genome.fa.s4319.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold287
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1864789

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
691755--691887	9	15.7	9	78	12	138	30	0	23	45	1.58
691802--691883	16	4.9	17	81	14	100	30	0	21	47	1.51
691755--691887	50	2.6	50	86	2	176	30	0	23	45	1.58
691755--691977	25	8.8	25	75	13	67	29	0	20	48	1.56
691864--692045	34	5.5	34	67	18	98	26	1	16	54	1.51
691877--692020	43	3.2	43	71	18	137	26	2	15	55	1.52
691935--692074	12	11.8	12	68	13	83	27	2	17	52	1.55
691818--692066	94	2.7	95	88	5	364	28	1	18	52	1.52
691828--692122	94	3.1	95	84	8	286	27	1	19	51	1.56
692210--692246	20	1.9	20	94	5	67	54	0	0	45	1.00
692210--692269	18	3.3	18	79	6	68	55	1	0	43	1.10
692215--692266	17	3.0	17	85	2	68	57	1	0	40	1.10
692270--692350	9	9.0	9	69	15	60	38	2	17	41	1.63
692270--692352	29	2.6	33	85	9	102	39	2	16	40	1.62
692303--692355	18	3.1	17	81	7	72	39	3	16	39	1.67
692374--692454	35	2.3	35	95	0	144	58	3	4	33	1.37
692598--692635	19	2.1	19	85	14	53	34	10	2	52	1.50
693957--694094	42	3.3	41	75	13	129	16	15	26	40	1.89
693957--694113	83	1.9	82	83	11	205	15	15	28	40	1.88
693957--694113	41	3.8	41	75	14	144	15	15	28	40	1.88
695692--695734	11	3.8	11	81	6	50	39	41	0	18	1.51
725168--725315	42	3.4	44	73	11	128	31	27	16	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
726400--726426	13	2.1	13	100	0	54	48	22	0	29	1.51
728684--728729	21	2.1	23	92	8	78	58	2	0	39	1.10
728798--728851	24	2.2	25	83	3	65	70	1	12	14	1.25
730752--730937	40	4.6	40	74	11	137	22	15	27	34	1.94
737482--737668	40	4.6	40	79	7	171	21	16	28	33	1.95
747024--747066	16	2.8	15	72	6	50	46	4	2	46	1.36
748382--748661	133	2.1	133	93	0	479	26	22	21	29	1.99
752306--752668	175	2.1	175	96	0	663	31	20	15	32	1.93
753934--754051	44	2.7	43	77	11	132	25	17	27	29	1.98
757703--757781	9	9.0	9	77	10	83	34	0	20	45	1.51
762693--763527	424	2.0	410	96	3	1544	38	17	10	33	1.84
770872--770947	25	3.1	25	81	7	75	25	26	19	28	1.99
776259--776293	14	2.5	14	90	0	52	37	14	8	40	1.76
777710--778123	43	9.6	43	87	2	544	34	28	17	19	1.95
783482--783558	40	1.9	40	84	5	102	33	20	20	24	1.97
790031--790071	22	1.9	21	90	5	64	21	31	0	46	1.52
791249--791283	7	5.1	7	93	6	63	28	0	11	60	1.32
791249--791289	14	3.0	13	86	10	55	29	0	12	58	1.34
793207--793406	96	2.1	96	86	3	278	39	19	3	38	1.68
793232--793430	96	2.1	94	79	9	222	40	19	2	37	1.65
793333--793455	59	2.1	60	95	1	221	42	19	2	35	1.65
793333--793490	59	2.7	60	85	8	200	41	17	3	37	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
793237--793518	155	1.8	156	83	5	374	41	18	3	36	1.67
798914--799523	303	2.0	303	100	0	1220	32	18	13	36	1.90
799713--799746	17	2.0	17	94	0	59	47	11	2	38	1.55
800210--800391	97	1.9	97	98	0	355	32	16	10	40	1.83
803023--803126	25	4.2	24	76	4	100	18	26	20	34	1.95
803119--803176	24	2.3	26	91	5	93	18	24	22	34	1.96
806837--807318	265	1.8	265	98	0	930	39	7	13	39	1.73
808513--808553	21	2.0	21	85	4	57	17	9	4	68	1.35
815482--815515	17	2.0	17	94	0	59	11	8	5	73	1.24
815338--819197	553	7.0	553	91	1	6030	21	12	23	42	1.86
820199--820245	18	2.4	19	82	10	51	25	4	10	59	1.49
823262--823468	42	4.9	42	79	3	200	32	20	21	25	1.97
823262--823464	85	2.4	84	80	3	228	33	20	21	24	1.97
823262--823487	85	2.7	83	75	4	218	34	21	19	24	1.96
823634--823668	17	2.1	17	100	0	70	54	5	11	28	1.59
823875--823931	21	2.7	21	94	0	96	5	42	15	36	1.70
