genome.fa.s552.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold90
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1707176

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1596--1773	21	8.3	21	73	9	128	35	17	37	9	1.83
1530--1770	108	2.2	108	86	2	324	37	17	33	11	1.86
1536--1810	108	2.5	106	82	8	295	37	18	31	12	1.88
2077--2302	43	5.3	43	89	1	310	19	20	30	29	1.97
6962--6997	16	2.2	16	95	0	63	47	13	16	22	1.82
7265--7323	29	2.0	29	90	0	91	33	30	10	25	1.89
8820--8941	58	2.1	59	85	1	165	22	25	11	40	1.87
20864--20948	45	1.9	43	83	9	109	30	23	16	29	1.96
20888--21296	132	3.1	132	91	2	617	29	23	18	28	1.98
22863--22902	6	6.8	6	91	2	64	0	2	12	85	0.71
31442--31540	28	3.5	28	80	0	108	41	14	25	19	1.88
36477--36531	26	2.1	26	86	6	76	27	12	12	47	1.78
47380--47534	43	3.7	43	80	6	174	29	14	25	30	1.95
47373--47534	86	1.9	84	82	7	202	29	14	25	30	1.95
50934--51027	18	4.8	18	69	19	64	28	18	14	38	1.90
50958--51049	43	2.1	43	88	4	132	30	14	17	38	1.89
75709--75735	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
75937--75986	19	2.7	20	78	15	61	58	8	2	32	1.39
78387--78434	21	2.3	21	86	10	64	75	10	6	8	1.20
87859--87912	25	2.2	25	83	6	65	35	18	14	31	1.91
95491--95556	25	2.6	25	82	0	87	28	21	16	33	1.95
98043--98195	29	5.3	29	82	3	191	39	22	15	22	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98048--98263	58	3.7	58	84	3	247	36	21	16	25	1.94
98048--98286	87	2.8	88	81	6	231	37	21	17	24	1.94
98048--98285	29	8.2	28	76	9	176	36	21	17	24	1.94
104299--104329	14	2.3	13	94	5	53	45	3	0	51	1.17
109058--109085	14	2.0	14	100	0	56	57	7	0	35	1.26
114375--114443	28	2.4	28	80	2	93	44	21	15	17	1.86
115307--115333	12	2.2	12	100	0	54	48	0	0	51	1.00
142442--142475	12	2.9	11	84	16	50	67	14	8	8	1.41
147350--147413	31	2.1	31	93	0	110	39	6	18	35	1.76
149210--149241	16	2.0	16	93	0	55	59	6	0	34	1.23
149408--149446	15	2.4	16	83	8	53	35	2	0	61	1.10
152897--152978	41	2.0	41	95	4	148	48	12	8	30	1.70
153016--153056	19	2.2	19	95	0	73	43	17	4	34	1.70
155853--155892	15	2.7	15	84	0	53	20	2	5	72	1.15
155827--155862	1	36.0	1	100	0	72	0	0	0	100	0.00
155942--155971	1	30.0	1	100	0	60	0	0	0	100	0.00
164530--164593	31	2.1	31	84	0	83	23	25	1	50	1.58
171479--171531	20	2.6	21	72	6	54	43	13	22	20	1.86
181305--182126	414	2.0	414	99	0	1635	31	13	20	34	1.91
198555--198593	10	4.1	9	86	6	51	35	0	2	61	1.10
202341--202457	41	2.9	40	82	8	137	23	22	25	29	1.99
204062--204092	16	1.9	16	93	0	53	35	25	6	32	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
213587--213784	87	2.3	87	85	5	258	39	18	29	12	1.87
213740--213796	21	2.7	21	86	0	78	35	17	38	8	1.81
213740--213809	21	3.3	21	83	0	77	35	15	40	8	1.78
214132--214511	43	8.8	43	86	4	448	27	21	26	24	1.99
214132--214511	86	4.4	86	87	2	521	27	21	26	24	1.99
214132--214511	129	2.9	128	86	3	521	27	21	26	24	1.99
223006--223037	14	2.3	14	94	0	55	18	3	6	71	1.20
227661--228082	37	11.3	37	74	5	301	37	16	16	29	1.91
227662--228082	112	3.7	112	80	3	346	37	16	16	29	1.91
227661--228050	149	2.6	149	81	3	401	37	16	16	29	1.91
231484--231515	17	1.9	16	93	6	55	18	12	3	65	1.38
249597--249637	15	2.8	15	82	10	50	43	0	2	53	1.13
249833--249874	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
249824--249865	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
250020--250107	45	2.0	44	88	6	133	34	26	5	34	1.80
