genome.fa.s4301.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold171
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1364075

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3275--3468	41	4.7	41	91	0	280	19	22	30	27	1.97
5328--5365	16	2.3	17	95	4	69	2	13	21	63	1.42
8602--8812	43	4.9	42	82	6	201	22	15	31	30	1.95
13636--13696	29	2.1	29	82	11	72	44	8	4	42	1.55
14974--15042	20	3.5	19	80	7	75	50	11	15	21	1.76
22474--22501	14	2.0	14	100	0	56	28	7	14	50	1.69
27683--27744	27	2.4	25	81	5	70	50	0	3	46	1.17
29678--29706	12	2.3	13	94	5	51	0	10	0	89	0.48
30737--30779	10	4.2	10	80	13	52	72	0	6	20	1.08
30752--30802	14	3.8	13	75	12	50	76	0	5	17	0.98
30750--30803	17	3.6	16	76	18	62	77	0	5	16	0.94
37790--37899	56	1.9	55	83	5	130	40	7	18	33	1.78
37809--37919	56	2.0	56	80	3	125	43	9	16	31	1.79
40766--40823	22	2.7	21	82	12	64	27	20	18	32	1.97
48996--49031	19	2.0	17	89	10	54	22	0	22	55	1.44
57799--57847	21	2.3	22	82	7	64	36	4	4	55	1.38
57810--57854	21	2.2	21	84	4	56	35	4	4	55	1.40
59101--59423	160	2.0	161	99	0	639	31	19	10	38	1.86
61670--61704	18	1.9	17	88	11	52	42	5	0	51	1.25
66092--66138	16	3.0	16	78	9	53	48	2	6	42	1.40
74311--74386	24	3.2	24	83	3	100	43	6	26	23	1.78
75369--75434	24	2.8	24	88	0	87	40	6	27	25	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85160--85195	18	2.0	18	88	0	54	30	5	2	61	1.33
90730--90757	7	4.0	7	100	0	56	85	0	14	0	0.59
100821--100879	18	3.4	18	78	17	63	25	8	1	64	1.31
100832--100870	15	2.5	15	84	15	53	25	7	0	66	1.18
103952--103991	21	1.9	21	84	0	53	57	5	7	30	1.48
119445--119474	12	2.6	11	94	5	51	76	0	23	0	0.78
120632--120717	21	4.0	22	74	18	72	16	20	25	37	1.93
120644--120701	21	2.7	22	84	10	75	13	22	29	34	1.93
125059--125323	125	2.1	125	100	0	530	41	5	12	40	1.66
125471--125502	12	2.6	13	85	14	50	81	18	0	0	0.70
126710--126759	23	2.2	23	85	0	64	20	22	18	40	1.92
126745--126790	21	2.1	21	84	8	56	17	26	21	34	1.95
126756--126801	21	2.2	21	88	0	65	17	26	23	32	1.97
130837--130947	28	4.0	28	81	4	127	36	11	21	30	1.89
133981--134032	25	2.1	25	85	0	68	48	15	15	21	1.81
135176--135370	50	3.9	50	94	1	329	21	31	21	25	1.98
135425--135506	42	2.0	41	85	2	110	29	21	19	29	1.98
143686--143727	18	2.3	18	91	0	66	30	14	28	26	1.95
150185--150221	6	6.2	6	100	0	74	16	16	0	67	1.23
160717--160771	28	1.9	29	88	3	85	29	10	10	49	1.72
160835--160864	15	1.9	16	93	6	53	43	0	0	56	0.99
160963--161000	7	5.3	7	90	3	58	42	0	0	57	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
169816--169891	27	2.8	27	87	0	107	22	18	21	38	1.94
173585--173678	47	2.0	47	97	0	179	25	17	15	41	1.89
174334--174367	17	2.0	17	88	0	50	35	0	0	64	0.94
174351--174382	11	2.9	11	100	0	64	46	0	0	53	1.00
180893--180959	34	1.9	35	84	3	91	46	13	8	31	1.74
180928--180967	14	2.9	14	84	0	53	42	17	7	32	1.77
183925--184012	27	3.3	27	88	0	131	32	38	14	13	1.86
185349--185401	13	4.1	13	80	9	72	37	7	18	35	1.80
196211--196276	20	3.3	20	68	16	55	19	33	13	33	1.91
197194--197255	20	3.1	20	88	0	88	9	22	19	48	1.78
200759--200833	26	2.9	26	84	5	100	38	10	17	33	1.84
211428--211460	15	2.3	15	89	5	50	75	3	12	9	1.14
213165--213238	36	2.1	36	100	0	148	64	5	18	10	1.43
225080--225315	42	5.6	42	75	13	207	23	17	25	33	1.96
225079--225315	85	2.8	84	83	4	282	23	17	25	33	1.96
225116--225269	43	3.6	43	82	7	181	24	17	25	32	1.97