830787--830843	9	6.6	9	88	8	91	33	0	19	47	1.50
832833--833637	336	2.4	335	81	4	901	33	17	18	30	1.94
835255--835470	73	2.9	72	80	4	236	29	23	21	25	1.99
835400--835713	114	2.8	113	79	3	344	27	24	22	24	2.00
835400--835716	113	2.8	112	79	3	339	27	24	23	24	2.00
837818--837845	14	2.0	14	100	0	56	35	14	14	35	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
840656--840732	14	5.0	15	71	20	52	42	14	9	33	1.77
840672--840711	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
840660--840726	34	1.9	35	90	3	109	46	13	8	31	1.74
851198--851225	12	2.3	12	100	0	56	46	14	28	10	1.78
867442--867536	48	2.0	48	89	4	147	40	14	13	31	1.85
867962--868030	1	69.0	1	82	0	84	2	5	0	91	0.51
867954--868027	38	2.0	38	94	2	132	2	9	0	87	0.63
867947--868031	41	2.1	41	91	4	138	3	9	0	87	0.67
867936--868040	52	2.0	52	90	0	165	4	10	0	83	0.83
878965--879008	20	2.2	20	88	4	63	25	20	29	25	1.99
881379--881434	25	2.2	26	93	3	96	35	10	0	53	1.36
885681--885707	14	1.9	14	100	0	54	48	0	7	44	1.31
893499--893625	50	2.5	51	82	3	150	29	20	29	20	1.98
893503--893644	50	2.8	50	80	0	149	30	19	30	20	1.97
893603--893723	49	2.4	49	80	4	136	30	19	26	23	1.98
902533--902607	6	12.5	6	91	0	96	57	0	26	16	1.39
903452--903502	21	2.4	21	100	0	102	35	13	29	21	1.92
904221--904344	53	2.4	53	86	10	150	37	9	19	33	1.84
904248--904348	53	1.9	53	100	0	202	34	9	16	38	1.82
904700--904787	29	3.0	29	73	3	86	36	14	26	22	1.93
906215--906243	14	2.1	14	100	0	58	13	6	13	65	1.45
906987--907363	188	2.0	188	100	0	754	33	9	19	37	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
908272--908386	44	2.6	42	75	18	101	26	18	26	29	1.98
918127--918229	20	5.2	20	72	9	75	14	30	19	35	1.92
918131--918229	40	2.5	40	88	0	135	15	27	20	37	1.92
922416--922504	44	2.0	45	97	2	171	20	17	38	23	1.93
927058--927116	29	2.0	30	96	3	111	23	23	20	32	1.98
928370--928394	10	2.5	10	100	0	50	72	8	0	20	1.10
931798--931907	20	5.6	20	67	6	80	10	31	20	36	1.88
936195--936263	35	2.0	35	88	0	102	34	33	13	18	1.90
936200--936276	35	2.2	35	85	0	100	38	33	11	15	1.84
954733--954805	29	2.4	31	82	11	80	45	10	4	39	1.59
962133--962231	39	2.6	39	86	1	137	37	5	8	49	1.54
965543--965668	43	3.0	42	84	4	155	29	26	16	27	1.97
966731--966809	31	3.0	24	74	22	77	32	6	17	43	1.75
968402--968478	31	2.5	31	97	0	145	5	32	35	27	1.79
979282--979329	24	2.0	25	83	4	62	27	0	10	62	1.27
984186--984521	27	12.5	27	83	5	369	43	19	16	20	1.88
984190--984521	80	4.1	81	82	8	383	43	19	16	20	1.88
984948--985051	28	3.8	28	84	6	133	24	23	24	28	1.99
989036--989124	36	2.5	35	87	3	115	25	22	23	28	1.99
989642--989691	22	2.3	22	85	0	73	34	6	16	44	1.72
991090--991169	38	2.1	38	88	6	119	30	30	15	25	1.95
992789--992833	11	4.4	11	81	10	51	62	6	0	31	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1000000--1000024	13	1.9	13	100	0	50	16	20	32	32	1.94
1002950--1003135	51	3.7	49	82	5	221	24	18	26	29	1.98
1002953--1003145	102	1.9	101	89	3	298	24	19	26	29	1.98
1003363--1003394	16	2.0	16	93	0	55	59	0	15	25	1.36
1009449--1009485	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
1009837--1009867	16	1.9	16	93	0	53	25	29	0	45	1.54
1010556--1010598	4	11.0	4	95	5	79	48	0	0	51	1.00
1014845--1015011	33	5.0	32	72	10	102	28	25	13	31	1.94
1014794--1015045	101	2.5	100	87	3	344	27	26	14	31	1.95
1024743--1024899	78	2.0	78	100	0	314	20	35	15	29	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7