250088--250136	16	3.1	16	93	0	89	22	36	6	34	1.79
258333--258372	19	2.2	18	90	4	62	72	7	2	17	1.19
258931--259097	35	4.8	35	86	1	228	38	29	16	14	1.89
259373--259409	9	4.2	9	93	6	67	40	21	10	27	1.86
259373--259406	17	2.0	17	100	0	68	41	23	11	23	1.87
259512--259555	18	2.4	18	85	7	54	13	2	40	43	1.57
259638--259785	74	2.0	74	89	0	224	39	27	13	18	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
269137--269189	17	3.1	17	78	5	54	20	15	32	32	1.93
270463--270629	90	1.9	90	82	7	214	25	16	24	33	1.96
270469--270634	45	3.7	44	77	9	158	25	16	24	33	1.96
275896--275934	17	2.3	17	86	8	53	20	20	33	25	1.97
276289--276361	38	1.9	38	100	0	146	24	21	20	32	1.97
281621--281726	38	2.8	38	85	0	140	37	27	18	16	1.92
292781--292820	21	2.0	21	95	5	73	10	25	25	40	1.86
292942--293034	44	2.2	43	80	7	100	22	20	27	29	1.98
293031--293355	43	7.6	41	75	12	296	29	31	18	20	1.97
293027--293362	86	3.9	86	95	3	597	29	30	18	21	1.97
293027--293362	171	2.0	172	95	1	613	29	30	18	21	1.97
293465--293521	18	3.5	17	69	30	52	35	19	21	24	1.96
293458--293533	31	2.5	31	93	0	134	35	22	22	19	1.96
293518--293560	22	2.0	22	95	0	77	41	27	20	9	1.83
296114--296176	33	1.9	33	93	0	108	65	14	0	20	1.27
296130--296168	19	2.0	19	85	5	51	69	10	0	20	1.17
296537--297072	38	15.4	38	78	17	637	44	12	18	23	1.84
296658--296709	26	2.0	26	100	0	104	42	11	19	26	1.85
296582--297072	102	4.8	102	100	0	982	44	12	18	24	1.85
296618--296951	64	5.0	65	74	13	320	44	12	18	24	1.85
296760--296811	26	2.0	26	100	0	104	42	11	19	26	1.85
296862--296913	26	2.0	26	100	0	104	42	11	19	26	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
296930--297053	64	1.9	64	95	0	221	44	12	18	25	1.84
296964--297015	26	2.0	26	100	0	104	42	11	19	26	1.85
300047--300086	7	5.9	7	85	5	55	40	42	0	17	1.49
300053--300086	13	2.5	14	95	4	61	38	47	0	14	1.45
300047--300084	20	1.9	20	88	0	58	39	42	0	18	1.50
299993--300142	76	2.0	76	86	6	214	45	24	0	30	1.53
300236--300268	14	2.3	15	94	5	59	36	33	0	30	1.58
300307--300757	41	11.0	40	88	3	625	31	22	23	22	1.98
300307--300757	82	5.5	82	89	2	701	31	22	23	22	1.98
300307--300757	164	2.8	164	98	0	859	31	22	23	22	1.98
300794--300928	40	3.4	40	77	8	134	20	21	20	37	1.94
333309--333404	48	2.0	47	90	6	149	42	8	25	23	1.82
334715--334792	39	2.0	39	94	0	138	30	17	24	26	1.97
334844--334896	26	2.0	26	100	0	106	16	22	18	41	1.90
335072--335525	152	3.0	152	98	0	863	27	12	26	32	1.93
337652--337836	51	3.7	49	80	5	201	24	18	27	29	1.98
341618--341668	3	18.0	3	77	18	56	68	3	0	27	1.07
341705--341740	14	2.7	13	91	4	54	75	2	22	0	0.94
343773--343878	54	2.0	54	84	3	142	29	21	30	18	1.97
344211--344304	48	2.0	48	89	0	143	45	8	23	22	1.79
355334--355407	37	2.0	37	100	0	148	45	13	8	32	1.73
364886--364913	13	2.2	13	100	0	56	85	14	0	0	0.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
367592--367641	24	2.1	24	100	0	100	50	12	0	38	1.40
370484--370514	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
370816--370875	30	2.0	31	83	3	77	20	35	0	45	1.51
372390--372437	8	6.0	8	80	7	53	27	4	0	68	1.07
372400--372437	15	2.4	17	91	8	62	28	2	0	68	1.03
375080--375131	20	2.5	20	79	14	61	42	9	5	42	1.61
376410--376742	165	2.0	165	96	1	614	35	27	20	16	1.94
379741--379774	17	2.0	17	100	0	68	41	29	5	23	1.78
384787--384822	19	1.9	19	88	5	56	16	16	8	58	1.61
389735--390580	45	18.8	45	70	11	306	30	18	22	28	1.97

Tables:   1   2   3   4   5