genome.fa.s4257.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold461
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  420647

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3--93	17	4.9	18	69	21	64	47	18	3	30	1.65
47--97	16	3.1	17	80	8	61	47	21	1	29	1.62
8044--8264	42	5.2	42	72	12	148	24	16	28	31	1.96
7994--8241	129	1.9	129	89	1	381	26	17	26	29	1.97
8766--8839	31	2.4	32	88	4	107	20	22	8	48	1.75
8904--9010	54	1.9	56	85	10	150	41	6	12	40	1.68
10761--11069	154	2.0	155	99	0	611	44	3	9	42	1.53
11848--12119	150	1.8	151	95	3	503	28	17	23	30	1.97
24547--24670	65	2.0	65	87	4	182	29	12	21	36	1.91
27192--27668	106	4.5	106	98	0	900	32	12	19	35	1.90
27874--27907	17	2.0	17	88	0	50	14	5	2	76	1.09
37418--37587	66	2.6	66	85	1	207	41	18	27	13	1.88
37559--37630	21	3.4	21	82	0	72	31	19	44	4	1.70
37578--37670	21	4.4	21	77	0	105	34	15	44	6	1.72
37980--38119	43	3.3	43	80	9	146	23	18	30	27	1.98
38299--38341	22	2.0	22	95	0	77	41	23	20	13	1.88
41663--41751	38	2.3	38	88	0	124	33	20	20	25	1.97
41685--41766	38	2.2	37	84	6	110	37	21	20	19	1.94
45635--45676	19	2.2	20	91	4	68	66	0	7	26	1.17
45637--45705	28	2.5	28	73	0	75	63	2	4	28	1.28
45879--45934	19	2.8	20	81	5	69	26	8	0	64	1.23
45970--46034	18	3.5	18	83	8	78	32	6	1	60	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45980--46040	17	3.6	16	78	12	59	29	6	3	60	1.38
46026--46111	19	4.4	19	79	13	95	32	3	1	62	1.19
46027--46109	20	4.2	20	72	17	75	31	3	1	63	1.19
46338--46576	93	2.6	91	77	10	238	37	12	15	34	1.85
47268--47390	46	2.7	46	86	3	169	31	21	7	39	1.81
58221--58287	25	3.0	22	75	14	64	59	4	8	26	1.47
58220--58287	22	3.0	22	74	17	59	58	4	8	27	1.47
68172--68329	41	3.8	41	78	7	158	22	20	27	29	1.98
68491--68522	16	1.9	17	93	6	57	40	0	21	37	1.54
74084--74126	20	2.2	20	95	0	77	65	0	6	27	1.18
74318--74373	19	2.8	20	76	15	62	25	8	0	66	1.21
74411--74469	18	3.3	18	78	4	66	27	6	1	64	1.28
74482--74700	19	10.8	19	66	18	81	30	4	2	63	1.25
74564--74602	18	2.2	18	90	4	62	25	7	2	64	1.33
74418--74705	143	2.0	144	99	0	569	28	4	2	63	1.28
79641--81266	812	2.0	812	100	0	3252	39	12	10	37	1.77
82349--82413	31	2.1	31	91	0	103	46	24	12	16	1.82
82359--82427	31	2.2	31	82	5	77	49	23	10	17	1.77
82711--83475	381	2.0	377	98	1	1476	34	22	19	23	1.97
85402--85447	18	2.4	19	82	10	58	41	19	6	32	1.77
87223--87260	14	2.9	14	88	7	53	39	0	0	60	0.97
91839--91886	24	2.0	24	95	0	87	47	12	10	29	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95287--95314	10	2.8	10	100	0	56	39	0	0	60	0.97
95876--95903	10	2.8	10	100	0	56	39	0	0	60	0.97
97209--97356	73	2.0	74	98	1	289	38	5	6	49	1.52
98201--98229	14	2.1	14	100	0	58	37	20	13	27	1.91
100454--100506	26	2.0	28	88	7	83	45	11	20	22	1.83
105354--105401	24	2.0	24	95	0	87	50	10	8	31	1.66
105483--105535	16	3.5	16	69	23	51	26	1	5	66	1.25
105489--105545	28	2.0	29	86	3	80	28	1	5	64	1.25
107023--107055	17	1.9	17	93	0	57	75	9	0	15	1.03
108401--108432	9	3.8	9	84	16	50	31	9	0	59	1.29
111064--111125	22	2.9	22	81	9	58	62	1	0	35	1.05
111084--111125	21	2.0	21	86	13	59	61	2	0	35	1.09
120316--120361	23	2.0	24	87	8	69	67	6	2	23	1.25
123124--123156	16	2.1	16	88	11	50	54	0	0	45	0.99
123196--123242	23	2.1	23	88	4	69	40	0	0	59	0.97
123360--123398	20	1.9	21	84	5	53	25	10	5	58	1.51
