genome.fa.s4285.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold306
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  585619

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 276 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26140--26424	143	2.0	143	98	0	552	31	21	12	34	1.91
27698--27761	30	2.2	28	84	13	78	54	1	0	43	1.09
30571--30611	20	2.0	20	95	0	73	9	0	46	43	1.36
32320--32395	36	2.1	37	90	9	120	36	21	5	36	1.76
32612--32755	75	1.9	75	100	0	288	36	20	14	29	1.92
32758--32794	16	2.5	15	91	8	58	83	13	0	2	0.74
32758--32794	18	1.9	18	89	10	56	83	13	0	2	0.74
32982--33025	20	2.2	20	91	0	70	13	0	43	43	1.44
36755--36851	42	2.3	42	83	3	124	18	35	26	19	1.95
40453--40493	21	2.0	20	85	4	55	41	0	4	53	1.22
43700--43888	95	2.0	95	98	0	369	23	29	14	32	1.94
44089--44162	38	1.9	38	83	0	94	22	18	16	41	1.89
46028--46061	18	1.9	17	88	5	50	47	17	5	29	1.71
47094--47170	23	3.5	22	75	16	61	29	2	3	63	1.25
47466--47498	12	2.8	12	90	4	50	39	3	0	57	1.14
50797--50837	20	2.0	20	90	0	64	12	0	43	43	1.41
51934--51974	20	2.0	20	95	0	73	9	0	46	43	1.36
53683--53758	36	2.1	37	90	9	120	36	21	5	36	1.76
54046--54082	16	2.5	15	91	8	58	83	13	0	2	0.74
54046--54082	18	1.9	18	89	10	56	83	13	0	2	0.74
58020--58058	21	1.9	21	84	5	53	25	15	12	46	1.81
58711--58749	3	13.0	3	100	0	78	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59065--59097	17	1.9	17	93	0	57	33	3	9	54	1.47
59217--59293	35	2.2	33	77	18	77	31	7	3	57	1.45
61760--61806	9	5.5	8	79	20	51	78	0	2	19	0.85
61762--61806	16	2.8	16	83	16	58	80	0	2	17	0.82
63172--63210	20	1.9	19	85	10	51	53	0	10	35	1.35
65593--65668	40	1.9	40	84	7	102	19	27	30	22	1.98
65950--66318	124	3.0	124	95	0	648	34	18	18	29	1.94
69300--69549	49	5.1	49	96	0	428	47	7	3	42	1.48
69527--69557	14	2.2	14	100	0	62	64	6	0	29	1.18
69784--69826	18	2.4	18	88	0	59	41	9	30	18	1.82
71657--71688	11	2.9	11	95	0	55	31	0	34	34	1.58
72819--72857	16	2.4	16	78	0	51	35	5	28	30	1.79
73024--73165	61	2.4	59	81	8	155	50	4	2	42	1.33
73172--73214	21	2.0	21	86	9	59	62	2	0	34	1.08
77359--77388	16	1.9	15	93	6	51	66	10	0	23	1.21
77861--77906	23	2.0	23	95	0	83	19	30	19	30	1.97
88119--88205	29	3.0	30	71	17	92	59	0	4	35	1.18
113791--114075	84	3.4	84	77	4	259	32	19	14	33	1.92
114415--114691	7	39.6	7	100	0	554	14	0	42	43	1.45
115876--116160	84	3.4	84	77	4	259	32	19	14	33	1.92
116500--116574	7	10.6	7	97	2	141	14	0	40	45	1.45
119904--119930	14	1.9	14	100	0	54	7	11	0	81	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119904--119942	15	2.7	15	88	4	53	7	10	2	79	1.02
120472--120674	101	2.0	102	99	0	399	32	25	18	23	1.97
121429--121486	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
121698--121729	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
127683--127727	6	7.8	6	80	9	58	80	0	20	0	0.72
127679--127738	22	2.7	21	85	10	75	78	0	20	1	0.84
127683--127738	16	3.3	16	87	12	69	78	0	19	1	0.84
128318--128352	12	2.9	12	91	0	52	34	0	11	54	1.37
131431--131477	22	2.3	20	82	13	60	55	19	12	12	1.69
136090--136166	35	2.1	36	92	4	129	50	14	9	25	1.72
136804--136850	23	2.0	23	95	0	85	27	8	29	34	1.87
140923--140989	25	2.8	24	77	4	71	31	19	28	20	1.97
147264--147381	49	2.4	50	83	7	152	33	22	26	18	1.97
147263--147420	25	6.3	25	71	12	85	33	21	25	19	1.97
147264--147441	49	3.6	47	76	10	131	34	20	25	20	1.96
