genome.fa.s4401.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold132
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2008648

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12025--12080	3	18.7	3	100	0	112	67	0	0	32	0.91
12869--12914	19	2.4	19	85	0	65	4	17	21	56	1.58
13424--13528	51	2.1	51	90	0	165	27	24	15	32	1.95
13613--13749	72	1.9	72	83	3	177	28	24	13	34	1.92
13593--14053	123	3.6	123	73	11	388	28	22	16	32	1.96
13413--14199	261	3.0	261	85	0	1056	28	24	16	31	1.96
13689--14199	138	3.8	136	74	10	471	28	23	16	31	1.96
13974--14132	87	1.8	87	84	0	219	28	22	20	28	1.99
14072--14264	51	3.8	51	81	0	224	29	26	14	29	1.95
14067--14259	102	1.9	102	89	0	296	29	25	15	30	1.96
14058--14278	102	2.2	102	82	3	291	31	24	17	26	1.97
14641--14698	24	2.4	24	91	0	98	32	22	8	36	1.85
25180--25272	40	2.3	40	88	3	143	24	15	21	38	1.92
30404--30436	17	2.0	17	88	5	50	54	21	3	21	1.58
33766--33799	17	1.9	18	88	5	52	67	20	5	5	1.33
41126--41158	11	3.1	11	91	4	50	42	0	0	57	0.98
43391--43473	28	2.9	29	74	3	78	37	25	14	22	1.92
43941--44317	188	2.0	189	99	0	747	34	16	9	39	1.81
46407--46689	139	2.0	139	94	0	494	50	7	24	17	1.70
50377--50447	20	3.4	20	74	11	79	49	4	0	46	1.21
50370--50455	43	2.0	43	100	0	172	53	4	0	41	1.21
50370--50435	23	3.0	23	71	10	75	54	4	0	40	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50377--50455	20	3.8	20	74	9	77	50	3	0	45	1.19
54761--54821	18	3.4	17	72	28	54	42	24	9	22	1.84
54761--54837	15	4.4	16	72	24	50	41	23	10	24	1.85
54759--54831	37	2.0	37	91	0	119	42	26	9	21	1.83
61471--61506	15	2.5	14	86	8	54	44	8	0	47	1.33
66839--66878	20	2.0	20	95	0	71	17	20	32	30	1.95
68006--68069	7	9.8	6	79	17	58	17	1	1	79	0.89
79071--79241	27	6.4	27	84	6	197	18	17	19	43	1.88
79071--79241	53	3.2	53	85	8	240	18	17	19	43	1.88
79071--79241	80	2.1	80	85	2	227	18	17	19	43	1.88
89390--89574	41	4.5	41	81	5	194	22	21	28	27	1.99
89387--89573	82	2.3	81	80	6	214	23	21	28	26	1.99
89623--89792	41	4.1	41	87	4	209	21	17	30	31	1.96
89623--89792	81	2.1	83	85	4	229	21	17	30	31	1.96
93437--93630	87	2.2	87	90	0	298	38	17	31	12	1.88
93792--94516	362	2.0	363	99	0	1443	31	15	20	32	1.93
94971--95013	21	2.0	21	86	0	59	18	55	11	13	1.68
114467--114617	43	3.5	42	77	13	130	25	18	27	29	1.98
118059--118112	18	2.9	18	86	2	72	40	46	1	11	1.50
120386--120439	18	2.9	18	86	2	72	40	46	1	11	1.50
127146--127296	43	3.5	42	77	13	130	25	18	27	29	1.98
130594--130850	127	2.0	128	96	1	480	33	10	16	39	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
130865--130918	18	2.9	18	86	2	72	40	46	1	11	1.50
133588--133661	36	2.0	37	97	2	141	37	13	13	35	1.84
138803--139022	26	8.5	26	83	1	217	19	11	26	43	1.84
162125--162221	17	5.7	17	68	22	60	39	2	5	53	1.35
162195--162311	62	1.9	59	89	5	180	41	5	4	48	1.45
165765--165805	14	2.8	15	81	7	57	73	0	2	24	0.96
166754--166787	16	2.1	16	89	10	52	50	0	0	50	1.00
166747--166823	29	2.7	28	77	15	77	53	2	0	44	1.14
167704--167812	39	2.8	39	92	1	175	52	25	2	19	1.59
167934--168008	37	2.0	37	92	0	105	40	4	10	45	1.58
171516--171554	20	2.0	20	89	0	60	43	0	0	56	0.99
171522--171586	10	7.0	9	72	19	53	35	1	3	60	1.22
175071--175353	106	2.7	108	81	3	306	37	20	10	31	1.86
187853--187898	21	2.2	21	92	0	74	23	19	4	52	1.64
194515--194552	16	2.2	18	86	9	53	50	2	21	26	1.62
201286--201335	19	2.7	18	82	14	57	24	2	6	68	1.23