131787--131999	105	2.0	105	85	1	284	28	27	14	29	1.95
135180--135204	11	2.3	11	100	0	50	36	28	16	20	1.93
139003--139060	22	2.6	22	82	15	75	22	13	25	37	1.91
144058--144086	14	2.1	14	100	0	58	31	13	48	6	1.69
144835--144891	16	3.5	16	72	11	53	31	1	17	49	1.57
144846--144983	32	4.5	32	81	10	153	26	3	17	52	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
144846--144985	59	2.3	60	80	8	149	27	3	17	52	1.61
146307--146368	20	3.2	20	93	2	108	46	16	9	27	1.78
147040--147078	13	3.1	12	82	10	51	46	0	0	53	1.00
149259--149311	14	3.7	14	78	12	54	52	0	5	41	1.25
150213--150329	44	2.7	43	81	6	146	23	19	27	29	1.98
153539--153659	60	2.0	61	98	1	235	38	8	11	42	1.71
154217--154299	12	6.9	12	84	0	85	21	20	12	45	1.83
154229--154340	6	18.7	6	80	0	107	23	16	12	47	1.81
154217--154299	18	4.6	18	83	0	94	21	20	12	45	1.83
155468--155545	36	2.2	35	81	6	93	46	10	1	42	1.46
155974--156020	17	2.8	16	78	9	58	72	0	27	0	0.85
162728--162774	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
165631--165693	30	2.0	31	84	6	83	23	1	22	52	1.56
167017--167064	18	2.6	20	71	18	50	54	0	4	41	1.20
167142--167185	19	2.3	19	88	4	61	54	9	9	27	1.62
167795--167854	28	2.1	28	90	0	93	50	3	8	38	1.49
167806--167865	28	2.1	28	81	0	66	50	3	13	33	1.58
172840--172880	21	2.0	21	85	9	57	24	14	2	58	1.49
173171--173284	60	2.0	56	88	11	169	45	32	0	21	1.58
173177--173288	27	3.8	32	85	14	145	44	33	1	20	1.62
174717--174759	22	2.0	22	90	0	68	9	18	27	44	1.80
174776--174813	15	2.5	15	95	0	67	23	28	31	15	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
175037--175267	87	2.7	86	84	2	257	31	30	16	21	1.95
175037--175309	86	3.2	86	85	4	343	30	30	16	21	1.96
174954--175309	43	8.3	43	74	3	286	28	28	18	24	1.98
175466--175567	21	4.9	21	85	0	123	4	43	17	34	1.71
175549--175695	66	2.2	66	85	4	190	13	29	16	40	1.86
175588--175718	66	2.0	66	84	3	174	14	25	17	41	1.88
191204--191481	41	6.8	41	76	6	235	37	23	23	16	1.94
191241--191479	82	2.9	82	84	1	309	38	23	21	16	1.93
200179--200223	22	2.0	22	87	8	65	57	2	0	40	1.11
200379--200404	13	2.0	13	100	0	52	46	7	7	38	1.61
202154--202206	26	2.0	28	88	7	83	22	20	11	45	1.83
204835--204899	33	2.0	34	87	6	98	52	0	1	46	1.10
206359--206600	89	2.7	88	83	6	274	33	18	11	36	1.86
206602--206648	21	2.3	21	88	3	78	36	14	19	29	1.92
209399--209515	40	2.9	41	72	7	98	33	23	24	18	1.97
209641--209817	41	4.3	41	89	2	248	13	23	26	36	1.92
209633--209817	83	2.3	82	86	3	248	13	23	26	36	1.92
209641--209878	41	5.8	41	83	5	221	15	24	24	35	1.94
209641--209878	124	1.9	124	81	3	291	15	24	24	35	1.94
232082--232158	30	2.6	30	76	0	82	41	31	19	7	1.80
247123--247147	12	2.1	12	100	0	50	44	16	8	32	1.76
247223--247675	226	2.0	227	99	0	890	38	9	14	37	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
262715--263017	147	2.1	148	98	0	590	34	18	18	28	1.94
272088--272138	15	3.2	16	76	13	52	54	1	0	43	1.11
275570--275751	61	3.0	59	81	5	168	36	5	15	41	1.71
278759--278871	58	1.9	58	84	7	149	20	23	22	33	1.97
278776--278888	58	1.9	58	83	3	147	19	25	23	30	1.98
280634--280665	14	2.3	14	94	0	55	34	6	9	50	1.60
284582--284710	68	1.9	68	91	0	213	44	14	16	24	1.85
297824--297853	14	2.1	14	93	0	51	76	0	0	23	0.78
304883--305037	66	2.3	66	77	7	154	37	27	14	20	1.92
307635--307666	16	2.0	16	100	0	64	62	6	6	25	1.42

Tables:   1   2