147526--147588	25	2.6	25	84	2	83	34	19	26	19	1.95
147903--147945	21	2.1	20	86	4	59	39	18	0	41	1.51
147903--147945	5	8.4	5	84	5	59	39	18	0	41	1.51
150143--150247	41	2.5	41	90	1	165	21	30	21	25	1.99
159038--159074	18	2.0	19	89	5	58	51	0	0	48	1.00
159037--159083	19	2.4	20	82	13	62	51	0	0	48	1.00
161410--161434	2	12.5	2	100	0	50	0	52	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
161587--161658	2	36.0	2	100	0	144	0	50	0	50	1.00
162938--162964	14	1.9	14	100	0	54	51	3	0	44	1.19
163450--163483	16	2.1	16	89	10	52	35	0	0	64	0.94
165882--165936	19	2.9	18	76	10	56	54	0	5	40	1.23
165993--166030	8	4.8	8	87	6	51	63	0	2	34	1.09
165992--166021	9	3.4	9	90	9	53	70	0	0	30	0.88
171719--171765	20	2.3	20	75	13	51	38	21	21	19	1.94
177334--177396	30	2.1	30	85	5	83	66	4	7	20	1.36
177460--177505	20	2.3	20	85	3	58	73	0	13	13	1.09
178463--178501	14	2.8	14	88	0	60	25	2	30	41	1.69
188417--188468	10	5.3	9	77	11	50	61	1	5	30	1.30
188418--188468	20	2.6	19	79	14	59	60	1	5	31	1.31
188417--188485	30	2.3	30	85	11	90	57	1	7	33	1.35
194809--194848	9	4.4	9	90	0	62	40	27	7	25	1.82
194856--194955	17	5.5	17	68	13	74	50	14	3	33	1.58
194873--194936	20	3.3	20	70	12	62	46	15	4	32	1.67
194847--194959	37	3.1	37	92	0	190	46	15	3	34	1.62
200722--200792	24	3.0	24	89	0	106	38	5	18	38	1.74
226399--226451	23	2.2	24	86	3	72	52	7	3	35	1.48
228358--228409	24	2.2	24	85	0	68	53	9	3	32	1.51
228642--228671	13	2.3	13	94	0	51	53	0	3	43	1.17
245261--245358	11	9.3	11	69	16	73	23	30	2	43	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
245261--245323	33	1.9	33	87	12	94	23	31	1	42	1.64
247159--247201	18	2.4	18	92	0	68	20	27	6	44	1.77
247599--247719	49	2.5	49	98	0	233	44	2	9	42	1.51
248197--248232	14	2.6	14	86	0	54	22	22	16	38	1.93
250817--251225	125	3.3	124	91	0	629	29	19	17	33	1.95
254336--254433	49	2.0	49	90	4	153	33	10	14	41	1.79
259355--259543	91	2.1	90	86	3	254	21	17	12	49	1.79
259381--259572	90	2.1	91	80	5	219	21	17	13	48	1.80
262934--262994	23	2.7	23	78	0	77	39	26	16	18	1.91
264181--264217	16	2.3	16	95	0	65	18	29	13	37	1.90
272523--272564	20	2.1	20	86	8	59	64	7	16	11	1.48
273238--273274	18	2.1	18	90	10	58	32	0	5	62	1.18
275990--276040	25	2.0	25	96	0	93	31	21	21	25	1.98
276216--276483	132	2.0	134	97	2	506	29	17	26	26	1.97
277292--277503	30	7.1	30	100	0	424	19	6	36	36	1.78
277935--278131	46	4.6	45	80	12	234	34	14	22	28	1.94
277971--278045	37	2.0	37	92	0	123	37	14	21	26	1.92
277935--278091	83	1.9	83	90	0	251	34	13	22	29	1.92
282097--282161	7	8.7	7	88	11	94	73	0	12	13	1.09
282094--282163	16	4.5	16	87	12	94	74	0	12	12	1.08
282097--282162	22	2.9	22	95	4	114	74	0	12	13	1.08
281348--283200	926	2.0	926	100	0	3706	37	15	21	25	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
283023--283087	7	8.7	7	88	11	94	73	0	12	13	1.09
283020--283089	16	4.5	16	87	12	94	74	0	12	12	1.08
283023--283088	22	2.9	22	95	4	114	74	0	12	13	1.08
283280--283486	96	2.1	96	89	3	317	33	20	21	24	1.97
284466--285113	128	5.0	128	90	2	996	30	19	24	25	1.98
284466--285089	257	2.4	257	91	2	995	30	18	24	26	1.98
285104--285598	44	11.4	44	69	11	207	27	18	25	28	1.98
285082--285623	218	2.5	217	89	2	784	28	18	25	28	1.98
286367--286408	20	2.1	19	86	8	57	64	7	16	11	1.48
287083--287119	18	2.1	18	90	10	58	32	0	5	62	1.18

Tables:   1   2   3