genome.fa.s757.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold304
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1004668

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25--56	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
3116--3158	21	2.1	21	83	12	54	44	25	4	25	1.73
7896--7945	25	2.0	25	85	14	68	36	0	6	58	1.23
10154--10202	20	2.4	21	82	3	55	42	4	4	48	1.40
16048--16104	24	2.3	24	82	8	71	40	26	5	28	1.77
25216--25272	29	2.0	29	82	6	71	31	24	17	26	1.97
27095--27201	53	2.0	53	100	0	214	41	16	9	32	1.81
37821--37873	5	11.2	5	84	11	76	35	0	1	62	1.06
37874--37906	15	2.1	16	94	5	59	81	0	6	12	0.85
38899--38955	5	11.6	5	75	17	57	57	1	0	40	1.09
39639--39775	40	3.3	40	70	23	95	61	7	25	5	1.45
49449--49473	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
54722--54803	43	1.9	43	100	0	164	36	9	10	42	1.73
54742--54810	22	3.2	22	62	12	52	33	10	10	46	1.71
57584--57733	35	4.3	34	75	6	131	44	10	11	34	1.75
57617--57664	19	2.6	19	83	3	62	39	6	16	37	1.74
57586--57727	16	8.3	16	73	18	108	43	11	11	33	1.77
58204--58245	14	3.1	14	86	6	59	0	16	2	80	0.81
58204--58245	13	3.1	13	89	6	57	0	16	2	80	0.81
58500--58581	4	22.0	4	75	22	65	0	29	0	70	0.87
58511--58579	13	5.2	13	78	16	70	0	27	0	72	0.85
58510--58581	27	2.7	27	87	10	96	0	27	0	72	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59092--59226	30	4.6	29	84	2	128	38	3	24	33	1.73
61715--61793	27	2.9	27	88	0	113	15	17	36	30	1.91
65390--65438	25	2.0	25	83	0	62	38	0	16	44	1.48
65834--65919	43	2.0	43	93	0	145	51	2	23	23	1.60
66804--66878	30	2.5	30	88	0	114	30	29	25	14	1.95
82066--83265	44	27.7	43	68	17	292	29	19	22	28	1.98
82068--82959	173	5.2	173	84	5	985	29	19	21	28	1.98
82154--82614	217	2.1	218	78	8	467	29	19	22	27	1.98
82068--82926	348	2.5	346	82	8	1014	30	19	22	28	1.98
82589--83265	215	3.1	215	90	3	1013	29	19	22	28	1.98
82154--83261	390	2.8	389	77	9	1275	29	19	22	27	1.98
84649--84684	13	2.6	14	91	4	56	22	5	0	72	1.05
90910--91328	43	9.8	43	79	5	352	25	30	18	24	1.98
91710--91760	21	2.4	21	90	0	84	5	45	15	33	1.71
91742--91921	66	2.7	65	79	6	193	13	25	18	42	1.87
103246--103314	8	8.9	8	81	9	81	36	46	0	17	1.48
103441--103483	21	2.0	21	82	8	52	37	39	0	23	1.55
103641--103673	15	2.3	15	89	5	50	36	30	0	33	1.58
104060--104416	41	8.7	41	78	1	347	30	23	20	25	1.98
104073--104416	124	2.8	121	80	2	355	31	23	20	24	1.98
104060--104415	83	4.3	82	76	9	323	30	23	20	25	1.99
109148--109352	101	2.0	102	99	0	403	47	3	4	43	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114633--114967	166	2.0	166	94	0	589	24	12	18	44	1.84
122765--122789	6	4.2	6	100	0	50	20	48	16	16	1.82
124470--124639	81	2.1	81	96	2	315	35	21	21	20	1.96
124617--124665	20	2.5	19	80	6	62	26	26	22	24	2.00
127555--127583	10	2.9	10	100	0	58	72	0	10	17	1.11
132309--132337	10	2.9	10	100	0	58	72	0	10	17	1.11
135978--136030	27	2.0	27	96	0	97	20	20	28	30	1.98
135982--136325	33	9.7	33	70	18	169	22	18	26	32	1.97
136010--136244	108	2.2	108	86	3	321	22	17	25	35	1.95
136130--136324	76	2.6	76	87	0	275	22	19	25	32	1.97
138006--138146	20	7.1	20	80	5	90	37	18	28	15	1.91
138068--138143	40	1.9	40	83	5	100	36	17	31	14	1.90
141420--141520	40	2.5	40	91	0	157	32	22	19	24	1.97
144587--144644	11	5.4	11	74	17	59	55	1	1	41	1.20
149257--149328	37	1.9	37	88	0	108	27	26	22	23	1.99