201546--201595	19	2.7	18	82	14	57	24	2	6	68	1.23
201221--201749	260	2.0	261	98	0	1026	26	8	8	57	1.56
215279--215383	43	2.4	43	79	4	111	44	17	20	17	1.86
217079--217271	44	4.5	44	81	7	225	29	21	21	27	1.99
216668--217271	129	4.5	131	76	10	549	32	19	20	27	1.97
219685--219725	11	3.7	11	86	0	64	53	0	0	46	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
219683--219725	22	2.0	22	100	0	86	55	0	0	44	0.99
229473--229611	68	2.0	69	98	1	271	41	18	25	14	1.89
229954--230014	32	1.9	32	96	3	115	44	13	9	32	1.76
236506--236533	14	2.0	14	100	0	56	21	35	21	21	1.96
237093--237136	23	2.0	23	86	8	65	56	4	6	31	1.46
243365--243403	19	2.1	19	85	9	53	5	17	5	71	1.23
244670--245045	125	3.0	124	92	2	612	28	15	22	33	1.94
248264--248318	25	2.2	25	90	0	83	43	12	1	41	1.53
248794--248833	18	2.2	18	95	0	71	40	7	30	22	1.81
249667--249704	20	1.9	20	84	10	51	55	7	2	34	1.43
251375--251482	30	3.6	30	76	5	112	39	1	8	50	1.43
257909--257957	24	2.0	24	84	7	64	40	16	4	38	1.67
259115--259539	42	10.2	42	88	2	662	32	23	19	23	1.97
259115--259541	83	5.1	83	98	0	800	32	24	19	23	1.97
259783--259828	12	3.8	12	82	0	56	2	34	15	47	1.57
273856--273933	39	2.0	38	82	7	95	34	21	16	26	1.95
273723--274025	115	2.6	114	80	5	292	28	22	19	30	1.98
274640--274869	120	1.9	120	91	3	374	19	20	25	33	1.96
275734--275791	29	1.9	31	89	6	93	46	6	13	32	1.70
275734--275798	29	2.2	31	86	5	89	50	6	12	30	1.64
275741--275805	29	2.2	29	81	5	78	50	6	12	30	1.64
276167--276197	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
276251--276287	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
280393--280420	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
289473--289507	1	35.0	1	94	0	61	2	0	0	97	0.19
291523--291564	19	2.2	19	86	0	57	42	2	9	45	1.49
303472--303742	27	10.2	27	81	4	255	44	19	19	16	1.87
303472--303745	53	5.2	52	83	5	275	44	19	18	16	1.87
305822--305919	47	2.0	48	81	14	114	36	8	4	51	1.51
310791--310834	22	2.0	22	91	8	72	68	0	18	13	1.22
312092--312846	44	17.2	43	64	15	181	26	23	24	24	2.00
311990--312935	88	10.8	88	91	0	1415	26	23	25	24	2.00
314519--314616	47	2.0	48	81	14	114	36	8	4	51	1.51
319333--319625	146	2.0	146	99	0	577	28	20	11	39	1.88
325960--326007	21	2.3	21	86	10	64	47	10	16	25	1.78
327942--328149	90	2.3	90	85	5	287	27	23	14	34	1.94
328007--328148	45	3.1	44	68	17	110	27	25	15	31	1.96
330046--330121	24	3.2	23	76	9	73	48	0	1	50	1.09
330060--330103	12	3.7	11	80	14	52	52	0	2	45	1.13
330083--330120	14	2.4	17	87	12	55	47	0	0	52	1.00
330339--330370	17	2.0	17	88	11	50	62	15	21	0	1.32
331007--331051	18	2.5	18	92	0	72	37	0	4	57	1.19
331007--331051	6	7.5	6	87	0	54	37	0	4	57	1.19
331407--331502	39	2.5	39	80	6	108	20	23	28	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
332251--332278	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
337090--337309	115	1.9	115	98	1	424	37	16	17	28	1.91
337497--337572	24	3.2	23	76	9	73	48	0	1	50	1.09
337511--337554	12	3.7	11	80	14	52	52	0	2	45	1.13
337534--337571	14	2.4	17	87	12	55	47	0	0	52	1.00
337790--337821	17	2.0	17	88	11	50	62	15	21	0	1.32
339652--339893	121	2.0	121	100	0	484	33	18	24	23	1.97
346500--346599	50	2.0	50	96	0	182	30	18	18	34	1.94
347073--347189	45	2.6	45	86	2	155	34	17	8	40	1.80
352315--352390	31	2.4	32	81	12	95	35	25	1	38	1.64

Tables:   1   2   3   4   5   6   7