226606--226634	14	2.1	14	100	0	58	41	20	37	0	1.53
233041--233098	25	2.3	24	77	8	62	24	5	13	56	1.57
238007--238039	16	2.1	16	94	5	59	48	18	6	27	1.71
238239--238288	26	1.9	26	100	0	100	16	22	34	28	1.95
238268--238494	43	5.4	42	76	7	210	22	16	25	35	1.95
238265--238503	85	2.8	82	83	5	280	23	17	25	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
238265--238494	42	5.5	41	76	9	212	22	16	26	34	1.95
253458--253648	30	6.4	30	76	8	158	24	24	13	37	1.91
253458--253648	90	2.1	89	82	8	219	24	24	13	37	1.91
260339--260565	30	7.6	30	75	9	196	23	24	12	39	1.89
260339--260565	60	3.8	60	75	10	223	23	24	12	39	1.89
260551--260621	29	2.4	30	75	15	78	25	28	11	35	1.90
272917--272965	23	2.1	23	85	11	64	65	6	10	18	1.43
274127--274502	50	7.5	50	76	1	367	23	19	22	34	1.96
274123--274533	100	4.1	100	92	0	633	24	19	22	33	1.97
274632--274717	44	2.0	44	81	4	102	31	22	16	30	1.95
274779--275362	44	13.3	44	64	12	164	29	23	17	30	1.97
274691--276016	131	10.1	130	86	5	1260	26	23	19	30	1.98
275428--275608	44	4.1	44	66	14	113	25	24	19	30	1.98
274754--276016	392	3.2	393	84	5	1348	26	23	19	30	1.98
275947--276235	44	6.6	44	74	10	180	26	23	19	30	1.98
275819--276336	175	3.0	175	89	1	797	25	23	20	30	1.99
278555--278631	8	9.6	8	73	12	52	6	10	2	80	0.98
278578--278631	19	2.7	19	88	5	81	3	11	1	83	0.85
278570--278658	17	4.7	19	74	14	60	7	6	5	79	1.04
278630--278674	17	2.7	16	86	13	56	15	2	8	73	1.18
279437--279502	25	2.6	25	83	9	71	60	7	13	18	1.56
285672--285698	11	2.5	11	100	0	54	44	7	14	33	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
288725--288816	46	2.0	46	97	0	175	33	21	20	23	1.97
294724--294769	24	1.9	24	82	8	58	10	17	45	26	1.81
295901--295943	5	8.6	5	94	0	68	4	20	13	60	1.51
295881--295943	20	3.2	20	86	0	72	7	22	12	57	1.61
297780--297964	100	1.9	98	89	2	289	52	15	10	21	1.72
300483--300511	2	15.0	2	92	7	51	51	0	0	48	1.00
301785--301815	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
302726--302775	9	5.2	10	77	15	52	62	0	0	38	0.96
302726--302774	19	2.6	20	81	12	59	63	0	0	36	0.95
303030--303097	31	2.2	31	94	2	118	11	7	54	26	1.63
308237--308278	18	2.3	18	84	8	50	42	0	4	52	1.22
308302--308358	20	2.9	20	73	2	62	26	14	31	28	1.94
308684--308722	21	2.0	18	85	14	51	51	2	0	46	1.14
313586--313633	21	2.4	19	80	13	51	68	4	4	22	1.24
315628--315656	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
317891--318031	76	1.9	76	80	8	171	29	19	24	26	1.99
324933--324981	21	2.3	21	89	0	71	36	20	38	4	1.72
324966--325026	12	5.3	12	75	11	65	37	18	42	1	1.60
324946--325029	33	2.5	33	90	0	132	36	19	41	2	1.64
325782--325881	42	2.3	44	87	3	141	26	21	26	27	1.99
334589--334796	50	4.2	50	81	3	206	21	27	23	27	1.99
335528--335553	13	2.0	13	100	0	52	38	23	7	30	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
338867--339026	42	3.8	42	77	3	126	30	16	20	33	1.94
344901--344950	24	2.1	24	100	0	100	46	12	34	8	1.70
352567--352775	103	2.0	104	98	0	402	19	20	25	34	1.96
356639--356779	43	3.3	42	81	4	158	26	19	21	32	1.97
362706--362903	27	7.3	27	78	5	177	40	15	15	28	1.87
362705--362846	54	2.6	54	86	3	198	42	14	13	29	1.83
362728--362904	81	2.2	81	83	4	223	40	15	16	27	1.89
363631--363674	19	2.3	19	84	7	54	36	20	4	38	1.73
368735--369130	81	4.9	81	83	4	453	39	16	16	26	1.90
368735--369149	27	15.4	27	82	3	392	40	16	16	26	1.90

Tables:   1   2   3   4