2	0.86
910571--910687	10	12.4	10	71	12	70	64	1	3	29	1.19
910615--910687	19	3.8	19	70	13	51	63	2	2	31	1.23
910705--910822	10	12.4	10	70	13	63	65	1	3	29	1.19
910555--910824	134	2.0	135	99	0	533	59	3	7	29	1.41
911280--911332	28	2.0	26	82	14	63	50	3	22	22	1.64
917885--917927	20	2.2	20	83	8	52	20	20	23	34	1.96

Tables:   1   2   3   4