156855--156904	6	8.2	6	80	12	57	80	2	2	16	0.91
156841--156899	31	1.9	31	86	6	84	81	3	5	10	0.96
156839--156899	12	5.0	11	82	11	59	81	3	4	9	0.94
156866--156911	18	2.7	18	83	10	60	80	0	4	15	0.86
163703--163741	20	2.0	20	85	10	53	48	30	7	12	1.69
168323--168398	34	2.2	34	83	2	89	36	11	2	48	1.54
171192--171236	9	5.0	9	83	0	63	22	8	22	46	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
171563--171598	18	1.9	19	94	5	65	11	8	13	66	1.44
172781--172833	23	2.5	21	73	11	54	62	15	9	13	1.54
180375--180428	27	2.0	27	92	0	90	22	25	20	31	1.98
181352--181421	21	3.3	21	71	23	65	62	1	1	34	1.13
181777--181839	18	3.5	18	76	22	53	68	0	3	28	1.05
181804--181839	18	1.9	18	88	5	54	66	0	2	30	1.06
185612--185643	2	16.5	2	93	6	57	50	0	0	50	1.00
185753--185894	41	3.5	41	87	1	196	21	16	23	37	1.94
185754--185928	82	2.1	81	80	10	196	22	16	23	37	1.93
188249--188296	11	4.3	12	77	15	50	41	10	27	20	1.85
188259--188305	22	2.1	23	88	4	69	40	14	25	19	1.90
188968--189162	62	3.1	63	74	6	196	28	29	20	21	1.98
189699--189743	20	2.1	21	84	12	56	80	0	17	2	0.82
190374--190408	18	2.0	18	88	5	54	20	8	0	71	1.11
190383--190425	18	2.3	19	84	4	52	27	9	0	62	1.25
190907--190969	30	2.1	30	93	0	108	22	3	17	57	1.54
191083--191122	11	3.5	11	86	3	53	65	0	0	35	0.93
192005--192060	20	2.8	21	81	10	73	58	8	0	32	1.29
196170--196195	11	2.4	11	100	0	52	38	7	0	53	1.30
196153--196263	39	2.8	39	88	1	177	30	3	0	65	1.09
198904--199043	25	5.6	25	74	0	127	28	21	22	27	1.99
198912--199043	50	2.6	50	78	0	147	28	20	23	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
200143--200181	20	2.0	20	90	10	62	15	2	30	51	1.57
206148--206282	37	3.7	36	80	5	137	17	14	29	39	1.88
212625--212708	40	2.1	40	86	0	114	35	17	23	22	1.95
214698--214725	14	2.0	14	100	0	56	42	0	14	42	1.45
224537--224610	28	2.6	29	80	4	89	16	28	0	55	1.41
224537--224609	29	2.6	28	84	2	92	16	27	0	56	1.41
227413--227451	16	2.4	16	86	0	51	69	7	2	20	1.26
234141--234373	25	9.3	25	71	3	164	22	16	25	35	1.95
234116--234612	50	9.9	50	74	5	304	22	15	25	36	1.94
234116--234502	100	3.9	100	82	0	416	21	15	26	35	1.94
234116--234499	150	2.6	150	81	1	403	21	15	26	35	1.94
234468--234526	25	2.4	25	82	5	66	11	11	35	40	1.79
234529--234576	25	1.9	25	95	0	87	29	16	18	35	1.93
239502--239559	5	11.4	5	79	17	66	60	0	0	39	0.97
239501--239559	31	2.0	29	87	12	84	59	0	0	40	0.97
239502--239559	21	3.1	18	83	13	73	60	0	0	39	0.97
239502--239559	12	4.5	13	83	14	68	60	0	0	39	0.97
240987--241017	15	2.1	15	100	0	62	54	6	12	25	1.62
241960--242015	20	2.7	21	81	13	53	69	7	12	10	1.36
241971--242015	21	2.1	23	88	12	69	68	8	8	13	1.38
244843--244972	34	3.8	33	76	8	118	42	13	23	20	1.88
244842--244976	69	2.0	69	86	2	191	42	14	23	20	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
244827--244976	34	4.4	34	74	5	104	42	13	23	20	1.87
245016--245056	19	2.2	19	100	0	82	36	4	14	43	1.67
245190--245232	22	2.0	23	90	9	72	34	20	4	39	1.74
245191--245236	11	4.3	11	76	15	51	32	19	2	45	1.62
245271--245308	14	2.8	13	88	7	58	36	13	5	44	1.66
248107--248250	34	4.2	34	78	5	155	18	23	13	43	1.86
248103--248250	69	2.2	68	83	3	181	18	23	14	43	1.86
250966--250996	15	2.1	15	100	0	62	25	12	6	54	1.62
254280--254317	14	2.8	13	88	7	58	47	5	13	34	1.65
254280--254317	13	2.9	14	92	7	62	47	5	13	34	1.65

Tables:   1   2   3   4