genome.fa.s4319.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold287
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1864789

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
407--431	6	4.2	6	100	0	50	84	0	0	16	0.63
536--577	19	2.2	19	86	0	57	19	2	50	28	1.60
966--1341	74	5.1	74	65	14	265	37	24	13	25	1.91
909--1436	73	7.2	73	64	15	293	37	24	13	25	1.91
889--1431	147	3.7	147	97	0	1014	36	23	13	25	1.92
4212--4257	23	2.0	23	83	8	58	32	50	10	6	1.63
5398--5427	6	5.0	6	91	0	51	20	0	0	80	0.72
7837--7901	25	2.7	24	84	11	71	23	27	4	44	1.73
7849--7904	25	2.2	25	96	0	103	21	30	3	44	1.69
15006--15058	25	2.2	24	86	10	72	16	18	24	39	1.91
21565--21751	25	7.5	25	76	11	141	24	14	23	37	1.92
21564--21728	50	3.3	50	77	5	156	23	13	24	38	1.91
21565--21768	75	2.7	75	82	4	234	25	13	23	37	1.92
23119--23356	50	4.7	50	80	3	208	31	24	14	29	1.94
23117--23410	51	5.8	50	80	4	252	30	25	15	28	1.96
23178--23394	102	2.1	101	84	0	281	29	25	14	29	1.95
31007--31076	35	2.0	35	88	0	104	24	30	21	24	1.99
31042--31161	43	2.8	43	83	2	143	25	29	20	25	1.99
31140--31183	22	2.0	22	86	0	61	18	27	20	34	1.96
31305--31351	20	2.3	20	79	13	53	36	0	4	59	1.17
35812--36584	386	2.0	384	88	3	1162	42	12	4	40	1.62
36744--36865	61	2.0	63	91	3	203	45	24	0	29	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36895--36948	21	2.6	21	81	0	54	35	37	1	25	1.67
36948--36989	21	2.0	21	85	0	57	35	30	2	30	1.71
36959--36998	14	2.8	14	88	3	53	35	32	0	32	1.58
37263--37840	41	14.1	41	91	0	933	28	29	20	21	1.98
37263--37840	82	7.0	82	97	0	1068	28	29	20	21	1.98
37966--38195	50	4.6	50	85	4	284	30	24	15	29	1.96
37967--38195	101	2.3	100	84	4	282	30	24	15	29	1.96
41009--41059	19	2.6	19	87	3	75	60	7	0	31	1.25
45222--45555	43	7.8	43	91	0	461	24	32	18	24	1.97
45664--45719	7	8.6	7	77	18	50	64	0	1	33	1.04
45662--45719	26	2.2	26	90	6	91	63	0	3	32	1.11
45666--45719	19	2.8	20	74	23	53	64	0	1	33	1.04
45937--45987	21	2.4	21	86	0	66	3	45	15	35	1.65
45871--45999	67	1.9	67	85	0	177	10	33	18	37	1.84
51480--51578	16	6.1	16	72	9	67	31	3	19	46	1.65
51468--51559	25	3.7	25	80	2	87	32	2	18	46	1.61
51573--51609	16	2.3	16	90	0	56	27	2	21	48	1.63
51548--51603	25	2.2	25	90	0	85	30	3	21	44	1.69
51480--51609	41	3.2	41	81	4	147	30	3	20	46	1.65
51700--51904	9	23.2	9	70	18	121	33	0	18	47	1.55
51703--51790	25	3.7	25	72	18	89	30	0	21	47	1.51
51773--51858	34	2.4	36	90	7	131	37	0	13	48	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51832--51921	34	2.6	34	76	0	90	32	3	18	45	1.66
53051--53077	14	1.9	14	100	0	54	59	14	7	18	1.58
53295--53326	6	5.3	6	100	0	64	18	15	50	15	1.79
53604--54380	147	5.3	147	75	8	548	33	21	17	26	1.96
54674--54711	20	1.9	20	94	0	67	44	34	0	21	1.52
54675--54729	14	3.9	14	78	7	58	45	34	1	18	1.60
54676--54750	14	5.4	14	71	13	57	49	37	1	12	1.48
55278--55371	45	2.1	46	89	2	145	28	18	13	39	1.89
55596--55688	40	2.3	40	83	3	116	17	22	21	38	1.93
56240--56291	24	2.2	24	83	13	63	28	0	5	65	1.16
57161--57225	16	4.1	16	87	0	103	40	4	35	20	1.73
57448--57489	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
58857--59040	46	4.0	46	100	0	368	32	23	8	34	1.86
66545--66921	207	1.8	207	87	1	558	33	12	19	33	1.89
72224--72273	19	2.6	19	93	3	82	30	10	2	58	1.42
73219--73295	3	25.3	3	71	7	57	62	6	5	25	1.41
73219--73295	18	4.4	18	72	11	70	62	6	5	25	1.41
74265--74295	15	2.1	15	93	0	53	22	9	32	35	1.87
74269--74311	21	2.0	21	95	0	77	20	9	34	34	1.85
74571--74681	44	2.5	44	75	5	107	24	21	22	31	1.98
74676--75329	44	14.9	43	67	15	302	22	26	25	25	2.00
74676--75463	88	9.0	88	91	1	1163	22	26	25	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74795--75460	44	15.2	44	69	8	262	22	26	25	24	2.00
76713--76742	13	2.3	13	94	0	51	10	20	0	70	1.16
76719--76763	21	2.2	20	84	15	56	11	17	2	68	1.29
82645--82717	3	25.3	3	75	8	55	64	4	4	27	1.30
83713--83743	15	2.1	15	93	0	53	22	9	32	35	1.87
83717--83759	21	2.0	21	95	0	77	20	9	34	34	1.85
87814--87861	20	2.4	20	76	13	53	37	8	16	37	1.79
95347--95500	27	5.5	28	73	12	138	68	9	0	21	1.17
95352--95514	16	11.4	15	71	19	125	68	9	0	22	1.17
95352--95523	42	4.1	42	100	0	344	69	9	0	20	1.15
98565--98627	21	2.9	21	70	19	56	52	1	3	42	1.27
100271--100366	42	2.3	42	94	0	165	22	28	18	30	1.98
100271--100459	43	4.4	43	82	2	159	30	25	16	26	1.97
105352--105406	22	2.5	22	83	13	69	45	32	0	21	1.52
105421--105460	14	2.9	14	88	0	62	47	30	0	22	1.52
105506--105645	14	9.8	14	74	13	97	47	32	0	19	1.49
105505--105645	7	19.7	7	72	11	72	47	33	0	19	1.50
105667--105700	14	2.4	14	90	0	50	50	35	0	14	1.44
105590--105774	75	2.5	75	94	0	316	46	29	2	21	1.65
105957--106107	40	3.8	40	84	1	205	21	19	19	39	1.92
105957--106107	79	1.9	80	84	1	205	21	19	19	39	1.92
106512--106578	33	2.0	33	97	0	125	23	26	13	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
108918--108953	3	12.0	3	93	0	63	69	0	30	0	0.89
118354--118577	41	5.5	41	90	2	351	28	22	23	25	1.99
118354--118618	123	2.2	123	84	5	313	28	22	23	25	1.99
119150--119193	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
122221--122420	41	4.9	41	95	1	348	30	22	24	23	1.99
122221--122446	123	1.8	123	89	3	357	29	21	23	25	1.99
137083--137191	40	2.7	40	81	4	121	35	21	19	23	1.96
137098--137222	40	3.2	39	80	6	121	39	18	18	24	1.92
137268--137597	41	8.0	41	87	0	403	21	20	29	28	1.98
141558--141715	23	6.9	23	76	7	133	31	5	22	39	1.78
141555--141710	68	2.3	68	80	11	185	32	5	22	40	1.76
141555--141715	46	3.5	45	75	9	157	31	5	22	40	1.77
142562--142828	43	6.2	43	81	4	290	23	16	27	31	1.96
142925--142968	23	2.0	23	82	13	56	45	25	18	11	1.82
144382--144586	97	2.1	95	80	5	216	37	13	25	23	1.91
156613--156637	11	2.3	11	100	0	50	24	0	0	76	0.80
167034--167075	17	2.5	17	81	18	52	54	0	2	42	1.13
170555--170594	19	2.1	19	86	9	55	32	30	0	37	1.58
170705--170804	50	2.0	50	88	1	148	31	24	17	28	1.97
177661--177732	28	2.6	28	73	6	67	15	11	4	69	1.32
183892--184714	411	2.0	412	99	0	1639	30	11	15	43	1.81
187562--187628	33	2.0	33	100	0	134	14	5	8	70	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
187719--187780	30	2.1	30	100	0	124	41	32	6	19	1.77
192180--192239	18	3.4	19	82	11	74	46	0	0	53	1.00
192211--192238	8	3.5	8	100	0	56	46	0	0	53	1.00
192228--192298	33	2.2	33	80	14	76	35	2	2	59	1.27
192707--192759	21	2.5	21	87	9	72	30	1	0	67	1.01
201355--201497	18	7.8	18	69	13	69	6	18	4	69	1.28
201405--201441	16	2.2	17	90	9	58	5	16	0	78	0.93
201415--201471	13	4.8	11	75	14	51	3	14	3	78	1.01
201403--201472	6	11.3	6	74	17	63	2	17	2	77	1.02
201403--201481	16	5.5	14	71	20	56	3	16	2	77	1.03

Tables:   1   2   3   4   5   6   7